genome.fa.s8624.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008624.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111587_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  642794

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11578--11639	8	7.8	8	75	22	51	75	0	9	14	1.03
11578--11635	7	8.4	7	78	19	52	77	0	8	13	0.98
11578--11635	14	4.2	14	79	16	68	77	0	8	13	0.98
11584--11635	26	2.0	27	85	11	72	78	0	7	13	0.94
12617--12912	54	5.4	54	89	2	423	28	14	28	28	1.95
12616--12912	109	2.7	109	89	1	443	28	14	27	28	1.95
12899--13160	54	4.9	54	86	5	300	30	19	25	24	1.98
14116--14155	16	2.5	16	100	0	80	50	30	15	5	1.65
18315--18345	16	1.9	16	93	0	53	41	16	6	35	1.74
21375--21425	18	2.8	18	84	0	66	17	19	37	25	1.94
22639--22720	21	4.0	20	72	12	76	23	24	18	34	1.96
22710--22760	21	2.5	20	87	3	66	37	17	23	21	1.94
22747--22924	40	4.4	42	86	4	147	32	26	17	22	1.97
22751--22904	20	7.7	20	88	4	211	29	28	18	22	1.98
22751--22924	60	2.9	60	84	5	233	31	27	18	22	1.97
23091--23134	22	2.0	22	86	0	61	18	43	18	20	1.89
23163--23213	23	2.2	23	100	0	102	56	17	11	13	1.66
23416--23453	20	1.9	20	100	0	76	21	21	26	31	1.98
23615--23669	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
25367--25408	20	2.1	20	86	0	57	35	26	21	16	1.94
25378--25422	20	2.3	20	80	3	56	40	20	22	17	1.92
25422--25480	14	3.9	14	76	20	64	49	23	16	10	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25410--25494	33	2.6	33	98	0	161	48	21	18	11	1.80
25410--25502	19	5.4	19	69	23	80	47	20	19	12	1.82
25514--25572	14	3.9	14	76	20	64	10	16	23	49	1.77
25509--25591	33	2.5	33	94	0	139	12	16	20	50	1.77
25530--25607	19	4.4	19	73	15	76	14	16	19	50	1.79
25990--26080	41	2.2	42	84	2	121	21	38	15	24	1.92
25993--26110	41	2.8	42	80	5	114	22	37	16	22	1.94
27490--27528	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
27668--27714	19	2.5	19	100	0	94	46	17	19	17	1.84
27926--27950	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
28181--28268	20	4.4	20	89	0	131	28	20	27	23	1.99
28176--28310	20	6.7	20	83	5	128	25	19	25	30	1.98
28298--28351	21	2.6	20	80	8	63	25	20	16	37	1.93
28338--28393	21	2.7	20	78	8	67	39	17	23	19	1.92
30406--30541	60	2.3	60	88	2	193	44	15	13	26	1.83
30406--30572	60	2.8	60	80	8	162	41	14	13	29	1.85
40615--40650	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
41336--41375	11	3.7	11	80	6	55	42	15	2	40	1.60
41329--41377	21	2.3	21	96	0	89	46	16	4	32	1.65
42995--43060	20	3.3	20	81	10	73	18	18	13	50	1.79
43007--43040	14	2.5	13	81	9	50	14	17	11	55	1.68
43028--43080	20	2.7	20	96	0	97	20	18	18	41	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44407--44434	11	2.5	11	100	0	56	75	0	25	0	0.81
44432--44479	11	4.6	10	78	17	53	85	0	6	8	0.74
44429--44469	21	1.9	22	95	5	75	82	0	9	7	0.83
44444--44525	9	8.8	9	79	11	67	76	0	15	7	0.99
44467--44523	26	2.2	25	82	17	64	73	0	19	7	1.05
45008--45041	1	34.0	1	93	0	59	97	0	2	0	0.19
45007--45040	17	2.0	17	100	0	68	94	0	5	0	0.32
45008--45044	18	2.1	18	100	0	74	94	0	5	0	0.30
46801--46837	4	9.8	4	82	11	51	48	21	0	29	1.50
46802--46837	18	2.0	18	94	0	63	50	19	0	30	1.48
47003--47229	50	4.5	50	78	6	156	35	8	14	41	1.77
47038--47229	51	3.8	51	77	8	176	34	8	15	41	1.77
47033--47229	103	1.9	104	83	7	258	34	8	15	41	1.78
47286--47415	42	3.1	41	81	3	143	25	21	23	30	1.99
48382--48878	136	3.6	136	77	7	445	36	16	21	25	1.94
54492--54742	74	3.5	71	77	15	189	47	4	5	41	1.49
54492--54833	36	9.6	35	77	14	235	46	4	6	42	1.51
54557--54841	36	8.1	34	78	13	240	45	5	6	42	1.52
54600--54835	35	6.9	34	79	10	162	46	5	6	41	1.52
55941--56015	3	25.0	3	71	15	57	34	2	0	62	1.09
55920--56015	12	7.1	14	72	22	55	37	2	0	60	1.09
56035--56108	32	2.4	30	77	8	76	16	6	2	74	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56069--56159	47	2.0	47	82	6	114	15	8	4	71	1.27
56785--56830	16	2.8	17	74	6	51	43	4	0	52	1.21
59766--60087	64	4.9	65	81	7	318	39	12	20	27	1.89
59766--60079	129	2.4	131	82	6	361	40	12	20	26	1.88
59963--60116	36	4.4	36	71	16	135	40	14	20	24	1.89
59963--60180	103	2.1	102	81	9	250	40	14	19	25	1.89
60064--60232	64	2.6	67	89	2	254	39	14	17	28	1.88
60717--60756	16	2.5	16	95	0	71	22	0	27	50	1.50
63662--63912	74	3.5	71	77	15	189	47	4	5	41	1.49
63662--64003	36	9.6	35	77	14	235	46	4	6	42	1.51
63727--64011	36	8.1	34	78	13	240	45	5	6	42	1.52
63770--64005	35	6.9	34	79	10	162	46	5	6	41	1.52
64025--64079	25	2.2	25	83	6	67	14	1	3	80	0.94
64008--64062	16	3.4	16	78	12	58	18	1	3	76	1.02
65082--65130	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
65128--65203	3	26.0	3	78	15	79	32	2	0	64	1.07
65205--65257	21	2.4	23	78	9	65	20	5	3	69	1.25
65274--65307	4	8.5	4	86	0	50	29	0	0	70	0.87
65274--65307	12	2.8	12	90	0	59	29	0	0	70	0.87
68578--68964	135	2.9	134	77	4	395	27	16	27	27	1.97
68974--69288	65	4.8	65	83	2	353	40	12	20	26	1.88
69172--69326	36	4.4	36	75	13	153	40	14	21	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69172--69391	103	2.1	103	84	7	279	40	14	19	25	1.90
69273--69443	66	2.6	67	90	0	263	39	14	16	29	1.88
69273--69470	66	3.0	66	85	5	222	38	14	17	29	1.89
69928--69967	16	2.5	16	95	0	71	22	0	27	50	1.50
77343--77384	11	3.8	11	83	0	57	21	11	38	28	1.89
77340--77384	22	2.0	22	91	0	72	22	13	37	26	1.91
77496--77530	3	11.3	3	93	6	61	65	0	0	34	0.93
77602--77643	16	2.6	16	80	0	57	21	4	26	47	1.70
79020--79072	24	2.2	24	100	0	106	50	5	7	35	1.54
90341--90488	59	2.6	57	75	10	140	17	18	14	48	1.81
92449--92525	37	2.1	37	85	4	102	48	1	2	48	1.23
92920--92980	16	3.6	16	79	14	68	26	6	16	50	1.69
92965--93091	45	2.8	45	84	0	173	39	5	18	37	1.74
93210--93311	23	4.4	23	84	0	123	17	23	24	34	1.96
93210--93311	46	2.2	46	87	0	141	17	23	24	34	1.96
96392--96428	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
98509--98599	27	3.4	27	75	18	93	53	0	3	42	1.17
98509--98599	25	3.6	25	82	11	96	53	0	3	42	1.17
98978--99042	32	2.0	32	100	0	130	36	18	24	20	1.94
99648--99692	22	2.0	23	83	12	58	40	8	4	46	1.55
106503--106528	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
109589--109630	20	2.0	21	82	13	52	66	2	30	0	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113601--113639	17	2.4	17	86	4	53	41	7	17	33	1.79
113669--113733	23	2.8	23	83	0	85	32	23	24	20	1.98
115298--115355	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
115343--115504	64	2.5	63	81	5	191	24	24	19	32	1.97
124985--125019	16	2.1	17	89	5	54	22	0	2	74	0.95
124993--125034	20	2.1	20	86	0	57	26	0	2	71	0.98
126848--126898	21	2.4	21	77	6	59	33	27	15	23	1.95
128497--128541	20	2.2	20	88	0	63	40	13	20	26	1.89
129403--129485	23	3.7	23	85	9	109	21	21	27	28	1.99
129403--129498	23	4.3	23	84	11	94	22	19	27	30	1.98

Tables:   1   2   3   4