genome.fa.s8703.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008703.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111742_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1275178

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13492--13637	46	3.3	43	71	11	134	28	28	19	24	1.98
13482--13697	90	2.4	90	85	6	283	28	29	17	24	1.97
13899--13959	3	21.0	3	83	12	83	31	1	0	67	1.01
14037--14158	26	4.8	26	96	3	230	33	19	15	31	1.93
14037--14160	51	2.4	50	96	4	230	33	20	15	31	1.93
15583--15667	30	2.8	31	75	10	95	20	14	4	61	1.50
19435--19468	8	4.1	8	96	3	59	23	0	0	76	0.79
20492--20667	83	2.1	82	89	2	264	24	15	19	40	1.91
20986--21016	16	1.9	16	93	0	53	32	0	35	32	1.58
23500--23681	47	3.9	47	95	0	301	28	15	18	37	1.92
28297--28365	12	5.8	12	76	6	68	52	18	13	15	1.75
28297--28365	24	2.9	24	84	0	93	52	18	13	15	1.75
28296--28379	24	3.5	24	77	9	91	50	17	15	16	1.79
30103--30130	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
31882--31941	28	2.1	28	84	6	77	60	1	0	38	1.07
36363--36448	24	3.6	24	77	3	75	29	16	15	39	1.89
37046--37086	22	2.0	21	85	9	57	29	9	7	53	1.60
39561--39632	26	2.8	26	86	0	72	37	18	20	23	1.94
39574--39632	26	2.3	24	93	0	73	35	16	20	27	1.94
40572--40651	23	3.4	23	86	5	115	25	21	17	36	1.95
40576--40651	24	3.2	23	88	1	107	25	21	18	35	1.95
41452--41485	16	2.3	14	90	10	50	14	20	29	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55624--55823	107	1.9	107	90	2	321	30	27	17	25	1.97
57111--57142	16	2.0	16	93	0	55	15	31	12	40	1.85
60686--61064	134	2.9	128	75	7	352	35	18	17	29	1.93
64163--64208	20	2.2	21	80	3	58	63	10	6	19	1.48
65095--65135	20	2.0	20	100	0	82	46	9	19	24	1.80
65092--65144	20	2.5	21	87	12	81	49	7	18	24	1.74
65671--65864	40	4.8	40	78	3	192	30	17	22	29	1.96
65679--65828	80	1.9	79	88	1	228	30	16	24	29	1.97
65889--66137	117	2.1	116	82	3	295	26	21	15	36	1.94
87487--87623	60	2.3	60	78	5	134	34	16	13	35	1.89
90061--90091	2	16.0	2	93	6	55	51	0	0	48	1.00
90014--90125	59	1.9	58	83	7	145	49	2	6	41	1.42
90078--90177	43	2.3	43	86	6	139	48	4	6	42	1.46
90101--90171	22	3.4	19	71	21	61	45	4	8	42	1.54
90144--90209	29	2.3	28	85	12	82	43	3	9	43	1.51
90201--90269	2	36.0	2	76	13	56	47	0	1	50	1.09
91743--91772	13	2.3	13	100	0	60	23	30	23	23	1.99
92581--92618	15	2.5	15	95	0	67	26	10	5	57	1.53
95797--95837	20	2.0	20	90	0	64	39	21	14	24	1.91
99129--99172	21	2.1	21	83	4	54	36	13	27	22	1.92
104607--104666	31	2.0	30	86	3	84	23	3	1	71	1.10
118682--118727	20	2.3	19	85	14	58	52	8	13	26	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132125--132194	31	2.3	31	87	4	99	40	5	18	35	1.75
133053--133178	40	3.2	39	79	4	144	26	15	24	33	1.95
133424--133480	20	2.8	20	81	0	69	35	7	21	36	1.80
134908--134937	15	2.0	15	93	0	51	26	13	36	23	1.92
135531--135588	18	3.3	18	80	7	57	68	0	1	29	0.99
135807--135898	46	2.0	46	97	0	175	32	27	6	33	1.82
136905--137053	31	4.6	34	72	23	99	51	4	3	40	1.37
136887--137053	16	9.7	17	69	22	100	53	3	2	40	1.34
136889--137053	43	3.9	40	76	14	109	53	3	3	40	1.34
136939--137057	31	3.8	32	76	10	122	52	5	1	40	1.33
141107--141147	21	2.0	21	100	0	82	34	24	19	21	1.97
145799--145863	33	1.9	34	87	3	96	30	24	18	26	1.98
146577--146624	24	2.0	24	95	0	87	41	10	12	35	1.77
148943--148981	20	2.0	20	89	0	60	33	10	23	33	1.88
160721--160791	30	2.4	29	85	4	88	50	14	2	32	1.57
160722--160913	29	6.5	29	76	7	145	48	14	2	34	1.57
160752--160910	61	2.7	59	82	9	191	49	13	1	35	1.53
168051--168265	29	7.6	29	81	5	199	46	18	2	32	1.62
168327--168363	19	1.9	19	94	0	65	27	29	21	21	1.99
177946--178051	43	2.4	43	83	9	117	50	1	4	43	1.34
179888--180015	3	42.7	3	95	0	229	33	2	0	64	1.07
192079--192274	94	2.1	94	94	0	338	26	27	9	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196812--196846	4	8.5	4	93	6	61	77	0	0	22	0.78
196811--196846	13	2.8	13	95	4	65	77	0	0	22	0.76
199958--200132	3	55.7	3	71	16	79	60	6	2	30	1.35
199956--200132	16	11.0	16	67	17	71	60	6	2	30	1.35
199958--200132	10	18.6	9	69	16	79	60	6	2	30	1.35
199958--200132	13	13.9	12	66	16	79	60	6	2	30	1.35
204194--204300	56	1.9	56	86	0	151	50	14	12	22	1.76
207196--207265	30	2.3	30	82	4	79	38	7	10	44	1.65
207727--207822	43	2.3	43	80	7	99	50	3	5	41	1.40
208716--208781	12	5.6	12	87	3	89	10	15	48	25	1.77
208716--208781	23	2.8	24	83	4	89	10	15	48	25	1.77
208779--208863	24	3.5	25	74	18	72	45	0	0	54	1.00
208833--208866	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
208886--208922	12	3.0	12	92	4	56	10	16	54	18	1.71
208973--209007	6	5.8	6	89	0	52	5	68	8	17	1.35
208973--209007	12	2.9	12	95	0	61	5	68	8	17	1.35
208973--209009	18	2.1	18	94	0	65	8	64	8	18	1.45
219287--219392	30	3.5	30	77	6	90	37	5	13	43	1.67
220664--220694	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
220711--220811	24	4.2	24	88	0	139	42	17	14	24	1.88
221526--221735	29	7.2	29	85	2	215	49	13	3	33	1.59
227859--227917	2	29.5	2	92	0	82	44	0	5	50	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230628--230734	42	2.5	42	95	0	187	28	8	17	44	1.78
243407--243438	17	1.9	16	93	6	55	18	12	12	56	1.67
244921--244961	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
251199--251243	21	2.1	21	100	0	90	33	11	33	22	1.89
251997--252091	42	2.3	42	79	1	111	33	17	20	28	1.95
252202--252525	57	5.8	56	79	10	281	42	17	10	28	1.83
256880--256968	32	2.8	32	92	0	142	16	26	29	26	1.97
257902--258091	98	1.9	99	90	1	301	36	14	15	33	1.88
258609--258703	46	2.1	46	100	0	190	38	2	21	37	1.65
259070--259361	45	6.5	45	85	4	401	43	12	21	21	1.86
259070--259361	135	2.2	135	89	2	444	43	12	21	21	1.86
259669--259713	18	2.5	18	100	0	90	26	35	11	26	1.90
259819--259916	44	2.2	44	82	7	128	30	19	15	34	1.93
265275--265370	42	2.3	42	92	0	156	26	23	17	32	1.97
265297--265390	42	2.2	42	84	3	118	28	22	13	35	1.92
268850--269021	90	1.9	90	88	4	258	41	9	22	26	1.84
268827--269023	45	4.4	45	80	5	211	43	9	21	25	1.82
269416--269449	8	4.2	8	92	0	59	32	0	11	55	1.36
271240--271311	12	6.0	12	75	6	65	47	16	13	22	1.82
271240--271311	24	3.0	24	77	4	83	47	16	13	22	1.82
275891--275943	18	2.9	18	80	0	61	15	18	43	22	1.87
279579--279619	18	2.3	18	95	0	73	9	19	51	19	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281647--281718	24	3.0	23	75	4	63	48	18	11	22	1.79
283832--283885	23	2.3	23	83	0	72	11	18	48	22	1.79
288243--288293	18	2.8	18	87	0	75	13	21	45	19	1.85
288233--288289	18	2.7	22	71	25	59	15	22	42	19	1.89
290277--290337	12	5.1	12	76	7	61	45	18	16	19	1.85
290277--290337	24	2.5	24	83	0	86	45	18	16	19	1.85
290277--290348	36	2.0	36	83	5	92	47	18	15	19	1.83
290277--290385	48	2.3	47	80	3	110	48	16	14	20	1.81
294703--294808	48	2.2	49	80	9	112	49	12	15	23	1.78
297118--297152	18	1.9	18	100	0	70	17	22	40	20	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6