genome.fa.s8592.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008592.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111541_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  876692

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
573723--573842	29	4.0	30	68	17	77	61	0	4	34	1.15
573747--573851	29	3.8	28	76	15	92	57	0	4	38	1.20
573749--573866	29	4.2	28	72	20	86	58	0	5	36	1.20
576952--576976	12	2.1	12	100	0	50	48	8	8	36	1.62
590259--590298	20	2.0	21	85	14	57	32	12	10	45	1.75
603696--603769	37	2.0	36	84	7	96	48	4	1	45	1.29
604278--604338	30	2.1	29	90	3	95	29	11	14	44	1.81
606570--606625	23	2.4	24	82	14	73	32	12	14	41	1.83
606788--606863	36	2.1	36	80	9	84	44	13	19	22	1.85
606806--606863	12	4.8	12	76	0	53	46	12	18	22	1.82
606796--606852	24	2.4	24	81	0	69	45	12	17	24	1.83
609692--609759	34	2.0	34	94	0	118	35	16	22	26	1.94
614635--614723	20	4.6	20	76	8	94	12	24	21	41	1.87
614610--614704	37	2.4	38	86	8	129	17	22	21	38	1.93
614715--614830	22	5.4	22	83	6	166	18	18	25	37	1.94
614697--614852	41	3.7	41	82	7	197	18	18	23	39	1.92
615580--615647	19	3.4	19	73	11	73	41	22	17	19	1.91
618375--618553	21	8.6	21	85	4	229	31	24	21	22	1.98
618394--618593	62	3.2	62	92	3	314	30	23	22	24	1.99
618394--618594	21	9.7	21	80	13	127	30	22	22	24	1.99
619224--619249	6	4.3	6	100	0	52	0	15	50	34	1.45
619246--619270	6	4.2	6	100	0	50	32	0	32	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
619386--619459	21	3.5	21	87	3	96	22	22	27	27	2.00
620380--620461	41	2.0	41	92	4	139	37	14	13	34	1.85
621412--621447	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
626464--626503	18	2.2	19	86	13	57	75	2	0	22	0.93
627551--627599	22	2.2	22	92	0	89	34	4	14	46	1.63
629728--629760	4	8.2	4	100	0	66	72	0	0	27	0.85
632202--632431	121	1.9	120	91	2	381	43	10	3	42	1.56
632673--632719	24	2.0	24	83	8	60	59	2	6	31	1.34
632697--632721	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
634636--634688	28	1.9	29	85	11	76	35	1	3	58	1.27
634502--635255	377	2.0	377	95	0	1357	37	8	21	31	1.84
639382--639411	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
641566--641620	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
642495--642519	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
648978--649005	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
651647--651912	128	2.1	128	82	8	319	40	17	12	29	1.87
671523--671547	6	4.2	6	100	0	50	32	16	36	16	1.90
676644--676705	22	2.8	22	82	4	72	19	33	6	40	1.77
676799--676852	21	2.5	22	76	8	67	75	7	3	12	1.14
676885--676917	15	2.1	16	88	5	50	39	0	0	60	0.97
678210--678280	12	5.9	12	84	0	88	5	7	70	16	1.29
678216--678285	24	2.9	24	93	0	113	5	5	71	17	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
678228--678285	6	9.7	6	76	0	53	6	5	72	15	1.24
679596--679694	46	2.2	46	94	1	173	38	11	18	32	1.86
686232--686292	27	2.3	26	83	5	70	50	3	1	44	1.28
703884--703928	20	2.2	20	84	7	56	22	15	26	35	1.94
711234--711293	30	2.0	30	96	0	111	16	31	10	41	1.81
720332--720443	24	4.7	24	85	4	127	27	9	19	42	1.83
720297--720443	48	3.0	47	77	4	150	28	9	17	44	1.80
729715--729806	45	2.0	46	93	6	161	31	11	26	30	1.92
731435--731669	34	6.7	34	72	18	171	47	4	3	44	1.40
731455--731725	35	7.8	34	75	15	175	47	4	4	44	1.42
731621--731723	32	3.2	30	76	15	91	44	1	4	48	1.35
731636--731723	32	2.7	33	79	11	101	47	2	5	44	1.39
731721--731775	19	2.8	19	72	10	58	47	1	7	43	1.41
731771--731796	13	2.0	13	100	0	52	15	0	7	76	0.99
733136--733172	16	2.4	15	90	4	56	13	8	0	78	0.96
733185--733251	13	4.7	13	73	23	55	17	4	1	76	1.04
736735--736779	23	1.9	24	90	4	74	42	20	15	22	1.89
737978--738014	17	2.1	19	85	10	51	48	0	5	45	1.25
743083--743121	17	2.2	17	86	4	51	35	10	25	28	1.89
743451--744196	252	3.0	247	84	10	959	41	18	11	29	1.84
749309--749350	20	2.1	20	100	0	84	19	23	11	45	1.83
749313--749357	20	2.3	20	92	3	74	24	24	6	44	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
749321--749364	19	2.2	20	84	4	54	25	29	6	38	1.81
766451--766512	14	4.1	14	73	20	54	66	3	1	29	1.17
766757--766839	33	2.6	31	82	15	100	59	3	4	32	1.36
777899--777974	38	2.1	37	85	7	102	51	7	10	30	1.65
779479--779730	30	8.8	28	79	7	195	37	5	2	54	1.37
779553--779690	59	2.4	57	78	5	145	36	7	2	54	1.40
779711--779798	24	3.4	25	67	21	65	48	1	7	42	1.39
779740--779911	60	2.9	61	80	4	190	52	0	6	39	1.33
779741--779911	90	1.9	89	80	8	195	52	0	7	39	1.33
779740--779911	30	5.8	30	83	4	170	52	0	6	39	1.33
780613--780670	28	2.1	28	100	0	116	36	6	20	36	1.80
791714--791797	17	5.5	15	70	22	50	46	2	3	47	1.32
791719--791813	49	2.0	46	85	10	127	44	3	3	49	1.34
791806--791840	18	2.1	16	89	10	52	40	0	2	57	1.14
792761--792796	18	2.0	18	100	0	72	50	5	11	33	1.61
796303--796327	12	2.1	12	100	0	50	52	0	24	24	1.48
796994--797108	60	1.9	60	85	3	160	34	6	4	53	1.47
797211--797268	17	3.5	17	69	21	59	46	6	5	41	1.53
797195--797348	33	4.5	33	79	12	168	41	6	7	44	1.57
797405--797464	20	3.0	20	83	13	79	48	1	6	43	1.39
797448--797515	33	2.1	33	94	0	118	41	5	10	42	1.63
797494--797602	18	5.7	18	75	19	96	40	6	11	42	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797443--797523	33	2.5	31	86	7	117	40	7	9	41	1.66
797492--797603	42	2.9	37	78	16	127	41	6	10	41	1.65
797624--797673	18	2.8	17	79	8	55	40	8	8	44	1.63
797647--797710	31	2.1	31	91	5	103	50	4	6	39	1.49
797572--797700	61	2.1	58	82	12	145	42	7	7	41	1.62
797749--797782	14	2.4	14	85	0	50	44	35	2	17	1.64
797783--797920	11	12.5	11	65	19	56	48	3	2	45	1.32
797883--797920	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
797962--798022	27	2.2	28	85	2	79	39	6	8	45	1.60
798019--798085	20	3.2	20	77	8	80	44	7	4	43	1.52
797988--798097	20	5.4	20	67	16	57	44	6	3	45	1.46
798122--798918	208	3.8	209	87	6	1064	30	12	7	50	1.67
802247--802290	18	2.4	19	84	3	54	38	0	2	59	1.10
802290--802356	19	3.2	19	70	22	62	50	0	1	47	1.10
802314--802379	32	2.2	31	83	8	82	51	3	1	43	1.26
808476--808629	5	30.6	5	68	23	67	39	0	7	52	1.34
808481--808620	7	20.1	7	71	17	62	40	0	7	51	1.36
808474--808609	14	9.8	14	76	17	117	40	0	7	51	1.35
808473--808629	21	7.6	20	74	17	126	39	0	7	52	1.33
808476--808629	14	10.6	14	70	21	70	39	0	7	52	1.34
809678--809901	14	19.1	11	71	21	97	43	2	8	44	1.49
809678--809720	19	2.2	20	91	8	70	46	0	4	48	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
809688--809828	26	5.5	25	83	5	149	43	2	9	44	1.48
809819--809863	21	2.1	22	84	12	58	37	2	8	51	1.46
809870--809911	14	2.8	15	82	10	50	50	4	4	40	1.45
809780--809901	60	2.0	60	83	9	151	42	2	9	45	1.50
812263--812368	30	3.5	30	85	2	131	46	14	1	37	1.55
812268--812321	15	3.6	16	69	20	53	44	14	0	40	1.46
812427--812540	41	2.9	37	75	18	106	45	13	0	40	1.49
812550--812589	21	1.9	21	100	0	80	57	15	0	27	1.38
812688--812794	47	2.2	47	81	8	117	50	11	0	38	1.38
812305--813045	376	2.0	364	86	6	1044	47	12	1	38	1.51

Tables:   1   2   3   4