genome.fa.s8689.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008689.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111715_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  959342

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
707860--707937	36	2.1	37	83	4	95	44	7	5	42	1.55
707910--707976	29	2.3	28	84	7	80	49	8	1	40	1.43
707946--708056	38	2.9	37	82	12	120	47	7	2	42	1.45
707940--708057	36	3.2	36	78	12	123	47	6	2	43	1.43
707946--708059	39	3.0	38	81	10	126	46	7	3	42	1.48
708658--709564	164	5.5	164	97	0	1679	25	20	23	30	1.99
712959--713004	19	2.4	19	89	7	67	67	6	13	13	1.41
726703--726749	21	2.2	21	100	0	94	25	36	4	34	1.76
728253--728375	50	2.5	51	84	7	155	39	19	10	30	1.86
728447--728508	25	2.5	25	81	5	72	53	1	1	43	1.20
728447--728500	25	2.1	26	86	3	74	51	1	1	44	1.22
734967--735030	23	2.8	23	92	0	101	32	18	9	39	1.83
735662--735709	21	2.2	23	78	14	57	33	0	2	64	1.05
740450--740479	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
740958--740998	20	2.0	20	100	0	82	65	14	14	4	1.42
742381--742502	51	2.3	54	83	7	151	36	1	12	49	1.50
746494--746555	23	2.9	21	85	7	72	16	25	35	22	1.94
757946--757980	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
759757--759798	21	2.0	21	81	9	50	47	4	0	47	1.23
760171--760195	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
760280--760318	14	2.8	14	88	7	53	38	5	2	53	1.37
760565--760688	29	4.4	29	72	18	77	54	2	0	42	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762069--762096	7	4.0	7	100	0	56	71	0	0	28	0.86
762333--762364	7	4.6	7	92	0	55	71	0	3	25	1.00
764768--764803	17	2.1	17	89	0	54	44	0	0	55	0.99
764990--765026	15	2.3	17	86	9	51	45	0	2	51	1.15
768967--769078	36	3.2	36	62	21	92	30	11	27	30	1.92
768958--769095	69	2.0	69	100	0	276	27	11	28	31	1.92
769835--769871	15	2.3	17	86	9	51	45	0	2	51	1.15
778630--778712	38	2.2	38	91	0	130	32	6	16	44	1.72
778838--778883	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
780874--780936	9	7.1	9	69	16	51	20	4	3	71	1.18
780875--780960	32	2.7	34	81	15	103	22	4	4	68	1.27
783325--783425	43	2.3	43	87	0	139	22	16	24	35	1.95
783271--783521	129	1.9	129	80	6	294	25	17	22	35	1.95
784015--784085	21	3.4	21	86	3	72	5	30	21	42	1.76
784028--784099	21	3.4	21	90	0	108	2	33	20	43	1.67
784029--784119	21	4.3	21	87	2	103	2	35	19	42	1.64
784076--784117	15	2.6	16	80	20	52	0	35	19	45	1.50
787495--787531	18	2.1	18	94	0	65	45	16	8	29	1.76
788937--788995	28	2.1	28	100	0	118	25	23	22	28	1.99
789040--789116	23	3.3	23	81	1	91	25	20	20	32	1.97
794738--794955	103	2.1	103	96	0	400	26	12	23	37	1.91
794962--795039	23	3.3	23	78	1	84	24	20	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795875--795920	21	2.2	21	84	0	56	28	23	30	17	1.97
795945--795989	22	2.0	22	86	4	63	31	33	26	8	1.87
797354--797571	103	2.1	103	94	0	391	26	13	22	36	1.92
797587--797693	23	4.7	23	79	0	115	24	25	24	26	2.00
797583--797693	46	2.4	46	92	0	177	25	24	23	27	2.00
800237--800281	18	2.6	17	86	6	56	26	0	2	71	0.98
800334--800373	17	2.4	17	86	0	53	35	37	7	20	1.81
801787--801819	15	2.3	15	89	5	50	42	0	0	57	0.98
804242--804295	14	3.8	14	82	4	63	24	14	9	51	1.71
807252--807309	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
809118--809388	93	2.9	93	95	0	481	29	15	21	33	1.94
811544--811701	54	3.0	54	77	14	168	41	15	19	24	1.90
811549--811697	50	2.9	52	78	9	162	40	14	20	24	1.90
812022--812100	22	3.6	22	89	0	113	32	16	13	36	1.88
812565--813172	113	5.4	113	95	0	1069	37	17	19	26	1.93
813608--813652	18	2.6	17	86	6	56	26	0	2	71	0.98
813705--813744	17	2.4	17	86	0	53	30	42	12	15	1.83
815157--815189	15	2.3	15	89	5	50	42	0	0	57	0.98
818570--818787	103	2.1	103	98	0	418	26	13	23	36	1.92
818798--818939	69	2.1	67	94	3	257	23	23	22	30	1.99
818799--818939	23	6.2	23	88	1	205	24	23	22	29	1.99
822148--822397	132	1.9	131	85	5	340	35	14	13	36	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825269--825400	42	3.3	40	68	11	108	29	18	18	33	1.95
825271--825483	83	2.6	83	79	9	208	29	19	18	32	1.96
831220--831265	24	1.9	23	83	16	58	47	2	0	50	1.13
831250--831312	23	2.6	24	78	19	60	50	1	0	47	1.10
831284--831330	22	2.1	23	88	4	69	44	2	0	53	1.12
831278--831357	32	2.5	32	80	14	92	47	2	0	50	1.14
831379--831516	54	2.5	54	77	19	133	52	1	1	44	1.19
831651--831691	20	2.2	20	86	8	59	58	0	0	41	0.98
838727--838764	19	2.0	20	94	5	69	28	15	28	26	1.96
838732--838890	63	2.5	63	87	2	212	32	19	22	26	1.97
839346--839649	149	2.0	149	98	0	590	26	15	21	35	1.94
839627--839672	23	2.0	23	86	0	65	21	21	26	30	1.99
845775--845812	19	2.0	20	94	5	69	28	15	28	26	1.96
845780--845938	63	2.5	63	87	2	212	32	19	22	26	1.97
846394--846699	149	2.0	150	94	2	544	27	14	21	36	1.93
846677--846722	23	2.0	23	86	0	65	21	21	26	30	1.99
866405--866512	36	3.0	36	93	0	180	32	14	24	28	1.95
869357--869383	12	2.2	12	100	0	54	44	11	29	14	1.80
875484--875523	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
886737--886821	37	2.3	37	86	6	120	42	20	4	32	1.72
891324--891407	37	2.3	37	82	10	102	42	17	3	35	1.67
895174--895213	3	13.0	3	94	5	71	65	0	2	32	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895393--895442	27	1.9	25	88	8	73	38	4	2	56	1.30
895426--895480	20	2.7	20	75	13	58	38	0	3	58	1.16
899404--899459	23	2.4	23	96	0	103	37	8	14	39	1.77
899959--900392	112	3.9	111	88	1	618	46	10	11	32	1.74
909668--909700	17	1.9	17	88	11	50	45	12	0	42	1.41
913447--913497	21	2.4	21	93	0	84	31	31	21	15	1.95
913509--913624	21	5.6	21	84	9	150	19	20	26	32	1.97
913507--913624	61	1.9	60	86	10	168	19	20	26	33	1.96
913694--913867	19	8.6	18	68	21	62	36	21	18	22	1.95
913688--913814	61	2.1	61	93	0	218	35	22	18	23	1.96
913737--913888	42	3.7	41	89	5	229	34	23	19	22	1.96
913688--913900	103	2.1	102	85	7	288	34	23	19	23	1.97
913863--913913	21	2.4	21	86	0	66	31	29	21	17	1.96
913928--913974	21	2.2	21	96	0	85	19	19	31	29	1.96
916235--916267	17	1.9	17	88	11	50	36	6	42	15	1.71
923106--923139	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
936478--936761	115	2.5	115	90	3	430	32	31	16	19	1.94
937689--937877	28	6.6	29	76	5	152	45	16	4	32	1.69
937688--937871	29	6.4	28	75	10	122	46	15	4	33	1.66
937689--937877	85	2.2	87	80	3	222	45	16	4	32	1.69
938614--938640	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
939028--939054	10	2.7	10	100	0	54	85	7	0	7	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
944757--944820	29	2.2	28	81	13	76	46	3	1	48	1.27
954422--954455	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
954646--954684	20	1.9	21	94	5	71	46	25	15	12	1.81
954708--955162	171	2.7	166	82	10	467	44	12	14	29	1.80
955309--956580	195	6.5	198	89	4	1913	41	14	14	28	1.86
955309--956580	392	3.2	394	90	3	1966	41	14	14	28	1.86

Tables:   1   2   3   4

The End!