genome.fa.s8559.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008559.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111466_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  490547

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 306 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176609--177112	198	2.5	195	82	8	577	32	16	12	37	1.87
176609--177236	198	3.1	199	80	6	544	32	15	13	39	1.86
177970--178005	18	2.0	18	94	0	63	47	16	25	11	1.79
178629--179423	199	4.0	199	86	4	1055	28	13	15	42	1.86
178633--179423	398	2.0	400	88	2	1178	28	13	15	41	1.86
185086--185122	19	1.9	19	89	10	58	0	21	2	75	0.92
187517--187558	15	2.9	14	86	10	57	30	2	45	21	1.65
187844--187889	21	2.2	21	84	0	56	43	10	17	28	1.82
187855--187904	21	2.4	21	93	0	82	36	14	20	30	1.91
187993--188471	181	2.6	180	90	2	733	26	15	12	45	1.82
188310--188626	158	2.0	159	85	4	431	27	13	13	45	1.81
188473--189333	181	4.8	181	83	4	1001	27	14	13	44	1.82
188473--189314	363	2.3	361	82	5	1024	27	14	13	44	1.82
189262--189300	20	1.9	21	94	5	71	12	15	25	46	1.81
193461--193530	28	2.4	29	95	2	124	38	5	8	47	1.58
194303--194335	16	2.1	16	100	0	66	36	18	12	33	1.88
196211--196256	14	3.3	14	84	0	65	8	10	26	54	1.64
197000--197058	10	6.7	10	71	28	62	8	11	22	57	1.61
197006--197054	16	3.1	16	100	0	98	6	12	24	57	1.58
197000--197058	26	2.3	26	85	5	75	8	11	22	57	1.61
197124--197156	16	2.1	16	94	0	57	9	12	21	57	1.62
198458--198495	2	20.0	2	89	10	62	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202474--202879	54	7.6	54	85	1	546	34	20	16	27	1.95
202474--202876	107	3.8	108	88	1	567	35	20	16	27	1.94
202474--202879	161	2.5	161	90	0	634	34	20	16	27	1.95
209485--209945	54	8.6	54	86	2	565	32	19	17	29	1.95
209485--209945	108	4.3	108	89	1	667	32	19	17	29	1.95
209485--209945	162	2.9	161	88	1	672	32	19	17	29	1.95
210292--210489	94	2.1	95	88	0	290	28	25	14	31	1.95
221240--221277	18	2.1	18	95	0	67	39	18	15	26	1.91
222068--222136	12	5.9	11	77	9	57	78	5	1	14	1.01
222103--222136	6	5.7	6	86	13	52	85	2	0	11	0.71
222068--222137	22	3.0	23	79	10	79	77	5	1	15	1.03
222068--222136	24	2.9	24	75	16	72	78	5	1	14	1.01
228868--229006	35	3.9	35	83	3	181	20	22	17	38	1.93
228868--229011	71	2.0	71	90	0	225	20	22	17	40	1.91
231246--231322	36	2.2	36	90	2	120	32	24	23	19	1.97
231257--231332	35	2.1	36	85	2	100	35	25	22	17	1.95
231479--231523	21	2.1	21	100	0	90	15	0	42	42	1.47
235443--235496	24	2.2	24	86	0	72	38	20	18	22	1.93
236257--236386	41	3.2	42	84	5	160	22	20	26	30	1.98
236232--236366	20	6.7	20	84	5	146	23	19	25	31	1.98
236395--236447	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
244902--244939	10	4.0	10	80	13	53	81	0	0	18	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249072--249128	26	2.2	26	100	0	114	21	15	19	43	1.87
249543--249576	17	2.0	17	88	0	50	23	0	2	73	0.97
256916--256973	30	1.9	30	92	0	98	43	5	8	43	1.57
256994--257381	22	17.7	22	90	2	602	48	10	0	39	1.40
258938--258981	21	2.2	20	84	12	54	25	4	0	70	1.06
263091--263125	14	2.5	14	90	0	52	42	8	11	37	1.72
267927--268048	32	3.9	32	81	7	162	24	18	18	39	1.92
267887--268030	64	2.3	61	78	5	146	27	18	15	38	1.90
270723--270991	36	7.5	36	89	2	348	19	22	24	33	1.97
275864--275921	2	29.5	2	81	16	59	43	3	1	51	1.28
286075--286120	19	2.4	19	85	7	58	13	10	0	76	1.03
288523--288574	18	2.9	18	88	0	86	32	32	17	17	1.93
289349--289386	20	1.9	20	94	0	67	23	23	18	34	1.96
298079--298378	54	5.6	54	88	0	411	32	21	18	27	1.97
298803--298847	22	2.0	23	86	4	65	24	31	13	31	1.93
298738--298929	95	2.0	96	87	1	278	26	26	16	31	1.96
304989--305273	54	5.3	54	80	5	234	31	20	18	29	1.96
305010--305273	108	2.4	108	87	1	395	32	19	18	29	1.96
305626--305803	95	1.9	95	83	0	230	26	25	15	32	1.96
308382--308544	60	2.8	58	78	10	179	17	23	27	30	1.97
310831--311021	65	2.9	64	80	6	206	31	15	20	31	1.94
311645--311693	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313141--313174	12	2.8	12	90	4	50	44	5	11	38	1.65
313652--313754	44	2.4	43	86	1	143	24	18	24	33	1.97
315749--315773	12	2.1	12	100	0	50	24	32	16	28	1.96
317417--317456	20	2.0	21	85	5	55	25	17	10	47	1.78
319546--319738	65	2.9	64	82	6	208	30	17	22	30	1.97
320603--320749	41	3.6	41	68	17	117	31	21	17	30	1.96
322267--322314	23	2.2	23	85	7	64	31	4	0	64	1.12
322412--322458	24	2.0	24	82	0	58	65	2	0	31	1.04
322402--322483	30	2.8	28	80	14	76	63	2	2	31	1.20
322692--322725	17	2.0	17	88	11	52	64	2	0	32	1.08
326150--326312	87	1.9	87	96	0	299	41	10	15	33	1.81
329657--330227	183	3.1	183	95	1	1011	33	16	14	35	1.89
331437--331478	3	14.0	3	84	0	57	26	33	2	38	1.69
331438--331495	12	4.8	12	89	0	71	22	32	5	39	1.76
331438--331495	6	9.7	6	86	0	62	22	32	5	39	1.76
332990--335350	200	11.8	200	96	0	4301	30	19	14	35	1.91
335576--335636	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
335588--335636	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
337427--337492	33	2.0	33	84	0	87	24	46	1	27	1.61
337526--337590	21	3.1	21	93	0	103	16	30	10	41	1.83
340000--340046	20	2.4	19	79	10	58	21	17	8	53	1.70
339786--340258	181	2.6	182	89	0	705	27	16	13	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
340412--340444	11	3.0	11	100	0	66	27	18	18	36	1.94
340935--341052	58	2.0	59	81	4	141	34	19	17	27	1.95
343588--343730	35	4.0	35	90	3	196	19	40	13	25	1.89
343878--343940	22	2.7	23	71	11	58	66	0	28	4	1.12
343913--343988	20	3.8	20	78	7	82	67	0	30	2	1.05
343914--344015	20	4.9	20	76	13	75	67	0	28	3	1.08
346595--346901	93	3.4	92	93	2	523	47	4	20	27	1.69
360259--360319	21	3.0	22	78	19	62	44	3	0	52	1.17
361303--361422	32	3.4	32	66	28	82	60	12	1	25	1.41
361272--361481	76	2.8	76	96	1	386	59	12	1	26	1.41
361334--361466	44	3.3	44	67	28	139	57	14	0	27	1.43
362235--362283	22	2.2	22	96	0	89	51	6	20	22	1.69
363468--363562	22	4.3	23	67	14	65	72	1	4	22	1.08
363468--363562	28	3.4	28	74	8	88	72	1	4	22	1.08
363525--363571	22	2.2	21	88	3	67	74	2	6	17	1.12
369116--369161	23	1.9	25	91	8	78	69	2	0	28	1.00
369230--369263	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
369888--370079	76	2.5	76	96	0	348	58	13	1	27	1.44
369932--370064	44	3.3	44	66	28	121	56	15	0	27	1.44
370597--370900	124	2.5	123	81	2	349	24	23	21	31	1.98
371911--372025	32	3.6	32	98	0	221	27	27	10	33	1.90
377655--377717	2	31.5	2	100	0	126	50	0	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
378216--378253	20	1.9	20	88	0	58	13	26	36	23	1.91
382060--382099	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
386065--386518	241	1.9	241	90	0	730	27	25	13	33	1.94
391243--391275	17	1.9	17	93	0	57	27	39	18	15	1.90
391299--391360	28	2.2	28	94	0	106	25	24	17	32	1.97
391385--391433	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
396167--396237	37	1.9	37	86	11	101	61	2	14	21	1.44
396415--396442	8	3.5	8	100	0	56	50	14	0	35	1.43
401741--402280	42	12.9	42	89	3	599	35	24	19	20	1.95
402039--402336	42	7.1	42	82	11	330	34	23	20	21	1.96

Tables:   1   2   3