genome.fa.s8668.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008668.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111671_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2122653

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  7  of  9  ( 1078 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1428157--1428236	30	2.7	30	78	18	87	20	7	8	63	1.47
1428157--1428248	30	3.1	29	73	20	75	20	8	8	61	1.51
1431353--1431399	19	2.6	18	80	10	51	80	6	10	2	0.96
1435498--1435581	21	3.9	21	73	14	71	23	29	27	19	1.98
1437154--1437194	18	2.3	18	91	8	66	48	19	29	2	1.61
1445945--1446005	21	2.9	21	95	0	104	26	39	24	9	1.86
1450651--1450702	21	2.5	21	96	0	95	23	26	28	21	1.99
1450786--1450851	35	1.9	35	90	3	107	16	28	33	21	1.95
1451044--1451083	20	2.0	20	90	4	64	55	7	0	37	1.29
1454563--1454602	20	2.0	20	90	4	64	55	7	0	37	1.29
1456537--1456605	34	2.0	34	100	0	138	8	44	20	26	1.80
1456698--1456722	10	2.5	10	100	0	50	56	0	8	36	1.29
1456758--1457016	134	1.9	134	83	9	332	31	18	14	34	1.92
1466188--1466264	31	2.5	31	77	10	84	14	28	28	28	1.95
1467519--1467725	64	3.2	63	80	7	195	28	15	25	29	1.96
1468345--1468384	18	2.2	19	86	4	55	65	22	0	12	1.26
1474185--1474224	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
1476110--1476287	64	2.8	63	82	8	182	28	16	25	29	1.97
1476130--1476336	64	3.2	62	82	8	195	28	16	25	28	1.97
1482097--1482160	18	3.4	20	73	20	66	48	4	1	45	1.32
1482242--1482296	2	28.0	2	96	3	103	50	0	0	49	1.00
1482394--1482448	17	2.9	19	84	7	60	45	0	30	23	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1482369--1482457	46	2.0	45	82	6	108	46	0	26	26	1.53
1482666--1482719	8	6.8	8	100	0	108	25	11	24	38	1.88
1482888--1482962	7	10.7	7	77	11	73	50	29	1	18	1.55
1482888--1482962	14	5.4	14	80	6	89	50	29	1	18	1.55
1482888--1482967	21	3.8	21	75	6	81	50	28	1	20	1.56
1483597--1483638	21	2.0	21	85	0	57	54	2	23	19	1.55
1483801--1483845	13	3.3	13	88	11	72	51	8	0	40	1.33
1483801--1483845	15	3.1	15	81	12	67	51	8	0	40	1.33
1483932--1483983	7	7.4	7	82	0	59	46	30	0	23	1.53
1483932--1483983	14	3.7	14	89	0	86	46	30	0	23	1.53
1483932--1483983	21	2.5	21	83	0	68	46	30	0	23	1.53
1484005--1484068	27	2.4	27	100	0	128	40	4	20	34	1.73
1484176--1484222	23	2.1	22	92	7	78	51	4	0	44	1.21
1484244--1484296	22	2.3	22	83	9	61	35	3	0	60	1.15
1484473--1484514	16	2.6	16	84	0	57	42	11	23	21	1.86
1485668--1485790	33	3.7	33	98	0	237	34	19	23	21	1.96
1487719--1487788	28	2.5	28	100	0	140	30	17	8	44	1.78
1490132--1490205	18	3.9	18	74	20	71	28	2	2	66	1.19
1495588--1495623	18	2.1	18	94	5	65	19	47	22	11	1.80
1497159--1497236	32	2.4	31	89	8	120	51	5	3	39	1.42
1497550--1497584	4	8.8	4	87	12	54	51	0	0	48	1.00
1497540--1497585	20	2.3	20	92	0	83	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1502035--1502090	29	1.9	29	82	7	69	23	16	10	50	1.76
1506804--1506968	82	2.0	82	100	0	330	35	18	10	35	1.86
1508147--1508547	57	7.0	58	91	2	630	29	7	16	46	1.75
1508216--1508315	29	3.5	30	64	9	82	32	6	16	46	1.71
1508254--1508342	28	3.1	28	62	3	70	25	4	15	53	1.61
1508147--1508547	58	7.0	57	91	2	615	29	7	16	46	1.75
1508147--1508543	115	3.5	115	91	1	618	29	7	16	46	1.75
1511972--1512095	54	2.3	54	98	0	239	33	18	19	28	1.95
1512098--1512137	11	3.6	11	86	0	62	32	17	17	32	1.93
1512096--1512137	22	1.9	22	100	0	84	30	19	19	30	1.96
1512574--1512686	59	1.9	59	87	3	165	32	21	11	34	1.89
1512603--1512820	118	1.8	118	79	7	255	29	22	11	37	1.88
1512718--1512829	59	1.9	59	90	3	181	32	22	11	33	1.90
1512569--1512830	118	2.2	118	74	7	248	29	23	11	35	1.90
1513161--1513321	63	2.5	64	82	8	179	27	21	16	34	1.95
1517104--1517292	29	6.5	28	86	5	234	28	5	17	47	1.71
1517104--1517298	59	3.4	57	85	6	248	28	5	17	48	1.70
1517104--1517275	88	2.0	88	89	2	265	29	5	16	48	1.69
1517111--1517313	29	7.0	28	83	7	149	31	5	17	45	1.72
1520530--1520620	29	3.1	29	60	12	69	31	9	17	40	1.82
1520525--1520653	58	2.2	58	98	0	249	27	8	16	47	1.75
1520547--1520637	29	3.1	29	60	12	69	25	12	19	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1525210--1525373	82	2.0	82	89	2	249	29	6	21	42	1.77
1527613--1527664	10	5.4	9	80	11	59	15	25	30	28	1.96
1527612--1527664	19	2.7	19	77	13	63	16	24	30	28	1.97
1527677--1527729	22	2.4	21	87	6	70	16	43	24	15	1.87
1535010--1535069	14	4.4	14	87	6	88	16	46	25	11	1.81
1535017--1535071	26	2.0	28	93	6	96	18	49	21	10	1.78
1535047--1535079	17	1.9	17	100	0	66	18	45	24	12	1.83
1555057--1555130	30	2.5	30	82	4	87	22	27	22	27	2.00
1558426--1558461	18	2.0	18	100	0	72	16	27	16	38	1.90
1559560--1559620	27	2.3	27	88	0	86	26	16	13	44	1.84
1560708--1560764	18	3.1	18	80	14	62	47	7	0	45	1.30
1561350--1561750	134	3.0	134	96	0	748	21	21	24	32	1.98
1568637--1568686	24	2.1	24	100	0	100	30	12	12	46	1.77
1574279--1574303	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
1578446--1578481	18	2.0	18	100	0	72	16	27	16	38	1.90
1579447--1579490	22	2.0	22	82	8	54	43	0	4	52	1.22
1579467--1579517	25	1.9	28	84	11	72	49	0	0	50	1.00
1580469--1580524	28	2.0	28	92	0	94	35	10	14	39	1.81
1580735--1580794	31	1.9	31	93	0	102	28	18	21	31	1.97
1582308--1582385	30	2.6	29	76	13	86	21	26	23	28	1.99
1583908--1583936	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1585529--1585564	18	2.0	18	94	0	63	16	30	16	36	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1589152--1589363	90	2.3	91	82	2	257	25	17	32	25	1.97
1589293--1589489	41	4.8	41	73	15	138	24	18	31	24	1.97
1589213--1589535	125	2.5	129	87	7	453	24	18	32	25	1.97
1589567--1589628	28	2.2	28	82	5	81	50	14	11	24	1.75
1590123--1590169	15	2.9	16	78	9	51	40	8	19	31	1.81
1590572--1590697	67	1.9	66	85	8	175	46	10	12	30	1.75
1590651--1590711	30	2.0	30	93	0	104	42	14	9	32	1.79
1590961--1591058	36	2.8	35	81	3	117	33	12	19	34	1.89
1590962--1591080	36	3.4	36	80	6	111	35	12	21	30	1.91
1591075--1591264	105	1.8	105	88	2	292	37	11	20	31	1.87
1591238--1591374	36	3.8	36	82	5	170	35	13	19	31	1.90
1591238--1591372	71	1.9	72	87	4	202	34	13	20	31	1.91
1591714--1591753	4	10.8	4	79	15	50	27	0	20	52	1.46
1591714--1591757	14	3.1	14	83	3	52	27	0	20	52	1.47
1591716--1591751	18	2.1	17	94	5	63	25	0	22	52	1.47
1592920--1592946	14	1.9	14	100	0	54	7	18	7	66	1.40
1593571--1593637	24	3.0	23	78	14	86	37	11	25	25	1.90
1593555--1593629	24	3.6	20	78	15	80	34	10	26	28	1.90
1593555--1593637	44	1.9	43	92	2	139	36	10	26	26	1.89
1593555--1593636	20	4.0	20	76	13	76	36	10	25	26	1.89
1599792--1599863	34	2.1	34	94	0	126	51	16	8	23	1.71
1600756--1600800	21	2.1	21	92	8	74	46	4	0	48	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1600765--1600812	21	2.3	21	86	10	64	50	6	0	43	1.27
1601826--1602087	134	2.0	129	94	3	461	22	20	24	32	1.98
1603962--1604086	62	2.0	63	95	4	227	22	30	9	37	1.86
1607696--1607731	18	2.0	18	100	0	72	16	27	16	38	1.90
1608396--1608422	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
1613549--1613605	30	2.0	28	89	6	87	31	0	8	59	1.28
1614168--1614199	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
1629919--1629952	2	17.0	2	87	0	50	44	0	2	52	1.16
1629919--1629959	16	2.6	16	88	0	55	41	0	4	53	1.22
1630678--1630721	22	2.0	22	86	0	61	38	13	6	40	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9