genome.fa.s8703.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008703.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111742_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1275178

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
656365--656450	2	43.0	2	92	0	145	50	0	2	47	1.14
657578--657626	3	16.7	3	82	4	64	59	0	6	34	1.22
661646--661697	3	17.7	3	84	4	70	34	5	0	59	1.21
662821--662874	2	27.0	2	88	0	81	46	3	0	50	1.19
662822--662880	8	7.4	8	90	0	55	42	3	1	52	1.28
668651--668696	5	9.8	5	77	13	53	19	54	21	4	1.61
668649--668677	14	2.1	14	100	0	58	20	51	20	6	1.70
668651--668696	19	2.5	18	96	3	83	19	54	21	4	1.61
668693--668737	7	6.4	7	82	10	56	20	26	26	26	1.99
671977--672114	49	2.8	50	83	6	174	18	12	13	55	1.69
673101--673179	31	2.5	31	74	11	72	39	16	8	35	1.80
674308--674339	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
675196--675271	38	2.0	38	97	0	143	48	13	7	30	1.70
675212--675270	19	3.0	20	67	18	61	45	13	8	32	1.74
681920--681981	21	3.2	21	65	21	62	41	22	11	24	1.86
689547--689586	18	2.2	18	95	0	71	22	7	12	57	1.60
692817--692861	18	2.5	18	96	0	81	24	53	13	8	1.68
695348--695386	12	3.2	12	79	13	53	33	7	23	35	1.83
695332--695422	24	3.8	24	85	5	121	28	13	18	39	1.88
695381--695454	24	3.1	24	80	3	69	22	17	14	44	1.86
697546--697573	13	2.2	13	100	0	56	17	46	21	14	1.84
700020--700131	24	4.7	24	83	6	129	25	15	17	41	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
700073--700138	24	2.8	24	83	4	80	22	15	16	45	1.85
702400--702588	39	4.8	38	75	8	130	36	22	20	21	1.95
702437--702590	40	3.9	40	77	8	145	34	23	21	20	1.97
703603--703662	27	2.2	27	87	0	84	25	11	15	48	1.78
704574--704615	20	2.1	20	90	0	66	23	21	21	33	1.97
708257--708281	13	1.9	13	100	0	50	20	24	16	40	1.91
710568--710615	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
712432--712488	20	2.8	21	76	12	57	66	1	3	28	1.18
712901--712933	9	3.7	9	95	0	57	0	39	0	60	0.97
713697--713764	3	22.0	3	79	5	73	61	0	0	38	0.96
713898--714162	76	3.5	76	93	1	422	34	21	19	24	1.96
714166--714493	170	2.0	166	89	4	498	37	12	13	35	1.83
715008--715081	22	3.4	22	92	0	112	41	12	8	37	1.72
715452--715662	54	3.9	55	88	4	295	21	24	17	36	1.94
715452--715662	109	1.9	108	85	4	291	21	24	17	36	1.94
717547--717609	31	2.0	31	100	0	126	31	15	19	33	1.93
717787--718006	114	1.9	114	92	0	368	30	19	16	34	1.94
725163--725210	19	2.5	20	86	10	64	70	4	2	22	1.15
726633--726667	9	3.9	9	92	0	52	0	37	0	62	0.95
727429--727481	3	17.0	3	88	7	79	64	0	0	35	0.94
733303--733370	17	4.0	17	82	5	66	44	7	8	39	1.64
736771--736820	17	2.9	17	84	0	64	42	6	12	40	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743705--743754	17	3.0	16	85	5	64	44	2	12	42	1.53
760139--760188	17	2.9	17	93	0	82	44	6	8	42	1.58
763626--763675	17	2.9	17	87	0	73	42	6	14	38	1.70
772612--772659	25	1.9	25	91	8	80	14	6	0	79	0.92
788632--788784	39	3.8	41	70	23	110	34	24	24	16	1.95
788746--788856	44	2.5	44	88	2	161	27	21	27	24	1.99
788746--788889	44	3.3	44	79	3	155	28	20	25	25	1.99
793079--793107	14	2.1	14	100	0	58	20	51	0	27	1.47
794000--794117	59	2.0	59	98	0	227	39	10	15	34	1.81
796882--796942	27	2.3	27	94	0	104	39	9	9	40	1.72
798424--798461	20	1.9	20	84	10	51	23	28	21	26	1.99
801937--801974	17	2.3	16	90	4	58	44	5	0	50	1.24
806204--806333	44	3.0	44	91	0	206	33	21	20	24	1.97
807163--807192	15	1.9	16	93	6	53	33	26	6	33	1.83
808400--808451	24	2.2	24	82	6	61	51	19	9	19	1.73
808413--808459	24	2.2	20	71	28	51	44	19	12	23	1.85
808420--808538	24	5.0	24	86	4	141	41	20	14	24	1.89
810961--811011	18	2.8	18	84	0	66	11	17	50	19	1.76
815653--815688	18	1.9	18	94	5	63	19	5	0	75	1.00
818367--818411	18	2.5	18	92	7	74	24	4	0	71	1.05
818449--818508	15	4.1	15	75	16	54	21	3	0	75	0.95
823934--823968	15	2.3	15	90	0	52	22	0	5	71	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824194--824453	137	1.9	137	84	5	348	45	8	7	38	1.63
825246--825277	15	2.1	15	94	0	55	46	6	9	37	1.61
825309--825390	41	2.0	41	92	0	137	41	19	17	21	1.90
828701--828741	17	2.4	17	87	0	64	36	21	0	41	1.54
830524--830574	24	2.1	25	79	17	63	54	0	0	45	0.99
838888--838952	30	2.2	30	86	5	87	47	13	4	33	1.64
843573--843607	18	1.9	18	100	0	70	34	40	11	14	1.82
844805--844844	20	1.9	22	85	10	57	37	2	7	52	1.43
851264--851315	24	2.1	25	82	10	63	40	0	1	57	1.10
862378--862459	3	26.7	3	81	4	92	40	1	0	58	1.06
867842--867874	15	2.2	15	94	0	57	24	18	9	48	1.76
871516--872035	113	4.6	113	91	0	808	35	15	17	30	1.91
872298--872376	3	26.0	3	86	7	106	36	0	0	63	0.95
874633--874772	36	3.9	36	86	4	203	45	18	17	18	1.86
876277--876313	18	2.0	19	94	5	67	37	0	2	59	1.12
878095--878144	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
878384--878440	23	2.5	23	97	0	105	5	3	47	43	1.43
879100--879283	4	46.0	4	85	0	215	45	4	4	45	1.44
879100--879283	28	6.4	28	83	7	242	45	4	4	45	1.44
879100--879266	32	5.3	32	89	3	252	45	4	4	45	1.44
880502--880540	15	2.6	14	84	11	51	28	5	17	48	1.68
882468--882514	19	2.5	19	89	0	76	17	19	10	53	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
882984--883031	21	2.3	21	71	3	53	60	8	25	6	1.49
889655--889713	14	4.1	14	77	16	50	76	0	18	5	0.97
889651--889713	17	3.8	16	80	14	65	76	0	19	4	0.96
889669--889715	19	2.6	18	89	3	67	80	0	17	2	0.80
891262--891509	46	5.4	46	83	3	302	22	18	13	45	1.85
891262--891509	92	2.7	92	86	2	338	22	18	13	45	1.85
891252--891513	138	1.9	137	84	3	348	23	18	13	44	1.85
893885--893923	18	2.1	19	85	4	53	33	2	7	56	1.41
897414--897871	55	8.3	54	85	3	531	29	21	14	35	1.92
897414--897871	110	4.2	109	86	2	587	29	21	14	35	1.92
897881--898019	54	2.6	54	97	0	260	20	25	19	35	1.96
897829--898019	103	1.8	106	82	5	253	21	25	18	34	1.96
899273--899358	45	1.9	45	85	4	120	15	30	17	37	1.90
906425--906476	22	2.4	21	81	12	61	55	7	15	21	1.64
916233--916384	40	3.8	40	73	1	133	32	16	20	30	1.95
916564--916664	39	2.6	39	92	1	168	25	23	8	41	1.83
916589--916649	17	3.0	22	68	22	69	22	26	11	39	1.88
919219--919268	25	2.0	24	85	14	66	38	12	22	28	1.89
923535--923576	22	2.0	21	90	4	66	42	16	14	26	1.86
928913--928975	28	2.2	28	83	5	83	52	9	17	20	1.72
931559--931601	20	2.2	20	86	0	59	65	4	6	23	1.37
936973--937041	2	35.5	2	88	5	106	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
939213--939583	132	2.8	131	80	5	415	31	19	18	30	1.95
940953--941049	30	3.3	30	74	16	87	11	9	0	79	0.94
944557--944616	25	2.4	25	82	15	72	68	0	5	26	1.10
944576--944622	18	2.6	18	100	0	94	65	0	4	29	1.11
947656--947767	6	18.7	6	73	17	65	80	4	12	2	0.97
947668--947747	14	6.1	13	72	12	58	81	6	10	2	0.96
947648--947766	47	2.6	45	79	13	127	80	4	11	3	0.97
951295--951416	40	3.0	40	95	0	217	24	15	27	32	1.95
951527--951832	45	6.8	45	94	1	506	39	6	21	32	1.80
954012--954052	21	1.9	22	90	5	66	12	21	9	56	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6