genome.fa.s8577.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008577.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111506_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1329373

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4538--4574	19	1.9	19	94	0	65	21	24	13	40	1.89
7442--7564	60	2.0	61	81	10	146	30	21	8	39	1.82
7696--7873	59	3.0	59	78	4	189	41	5	20	33	1.76
8392--8427	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
8531--8833	30	10.1	30	75	11	164	38	7	1	52	1.41
8531--8819	89	3.2	89	77	8	228	37	7	2	52	1.42
11669--11696	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
17889--17932	2	22.0	2	95	0	79	47	0	0	52	1.00
20229--20268	20	2.0	20	85	4	55	20	20	2	57	1.52
22442--22508	21	3.2	21	65	4	64	20	16	17	44	1.86
38044--38094	26	2.0	26	88	7	77	37	3	7	50	1.50
45636--45680	22	2.0	22	95	0	81	40	4	4	51	1.42
46542--46573	15	2.1	15	94	0	55	25	6	31	37	1.81
47518--47558	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
69106--69144	19	2.0	21	90	10	64	66	0	2	30	1.05
70634--71304	338	2.0	332	90	3	1042	43	8	5	42	1.57
73100--73131	2	16.0	2	93	0	55	46	0	3	50	1.17
76513--76633	35	3.2	35	67	20	100	32	10	9	47	1.71
76493--76655	78	2.1	78	98	0	317	34	10	8	46	1.69
78965--79017	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
82600--82655	24	2.3	23	76	11	58	32	7	0	60	1.24
93842--93871	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95991--96044	21	2.6	21	96	0	99	25	16	27	29	1.97
96033--96203	20	8.4	20	76	11	134	13	22	22	40	1.89
96089--96167	22	3.7	22	72	13	76	17	20	25	36	1.94
96076--96187	41	2.7	41	87	8	163	15	21	24	39	1.91
96275--96305	6	5.2	6	100	0	62	35	48	16	0	1.46
96786--96827	6	7.0	6	94	0	75	0	16	47	35	1.47
96962--97038	22	3.7	21	77	5	93	38	23	20	16	1.92
101005--101084	41	1.9	42	89	2	126	25	2	8	63	1.35
101051--101106	27	2.0	27	83	10	69	26	0	10	62	1.28
105369--105444	29	2.6	29	100	0	152	19	44	25	10	1.82
105460--105506	14	3.4	14	87	0	67	25	40	25	8	1.84
105512--105568	10	5.4	10	74	12	51	26	26	40	7	1.81
105498--105572	33	2.3	33	95	0	132	26	26	38	8	1.84
105639--105726	10	8.5	10	70	7	59	9	31	31	27	1.88
105639--105726	20	4.2	20	80	8	95	9	31	31	27	1.88
105791--105863	29	2.5	30	88	4	112	15	27	36	20	1.92
111212--111252	21	2.0	21	85	0	55	46	0	0	53	1.00
112587--112631	18	2.4	19	82	14	58	37	0	6	55	1.26
113098--113138	17	2.7	15	85	14	50	36	2	0	60	1.10
118322--118361	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
123239--123273	12	2.7	13	87	12	54	28	0	0	71	0.86
128905--128986	29	2.8	29	84	1	110	35	13	12	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130144--130173	15	2.0	15	93	0	51	56	30	0	13	1.37
131760--131800	18	2.3	18	95	0	73	36	43	0	19	1.51
133496--133576	29	2.8	29	96	1	144	32	14	12	40	1.83
133958--134037	28	3.0	27	82	10	87	32	1	2	63	1.15
134672--134888	81	2.6	84	91	6	352	29	11	27	31	1.92
136309--136337	13	2.2	13	100	0	58	6	62	31	0	1.22
136591--136629	1	39.0	1	84	0	51	0	5	2	92	0.46
137014--137184	3	56.7	3	79	12	190	61	1	1	36	1.11
137473--138460	221	4.5	224	86	6	1273	28	19	14	37	1.91
137473--138460	113	8.9	112	87	5	1273	28	19	14	37	1.91
138863--138917	22	2.5	22	87	0	83	36	14	14	34	1.87
141480--141659	82	2.2	82	90	4	283	36	21	13	28	1.91
143280--143341	32	1.9	32	96	0	115	19	17	19	43	1.88
147163--147215	14	3.7	14	82	2	52	50	9	16	22	1.74
150208--150236	13	2.2	13	100	0	58	6	62	31	0	1.22
150931--151104	3	58.7	3	85	4	237	60	1	1	36	1.14
151667--151705	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
155342--155386	23	2.0	23	82	8	56	53	2	2	42	1.25
169411--169470	31	1.9	31	86	6	86	43	10	1	45	1.47
169619--169647	6	4.8	6	100	0	58	0	31	0	68	0.89
171043--171085	10	4.1	10	91	8	68	60	0	39	0	0.97
176737--176786	24	2.1	24	92	0	82	26	2	16	56	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178882--178937	23	2.4	23	81	0	58	26	16	14	42	1.86
182258--182318	29	2.1	29	81	0	68	40	4	16	37	1.70
183171--183222	26	2.0	26	96	0	95	42	40	0	17	1.49
190070--190095	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
190213--190239	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
190399--190441	21	2.0	21	81	0	50	20	11	20	46	1.82
197635--197668	15	2.3	15	89	0	50	55	2	8	32	1.45
206787--206854	3	22.3	3	75	19	61	67	0	0	32	0.91
206798--206855	21	2.8	21	94	2	100	70	0	0	29	0.87
207124--207369	43	5.7	44	74	12	174	24	19	30	25	1.98
207124--207379	40	6.0	45	73	15	186	24	19	31	25	1.98
207042--207385	129	2.7	128	88	2	474	24	20	29	25	1.99
207398--207494	28	3.4	28	80	15	83	46	12	15	25	1.81
207418--207494	28	2.6	28	82	17	95	46	11	15	25	1.80
207496--207685	66	2.9	64	72	7	159	37	14	18	29	1.90
208430--208555	67	1.9	66	85	8	175	47	10	13	28	1.75
208509--208572	30	2.1	30	94	0	110	40	14	9	35	1.78
208504--208581	30	2.7	29	82	11	97	44	15	7	32	1.75
208560--208663	52	2.0	53	94	3	183	36	17	13	32	1.89
208659--208782	29	4.4	28	84	5	153	46	13	9	29	1.75
209778--209858	4	20.2	4	77	14	78	23	1	24	50	1.56
213402--213461	30	2.0	31	83	9	79	56	11	16	15	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217108--217161	17	3.2	17	82	10	67	70	0	0	29	0.88
226146--226178	14	2.2	16	89	10	52	27	36	0	36	1.57
233283--233342	30	2.0	30	90	3	93	55	11	11	21	1.68
233282--233358	32	2.4	33	82	12	97	49	11	14	24	1.76
236011--236041	16	1.9	16	100	0	62	58	19	12	9	1.62
236108--236146	16	2.4	16	95	0	69	56	20	15	7	1.63
237052--237100	14	3.5	14	88	0	71	59	10	12	18	1.60
238322--238804	210	2.3	210	83	4	598	31	12	25	30	1.92
247474--247527	23	2.4	24	79	17	62	55	3	9	31	1.49
254119--254301	60	3.1	59	79	7	174	40	6	20	32	1.78
257959--257985	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
260952--261033	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
265584--265665	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
270939--270996	25	2.3	26	82	8	75	39	1	10	48	1.48
270958--271005	25	1.9	25	87	8	71	39	2	10	47	1.49
271038--271079	15	3.0	14	86	6	50	42	4	0	52	1.22
273048--273099	20	2.6	20	93	0	86	30	9	7	51	1.62
273092--273177	26	3.4	25	76	10	79	45	6	3	44	1.47
273300--273352	13	4.6	12	84	11	58	43	7	0	49	1.31
277563--277695	61	2.2	61	85	5	162	44	4	2	48	1.35
278389--278432	21	2.1	21	91	0	70	38	2	0	59	1.10
278458--278503	21	2.2	21	88	0	65	63	6	10	19	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279309--279347	16	2.4	16	86	0	51	41	0	0	58	0.98
287250--287350	5	18.8	5	73	17	69	9	22	48	18	1.78
287247--287350	22	4.8	22	92	2	183	11	23	47	18	1.81
287277--287351	17	3.9	17	73	26	69	12	22	46	18	1.82
287247--287345	43	2.3	44	94	1	173	12	23	46	18	1.82
287353--287407	19	2.8	19	78	13	67	27	29	27	16	1.97
293947--294037	33	2.9	33	90	6	136	43	14	6	35	1.71
297599--297640	22	1.9	22	85	9	59	11	11	11	64	1.51
299744--299787	16	2.8	16	93	3	72	20	0	4	75	0.98
310603--310661	27	2.2	27	96	0	109	44	30	8	16	1.78

Tables:   1   2   3   4   5