genome.fa.s8613.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008613.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111569_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  647085

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 443 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173407--173480	32	2.3	32	85	0	94	16	14	24	44	1.85
173529--173571	16	2.7	15	89	7	59	9	11	37	41	1.74
174466--174495	14	2.1	14	93	0	51	36	13	10	40	1.78
174567--174603	19	1.9	19	88	0	56	56	2	0	40	1.13
174621--174672	23	2.3	22	77	9	52	40	1	3	53	1.30
179082--179108	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
179108--179152	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
181429--181579	74	2.1	72	96	2	275	37	15	18	29	1.91
193809--193838	15	2.0	15	93	0	51	63	20	0	16	1.31
199217--199257	8	5.2	8	77	16	50	36	0	26	36	1.57
199217--199259	15	2.8	15	76	16	52	39	0	25	34	1.56
199328--199825	128	3.9	128	96	1	930	23	25	19	32	1.97
200225--200323	33	3.0	33	83	1	126	39	2	4	54	1.31
200843--200936	21	4.5	21	92	5	129	20	26	35	18	1.95
200940--200987	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
202712--202789	33	2.4	32	83	10	97	60	1	0	38	1.05
202747--202818	32	2.2	34	83	11	89	63	5	0	30	1.17
207497--207591	24	4.0	24	73	10	86	22	14	15	47	1.82
209519--209543	12	2.1	12	100	0	50	16	0	24	60	1.36
209621--209669	22	2.2	22	82	17	57	20	2	24	53	1.56
209733--209773	17	2.4	17	88	8	57	14	26	29	29	1.95
209935--213574	607	6.0	607	93	1	5983	33	12	17	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215383--215461	24	3.3	24	75	7	79	25	13	15	45	1.83
216625--216664	19	2.2	18	86	8	55	32	2	7	57	1.40
220681--220774	20	4.8	20	80	8	113	24	27	22	25	2.00
220683--220774	38	2.4	39	81	7	107	25	28	22	23	2.00
222613--222637	13	1.9	13	100	0	50	60	0	40	0	0.97
222905--222958	24	2.2	24	93	0	90	38	18	20	22	1.93
223699--223735	16	2.4	16	86	8	51	64	0	5	29	1.15
223872--223953	18	4.3	20	77	9	91	34	13	20	31	1.91
223872--223956	38	2.2	38	97	0	161	34	12	21	31	1.91
224014--224067	21	2.6	21	85	5	65	33	11	22	33	1.89
224571--225219	323	2.0	322	96	0	1208	35	12	10	40	1.79
225276--225324	25	2.0	25	84	8	64	61	2	2	34	1.19
225880--225910	16	2.0	15	93	6	53	22	0	0	77	0.77
228225--228290	34	1.9	34	90	0	105	37	6	6	50	1.52
228806--228866	21	2.9	21	92	0	86	24	19	34	21	1.96
230474--230507	17	2.0	18	88	11	54	55	2	0	41	1.15
230899--230952	20	2.7	19	75	8	63	33	31	18	16	1.93
230899--231014	21	5.6	21	69	7	58	33	25	18	22	1.96
231002--231254	61	4.2	60	71	14	191	39	23	17	19	1.92
231043--231253	20	10.6	20	73	7	178	38	23	18	19	1.93
231043--231251	41	5.2	41	85	4	284	39	22	17	20	1.92
231732--231773	11	3.8	11	100	0	84	0	9	16	73	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
231732--231773	6	7.5	6	84	15	63	0	9	16	73	1.08
231836--231913	21	3.9	21	75	11	74	53	16	16	12	1.72
231890--231970	33	2.5	33	85	0	108	49	20	18	11	1.78
231966--232123	17	9.1	18	66	22	81	10	22	18	48	1.79
231971--232123	33	4.5	33	88	4	216	10	21	18	49	1.78
232068--232123	18	2.9	20	78	10	62	12	23	17	46	1.82
235283--235317	14	2.5	14	85	0	52	31	0	20	48	1.50
235421--235500	20	4.4	19	72	18	71	45	18	22	13	1.85
235519--235598	19	4.4	19	78	16	98	15	20	18	46	1.84
235517--235651	52	2.5	53	84	8	175	15	22	20	40	1.90
235603--235657	20	2.8	20	94	0	92	21	23	23	30	1.99
235874--235965	19	5.1	19	78	15	104	46	15	21	16	1.83
235969--236056	19	4.8	19	80	16	114	14	21	18	45	1.85
235969--236109	53	2.7	52	86	3	174	16	21	19	42	1.89
235969--236114	20	8.1	19	77	18	105	17	21	19	41	1.90
235435--236334	458	2.0	457	96	0	1656	33	17	18	30	1.94
238523--238576	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
239436--239689	20	12.6	19	78	9	179	20	18	23	37	1.94
239436--239666	60	3.8	60	78	5	214	19	18	23	38	1.93
239436--239689	40	6.3	40	84	5	273	20	18	23	37	1.94
239757--239810	20	2.7	19	75	8	63	16	18	31	33	1.93
243706--243911	64	3.2	64	79	6	170	29	22	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243734--243912	64	2.8	64	83	3	218	29	23	17	30	1.97
245996--246045	21	2.4	21	100	0	100	44	10	20	26	1.82
251478--251529	19	2.7	19	84	0	59	28	30	19	21	1.97
252663--253007	10	34.1	10	89	8	138	58	0	0	40	1.07
252698--253014	5	63.6	5	96	3	595	59	0	0	40	0.97
253036--253073	14	2.6	15	83	8	51	42	0	0	57	0.98
253177--253201	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
257009--257076	27	2.6	27	93	4	113	30	10	17	41	1.83
261697--261764	27	2.6	27	95	4	122	30	11	16	41	1.84
263263--263325	30	2.1	30	100	0	126	42	15	23	17	1.88
264589--264620	13	2.6	13	90	9	50	75	0	0	25	0.81
264659--264722	16	3.8	16	79	8	56	73	1	6	18	1.12
264836--264912	32	2.4	33	85	6	97	79	5	3	11	1.03
264833--264916	33	2.5	33	81	7	91	78	4	3	13	1.04
264987--265022	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
267383--267440	2	28.0	2	86	6	80	48	1	3	46	1.29
268407--268445	20	2.0	20	84	0	51	30	15	25	28	1.96
272683--272725	21	2.0	21	86	4	59	4	13	0	81	0.84
283013--283051	4	9.2	4	83	10	51	76	0	2	20	0.90
283013--283141	17	7.4	17	69	18	77	74	3	6	15	1.16
283100--283143	21	2.0	21	86	4	61	79	2	4	13	0.98
283013--283152	13	10.6	13	67	19	58	74	3	6	15	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283081--283158	37	2.1	37	81	11	88	75	6	5	12	1.16
283280--283319	15	2.7	15	92	0	62	72	0	2	25	0.97
283428--283465	18	2.0	20	85	10	53	60	0	0	39	0.97
284955--285031	27	2.9	27	94	0	136	11	12	22	53	1.71
289825--290322	265	1.9	253	88	7	750	40	19	12	27	1.88
296951--296989	20	2.0	19	85	5	51	35	0	2	61	1.10
300155--300227	33	2.3	30	79	9	74	23	17	28	30	1.97
300401--300465	33	2.0	33	84	6	87	21	13	32	32	1.93
300500--300951	60	7.6	59	79	10	460	19	18	30	31	1.96
301014--301149	63	2.2	63	91	2	220	26	25	13	34	1.93
301353--301455	33	3.1	33	81	2	118	21	19	24	34	1.96
304444--304469	12	2.2	12	100	0	52	34	34	0	30	1.58
305790--305874	26	3.3	26	66	21	70	40	9	12	37	1.76
305765--305869	51	2.1	51	96	0	192	41	8	14	35	1.76
305765--305845	25	3.2	24	68	22	67	43	8	14	33	1.76
311690--311774	26	3.3	26	68	21	79	41	8	12	37	1.74
311665--311769	51	2.1	51	98	0	201	42	7	14	35	1.74
311665--311745	25	3.2	24	68	22	67	43	8	14	33	1.76
311677--311756	25	3.2	24	67	22	65	42	7	16	33	1.76
322873--322937	28	2.3	29	94	2	114	29	7	26	36	1.84
322969--323057	30	3.0	30	81	4	101	32	1	14	51	1.50
323753--323853	24	4.2	24	89	0	148	25	12	18	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
323753--323856	48	2.2	48	92	0	172	25	13	19	42	1.87
324329--324378	21	2.4	21	96	0	91	26	0	8	66	1.19
324329--324392	21	3.0	21	88	4	67	28	0	7	64	1.21
324507--324619	45	2.5	45	86	0	154	31	19	10	38	1.86
329938--329962	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
338957--339010	7	7.6	7	87	2	72	77	3	18	0	0.91
341601--341630	14	2.1	14	93	0	51	63	0	0	36	0.95
342174--342215	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
345038--345070	2	16.5	2	93	0	57	48	3	48	0	1.17
345549--345578	16	1.9	15	93	6	51	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4