genome.fa.s8646.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008646.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111633_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1024377

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  1  of  5  ( 507 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5999--6079	32	2.5	32	100	0	162	17	13	6	62	1.50
9701--9754	18	2.9	19	81	8	58	50	1	1	46	1.23
10691--10761	23	3.1	23	85	0	97	29	25	21	23	1.99
11302--11335	14	2.4	14	81	18	52	29	38	8	23	1.85
12477--12550	32	2.3	32	76	4	78	40	29	8	21	1.82
15970--15999	14	2.1	15	93	6	53	60	0	0	40	0.97
24414--24464	16	3.2	17	71	23	56	43	0	21	35	1.53
35812--35843	16	1.9	17	93	6	57	40	6	25	28	1.79
38757--39023	41	6.6	39	75	8	194	32	17	14	34	1.91
38757--39013	40	6.3	39	75	8	156	32	17	14	35	1.91
38766--38995	82	2.8	82	84	2	302	32	16	14	36	1.89
38757--39023	81	3.3	81	78	4	279	32	17	14	34	1.91
38873--39038	40	4.1	40	76	10	104	30	18	14	36	1.90
41246--41320	34	2.2	34	85	2	96	26	13	6	53	1.64
41874--41932	21	2.8	21	92	0	91	18	6	23	50	1.70
43003--43108	53	2.0	53	100	0	212	45	9	5	39	1.60
45555--45581	14	1.9	14	100	0	54	33	14	14	37	1.88
49539--49569	16	1.9	16	93	0	53	58	19	12	9	1.62
49639--49703	16	4.1	16	91	0	103	53	24	13	7	1.66
49944--49995	11	4.6	11	90	4	86	28	26	17	26	1.97
49944--49993	23	2.2	22	92	3	82	28	28	16	28	1.97
50805--50860	14	4.3	14	76	17	66	53	23	14	8	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50800--50859	24	2.5	24	91	0	93	55	23	11	10	1.66
53436--53566	51	2.5	51	86	1	163	44	7	12	35	1.72
53473--53553	25	3.2	25	67	10	65	44	8	13	33	1.74
53498--53582	26	3.3	26	68	21	79	41	8	12	37	1.74
53473--53577	51	2.1	51	96	0	192	43	7	13	35	1.72
53487--53564	25	3.1	24	67	22	61	42	7	15	34	1.75
65009--65088	26	3.1	26	83	0	97	37	8	5	48	1.56
66426--66499	28	2.6	28	97	0	139	39	5	10	44	1.62
68134--68188	22	2.5	22	100	0	110	45	16	9	29	1.78
69506--69544	20	1.9	21	89	5	62	38	15	15	30	1.88
69556--69616	19	3.2	19	76	2	59	32	13	8	45	1.72
71407--71431	7	3.6	7	100	0	50	60	0	16	24	1.36
83564--83612	21	2.3	20	83	10	62	10	20	2	67	1.30
86553--86594	22	1.9	22	85	0	57	16	38	21	23	1.93
87278--87306	14	2.1	14	93	6	51	62	0	0	37	0.96
87283--87316	17	2.0	17	94	0	59	67	0	0	32	0.91
87691--88255	122	4.7	122	82	7	647	27	17	13	40	1.88
87810--88272	234	2.0	234	88	1	687	26	18	15	39	1.91
88279--88494	73	3.0	73	87	8	334	37	11	18	32	1.87
89346--89397	22	2.4	22	96	0	95	36	15	9	38	1.80
93297--93363	32	2.1	32	91	0	107	19	14	19	46	1.84
93823--93860	16	2.4	16	86	8	51	2	15	0	81	0.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98243--98331	28	3.2	30	78	15	86	62	1	4	31	1.22
99707--99748	22	1.9	22	85	0	57	21	35	16	26	1.94
102092--102338	29	8.5	28	74	10	158	54	6	6	32	1.51
103881--103932	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
103943--103983	23	1.9	20	85	14	55	31	4	14	48	1.65
105538--105579	20	2.2	20	87	8	61	14	0	30	54	1.40
106205--106287	26	3.2	26	63	19	64	49	7	2	40	1.43
106206--106314	52	2.1	51	81	6	121	55	6	1	36	1.37
114294--114734	199	2.2	199	82	5	525	39	13	15	31	1.85
114803--114851	23	2.1	23	88	7	73	34	16	8	40	1.78
114813--114863	23	2.2	23	85	0	66	37	11	9	41	1.75
114894--114938	23	2.0	23	90	0	72	35	6	8	48	1.61
114729--114977	87	2.9	87	86	0	309	36	10	8	44	1.70
114900--114950	23	2.2	23	85	0	66	39	7	7	45	1.62
114898--114955	23	2.4	24	80	11	64	37	6	6	48	1.57
116747--117086	170	2.0	170	100	0	680	26	24	15	33	1.95
122464--122503	20	2.0	20	95	0	71	30	20	12	37	1.89
125774--125945	85	2.0	86	98	1	337	34	19	17	29	1.94
128326--128354	12	2.4	12	100	0	58	48	6	0	44	1.29
133373--133414	18	2.3	18	100	0	84	59	0	19	21	1.38
136929--136960	15	2.1	15	94	0	55	50	0	15	34	1.45
139149--139182	17	2.1	17	94	5	61	14	0	0	85	0.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142359--142388	15	2.1	14	93	6	51	13	0	3	83	0.77
153076--153114	6	6.7	6	83	16	55	84	0	15	0	0.62
153076--153106	16	1.9	16	100	0	62	83	0	16	0	0.64
155132--155192	23	2.7	23	89	0	95	29	26	26	18	1.98
155538--155574	19	2.0	19	89	5	58	27	21	0	51	1.48
155787--155830	23	1.9	23	90	0	70	22	27	20	29	1.99
166057--166081	11	2.3	11	100	0	50	8	8	0	84	0.79
166854--166899	18	2.6	18	100	0	92	17	28	28	26	1.98
168100--168129	13	2.3	13	94	0	51	70	0	13	16	1.18
173980--174036	23	2.5	23	76	15	57	68	5	8	17	1.35
175910--175969	27	2.2	27	82	5	68	21	11	25	41	1.87
178679--178886	103	2.0	103	97	0	389	42	14	7	35	1.74
179580--179660	23	3.5	23	87	0	117	28	24	27	19	1.99
180160--180201	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
180752--180789	20	1.9	20	88	0	58	26	21	18	34	1.96
180816--180958	64	2.2	64	80	2	162	26	22	17	33	1.96
180989--181034	21	2.2	21	96	0	83	30	19	23	26	1.98
183741--183781	14	3.0	13	89	3	55	19	0	2	78	0.87
183804--183843	20	2.0	20	90	0	62	15	15	0	70	1.18
188341--188421	39	2.1	39	95	0	144	37	7	16	39	1.76
188453--188565	60	1.9	60	84	0	154	37	9	15	38	1.80
199411--199441	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199688--199730	17	2.5	17	100	0	86	55	0	0	44	0.99
200740--200791	16	3.4	15	79	12	52	30	1	1	65	1.14
203884--203916	17	1.9	17	100	0	66	30	30	6	33	1.82
215017--215076	23	2.8	22	85	10	79	25	30	25	20	1.99
218769--218818	23	2.2	23	92	0	82	34	6	4	56	1.43
218780--218829	23	2.3	23	89	6	77	30	6	4	60	1.39
219088--219129	17	2.5	17	85	11	52	61	0	2	35	1.09
223105--223163	24	2.5	24	88	0	91	33	25	20	20	1.97
223281--223420	60	2.4	57	80	5	156	36	20	3	39	1.70
224544--224605	32	1.9	32	90	6	99	29	20	22	27	1.99
226239--226286	20	2.6	19	87	12	66	25	22	18	33	1.97
235537--235588	21	2.5	21	100	0	104	11	42	3	42	1.59
240936--240976	11	3.7	11	87	6	57	17	12	0	70	1.16
241309--241359	10	5.1	10	92	7	86	88	11	0	0	0.52
241309--241359	19	2.5	20	90	9	86	88	11	0	0	0.52
241309--241353	1	45.0	1	81	0	54	91	8	0	0	0.43
245541--245582	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
256396--256429	15	2.3	15	89	0	50	17	14	0	67	1.23
261262--261300	21	1.9	21	89	5	62	23	20	30	25	1.98
261261--261306	20	2.2	21	80	3	58	26	19	28	26	1.99
264873--264954	24	3.5	24	88	3	130	25	17	20	36	1.94
266055--266131	33	2.4	32	89	4	127	44	15	9	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266120--266159	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
268527--268567	19	2.1	20	86	4	57	36	14	14	34	1.87
276091--276125	15	2.3	15	95	0	61	14	17	20	48	1.81
278420--278465	11	4.1	12	81	13	53	23	10	8	56	1.61
278420--278465	23	2.0	22	84	12	58	23	10	8	56	1.61
278433--278468	12	3.1	12	88	8	56	19	8	8	63	1.47
281509--281613	33	3.2	32	77	12	115	43	30	9	16	1.79
292285--292596	156	2.0	156	100	0	624	30	30	11	26	1.92
292982--293071	45	2.0	46	82	6	112	30	42	6	21	1.78
310325--311956	6	274.3	6	96	3	3061	33	0	16	50	1.46

Tables:   1   2   3   4   5