genome.fa.s8592.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008592.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111541_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  876692

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4087--4151	33	2.0	33	96	0	121	44	7	3	44	1.48
4141--4171	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
10551--10588	17	2.3	17	86	4	51	39	0	0	60	0.97
20834--20875	16	2.6	16	96	0	75	30	14	21	33	1.93
20911--20958	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
21333--21386	23	2.5	20	75	18	54	42	18	1	37	1.61
21348--21410	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
23965--24818	184	4.7	184	97	0	1586	34	16	14	34	1.88
26179--26229	3	17.0	3	83	0	66	25	33	3	37	1.74
26179--26241	12	5.2	12	90	0	81	23	33	6	36	1.80
26183--26244	18	3.4	18	88	0	88	20	33	6	38	1.79
26183--26244	6	10.3	6	83	0	61	20	33	6	38	1.79
27701--29120	199	7.1	200	95	1	2552	32	15	15	37	1.88
29186--29265	38	2.1	38	83	2	99	55	10	2	32	1.47
29202--29265	19	3.4	19	95	0	110	56	9	3	31	1.47
31056--31121	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
33222--33274	24	2.2	24	83	6	63	26	7	13	52	1.66
33583--33629	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
43251--43290	13	2.9	14	85	7	64	35	22	12	30	1.91
44611--44671	31	1.9	32	86	3	88	57	11	6	24	1.57
51857--51888	4	8.0	4	92	0	55	25	3	25	46	1.67
62735--62761	4	6.8	4	100	0	54	77	0	22	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68582--68611	13	2.3	13	94	0	51	36	0	0	63	0.95
69124--69290	60	2.8	60	81	1	183	40	5	20	33	1.77
69872--69909	18	2.1	19	90	5	60	63	5	7	23	1.42
73887--74246	182	2.0	178	95	4	652	31	18	18	31	1.95
75877--75901	12	2.1	12	100	0	50	32	16	44	8	1.76
76081--76146	30	2.2	30	91	0	105	46	7	9	36	1.64
76219--76254	18	2.0	18	88	0	54	36	8	11	44	1.70
76664--76733	27	2.7	27	89	6	101	30	20	17	32	1.95
81094--81170	31	2.5	31	78	2	82	28	31	25	14	1.95
82059--82116	17	3.4	17	95	0	98	15	22	43	18	1.88
82117--82162	9	4.8	10	77	20	53	21	34	26	17	1.95
82112--82164	10	5.5	10	75	8	56	26	33	22	16	1.96
82110--82162	19	2.8	19	97	0	97	22	33	26	16	1.96
89374--89403	7	4.4	7	91	8	53	23	30	30	16	1.96
89378--89403	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
89387--89432	17	2.6	17	82	3	56	19	23	36	19	1.95
92293--92352	21	3.0	20	71	7	52	50	1	0	48	1.11
92380--92482	53	1.9	53	92	0	170	45	0	6	46	1.36
94013--94053	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
98976--99041	30	2.2	30	89	5	98	48	7	7	36	1.60
100393--100552	65	2.5	64	92	3	259	27	18	23	31	1.97
100393--100600	65	3.2	64	86	8	246	26	18	23	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107262--107478	117	1.9	117	81	3	267	27	14	10	47	1.77
108814--108932	57	2.1	57	89	4	179	28	17	21	32	1.96
108944--109004	28	2.2	29	79	8	72	24	16	21	37	1.93
108870--109004	65	2.1	65	80	5	148	28	17	20	34	1.95
114964--115071	39	2.8	38	82	12	123	54	1	0	42	1.17
120094--120142	20	2.5	20	76	3	55	67	0	20	12	1.22
134165--134373	23	9.3	23	73	14	150	39	8	16	35	1.80
134165--134408	133	1.8	133	91	1	409	40	9	15	34	1.79
134768--134814	23	2.0	23	91	0	76	36	19	8	36	1.82
134929--134979	23	2.2	23	89	0	75	35	19	7	37	1.81
134749--135010	87	3.0	87	91	4	422	30	13	12	43	1.80
135334--135396	30	2.1	30	87	0	90	47	6	11	34	1.64
135641--136025	188	2.1	187	97	2	731	32	23	12	31	1.92
136341--136407	22	3.0	22	95	0	125	25	26	28	19	1.99
138012--138057	20	2.3	20	80	0	56	17	23	28	30	1.97
141157--141222	22	3.0	22	93	2	116	24	27	28	19	1.99
142695--142736	21	2.0	21	86	4	59	16	28	26	28	1.97
146224--146461	129	1.8	129	84	3	327	35	15	18	31	1.91
146452--146485	13	2.6	13	100	0	68	17	23	44	14	1.86
150475--150503	12	2.3	13	94	5	51	13	24	41	20	1.89
153471--153518	21	2.4	21	79	6	55	27	50	2	20	1.60
160586--160650	25	2.6	25	95	2	112	21	27	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168946--168984	19	2.1	19	85	0	51	33	2	10	53	1.48
172780--172862	40	2.0	41	88	6	125	13	10	55	20	1.67
172737--172906	85	2.0	84	80	4	189	14	9	52	23	1.70
172868--172969	33	3.1	33	84	0	141	17	9	48	24	1.78
172983--173139	69	2.3	70	76	4	158	17	6	49	26	1.71
173180--173258	24	3.2	24	64	22	63	17	15	40	26	1.89
173135--173317	51	3.6	51	92	0	276	18	13	41	26	1.88
175923--176407	248	2.0	241	94	4	848	28	16	18	36	1.93
181055--181081	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
187777--187831	27	2.1	27	90	9	89	32	0	1	65	1.03
190049--190155	53	2.0	55	96	3	200	42	8	16	31	1.78
192479--192505	14	1.9	14	100	0	54	22	18	22	37	1.95
192658--192688	15	2.1	15	100	0	62	19	19	25	35	1.95
193022--193146	62	2.0	62	96	3	234	24	15	16	44	1.86
193306--193399	49	1.9	49	95	0	170	29	21	25	23	1.99
200784--200808	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51
202264--202324	10	6.9	9	78	12	56	37	0	0	62	0.96
202287--202325	18	2.1	18	90	4	60	33	0	0	66	0.92
203377--203434	21	2.8	21	74	10	64	13	27	34	24	1.93
213075--213461	84	4.7	84	78	6	340	25	19	25	29	1.98
213298--213450	81	1.9	80	84	1	207	24	22	24	28	2.00
213673--214937	106	11.9	106	92	0	2064	23	18	24	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221438--221477	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
224530--224568	20	2.1	18	90	9	60	30	17	12	38	1.88
226096--226241	58	2.5	59	82	7	170	28	17	4	49	1.67
226133--226285	58	2.6	58	80	5	157	30	15	4	49	1.65
242678--242806	60	2.2	60	80	9	147	39	19	11	29	1.87
244066--244092	12	2.2	12	100	0	54	14	7	25	51	1.68
248136--248169	6	6.0	6	90	10	54	17	35	29	17	1.93
248136--248169	11	3.0	11	91	8	59	17	35	29	17	1.93
249122--249161	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
251562--251608	2	23.0	2	95	4	85	48	0	2	48	1.13
255845--255926	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
260617--260698	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
263244--263273	15	2.0	15	100	0	60	13	20	33	33	1.91
264408--264484	22	3.5	21	70	7	55	31	16	20	31	1.95
267579--267752	20	8.6	20	87	5	244	33	28	18	18	1.95
267500--267751	60	4.2	60	81	7	201	36	27	17	17	1.93
268132--268202	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
268282--268388	21	5.6	20	73	17	102	46	18	21	13	1.83
268343--268399	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
268336--268415	33	2.4	33	95	0	142	47	22	21	8	1.78
268411--268538	19	7.1	19	71	19	87	10	25	18	45	1.82
268433--268489	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268416--268538	33	3.5	33	88	10	165	10	24	18	46	1.81
268474--268538	21	3.1	21	82	4	96	10	26	15	47	1.78
270221--270535	93	3.4	93	99	0	614	22	13	19	45	1.85
270651--270707	14	3.7	14	72	20	51	43	24	22	8	1.81
270665--270755	19	5.3	18	71	24	63	46	28	17	7	1.76
270633--270755	33	3.7	33	91	1	183	45	27	17	8	1.79
270682--270740	14	3.9	14	76	20	64	47	28	16	6	1.72
270755--270844	14	5.7	14	72	23	63	11	22	22	44	1.84
270769--270938	19	9.4	19	74	13	144	10	18	24	46	1.81
270752--270863	33	3.4	33	96	0	197	10	22	22	44	1.83

Tables:   1   2   3   4