genome.fa.s8627.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008627.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111594_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1073793

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
621174--621435	95	2.7	95	83	8	307	32	15	16	35	1.90
623993--624074	35	2.3	35	81	8	94	69	0	10	19	1.17
624058--624112	12	4.5	12	72	20	51	78	1	9	10	1.05
624129--624180	22	2.3	23	83	3	61	75	3	7	13	1.17
623964--624213	9	27.4	9	69	20	76	71	2	8	18	1.20
624147--624212	23	2.9	23	84	6	80	74	1	4	19	1.07
624217--624276	2	33.0	2	75	24	62	55	0	1	43	1.10
624292--624344	20	2.7	20	94	2	90	69	0	1	28	0.99
624292--624344	9	5.3	11	72	19	53	69	0	1	28	0.99
624371--624408	19	2.0	20	84	5	51	78	0	5	15	0.91
625170--625260	33	2.7	33	87	1	119	29	12	13	45	1.79
625276--625300	13	1.9	13	100	0	50	24	8	16	52	1.70
625286--625336	23	2.2	23	86	6	68	25	5	11	56	1.57
626075--626192	33	3.6	31	75	17	82	17	5	16	60	1.54
626106--626212	16	6.8	16	76	11	69	15	3	14	66	1.39
626131--626211	31	2.7	29	82	16	110	17	3	12	66	1.38
626897--626950	26	2.1	26	92	0	90	29	22	3	44	1.70
630439--630496	16	3.8	16	80	15	61	36	1	0	62	1.06
638856--638902	20	2.3	20	85	7	60	36	14	25	23	1.93
647850--647906	22	2.6	22	97	0	105	28	15	24	31	1.96
648267--648484	68	3.2	68	89	0	310	29	15	25	29	1.96
648505--648606	46	2.2	47	83	10	122	46	6	17	29	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
663543--663684	63	2.2	64	81	7	164	33	19	20	26	1.97
663565--663697	63	2.0	66	83	11	168	35	20	18	25	1.95
664273--664326	23	2.3	23	87	0	72	22	27	22	27	1.99
670451--670608	63	2.4	64	79	10	160	34	20	18	25	1.96
671172--671239	23	3.0	22	85	8	82	22	25	27	25	1.99
674693--674885	3	63.7	3	85	4	262	35	1	1	61	1.12
687576--687664	18	4.6	18	80	16	99	82	0	17	0	0.68
687572--687664	39	2.4	38	80	16	109	81	0	18	0	0.69
687572--687665	27	3.5	27	79	12	97	80	0	19	0	0.70
687572--687667	33	2.9	31	83	13	113	79	0	20	0	0.74
687577--687665	6	14.0	6	72	27	69	80	0	19	0	0.70
688601--689310	52	13.7	52	96	1	1277	24	14	22	37	1.92
688601--689310	103	6.9	103	97	0	1278	24	14	22	37	1.92
689872--690778	113	7.9	113	91	2	1355	37	14	19	28	1.91
689872--690778	229	4.0	227	93	1	1395	37	14	19	28	1.91
691075--691257	3	59.7	3	84	4	240	36	1	1	61	1.13
694092--694118	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
695042--695110	24	3.0	23	76	19	65	30	0	1	68	0.99
695049--695114	29	2.2	31	81	10	75	31	0	1	66	1.01
695066--695107	16	2.5	17	84	7	59	33	0	0	66	0.92
697453--697533	35	2.3	32	77	20	83	25	8	9	55	1.61
700946--700985	15	2.6	16	92	4	64	67	2	5	25	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702274--702309	17	2.1	17	100	0	72	27	22	11	38	1.88
707868--707916	20	2.5	20	89	0	80	48	4	38	8	1.52
712930--712996	2	33.5	2	90	0	107	44	0	2	52	1.16
724503--725248	134	5.6	134	86	1	929	30	19	18	31	1.96
726152--726202	22	2.3	22	100	0	102	25	27	21	25	1.99
731377--731435	30	2.0	30	100	0	118	45	16	10	27	1.80
733997--734023	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
736725--736764	17	2.4	17	95	4	73	72	0	10	17	1.11
737636--737687	17	3.0	17	77	2	50	59	9	3	26	1.46
737709--737783	39	1.9	39	100	0	150	40	16	6	37	1.74
738009--738112	17	6.1	17	70	18	81	38	0	11	49	1.46
738049--738186	60	2.2	65	85	10	191	43	0	7	49	1.30
738090--738141	22	2.3	21	87	9	68	42	0	5	51	1.25
738106--738200	41	2.3	44	82	12	121	46	0	5	48	1.24
738127--738159	2	17.5	2	87	12	52	51	0	0	48	1.00
738069--738201	60	2.2	58	82	13	155	44	0	6	49	1.27
739637--739691	20	2.8	20	77	2	58	20	7	1	70	1.20
744034--744069	6	6.0	6	93	0	63	52	16	13	16	1.74
748295--748334	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
752965--753004	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
752985--753047	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
756819--756858	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766451--766494	21	2.1	21	86	0	61	27	15	18	38	1.91
771877--771915	16	2.6	15	84	11	53	66	7	7	17	1.40
772020--772067	24	2.1	23	85	14	64	47	16	6	29	1.71
776422--776490	22	3.1	22	85	8	95	23	18	18	39	1.93
782232--782290	27	2.2	27	100	0	118	8	23	13	54	1.66
784626--784704	23	3.5	22	75	13	70	51	15	7	25	1.69
784610--784665	22	2.4	24	77	16	64	46	19	7	26	1.76
794707--794757	3	16.0	3	80	11	57	37	1	1	58	1.20
794799--794841	22	1.9	23	85	4	61	51	39	0	9	1.34
795446--795539	30	3.2	29	75	14	93	21	10	8	59	1.57
798601--798652	2	26.0	2	92	0	86	46	0	3	50	1.20
798843--798911	10	6.5	10	82	11	75	79	7	11	1	0.98
798843--798911	22	3.2	20	80	13	75	79	7	11	1	0.98
798838--798911	21	3.4	22	77	15	73	79	6	12	1	0.98
798838--798911	33	2.3	33	85	2	96	79	6	12	1	0.98
799952--800038	32	2.7	33	81	10	92	28	9	24	37	1.86
799968--800073	32	3.3	31	80	10	115	29	13	21	35	1.91
800453--800861	61	6.7	61	86	6	567	37	20	17	25	1.94
800818--801387	230	2.5	230	85	2	723	38	22	15	24	1.93
801915--801958	22	2.0	22	95	0	79	43	45	0	11	1.40
802584--802677	29	3.2	30	75	6	93	19	11	9	59	1.59
803979--804009	13	2.5	12	90	10	53	74	0	6	19	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805716--805774	28	2.1	28	96	3	111	13	8	33	44	1.74
806367--806430	17	3.7	17	87	2	83	29	26	6	37	1.81
810908--810951	23	1.9	23	85	0	61	47	0	4	47	1.22
811195--811249	21	2.7	22	78	18	57	54	1	1	41	1.21
812630--812666	3	13.0	3	83	11	51	64	2	0	32	1.07
812630--812677	25	1.9	25	91	8	80	64	4	2	29	1.23
813039--813426	118	3.3	120	83	9	437	28	19	13	38	1.89
813861--813917	18	3.0	20	79	10	73	57	5	5	31	1.43
813860--813940	20	4.1	18	76	13	72	56	4	7	30	1.48
814256--814298	16	2.8	16	89	10	63	2	13	0	83	0.74
814259--814305	13	3.5	13	85	5	58	2	12	0	85	0.70
814256--814310	13	3.9	15	76	16	55	3	14	0	81	0.82
814261--814323	26	2.5	26	85	10	78	4	15	0	79	0.90
814289--814324	12	3.0	12	88	11	56	8	16	0	75	1.04
817820--817851	9	3.6	9	91	0	55	56	0	21	21	1.43
821621--821652	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
824853--824906	28	2.0	27	85	3	72	59	1	5	33	1.31
825383--825426	23	1.9	23	85	0	61	47	0	4	47	1.22
825644--825704	27	2.1	28	79	14	70	54	0	0	45	1.00
825688--825765	27	2.8	27	82	3	84	61	1	3	33	1.22
827078--827123	23	2.0	23	84	16	60	65	4	2	28	1.23
828134--828161	13	2.2	13	100	0	56	42	17	7	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840304--840348	21	2.1	21	88	12	65	51	8	4	35	1.54
841451--841481	11	2.9	11	95	4	55	54	0	0	45	0.99
842125--842158	3	11.7	3	87	6	52	32	2	0	64	1.08
842693--842773	41	2.0	41	92	0	135	37	8	30	23	1.85
846487--846528	19	2.2	20	95	4	77	47	4	26	21	1.70
847778--847818	21	2.0	21	85	9	57	41	21	2	34	1.67
849655--850001	159	2.2	159	86	4	477	45	5	21	27	1.73
851752--851867	41	2.7	42	82	7	137	55	3	0	40	1.23
851802--851863	25	2.3	27	81	10	74	53	3	0	43	1.17
851951--851995	21	2.1	21	91	0	72	33	17	31	17	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6