genome.fa.s8641.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008641.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111617_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  241015

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2667--2722	23	2.4	23	90	0	85	14	28	12	44	1.81
4392--4515	31	3.9	32	78	11	130	30	18	18	32	1.95
10979--11037	31	1.9	31	82	6	75	45	0	8	45	1.33
12392--12426	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
15932--15981	25	2.0	25	84	4	64	40	6	16	38	1.73
17125--17211	45	1.9	45	93	4	149	26	25	19	28	1.99
26042--26163	40	3.0	40	96	0	217	24	18	25	31	1.97
26268--26394	47	2.8	45	82	7	148	40	7	22	29	1.82
28185--28214	14	2.1	15	93	6	53	6	3	26	63	1.35
31600--31628	14	2.0	15	93	6	51	10	6	20	62	1.50
33570--33620	21	2.3	22	90	6	77	11	15	3	68	1.34
34026--34097	23	3.2	23	80	2	74	16	12	9	61	1.57
34440--34474	14	2.5	14	90	0	52	40	2	0	57	1.14
35651--35688	18	2.2	17	90	4	58	47	0	7	44	1.32
48551--48601	23	2.3	23	83	6	70	19	41	19	19	1.91
56611--56687	35	2.2	36	86	6	104	49	18	15	16	1.80
56843--56906	14	4.9	14	74	14	55	40	0	0	59	0.97
58212--58249	18	2.2	17	90	4	58	47	0	7	44	1.32
60290--60331	16	2.5	17	80	7	50	42	4	23	28	1.74
61647--61730	43	2.0	43	85	0	114	55	2	7	34	1.40
62091--62183	32	2.9	32	77	15	93	20	23	35	20	1.96
62100--62215	32	3.7	30	73	15	90	21	23	34	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64783--64844	21	3.0	21	88	4	72	17	40	14	27	1.89
65526--65598	9	8.5	8	78	14	58	71	1	1	26	1.02
65516--65609	45	2.2	45	80	12	108	72	1	2	24	1.02
65515--65569	15	3.7	14	80	9	65	78	0	1	20	0.85
65534--65603	3	24.0	3	74	18	51	70	1	1	27	1.05
65526--65609	15	5.9	14	74	20	59	71	1	1	26	1.01
65623--65987	36	10.4	35	73	15	185	43	6	3	46	1.45
65662--65762	29	3.3	29	76	12	94	42	5	3	47	1.46
65630--65762	64	2.1	63	86	6	180	42	5	3	48	1.43
65764--65864	30	3.2	29	83	15	130	45	5	3	44	1.46
65693--65983	35	8.2	36	79	10	255	43	7	3	45	1.48
65624--65900	101	2.7	102	83	6	350	44	5	3	47	1.42
67442--67502	26	2.3	26	100	0	122	45	3	3	47	1.35
74102--74130	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
75072--75220	72	2.1	73	97	1	282	44	8	10	36	1.69
77287--77341	3	17.7	3	78	14	58	67	1	0	30	1.01
77285--77339	24	2.3	23	84	3	74	67	1	0	30	1.01
77287--77341	19	2.9	19	84	10	69	67	1	0	30	1.01
77530--77886	134	2.7	133	87	0	498	26	17	31	24	1.97
77895--77984	28	3.2	28	85	6	103	48	12	12	26	1.75
77910--78003	28	3.4	28	88	7	129	52	11	11	24	1.71
78305--78374	32	2.2	33	89	2	106	37	11	15	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78406--78544	65	2.2	63	89	2	206	42	13	12	31	1.81
78410--78544	63	2.1	64	88	2	200	41	14	12	31	1.83
78641--78766	32	3.9	32	70	17	98	42	15	15	27	1.86
78711--78785	31	2.4	31	86	8	100	42	13	14	29	1.84
79101--79158	31	1.9	31	89	3	91	39	18	15	25	1.91
79200--79305	36	3.0	35	86	6	151	35	11	19	33	1.88
79196--79333	36	3.8	36	82	3	127	36	11	18	33	1.87
79272--79480	106	2.0	102	81	13	239	42	11	16	30	1.82
79272--79519	109	2.3	105	80	11	260	41	10	16	30	1.83
79478--79756	153	1.8	155	87	1	418	39	11	16	32	1.84
80019--83706	4	923.2	4	96	2	6400	24	1	24	48	1.61
84719--84777	2	29.5	2	96	0	109	49	1	0	49	1.11
88475--88512	3	12.3	3	84	15	51	68	0	0	31	0.90
94626--94791	86	1.9	86	81	0	197	31	18	22	27	1.97
100085--100170	43	2.0	43	93	0	145	39	22	18	19	1.92
106665--106692	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
106776--106981	81	2.5	81	82	4	229	29	21	10	38	1.87
106828--106989	81	2.0	81	87	2	236	27	20	12	39	1.89
109458--109534	33	2.4	33	86	4	113	31	9	14	45	1.76
109754--110096	68	5.0	68	91	2	530	31	25	13	28	1.94
110443--111212	59	13.1	59	90	0	1119	31	21	14	32	1.93
121962--122146	94	2.0	94	86	5	257	25	23	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123628--123811	94	2.0	93	82	6	230	35	8	15	39	1.79
123719--123878	65	2.4	64	85	8	214	35	6	17	40	1.76
123561--124251	159	4.3	159	90	4	1060	36	7	16	39	1.77
123851--123904	26	2.0	27	92	3	92	31	9	20	38	1.84
123786--123968	94	2.0	92	86	6	253	36	7	16	39	1.77
123561--124254	328	2.1	318	90	3	1066	36	7	16	39	1.76
124046--124206	65	2.4	67	82	7	195	35	6	16	40	1.75
124163--124325	81	2.0	80	92	1	272	38	7	15	38	1.77
128629--128684	10	5.4	10	81	8	67	32	1	1	64	1.14
128631--128684	22	2.6	20	80	11	63	33	1	1	62	1.16
129302--129340	19	2.0	20	85	5	53	43	0	2	53	1.14
135554--135647	21	4.5	21	79	2	109	29	21	22	26	1.99
136287--136320	12	3.1	11	91	8	52	0	17	52	29	1.45
136488--136560	20	3.6	20	75	17	87	24	21	17	35	1.95
136466--136580	41	2.8	41	95	0	212	25	22	20	32	1.98
136445--136580	21	6.6	21	73	18	115	26	22	20	30	1.98
137244--137272	15	2.0	15	93	6	51	41	10	0	48	1.37
144701--144756	20	2.7	20	72	10	51	19	5	8	66	1.39
144913--144969	10	5.5	10	76	12	53	22	3	5	68	1.25
146370--146407	20	1.9	20	94	0	67	44	10	23	21	1.83
146370--146413	20	2.3	19	88	7	63	45	9	25	20	1.80
146571--146641	37	1.9	36	83	8	90	47	4	2	45	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147842--147895	22	2.5	22	74	17	58	29	35	20	14	1.93
147980--148016	16	2.3	16	90	0	56	21	29	16	32	1.95
148074--148107	14	2.3	15	90	5	52	52	0	2	44	1.16
148140--148185	19	2.5	19	82	3	58	32	6	2	58	1.36
148179--148207	14	2.0	15	93	6	51	37	0	6	55	1.27
148326--148367	21	2.0	21	95	0	75	54	7	0	38	1.28
149166--149407	116	2.1	115	96	1	441	36	18	11	33	1.87
151499--151598	6	17.3	6	70	27	67	51	0	1	48	1.07
151521--151595	37	2.0	36	87	7	105	50	0	1	48	1.09
151498--151645	58	2.5	59	78	14	162	51	1	2	44	1.24
151647--151708	14	4.4	14	72	11	54	41	1	9	46	1.46
151495--151768	31	8.8	31	75	18	166	50	2	4	43	1.33
151742--151812	22	3.1	22	95	4	124	54	8	0	36	1.31
151802--151851	21	2.4	21	86	0	73	46	6	8	40	1.58
151866--151894	14	2.0	15	93	6	51	37	6	6	48	1.57
152062--152102	21	2.0	21	85	9	57	26	2	26	43	1.67
152062--152109	21	2.3	20	82	13	53	25	2	27	45	1.64
152264--152299	15	2.4	15	95	0	63	44	0	5	50	1.25
152241--152467	76	3.1	69	70	20	178	43	3	3	49	1.38
152216--152374	76	2.1	77	88	5	234	43	5	3	47	1.42
152255--152451	2	100.0	2	66	17	65	43	4	3	49	1.39
152522--152579	20	2.8	20	84	7	73	41	5	5	48	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152743--152795	14	3.8	14	87	0	79	20	0	24	54	1.44
152743--152795	7	7.6	7	82	0	70	20	0	24	54	1.44
152871--152911	2	21.0	2	90	5	66	46	0	0	53	1.00
153093--153144	24	2.2	25	79	10	63	44	3	3	48	1.39
153115--153148	17	2.1	16	89	10	52	44	5	5	44	1.52
153142--153266	4	31.2	4	100	0	250	50	24	0	24	1.50
153267--153429	4	40.8	4	100	0	326	25	50	24	0	1.50
153430--153462	4	8.2	4	100	0	66	51	24	0	24	1.48
153488--153533	11	4.5	11	74	20	55	43	0	6	50	1.28
153489--153522	18	1.9	18	94	5	61	47	0	5	47	1.26

Tables:   1   2