genome.fa.s8646.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008646.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111633_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1024377

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
771441--771492	25	2.1	24	89	3	77	36	5	5	51	1.50
771548--771599	3	17.0	3	92	4	86	34	1	0	63	1.06
775689--776111	64	6.6	64	86	0	524	37	16	13	32	1.88
775689--776111	192	2.2	192	86	0	578	37	16	13	32	1.88
776203--776605	121	3.3	120	86	2	574	36	25	15	22	1.93
777529--777894	178	2.0	183	89	4	564	40	4	9	45	1.57
778792--778837	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
789123--789168	20	2.3	19	85	14	58	26	15	8	50	1.73
789324--789557	121	1.9	121	93	0	405	34	25	17	23	1.96
789465--789744	66	4.4	66	75	13	307	37	24	14	23	1.92
789515--789616	32	3.1	32	62	20	75	36	22	14	26	1.93
789344--789744	187	2.1	187	89	0	624	36	24	15	23	1.94
789656--789744	32	2.7	34	75	10	94	38	25	12	23	1.90
789531--789749	121	1.8	121	92	4	370	36	24	14	24	1.92
790521--790577	3	18.7	3	78	10	53	35	3	0	61	1.13
790531--790573	13	2.8	16	76	23	56	30	4	0	65	1.13
790615--790663	22	2.3	21	83	16	57	28	53	0	18	1.45
791502--791556	23	2.2	26	84	15	71	21	3	3	70	1.18
791515--791562	23	2.0	22	84	11	60	18	2	4	75	1.07
791881--792031	37	4.1	36	72	16	123	39	9	5	46	1.59
791882--792005	36	3.5	37	78	12	125	39	9	5	45	1.61
818878--818918	16	2.5	17	80	11	50	39	0	0	60	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
819061--819105	2	23.5	2	82	8	58	44	0	0	55	0.99
823133--823270	39	3.5	39	89	6	192	52	10	10	26	1.68
828191--828273	26	3.2	25	77	16	82	51	0	3	44	1.18
828168--828254	25	3.4	25	79	7	86	51	0	3	44	1.18
831938--831989	20	2.6	20	100	0	104	30	15	19	34	1.93
832862--832910	18	2.7	18	78	12	55	77	6	2	14	1.05
832868--832914	22	2.1	22	84	7	60	76	8	0	14	1.01
832867--832900	9	3.9	9	92	3	52	79	8	0	11	0.94
833207--833271	2	32.5	2	100	0	130	50	0	0	49	1.00
833469--833507	10	3.9	10	93	0	51	51	7	0	41	1.31
833475--833507	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
833510--833539	12	2.6	11	94	5	51	63	6	6	23	1.43
833558--833604	22	2.1	22	88	7	69	70	2	0	27	0.99
833612--833667	24	2.3	23	82	8	76	69	0	5	25	1.09
833620--833664	12	3.7	12	81	3	54	66	0	4	28	1.11
833555--833668	30	3.9	27	72	21	79	67	0	4	27	1.15
834230--834334	37	2.8	37	81	5	131	31	13	14	40	1.84
835065--836441	106	13.0	106	92	0	2191	22	18	25	33	1.97
836809--836870	30	2.0	32	87	9	92	35	19	14	30	1.92
837254--837305	22	2.4	21	90	9	86	19	13	28	38	1.89
837700--838038	172	2.0	173	89	4	522	26	17	19	36	1.94
838095--838157	21	3.2	20	72	18	51	1	11	7	79	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
841580--841616	19	1.9	19	89	10	58	67	0	24	8	1.17
842775--842853	22	3.6	21	75	16	65	75	5	2	16	1.08
843157--843219	2	31.5	2	87	6	92	50	0	3	46	1.17
843404--843443	11	3.5	11	86	6	53	65	5	5	25	1.34
843527--843571	12	3.7	12	81	3	54	66	0	4	28	1.11
843711--843757	2	24.5	2	91	8	80	51	0	0	48	1.00
845020--845092	11	7.3	10	72	20	55	27	2	5	64	1.29
844999--845103	49	2.1	50	98	1	203	26	3	3	65	1.27
844999--845120	49	2.5	49	91	2	174	26	4	3	66	1.25
848126--848187	9	7.4	8	77	16	54	80	3	12	3	0.95
848151--848197	18	2.6	19	80	12	55	78	6	14	0	0.93
848117--848202	34	2.6	34	75	12	90	74	5	17	2	1.12
848782--848832	22	2.3	22	96	0	93	35	27	11	25	1.91
849547--852336	106	26.3	106	94	0	4761	34	24	18	22	1.96
849547--852336	531	5.3	530	94	0	4799	34	24	18	22	1.96
849547--852324	637	4.4	637	98	0	5295	34	24	18	22	1.96
852717--852823	36	3.0	36	94	0	187	24	20	14	41	1.89
852740--852804	21	3.4	21	64	24	61	23	20	13	43	1.87
852872--852999	33	3.9	33	88	6	188	39	20	9	31	1.84
852876--852999	67	1.9	65	88	6	187	40	20	8	29	1.83
852987--853174	84	2.2	84	88	0	268	30	27	20	21	1.98
853405--853437	2	17.5	2	87	12	52	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854698--854770	11	7.3	10	72	20	55	27	2	5	64	1.29
854677--854781	49	2.1	50	98	1	203	26	3	3	65	1.27
854677--854798	49	2.5	49	91	2	174	26	4	3	66	1.25
855594--855698	37	2.8	37	88	0	156	30	15	14	40	1.87
858486--858546	21	2.9	21	95	2	104	22	19	18	39	1.92
858762--858812	17	3.0	17	85	0	66	45	17	13	23	1.84
859327--859366	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
869113--869164	21	2.5	21	84	3	61	73	1	0	25	0.94
869113--869176	16	3.3	20	75	18	73	71	1	0	26	0.94
869981--870289	154	2.0	153	98	1	586	24	6	7	61	1.46
870126--870218	15	6.0	14	69	21	53	18	4	3	74	1.12
871265--871291	14	1.9	14	100	0	54	29	14	14	40	1.86
872089--872432	92	3.7	95	84	9	439	34	15	18	31	1.93
873742--873805	33	1.9	34	96	3	121	20	4	10	64	1.43
874808--874903	39	2.5	39	83	6	106	15	8	3	72	1.21
874823--874903	39	2.1	39	88	2	117	14	8	3	72	1.22
875023--875047	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
877667--877697	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
878266--878344	22	3.1	28	62	24	73	29	8	15	46	1.75
878247--878344	49	2.0	49	100	0	196	30	8	14	46	1.73
881581--881609	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
884947--885006	30	2.0	30	100	0	120	23	10	46	20	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
896521--896560	19	2.1	19	100	0	80	30	15	22	32	1.94
898672--899641	81	12.0	81	90	0	1399	28	24	12	35	1.91
899853--900017	55	3.0	55	85	6	212	32	20	12	34	1.90
903260--903320	3	20.7	3	77	9	63	70	0	0	29	0.88
903262--903320	18	3.5	17	84	15	79	71	0	0	28	0.87
903958--904114	65	2.4	65	89	4	228	27	22	19	30	1.98
907311--907360	21	2.4	21	83	6	66	44	2	0	54	1.11
908940--908974	16	2.3	15	90	5	52	34	14	2	48	1.58
909410--909454	23	2.0	23	86	0	63	53	6	6	33	1.53
911166--911193	7	4.0	7	100	0	56	85	0	0	14	0.59
911695--911973	103	2.7	103	80	6	314	33	7	24	34	1.83
912299--912333	17	1.9	17	88	11	52	37	2	2	57	1.29
912396--912441	16	3.0	16	84	6	60	30	0	2	67	1.03
912482--912582	36	3.0	34	83	12	129	40	22	3	32	1.73
912487--912585	21	4.9	21	73	16	68	41	22	4	32	1.72
912578--912610	15	2.2	15	94	0	57	36	21	0	42	1.53
912711--912985	2	135.5	2	67	19	135	43	3	5	48	1.42
912717--912762	17	2.7	17	82	0	56	41	2	6	50	1.40
912713--912996	11	27.8	11	69	21	115	42	3	5	48	1.43
912717--912973	41	6.2	41	73	15	124	43	3	5	47	1.43
912706--912977	105	2.6	102	72	17	238	43	3	5	47	1.44
912906--913012	13	7.8	13	74	20	51	38	0	6	54	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
925770--925826	19	2.9	19	75	15	53	36	5	0	57	1.21
926159--926723	135	4.2	135	85	0	718	31	18	20	29	1.96
926707--926740	17	2.0	17	100	0	68	23	17	17	41	1.90
927985--928029	20	2.2	21	88	4	65	4	22	0	73	1.01
927985--928043	21	2.8	20	84	5	64	5	22	0	72	1.03
928006--928049	14	3.2	13	78	12	52	4	20	0	75	0.98
944551--944598	2	24.0	2	91	8	80	50	2	0	47	1.12
960249--960335	41	2.1	41	97	2	167	27	17	13	41	1.87
961896--962046	22	6.5	22	77	18	155	15	25	30	29	1.96
961896--962046	45	3.3	45	78	17	175	15	25	30	29	1.96

Tables:   1   2   3   4   5