genome.fa.s8668.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008668.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111671_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2122653

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
604800--605039	71	3.4	71	83	11	355	47	17	20	15	1.83
604734--605071	142	2.4	138	89	7	499	46	18	20	14	1.83
605068--605168	19	5.6	19	85	12	142	14	23	17	43	1.87
605273--605309	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
605304--605376	12	6.0	12	67	20	53	57	16	1	24	1.47
605290--605362	38	1.9	38	97	0	137	53	16	1	28	1.51
607229--607285	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
607210--607302	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
607173--607307	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
607303--607431	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
607303--607394	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
607475--607853	92	4.1	93	98	1	744	46	18	12	22	1.83
609557--609646	14	5.7	14	72	23	72	42	23	24	10	1.84
609549--609663	33	3.5	33	92	0	203	45	20	23	10	1.82
609552--609668	19	6.9	19	69	24	84	43	21	23	11	1.84
609680--609734	14	3.6	14	73	21	56	9	27	23	40	1.85
609855--609925	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
610107--610161	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
610307--610500	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
610307--610500	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
610493--610569	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
610555--610606	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
624574--624652	23	3.4	23	77	6	88	45	8	11	34	1.71
625338--625407	20	3.5	20	70	18	72	21	22	22	32	1.98
625279--625636	41	8.6	42	95	1	625	21	20	26	31	1.98
625716--625748	6	5.5	6	100	0	66	33	51	15	0	1.43
629919--629943	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
630645--630681	20	1.9	19	89	10	58	51	10	18	18	1.75
636713--636742	15	1.9	16	93	6	53	83	3	0	13	0.77
636906--636931	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
637457--637516	29	2.0	29	84	9	77	56	3	3	36	1.32
638239--638457	65	3.4	65	89	1	323	54	2	4	38	1.32
638239--638473	129	1.8	131	86	3	350	54	2	3	39	1.31
639836--639869	17	2.1	16	94	5	59	64	0	0	35	0.94
645054--645099	24	1.9	24	95	0	83	50	6	39	4	1.48
651540--651564	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
651793--651818	13	2.0	13	100	0	52	46	7	0	46	1.31
653980--654005	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
661095--661132	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
662829--662880	23	2.3	22	76	3	59	46	1	1	50	1.23
662984--663035	23	2.3	22	76	3	59	46	1	1	50	1.23
662826--663127	155	2.0	155	98	2	574	41	4	7	45	1.54
665754--665803	21	2.3	21	89	6	73	22	0	2	76	0.89
665752--665812	24	2.6	23	79	10	70	24	0	1	73	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
673694--673763	36	2.0	35	83	13	90	45	5	0	48	1.26
675543--675611	26	2.7	26	84	8	79	39	10	1	49	1.46
675909--675969	23	2.6	23	89	2	95	26	3	8	62	1.39
678845--678874	12	2.5	12	88	0	51	16	10	66	6	1.41
680284--680313	6	5.0	6	95	0	51	20	0	80	0	0.72
682850--682955	37	3.0	37	67	16	100	27	12	12	48	1.76
682850--683114	68	4.0	68	76	12	293	28	11	12	47	1.75
683188--683256	34	2.0	34	88	5	102	24	7	18	49	1.73
686417--686487	24	2.9	24	91	2	97	39	14	18	28	1.89
686432--686487	24	2.3	24	100	0	112	37	16	17	28	1.91
688170--688194	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
689471--689543	24	3.0	24	93	0	128	15	36	16	31	1.90
694350--694374	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
698277--698343	33	2.0	33	100	0	134	23	8	29	37	1.86
699119--699166	24	2.0	24	84	8	62	27	0	45	27	1.54
715635--715700	32	2.1	32	88	0	96	40	18	10	30	1.84
717158--717197	15	2.7	15	100	0	80	60	0	0	40	0.97
723029--723084	2	28.5	2	92	3	96	48	1	0	50	1.11
723719--723816	32	3.1	32	67	10	76	50	0	3	46	1.17
723732--723816	22	4.0	21	69	21	70	51	0	3	44	1.18
723946--723989	20	2.4	19	78	14	56	29	27	4	38	1.76
725521--726096	253	2.3	253	86	5	790	42	18	11	27	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726877--726911	17	2.1	17	89	5	54	17	8	14	60	1.58
730756--730785	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
741303--741332	8	3.8	8	95	0	51	50	0	3	46	1.18
741402--741439	19	2.0	19	100	0	76	31	0	10	57	1.32
749583--749645	28	2.2	28	88	0	99	36	3	20	39	1.69
749684--749733	26	2.0	26	84	11	68	64	2	2	32	1.16
755172--755269	21	4.8	20	70	10	63	35	21	19	23	1.96
755237--755430	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
755233--755430	40	5.0	39	81	4	200	35	26	19	19	1.95
755237--755429	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
755811--755881	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
756002--756056	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
756002--756072	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
756068--756165	19	5.7	19	70	22	90	10	23	22	43	1.83
756090--756179	14	5.7	14	72	23	72	8	24	23	43	1.82
756073--756187	33	3.5	33	97	0	221	9	23	20	46	1.80
757876--758439	185	3.0	186	98	1	1098	21	12	18	46	1.83
757876--758439	93	6.1	93	98	1	1098	21	12	18	46	1.83
758483--758610	19	7.3	19	73	17	116	45	28	17	8	1.78
758519--758610	33	2.8	32	90	6	141	45	28	18	7	1.76
758606--758739	19	7.6	19	69	16	83	11	18	23	46	1.81
758628--758684	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758611--758702	33	2.8	33	91	1	150	10	19	21	47	1.80
758628--758721	51	1.9	47	85	8	125	9	20	24	45	1.80
758675--758739	19	3.4	19	87	4	87	10	16	27	44	1.81
759198--759257	20	3.0	20	75	2	66	23	38	18	20	1.93
760483--760519	12	3.2	12	84	7	58	18	0	18	62	1.34
760583--760618	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
760723--760824	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
760852--761153	19	17.4	19	79	18	340	14	20	18	46	1.84
760830--761169	51	6.6	55	86	11	312	14	20	18	45	1.84
764328--764696	20	18.5	20	86	4	458	20	18	26	34	1.96
767010--767050	21	2.0	21	85	9	57	41	9	31	17	1.82
776095--776134	21	1.9	21	90	10	64	67	10	5	17	1.37
782937--782969	2	17.5	2	87	12	52	51	0	0	48	1.00
782935--782978	12	3.6	12	82	14	54	50	0	2	47	1.13
788756--788879	62	2.0	61	98	1	239	37	17	11	33	1.86
789906--789954	21	2.4	21	80	10	57	55	2	0	42	1.11
792408--792451	23	1.9	23	100	0	88	27	13	29	29	1.94
802179--802250	31	2.4	30	77	9	74	31	20	8	38	1.83
806683--806799	41	2.8	41	87	6	164	18	17	15	48	1.81
807011--807091	22	3.5	22	71	15	65	51	1	1	45	1.16
806983--807060	31	2.4	34	76	20	87	51	0	0	48	1.00
807528--807598	15	4.8	15	75	3	72	33	16	4	45	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807528--807598	30	2.4	30	90	2	108	33	16	4	45	1.67
811723--811757	12	2.9	12	91	0	52	22	8	51	17	1.72
814522--814594	32	2.3	32	97	0	137	20	15	34	30	1.93
815568--815880	148	2.1	148	89	2	486	36	21	15	25	1.94
822914--822940	13	2.1	13	100	0	54	37	14	0	48	1.45
832467--832509	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
832489--832640	68	2.2	68	87	4	209	26	26	28	18	1.98
833005--833063	30	2.0	30	89	0	91	38	3	22	35	1.71
833277--833344	22	3.0	22	97	2	127	19	26	27	26	1.99
835415--835448	16	2.1	16	100	0	68	17	11	26	44	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9