genome.fa.s8550.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008550.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111445_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1154708

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180911--180946	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
181270--181330	20	3.0	20	72	9	70	39	18	22	19	1.92
181345--181394	20	2.5	20	96	0	91	20	18	22	40	1.92
181408--181449	20	2.1	20	90	0	66	16	21	16	45	1.86
181936--182022	39	2.2	39	93	0	147	48	18	14	18	1.82
182269--182311	20	2.2	20	91	0	68	18	23	23	34	1.96
186344--186428	20	4.2	20	70	16	77	20	18	22	38	1.93
186360--186449	41	2.2	40	84	13	114	25	17	23	33	1.96
186419--186465	21	2.2	21	84	0	67	38	12	25	23	1.90
187743--187867	20	6.2	20	74	10	130	40	23	17	19	1.92
188345--188386	20	2.1	20	86	0	57	14	19	21	45	1.85
190364--190482	42	2.8	42	76	7	107	24	34	19	21	1.96
191884--191951	14	4.9	14	75	0	73	29	0	16	54	1.42
191875--191951	28	2.8	28	94	2	129	29	0	15	54	1.42
192118--192171	20	2.7	20	97	0	99	16	16	24	42	1.88
192388--192474	39	2.2	39	93	4	149	19	13	19	47	1.83
192847--192896	25	2.0	25	96	0	91	44	22	8	26	1.80
192936--192988	20	2.7	20	87	0	70	45	18	16	18	1.86
193332--193367	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
194664--194732	23	3.0	22	76	4	66	31	26	20	21	1.98
194751--194965	103	2.1	103	94	0	376	35	25	13	25	1.92
195450--195586	64	2.1	63	82	5	159	26	18	18	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201667--201730	23	2.8	23	79	13	78	28	26	23	21	1.99
201750--201963	103	2.1	103	96	0	392	37	24	12	25	1.91
203370--203447	27	3.0	27	83	11	108	39	21	15	23	1.91
203370--203449	24	3.2	24	89	5	106	41	21	15	22	1.90
203396--203463	24	2.8	24	84	0	64	41	20	13	25	1.88
210153--210225	15	4.9	15	80	9	96	42	6	19	31	1.77
210195--210243	20	2.3	22	75	13	57	42	10	16	30	1.81
210153--210225	30	2.5	30	95	2	130	42	6	19	31	1.77
210565--210642	28	2.7	27	80	18	79	55	1	0	43	1.08
210622--210737	50	2.2	52	83	10	150	52	1	0	44	1.17
210930--211031	42	2.4	42	90	3	152	50	18	12	18	1.78
213233--213284	20	2.6	20	93	0	95	36	30	13	19	1.90
213319--213371	20	2.7	20	87	0	70	45	20	16	16	1.86
213380--213587	20	10.4	20	87	0	164	37	21	19	22	1.94
213380--213604	40	5.6	40	88	1	218	36	20	19	22	1.95
213380--213604	60	3.7	60	82	4	238	36	20	19	22	1.95
213416--213604	20	9.4	20	88	3	238	37	20	19	22	1.94
214469--214522	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
216979--217046	19	3.5	19	82	4	91	42	20	22	14	1.88
216966--217079	33	3.3	33	80	13	138	42	19	23	14	1.89
216939--217079	72	1.9	73	86	1	203	40	19	22	17	1.91
217129--217231	19	5.9	19	72	20	64	42	17	24	15	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217108--217207	53	1.9	52	87	2	146	45	17	22	16	1.86
217167--217254	14	5.6	14	70	23	59	44	19	25	11	1.84
217149--217275	33	3.8	33	98	0	245	44	18	24	12	1.85
217275--217337	19	3.3	19	93	0	99	15	15	23	44	1.86
217285--217369	19	4.7	19	77	16	83	12	20	21	45	1.84
218848--218970	42	2.9	42	80	4	115	23	18	35	21	1.95
220937--220982	20	2.3	20	84	0	65	54	15	19	10	1.70
221036--221146	20	5.8	20	73	13	83	11	18	19	49	1.78
221708--221880	20	8.6	20	80	5	195	19	19	24	36	1.94
221710--221880	40	4.2	41	90	1	265	19	18	24	37	1.94
221710--221900	81	2.4	80	87	5	251	19	18	25	36	1.95
221699--221923	101	2.2	100	80	9	235	21	18	24	35	1.95
221872--221920	20	2.5	20	100	0	98	22	20	30	26	1.98
221909--221961	20	2.7	20	84	0	70	15	15	22	47	1.82
221710--221942	121	1.9	121	80	6	267	20	18	24	36	1.95
222011--222064	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
222245--222398	60	2.6	61	82	6	188	33	20	3	42	1.70
222281--222436	60	2.6	60	81	4	154	32	20	4	42	1.72
222498--222659	60	2.7	60	84	1	218	43	2	17	35	1.63
222534--222644	29	3.8	29	65	9	71	45	2	17	35	1.63
224931--224968	18	2.1	18	95	0	67	34	26	21	18	1.96
230143--230254	60	1.9	59	83	7	147	41	3	24	30	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231088--231135	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
243815--243859	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
245544--245610	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
248740--248784	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
249120--249178	24	2.5	24	76	18	68	38	5	18	37	1.73
250473--250539	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
251422--251491	29	2.4	30	87	2	106	47	14	5	32	1.68
251397--251896	137	3.7	136	84	5	614	42	12	10	34	1.77
251559--251635	29	2.6	29	89	2	109	45	14	7	32	1.73
251572--251635	29	2.2	29	94	0	110	45	12	7	34	1.71
251721--251772	17	3.4	17	67	25	51	46	11	7	34	1.69
251703--251772	29	2.4	30	90	7	108	45	11	8	34	1.71
251835--251950	29	4.0	29	71	5	117	42	15	6	35	1.74
254610--254686	30	2.6	30	81	2	84	25	7	27	38	1.83
262837--262869	12	2.8	12	86	13	50	33	0	0	66	0.92
265010--265050	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
272699--272749	6	8.5	6	100	0	102	33	33	0	33	1.58
283660--283723	32	2.0	32	100	0	128	28	18	21	31	1.97
286130--286180	24	2.1	24	85	0	66	49	17	13	19	1.80
287924--287983	24	2.5	24	97	0	111	21	0	51	26	1.48
287924--288006	24	3.6	24	82	12	84	25	0	50	24	1.49
289887--289939	24	2.2	24	93	0	88	43	5	32	18	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291702--291745	23	1.9	23	90	0	70	43	18	18	20	1.89
302051--302100	25	2.0	25	100	0	100	36	8	4	52	1.50
303178--303363	20	9.5	20	83	8	195	40	21	18	18	1.91
304216--304269	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
305512--305601	20	4.6	19	83	5	99	47	18	20	13	1.82
305512--305643	19	7.1	19	76	11	139	46	18	21	12	1.83
305650--305731	33	2.4	34	87	2	121	10	20	21	46	1.81
305703--305747	20	2.2	20	88	0	63	13	15	22	48	1.79
306316--306522	40	5.1	40	84	2	263	20	18	23	38	1.94
306315--306522	20	10.3	20	79	4	211	20	18	23	37	1.94
306316--306548	81	2.9	81	84	5	231	20	18	23	37	1.94
306315--306587	121	2.3	121	83	3	336	19	17	23	38	1.93
306535--306587	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
308323--308378	15	3.8	15	90	2	78	55	0	3	41	1.17
308752--308873	60	2.0	61	85	1	165	40	15	11	31	1.83
310276--310317	16	2.6	16	92	7	68	28	26	14	30	1.95
320704--320850	50	3.0	50	85	5	203	31	29	10	27	1.91
327214--327601	187	2.1	186	97	2	726	33	20	17	28	1.95
331123--331199	31	2.5	31	78	2	82	28	31	25	14	1.95
332864--332918	27	2.0	28	96	3	103	40	25	5	29	1.78
347673--347792	58	2.1	56	81	6	134	33	12	7	46	1.70
348369--348409	20	2.0	20	100	0	82	29	29	12	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
348448--348494	20	2.3	20	92	0	76	31	25	19	23	1.98
349042--349090	20	2.5	20	96	0	89	48	22	20	8	1.75
357033--357157	64	2.0	64	83	3	162	34	20	20	25	1.96
357503--357575	24	3.1	24	80	9	71	36	4	23	35	1.74
357517--357552	12	3.0	12	91	0	63	33	5	25	36	1.79
357517--357585	24	2.8	26	83	12	85	37	5	24	31	1.79
364046--364222	64	2.8	63	78	8	187	33	22	19	24	1.97
370835--370889	20	2.7	20	94	2	92	49	18	18	14	1.80
373349--373690	172	2.0	172	99	0	675	26	16	22	33	1.96
374193--374291	42	2.4	42	78	0	117	30	35	16	18	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6