genome.fa.s867.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000867.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001674_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  604573

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 332 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2489--2523	17	2.1	17	89	5	54	51	2	14	31	1.57
6135--6160	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
9711--9760	26	2.0	26	88	7	77	36	4	22	38	1.73
12246--12310	21	3.0	21	84	4	67	44	26	1	27	1.63
12682--12706	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
16289--16347	31	1.9	31	96	0	109	37	5	10	47	1.59
28745--28790	5	9.6	5	80	4	51	36	0	0	63	0.95
28746--28798	23	2.3	23	90	3	79	33	0	1	64	1.05
29548--29582	17	2.1	17	89	10	54	60	2	8	28	1.41
36245--36320	13	5.4	15	75	17	58	42	1	0	56	1.07
36222--36310	30	3.1	30	73	17	82	41	1	0	57	1.06
36222--36342	56	2.1	59	80	13	137	40	1	0	57	1.08
36279--36338	13	4.7	13	80	13	63	41	1	0	56	1.09
36307--36348	13	3.2	13	90	6	59	35	4	0	59	1.19
41785--41823	19	2.0	20	90	5	62	10	25	0	64	1.25
44612--44795	90	2.0	90	97	0	350	31	26	13	28	1.94
48468--48652	99	1.9	99	95	0	334	23	22	24	29	1.99
56407--56435	13	2.3	13	94	5	51	13	0	0	86	0.58
58925--58966	21	2.0	21	100	0	84	23	14	23	38	1.92
62649--62732	42	2.0	42	90	4	134	27	8	14	50	1.71
62597--62769	93	1.9	92	81	3	213	25	9	15	50	1.73
73369--73505	39	3.5	39	82	5	152	21	31	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73395--73521	39	3.3	39	85	0	128	22	31	19	25	1.98
73369--73521	78	2.0	78	80	5	175	22	31	20	24	1.98
91599--92582	105	9.4	105	96	0	1799	33	25	17	23	1.96
95198--95581	54	7.3	47	74	18	187	37	0	10	51	1.38
95138--95285	15	9.5	15	82	10	181	45	0	2	51	1.15
95309--95391	32	2.6	32	94	1	141	36	1	10	51	1.45
95241--95844	130	4.6	131	77	15	547	35	0	11	53	1.39
95362--95409	22	2.4	18	73	23	51	33	0	14	52	1.42
95371--95438	22	3.0	22	77	12	82	30	0	16	52	1.43
95417--95871	32	14.7	32	66	27	173	35	0	10	53	1.36
95416--95468	14	3.2	17	70	20	58	30	0	11	58	1.33
95450--95492	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
95265--95591	54	6.1	54	80	7	378	35	0	11	52	1.41
95562--95730	22	6.8	22	66	26	88	35	0	11	52	1.38
95504--95676	76	2.3	76	85	4	267	35	0	12	52	1.39
95339--95762	184	2.3	185	92	2	701	35	0	11	53	1.40
95608--95898	54	5.4	55	80	10	332	36	0	9	54	1.33
95915--95973	31	1.9	31	92	0	100	42	10	6	40	1.65
96328--96353	5	5.2	5	100	0	52	23	57	19	0	1.40
99028--99086	24	2.6	23	76	15	61	57	1	0	40	1.09
102410--102464	24	2.2	25	81	15	62	52	5	5	36	1.48
108188--108223	18	2.0	18	100	0	72	27	22	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109346--109478	60	2.2	60	82	5	153	32	22	6	39	1.78
112002--112037	18	2.0	18	88	0	54	36	19	11	33	1.87
112540--112569	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
114201--114262	22	3.0	21	73	17	58	58	3	0	38	1.15
126260--126285	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
126630--126663	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
127234--127271	11	3.5	11	89	7	51	76	0	0	23	0.79
127233--127269	18	2.0	19	89	5	58	72	0	0	27	0.84
135903--135931	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
146259--146324	24	2.8	24	74	4	62	59	16	13	10	1.61
146752--146810	18	3.2	18	68	17	57	40	16	3	38	1.66
146642--146884	129	1.9	131	93	3	427	35	15	6	42	1.72
149606--149666	32	1.9	32	82	0	77	44	8	9	37	1.68
154877--154904	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
159079--159155	39	2.0	39	92	0	127	22	22	31	24	1.98
160426--160465	11	3.6	11	79	0	53	27	22	22	27	1.99
162549--162599	13	3.9	13	76	7	50	25	0	25	49	1.51
166129--166177	3	16.0	3	91	4	80	34	0	0	65	0.93
167389--167447	15	4.1	14	75	16	50	27	1	1	69	1.07
167505--167537	15	2.3	15	89	5	50	42	0	0	57	0.98
167615--167893	137	2.0	135	79	10	305	39	8	7	44	1.63
172928--172965	20	2.0	20	85	10	53	55	7	13	23	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173098--173195	38	2.5	39	75	11	112	48	4	1	45	1.28
178692--178732	21	2.0	21	85	0	55	21	29	26	21	1.99
179965--180005	19	2.2	20	86	8	59	29	4	9	56	1.53
185984--186013	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
206522--206627	39	3.0	33	78	17	113	39	1	3	54	1.29
206541--206624	39	2.1	40	91	2	134	36	1	3	58	1.23
208024--208079	21	2.7	21	91	5	87	19	33	25	21	1.97
213676--213751	36	2.1	36	83	11	93	47	1	5	46	1.33
222140--222219	40	1.9	41	87	7	117	38	11	10	40	1.75
222572--222603	17	1.9	17	93	6	57	37	0	0	62	0.95
223739--223781	21	2.1	21	91	8	72	62	2	9	25	1.37
223885--223940	25	2.2	25	93	0	94	55	16	1	26	1.51
228459--228493	15	2.2	16	90	5	54	42	0	11	45	1.40
228524--228760	127	1.9	127	89	3	370	36	12	10	40	1.77
242467--242528	34	1.9	33	84	12	85	30	9	1	58	1.40
242522--242682	30	5.5	29	79	5	144	35	6	3	54	1.45
242691--242742	24	2.1	25	82	3	61	53	1	3	40	1.30
242715--242804	29	3.2	28	77	14	96	46	1	8	43	1.42
242709--242781	27	2.7	26	83	10	92	46	0	8	45	1.33
242709--242864	26	5.8	27	73	16	110	50	0	6	42	1.32
246331--246378	17	2.7	18	77	9	53	52	8	0	39	1.32
247247--247290	11	4.2	11	77	11	56	27	2	2	68	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247292--247331	16	2.6	15	88	11	55	55	0	2	42	1.13
248456--248799	128	2.6	130	78	8	367	24	22	20	32	1.98
257074--257117	22	2.0	22	100	0	88	18	22	27	31	1.97
265016--265083	31	2.2	31	84	5	84	33	4	5	55	1.44
281754--281817	30	2.1	31	91	2	103	37	3	4	54	1.37
283862--283903	21	2.0	21	95	0	75	33	16	14	35	1.89
284630--284664	18	2.0	18	94	5	63	11	11	37	40	1.77
291852--291891	19	2.1	19	85	0	53	32	12	7	47	1.69
293673--293698	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
297308--297367	29	2.1	29	83	0	75	65	8	13	13	1.48
298965--299007	3	15.0	3	85	9	63	67	0	0	32	0.91
299298--299501	43	4.7	43	73	11	157	22	20	31	25	1.98
299218--299548	130	2.6	129	87	2	466	23	19	29	26	1.98
299711--299790	35	2.2	36	82	8	92	30	8	20	41	1.82
300048--300091	15	2.9	15	93	0	70	43	4	20	31	1.72
300187--300266	40	2.0	40	85	4	108	36	12	20	31	1.89
300248--300371	64	2.0	62	85	3	167	42	10	14	32	1.80
300551--300788	67	3.6	64	84	9	259	44	12	12	30	1.79
300604--300729	37	3.6	37	69	16	124	46	11	11	30	1.76
300593--300788	67	3.0	67	92	2	299	44	12	12	30	1.78
300836--300985	27	5.4	27	84	7	169	48	14	10	28	1.75
300851--300982	29	4.8	27	88	4	176	46	15	10	28	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300851--300985	56	2.4	55	83	8	184	47	14	10	27	1.77
301224--301322	37	2.8	36	78	4	103	33	13	19	34	1.90
301225--301344	37	3.4	37	76	8	99	35	13	20	30	1.91
301296--301533	105	2.3	102	82	9	270	37	12	18	31	1.88
301548--301656	38	2.9	37	80	9	114	34	11	20	33	1.88
301884--301915	4	8.0	4	100	0	64	25	0	0	75	0.81
301994--302170	4	45.0	4	93	3	306	25	0	23	49	1.54
303344--303381	11	3.4	11	89	7	58	5	13	10	71	1.30
303365--303411	18	2.6	17	75	21	51	4	12	14	68	1.36
303659--303683	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29

Tables:   1   2   3