genome.fa.s8627.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008627.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111594_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1073793

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7731--7900	85	2.0	82	96	3	313	24	16	19	39	1.92
10752--10790	18	2.1	18	85	4	51	28	23	15	33	1.95
14099--14140	21	2.0	21	90	4	68	42	14	16	26	1.86
22992--23033	22	1.9	22	85	9	59	21	4	0	73	1.01
22965--23039	10	7.6	10	74	12	66	28	2	0	69	1.02
22965--23042	30	2.6	28	80	11	93	26	2	0	70	1.00
23140--23255	60	1.9	60	80	3	135	32	18	12	37	1.87
30822--30857	18	1.9	19	94	5	65	0	30	25	44	1.54
32456--32517	23	2.8	22	82	2	79	24	24	27	24	2.00
42118--42165	20	2.5	19	83	12	62	50	4	14	31	1.62
54252--54284	16	2.0	17	88	5	50	36	6	15	42	1.71
55438--55541	19	5.5	19	72	5	86	45	3	17	33	1.67
55436--55546	38	2.9	38	79	10	111	45	4	18	32	1.69
57003--57085	32	2.6	32	86	0	130	48	15	10	25	1.78
61495--61616	32	3.8	32	80	0	145	38	13	13	34	1.84
68923--69124	101	2.0	101	94	0	350	37	6	21	34	1.81
71047--71103	24	2.3	25	84	3	71	28	3	5	63	1.33
79278--79323	22	2.1	22	83	0	56	36	6	10	45	1.65
79473--79628	60	2.5	61	82	7	190	26	17	27	27	1.98
81369--81485	24	4.9	24	84	7	148	41	19	12	25	1.87
81369--81485	47	2.4	48	90	5	175	41	19	12	25	1.87
83861--83938	13	6.2	13	76	16	60	14	20	47	17	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83867--83963	18	5.7	18	80	11	123	12	20	48	18	1.80
83861--83957	31	3.1	30	85	5	106	13	20	47	18	1.82
86093--86317	121	1.9	121	100	0	450	33	12	20	34	1.89
89618--89659	18	2.3	18	91	0	66	30	4	23	40	1.75
90014--90059	22	2.1	22	83	0	56	36	6	10	45	1.65
114686--114721	16	2.2	17	90	5	56	44	5	0	50	1.25
118587--118630	16	2.7	16	92	3	70	25	22	11	40	1.87
120390--120470	29	2.8	28	78	12	83	35	17	4	41	1.71
124167--124209	22	2.0	22	90	0	68	41	4	4	48	1.44
124308--124369	31	2.0	32	87	3	90	50	6	3	40	1.44
124330--124625	101	3.0	98	67	16	257	48	9	5	36	1.58
125978--126027	21	2.4	21	90	3	75	30	30	18	22	1.97
146763--146889	41	3.1	41	88	2	177	34	11	20	33	1.89
153170--153227	30	1.9	30	89	0	89	24	17	22	36	1.95
158204--158580	5	74.2	5	83	12	103	66	0	1	31	1.07
158208--158267	7	8.3	7	81	7	75	83	1	1	13	0.80
158347--158559	15	14.6	15	93	5	359	60	0	0	39	0.97
158768--158801	12	2.8	12	90	0	59	20	23	38	17	1.93
161513--161546	17	2.1	17	94	5	61	11	11	0	76	1.02
171055--171119	32	2.1	31	83	8	80	35	7	20	36	1.81
171659--171755	24	4.0	24	100	0	194	32	12	12	42	1.80
172314--172629	46	6.9	46	91	1	494	39	6	24	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172542--172616	25	3.2	25	62	27	63	40	8	24	28	1.83
175910--175942	12	2.8	12	86	13	50	81	0	0	18	0.68
175976--176154	5	35.2	5	69	18	61	72	2	6	18	1.16
181561--181595	14	2.5	14	95	0	61	37	31	8	22	1.85
182207--182258	28	1.9	28	88	7	81	50	11	11	26	1.73
183343--183470	35	3.6	35	80	6	150	28	19	18	32	1.96
189712--189773	30	2.1	30	84	0	79	11	30	24	33	1.90
191978--192078	51	2.0	51	98	0	193	45	12	12	28	1.80
194499--194686	42	4.5	41	86	6	229	31	15	20	31	1.94
194700--194921	117	1.9	113	84	3	291	26	19	14	39	1.90
194791--195682	203	4.4	202	82	4	1036	27	19	17	35	1.94
194791--195678	399	2.2	400	84	4	1153	27	19	17	35	1.94
197120--197594	54	8.7	54	77	8	352	40	16	10	33	1.82
197177--197594	109	3.8	108	80	3	453	40	15	10	33	1.81
199552--199604	12	4.2	12	82	7	61	3	13	3	79	1.01
199552--199604	25	2.1	25	86	6	72	3	13	3	79	1.01
211851--211890	20	2.0	20	95	0	71	32	7	25	35	1.84
214444--214625	86	2.1	87	86	3	249	34	19	18	28	1.95
214632--214698	35	1.9	35	87	0	98	46	16	17	19	1.85
219146--219187	21	2.0	21	95	0	75	33	16	19	30	1.94
221721--221764	15	3.0	14	87	12	70	36	20	6	36	1.79
221723--221772	15	3.4	14	83	10	64	38	22	4	36	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224617--224691	11	7.6	10	70	18	59	48	4	6	41	1.48
224606--224699	29	3.2	29	95	0	161	46	6	5	41	1.52
245889--246034	54	2.7	54	87	2	186	30	18	17	32	1.94
249645--249771	46	2.8	46	90	1	202	32	22	7	38	1.81
253665--253715	16	3.1	16	80	8	59	3	15	1	78	0.99
256034--256160	46	2.8	46	89	3	204	33	21	7	38	1.80
257819--257945	46	2.8	46	91	1	211	32	22	7	37	1.81
258020--258099	40	2.0	40	85	0	106	22	25	25	27	2.00
261780--261829	24	2.1	24	85	7	66	4	18	0	78	0.91
264123--264249	46	2.8	46	91	3	213	33	22	7	37	1.81
264969--265010	2	21.0	2	95	0	75	47	0	0	52	1.00
269490--269533	18	2.4	18	100	0	88	40	13	9	36	1.76
271503--271825	160	2.0	158	89	1	495	34	15	17	31	1.92
272486--272517	14	2.3	14	94	0	55	53	0	9	37	1.34
272885--272926	6	7.0	6	78	10	50	45	0	0	54	0.99
272887--272938	7	8.0	7	78	18	51	44	0	0	55	0.99
272885--272932	18	2.6	20	78	18	59	45	0	0	54	0.99
278544--278609	22	2.8	24	74	21	68	42	3	6	48	1.43
278598--278639	11	3.9	11	84	6	59	42	0	0	57	0.99
279341--279503	74	2.2	74	90	5	251	25	19	25	30	1.98
279822--279858	12	2.8	13	88	12	58	37	0	16	45	1.47
280078--280122	22	2.0	22	83	8	56	53	17	0	28	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281952--282012	21	3.0	21	85	2	79	34	18	27	19	1.95
283273--283312	17	2.3	17	91	4	62	42	15	2	40	1.60
283280--283316	17	2.2	17	100	0	74	32	10	5	51	1.60
287661--287815	74	2.1	74	86	5	217	25	19	25	29	1.98
287681--287818	74	1.9	74	90	3	224	24	18	26	30	1.98
288122--288211	11	8.5	11	66	11	53	47	1	4	46	1.29
288122--288180	22	2.8	20	80	9	73	50	0	1	47	1.11
288122--288181	20	2.8	22	78	14	72	50	0	1	48	1.11
288305--289823	2	759.0	2	65	22	382	45	3	4	45	1.42
288329--288815	43	11.4	42	73	18	300	52	1	8	37	1.42
288471--288969	242	2.1	242	86	7	659	52	2	8	37	1.44
288471--288969	236	2.1	244	85	7	654	52	2	8	37	1.44
288982--289148	69	2.6	61	76	20	162	38	7	2	50	1.45
289110--289491	91	4.2	91	76	17	264	39	7	1	51	1.40
289283--289401	27	4.5	29	74	15	73	41	6	0	51	1.34
289384--289434	13	3.8	13	75	14	50	37	9	0	52	1.34
290142--290212	34	2.1	34	86	2	99	22	29	15	32	1.95
290429--290468	21	1.9	21	85	10	55	22	10	30	37	1.87
290838--290878	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
291714--291759	24	1.9	24	82	8	58	34	13	2	50	1.53
291857--292000	8	19.2	8	65	22	57	50	2	11	36	1.51
291897--292035	22	6.4	21	76	9	111	53	2	8	34	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291880--292043	14	10.9	15	69	19	92	53	2	9	34	1.47
291881--292015	44	3.1	45	77	10	145	53	2	10	34	1.47
292039--292100	21	3.1	21	69	23	62	45	3	3	48	1.34
297784--297814	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
306476--306542	27	2.5	27	97	0	125	38	22	14	23	1.92
313081--313124	20	2.3	19	84	4	52	40	20	0	38	1.53
318943--319065	32	3.8	32	72	0	102	39	14	13	31	1.85
320979--321070	23	4.0	23	81	0	112	38	25	19	17	1.93
320979--321067	46	1.9	46	90	0	142	38	25	17	17	1.92
321657--321742	19	4.5	19	94	0	145	33	18	10	37	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6