genome.fa.s8559.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008559.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111466_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  490547

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 306 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196--512	93	3.4	93	96	1	582	22	13	18	45	1.84
672--730	19	3.4	19	75	22	74	49	30	13	6	1.68
608--730	33	3.7	33	89	3	167	46	27	17	8	1.77
624--719	14	6.3	14	72	20	68	47	26	18	7	1.74
726--867	19	7.8	19	80	9	161	9	20	23	46	1.80
731--867	52	2.5	53	88	6	188	9	19	23	47	1.78
1950--1984	16	2.1	17	94	5	63	17	2	28	51	1.59
2711--2746	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2855--2950	20	5.2	19	84	13	130	45	16	23	13	1.83
2855--2968	54	2.2	53	96	3	212	43	17	25	13	1.85
2960--3192	72	3.2	71	82	13	248	15	23	16	45	1.85
2965--3234	105	2.6	109	91	7	434	14	22	17	45	1.84
2987--3220	72	3.3	72	80	10	288	14	21	17	46	1.84
2965--3234	53	5.1	52	89	8	406	14	22	17	45	1.84
5507--5531	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
6442--6670	20	11.4	20	85	1	235	19	17	25	37	1.94
8092--8131	21	2.0	21	85	5	55	37	7	5	50	1.53
8431--8554	50	2.5	50	80	5	144	14	34	28	22	1.93
8840--9061	111	2.0	111	92	1	374	35	8	11	44	1.72
10569--10608	18	2.2	18	100	0	80	25	32	22	20	1.98
14859--14956	50	2.0	50	83	0	124	22	28	32	16	1.95
15136--15180	20	2.2	20	92	0	72	20	4	22	53	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15650--15877	20	11.4	20	76	15	161	39	22	15	22	1.92
15625--15776	60	2.5	59	79	12	191	40	21	15	21	1.90
15650--15905	20	12.8	21	75	14	143	37	22	15	24	1.93
19119--19154	18	2.0	18	94	0	63	55	25	2	16	1.55
19561--19594	14	2.4	14	100	0	68	47	20	0	32	1.51
20983--21101	21	5.7	21	81	6	98	26	20	33	20	1.97
20983--21076	42	2.2	42	84	3	118	25	21	34	19	1.96
21007--21105	42	2.4	42	85	0	135	25	19	35	20	1.95
21245--21294	4	12.5	4	82	0	64	68	4	2	26	1.18
21425--21564	63	2.2	63	78	6	158	30	35	13	21	1.92
23279--23316	20	1.9	20	94	0	67	50	21	18	10	1.76
23901--24074	20	8.7	20	74	9	142	19	13	22	44	1.85
23900--24074	40	4.4	40	78	8	185	19	13	22	44	1.85
23898--24074	60	3.0	61	79	11	213	19	12	22	45	1.84
23900--24115	60	3.6	59	73	15	183	20	12	25	41	1.88
24083--24131	19	2.5	19	86	3	62	20	12	32	34	1.90
24621--24664	23	1.9	24	86	9	65	47	4	2	45	1.35
24777--24841	34	1.9	34	83	0	85	12	9	20	58	1.61
27157--27231	26	2.9	27	94	4	120	9	20	26	44	1.81
28908--28963	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
30739--30763	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
32130--32160	11	2.8	11	90	0	53	0	12	64	22	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32323--32360	17	2.2	17	95	0	67	78	0	2	18	0.86
32322--32360	9	4.4	9	90	6	62	79	0	2	17	0.84
32343--32406	33	1.9	34	96	3	121	64	0	0	35	0.94
32393--32422	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
33301--33412	60	1.9	59	85	5	154	34	13	18	33	1.90
34003--34065	31	2.2	28	81	15	76	28	25	23	22	1.99
36001--36062	29	2.1	29	90	0	97	32	11	17	38	1.85
35955--36121	88	1.9	89	85	6	232	34	13	16	34	1.89
39265--39358	31	3.0	30	75	6	98	48	6	4	40	1.48
43835--43871	6	6.2	6	100	0	74	0	0	67	32	0.91
44427--44489	23	2.6	24	78	19	60	50	1	0	47	1.10
44461--44507	22	2.1	23	88	4	69	44	2	0	53	1.12
44455--44534	32	2.5	32	80	14	92	47	2	0	50	1.14
44587--44678	27	3.3	27	72	17	73	46	1	2	50	1.20
44679--44723	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
45068--45140	14	5.1	15	78	8	62	36	16	6	39	1.75
45070--45128	14	4.1	14	80	4	64	35	16	5	42	1.71
46211--46242	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
49129--49172	21	2.1	21	86	0	61	29	4	0	65	1.12
52473--52524	18	2.9	18	77	2	61	53	7	0	38	1.30
54445--54473	14	2.0	15	93	6	51	48	0	34	17	1.47
62788--62827	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67597--67644	18	2.5	19	83	12	55	33	12	29	25	1.92
67689--67764	22	3.5	22	73	7	84	34	17	19	28	1.94
67710--67781	20	3.5	20	73	14	74	30	18	26	25	1.98
67689--67781	42	2.2	42	94	0	159	32	17	23	26	1.96
68098--68624	54	9.8	54	84	3	597	34	20	16	28	1.94
68097--68624	162	3.3	160	82	3	659	34	20	16	28	1.95
68415--68501	29	3.1	28	65	24	67	35	22	16	25	1.94
68734--68916	45	4.1	45	86	0	258	43	12	22	21	1.86
73573--73614	18	2.4	17	81	14	50	2	26	4	66	1.23
77345--77449	37	2.8	37	82	0	129	39	16	13	31	1.87
77995--78020	13	2.0	13	100	0	52	23	7	0	69	1.14
78029--78053	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
78178--78237	25	2.3	28	81	16	67	30	1	0	68	0.99
78342--78371	15	2.0	15	93	0	51	23	6	0	70	1.11
78339--78378	19	2.0	20	85	4	55	22	10	0	67	1.20
80304--80376	29	2.4	30	75	4	76	27	15	8	49	1.72
88659--88713	3	18.7	3	84	3	67	58	5	0	36	1.21
89743--89799	28	2.0	28	100	0	114	54	14	10	21	1.69
91226--91281	29	1.9	29	82	7	69	30	14	7	48	1.70
92073--92129	27	2.1	27	100	0	114	36	21	7	35	1.80
98371--98404	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
101919--101964	20	2.2	20	92	3	74	65	10	4	19	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102806--102830	11	2.3	11	100	0	50	48	0	24	28	1.52
102922--102966	23	2.0	23	90	0	72	40	8	17	33	1.81
102997--103056	23	2.6	23	83	0	66	40	6	18	35	1.77
102888--103131	87	2.8	87	92	0	407	42	9	14	33	1.79
103242--103762	198	2.6	199	91	1	794	31	15	13	39	1.86
103888--103960	14	5.3	14	70	14	53	49	1	1	47	1.18
103888--103956	28	2.5	28	75	15	72	50	1	1	46	1.19
104639--104729	30	3.1	30	80	10	82	50	1	1	47	1.15
104647--104748	14	7.2	14	70	11	57	48	1	0	49	1.19
104661--104729	28	2.5	28	74	6	70	49	1	1	47	1.19
104712--104756	14	3.1	15	84	6	58	55	2	0	42	1.12
104765--104816	24	2.2	24	80	16	65	38	0	5	55	1.24
105054--105248	87	2.2	87	94	0	336	31	13	10	44	1.79
105247--105332	23	3.7	23	93	0	145	37	20	5	36	1.77
107162--107267	29	3.6	29	85	2	131	37	7	1	52	1.41
108934--109027	29	3.3	26	79	18	100	40	6	1	52	1.34
108925--109012	24	3.5	24	77	17	79	37	7	1	53	1.38
109961--110014	27	2.0	27	100	0	108	22	7	22	48	1.75
118797--118849	3	18.0	3	92	3	90	35	0	0	64	0.94
120570--120639	31	2.1	33	82	12	81	25	0	10	64	1.25
125402--127066	4	421.8	4	96	3	2991	25	0	25	49	1.56
129909--129978	17	4.0	17	77	18	56	75	2	15	5	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129910--129987	9	8.6	8	75	18	57	76	2	16	3	1.04
129929--129986	17	3.3	17	79	18	57	77	1	17	3	0.99
131668--131767	46	2.3	42	81	13	107	24	32	19	25	1.98
131790--131915	52	2.4	52	94	0	216	29	23	14	32	1.94
132152--132193	3	14.3	3	85	5	59	38	0	0	61	0.96
146148--146175	8	3.5	8	100	0	56	39	0	10	50	1.37
149673--149724	8	6.5	8	88	6	70	82	0	5	11	0.82
149673--149724	15	3.2	16	86	8	79	82	0	5	11	0.82
150650--151147	55	9.1	55	92	0	829	32	16	23	27	1.96
167367--167404	18	2.1	18	100	0	76	39	39	10	10	1.74

Tables:   1   2   3