genome.fa.s8650.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008650.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111640_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1713193

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14551--14594	21	2.1	21	86	0	61	31	27	25	15	1.96
15108--15154	23	2.0	24	91	4	78	44	0	21	34	1.52
15332--15487	31	5.0	31	92	1	251	21	19	21	37	1.95
18484--18527	21	2.1	21	86	0	61	31	27	25	15	1.96
19041--19087	23	2.0	24	91	4	78	44	0	21	34	1.52
19265--19420	31	5.0	31	92	1	251	21	19	21	37	1.95
20354--20385	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
39872--39899	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
47688--47732	23	2.0	23	81	0	54	26	24	26	22	2.00
55074--55107	17	2.0	17	94	0	59	38	5	8	47	1.59
59321--59347	10	2.7	10	100	0	54	59	22	18	0	1.38
61521--61566	24	2.0	23	83	8	58	8	4	17	69	1.31
64021--64068	25	1.9	25	82	0	60	50	14	12	22	1.77
65715--65775	26	2.3	26	80	8	70	19	29	6	44	1.76
65726--65774	26	1.9	25	87	4	71	24	22	8	44	1.79
67044--67118	36	2.1	36	94	0	132	28	16	9	46	1.77
68659--68698	21	1.9	21	85	10	55	20	37	17	25	1.94
74122--74155	17	2.0	17	94	0	59	26	0	5	67	1.13
81420--81465	7	6.7	7	83	11	60	28	0	71	0	0.86
85540--85565	11	2.4	11	100	0	52	76	0	7	15	0.99
89445--89487	15	2.9	15	100	0	86	34	20	23	20	1.96
91021--91074	25	2.1	27	83	10	69	44	0	11	44	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91149--91186	16	2.4	17	82	13	53	52	5	10	31	1.58
91350--91405	28	1.9	28	85	7	76	46	1	21	30	1.62
91365--91418	28	1.9	27	82	14	65	44	0	22	33	1.53
93278--93351	6	12.2	6	76	2	67	44	1	22	31	1.61
109296--109338	22	2.0	22	85	0	59	39	9	13	37	1.78
112230--112281	26	2.0	26	84	0	68	25	32	17	25	1.97
113139--113210	31	2.3	31	80	0	81	37	1	16	44	1.57
113883--113927	18	2.6	17	86	6	63	0	48	0	51	1.00
113891--113927	18	2.1	18	94	0	65	0	48	0	51	1.00
119700--119828	62	2.1	62	83	2	161	39	9	16	34	1.80
126689--126764	25	3.1	23	76	16	64	52	2	1	43	1.23
127567--127618	22	2.3	22	80	3	59	51	1	3	42	1.31
129631--129673	21	2.0	21	86	0	59	37	0	18	44	1.50
132380--132503	42	3.0	42	91	0	203	33	19	22	25	1.97
138833--138895	31	2.0	31	100	0	126	39	12	6	41	1.69
140874--140923	2	25.0	2	100	0	100	50	0	50	0	1.00
160634--160681	25	2.0	24	88	12	71	58	10	6	25	1.54
171337--171362	12	2.2	12	100	0	52	57	0	0	42	0.98
175602--175691	3	30.0	3	95	0	162	64	0	1	34	1.01
177309--177429	38	3.2	38	92	0	206	34	5	18	41	1.74
181270--181301	15	2.1	15	100	0	64	43	21	6	28	1.77
188180--188389	36	5.8	36	95	0	357	32	23	26	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190797--192326	391	3.9	391	96	0	2783	27	14	27	30	1.95
203041--203119	39	2.0	39	95	0	140	40	8	10	40	1.70
206312--206359	19	2.5	19	96	0	87	31	25	20	22	1.98
206413--206478	21	3.1	21	73	16	73	19	16	22	40	1.91
206615--206683	23	3.3	22	75	15	67	37	21	20	20	1.94
206615--206683	19	3.3	19	73	15	57	37	21	20	20	1.94
206679--206731	21	2.5	21	93	0	88	16	20	32	30	1.95
207228--207259	15	2.1	15	94	0	55	31	6	28	34	1.82
208181--208253	33	2.2	34	83	9	89	30	0	5	64	1.16
208202--208287	31	2.7	30	80	7	91	39	0	2	58	1.11
208427--208480	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
211582--211659	19	3.8	19	72	12	66	50	3	3	42	1.39
211586--211679	41	2.3	41	94	1	161	52	4	3	40	1.37
211666--211709	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
211607--211678	23	3.4	22	67	20	62	54	5	2	37	1.39
215919--215961	22	2.0	22	81	4	52	32	13	0	53	1.41
216975--217067	31	3.0	31	93	1	161	43	3	11	41	1.57
233044--233498	51	8.9	52	89	1	541	41	27	15	14	1.87
238543--238606	3	22.0	3	84	12	89	31	1	0	67	1.00
238721--238859	25	5.6	25	97	0	253	33	20	13	31	1.92
240449--240482	15	2.2	16	89	5	52	17	0	5	76	0.98
252121--252149	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253222--253453	41	5.4	41	71	13	189	25	29	19	24	1.99
253127--253506	87	4.3	87	91	3	526	27	28	18	25	1.98
253709--253778	3	24.0	3	85	11	101	31	1	0	67	1.00
253893--254056	25	6.6	25	97	0	294	33	20	14	31	1.92
255646--255679	15	2.2	16	89	5	52	17	0	5	76	0.98
256819--256848	11	2.8	11	95	5	53	10	0	0	90	0.47
257581--257666	15	5.8	15	83	2	111	44	8	17	30	1.78
257585--257666	30	2.8	30	94	1	139	41	8	18	31	1.80
257649--257711	20	3.2	20	90	0	108	39	9	12	38	1.76
257654--257718	20	3.3	19	81	14	78	46	9	12	32	1.73
257886--257940	28	2.0	29	89	7	87	52	1	1	43	1.22
258002--258045	22	2.0	23	86	4	63	54	0	0	45	0.99
258006--258062	21	2.6	22	81	10	64	52	0	0	47	1.00
258251--258370	42	2.9	42	92	0	195	45	17	19	17	1.85
258440--258483	23	2.0	23	86	4	63	43	6	9	40	1.63
260437--260487	24	2.1	24	100	0	102	33	27	23	15	1.95
263133--263169	16	2.4	16	90	4	58	40	0	5	54	1.24
263336--263430	37	2.5	40	77	14	103	48	1	2	48	1.20
280347--280401	22	2.4	23	75	9	58	54	0	0	45	0.99
282623--282671	7	6.9	7	76	4	53	44	36	0	18	1.50
282775--282823	21	2.3	21	85	0	62	48	26	0	24	1.51
282792--282843	7	7.4	7	78	8	61	42	34	0	23	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282785--282854	28	2.4	28	78	4	86	48	27	0	24	1.51
283153--283179	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
283722--283768	14	3.7	14	71	26	50	51	4	0	44	1.21
283720--283769	23	2.1	24	96	3	93	48	4	0	48	1.20
284037--284075	16	2.4	16	91	0	60	41	12	23	23	1.88
287871--288418	41	13.2	41	82	4	476	28	19	18	33	1.95
287893--288418	166	3.2	164	86	2	588	27	19	18	34	1.95
287890--288377	207	2.4	207	91	0	778	28	19	17	34	1.94
289050--289116	32	2.1	32	82	0	80	25	7	20	46	1.77
291224--291574	43	8.2	41	81	6	274	23	21	19	34	1.97
293047--293079	15	2.1	16	88	5	50	63	3	0	33	1.10
303419--303490	15	4.9	15	82	3	101	43	5	19	31	1.74
303419--303490	30	2.4	30	97	2	137	43	5	19	31	1.74
303476--303542	20	3.3	20	95	0	125	41	8	14	34	1.78
303709--303773	28	2.3	27	82	15	78	50	1	1	46	1.20
303709--303806	31	3.2	32	76	15	84	51	2	1	45	1.19
303826--303869	22	2.0	23	86	4	63	54	0	0	45	0.99
303830--303886	21	2.6	22	81	10	64	52	0	0	47	1.00
303766--303886	54	2.3	51	77	19	133	50	0	0	47	1.12
304075--304189	42	2.8	42	93	1	187	42	18	20	19	1.89
304846--305059	103	2.1	103	99	0	419	36	23	12	27	1.91
306080--306106	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308132--308158	14	1.9	14	100	0	54	11	7	22	59	1.56
311483--311632	76	2.0	77	89	1	230	30	23	7	39	1.82
314341--314451	54	2.1	54	98	0	213	36	11	12	39	1.80
316635--316687	24	2.2	24	83	6	72	32	16	5	45	1.71
317238--317636	198	2.0	198	93	0	674	34	12	10	43	1.75
317833--317965	58	2.3	58	96	0	239	43	8	2	45	1.46
328059--328120	30	2.1	30	100	0	124	48	3	14	33	1.60
330986--331020	8	4.5	8	96	3	63	37	0	0	62	0.95
331895--331924	15	2.1	14	93	6	51	6	0	3	90	0.56
337709--337742	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6