genome.fa.s8593.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008593.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111542_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1058705

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1350--1429	20	3.9	20	78	10	72	13	25	37	23	1.92
8222--8259	20	2.0	19	85	10	51	42	10	15	31	1.81
7731--8580	183	4.7	184	97	1	1532	34	14	16	34	1.89
7731--8580	364	2.3	366	95	1	1528	34	14	16	34	1.89
11125--11187	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
11125--11197	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
14445--14694	141	1.8	137	81	6	308	38	19	16	26	1.92
26710--26770	3	20.3	3	93	0	104	31	1	1	65	1.12
26886--26982	25	3.9	25	90	6	153	37	20	16	25	1.93
33661--33784	12	10.4	12	73	17	73	71	10	14	3	1.25
33685--33743	19	3.3	19	76	11	61	71	10	16	1	1.22
33660--33777	22	5.0	22	72	12	83	70	11	15	3	1.29
34948--35013	4	17.0	4	81	6	82	46	21	3	28	1.66
35367--35464	36	2.8	36	95	1	171	35	16	11	36	1.84
35587--35820	101	2.3	98	81	10	251	30	19	12	37	1.89
35767--35883	36	3.4	33	82	8	137	33	20	11	35	1.88
35782--35940	33	4.5	36	75	12	125	33	20	9	36	1.85
36162--36262	28	3.7	28	84	7	136	28	8	15	46	1.76
36223--36277	25	2.2	24	81	9	65	30	7	10	50	1.64
36122--36469	147	2.4	146	93	2	587	27	11	14	46	1.79
36310--36408	28	3.7	27	79	13	116	29	9	16	45	1.78
36375--36423	24	2.0	24	84	8	62	26	8	14	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36508--36572	27	2.4	27	89	2	96	30	7	15	46	1.74
36520--36656	62	2.2	63	88	5	197	27	11	14	46	1.79
36525--36673	64	2.4	61	85	6	199	26	12	14	46	1.79
36720--36941	117	1.9	117	82	6	277	29	14	13	42	1.84
36841--36963	63	2.0	61	87	3	174	29	14	12	43	1.82
36945--37024	40	2.0	40	87	4	117	31	20	11	37	1.87
37117--37160	15	2.9	15	93	0	70	31	20	4	43	1.72
37448--37532	35	2.4	36	82	11	104	37	11	11	38	1.79
37396--37534	36	3.9	35	71	10	104	35	12	11	39	1.80
37539--37652	36	3.4	35	71	21	109	22	20	14	42	1.89
37670--37731	28	2.2	28	82	5	81	24	12	12	50	1.76
37809--38131	43	7.5	42	71	13	214	26	30	19	23	1.98
37794--38230	128	3.4	128	89	5	632	26	30	18	24	1.98
38426--38462	3	12.3	3	88	0	56	29	2	2	64	1.21
38578--38673	25	3.9	25	90	1	140	37	17	16	28	1.92
42830--42894	34	1.9	34	100	0	130	32	7	15	44	1.75
43011--43059	25	2.0	25	95	0	89	48	10	12	28	1.73
43188--43233	24	1.9	24	86	0	65	45	19	26	8	1.79
87738--87770	15	2.1	16	88	5	50	75	0	3	21	0.93
88634--88679	22	2.1	22	84	8	58	52	6	0	41	1.27
91038--91096	19	3.2	19	79	15	70	44	3	15	37	1.63
91138--91185	6	7.7	6	77	9	51	56	0	22	20	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91117--91194	13	5.9	13	81	6	77	52	0	23	24	1.47
91224--91305	39	2.1	39	90	2	130	25	7	19	47	1.75
103014--103345	166	2.0	166	100	0	664	25	21	22	30	1.99
103666--103728	33	2.0	32	90	6	101	17	26	20	34	1.95
109748--109779	12	2.6	12	95	5	55	15	21	40	21	1.91
112172--112290	65	1.9	61	84	10	159	26	21	15	36	1.94
112514--112547	17	1.9	18	88	5	52	8	5	5	79	1.05
112768--112806	2	19.5	2	83	0	51	43	2	5	48	1.38
117063--117453	195	2.0	196	97	2	743	35	19	23	21	1.96
123333--123368	1	36.0	1	88	0	54	94	0	5	0	0.31
123333--123374	17	2.5	17	88	3	59	90	0	9	0	0.45
123333--123371	12	3.0	13	92	7	62	92	0	7	0	0.39
123451--123588	47	3.0	47	87	7	187	34	16	30	18	1.94
124209--124691	105	4.6	105	97	1	909	32	24	19	23	1.98
124209--124687	211	2.3	211	97	1	910	32	24	19	23	1.98
124650--124725	24	3.2	24	64	22	61	35	23	22	18	1.96
124642--124739	47	2.1	47	92	7	164	34	23	18	23	1.96
124535--124821	152	1.9	152	94	3	506	33	24	19	23	1.97
126046--126170	63	2.0	63	95	0	223	24	22	16	37	1.93
126385--126418	17	1.9	18	88	5	52	8	5	5	79	1.05
131980--132036	30	1.9	30	85	7	80	31	10	5	52	1.58
132510--132539	15	2.0	15	100	0	60	60	13	6	20	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132763--132838	37	2.1	37	89	0	116	30	15	13	40	1.86
134066--134178	60	1.9	60	83	3	147	38	8	12	39	1.74
135990--136016	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
136570--136600	5	6.2	5	100	0	62	19	0	0	80	0.71
142566--142605	21	1.9	21	100	0	80	17	5	15	62	1.49
146269--147928	8	207.8	8	97	0	2901	47	25	2	25	1.64
148506--148605	48	2.1	48	90	0	155	31	8	25	36	1.85
148805--148829	12	2.1	12	100	0	50	48	8	8	36	1.62
156042--156100	28	2.1	28	100	0	118	27	11	18	42	1.85
158937--158965	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
161803--161844	12	3.5	12	86	0	57	16	9	52	21	1.72
161789--161849	24	2.5	24	81	0	68	16	11	45	26	1.81
161789--161851	12	5.2	12	75	7	56	17	11	46	25	1.81
162214--162253	21	1.9	21	84	0	53	27	10	32	30	1.89
171567--171605	21	1.9	21	89	5	62	35	2	15	46	1.60
176118--176148	16	1.9	16	100	0	62	51	19	9	19	1.74
196761--196789	14	2.1	14	100	0	58	44	20	6	27	1.77
197066--197104	20	1.9	21	85	15	55	35	10	10	43	1.73
202527--202565	18	2.1	19	85	4	53	12	10	7	69	1.37
203072--203172	41	2.4	41	80	8	98	46	6	5	40	1.55
204876--204950	29	2.6	29	84	0	96	18	40	26	14	1.90
204877--204964	29	3.0	29	84	0	95	20	37	30	11	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205021--205050	15	2.0	15	100	0	60	26	26	40	6	1.81
205194--205278	29	2.9	29	83	0	107	12	29	40	17	1.87
206094--206149	29	1.9	29	96	0	103	17	30	28	23	1.97
206208--206292	29	2.9	29	89	0	125	12	34	30	22	1.92
206300--206344	23	2.0	23	100	0	90	11	44	17	26	1.82
210275--210342	33	2.1	33	94	0	118	50	11	16	22	1.77
212652--212700	20	2.5	20	100	0	98	44	14	22	18	1.85
214340--214393	24	2.3	23	87	6	72	42	1	0	55	1.10
214343--214393	23	2.2	24	83	13	72	43	1	0	54	1.11
214355--214408	25	2.2	24	83	9	65	40	3	1	53	1.29
214613--214810	88	2.3	88	93	0	335	34	15	12	37	1.85
221882--221913	14	2.1	16	88	11	50	15	15	18	50	1.79
230869--230932	29	2.2	29	78	10	69	31	12	10	45	1.77
232427--232468	19	2.2	20	86	4	59	54	4	2	38	1.34
233134--233197	3	21.3	3	100	0	128	32	0	0	67	0.91
233467--233540	32	2.4	31	86	6	96	29	1	14	54	1.49
233676--233739	27	2.4	27	86	0	83	56	0	3	40	1.15
233697--233761	25	2.5	27	85	7	82	53	0	4	41	1.21
233697--233786	26	3.4	27	75	15	82	52	0	4	43	1.21
233713--233786	25	3.0	25	80	9	89	51	0	5	43	1.24
234011--234086	31	2.5	31	91	0	125	46	14	11	27	1.80
236929--237105	30	5.8	30	75	11	171	22	24	25	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
236939--237003	33	2.0	33	87	0	94	23	24	24	27	2.00
237036--237085	15	3.3	15	71	0	55	22	24	24	30	1.99
237044--237093	15	3.3	15	71	0	55	26	22	24	28	1.99
236899--237105	60	3.4	60	75	11	206	22	24	24	28	1.99
237082--237337	63	4.1	63	90	2	361	21	25	26	26	1.99
237701--237749	23	2.1	23	100	0	98	24	16	44	14	1.84
242041--242085	21	2.1	21	84	8	56	35	4	0	60	1.17
242316--242356	16	2.5	17	88	7	59	68	2	0	29	1.03
243910--243965	23	2.4	23	96	0	103	28	12	25	33	1.92
244796--244847	9	6.0	9	77	8	54	69	0	0	30	0.89

Tables:   1   2   3   4   5