genome.fa.s8704.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008704.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111743_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  516901

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 276 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3673--3720	25	2.0	24	87	4	69	29	10	2	58	1.43
8023--8091	24	2.9	23	73	26	63	52	2	4	40	1.36
9728--9760	16	2.1	16	100	0	66	48	6	33	12	1.65
10416--10488	2	36.5	2	85	0	101	43	0	5	50	1.25
11466--11521	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
16221--16274	25	2.1	26	86	10	76	53	3	0	42	1.18
17806--17841	6	6.0	6	100	0	72	66	0	33	0	0.92
22773--22894	32	3.9	31	80	3	136	18	25	26	29	1.98
22775--22894	64	1.9	64	87	1	179	19	24	26	30	1.98
26970--27061	47	2.0	47	88	0	139	32	6	7	53	1.55
27161--27279	21	5.8	21	71	6	82	35	26	16	21	1.95
27266--27502	20	11.9	20	85	0	278	37	24	17	20	1.93
28198--28244	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
28419--28443	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
30863--31024	33	4.8	32	74	17	148	45	17	22	14	1.85
30863--31030	19	9.6	19	76	18	177	44	17	22	15	1.87
30863--31030	52	3.2	52	96	0	300	44	17	22	15	1.87
31037--31136	19	5.5	19	84	12	147	15	23	17	45	1.85
31020--31136	53	2.2	53	95	1	209	14	24	17	43	1.86
31243--31279	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
33260--33316	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
33241--33333	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33204--33338	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
33334--33462	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
33334--33425	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
33506--33884	93	4.1	93	98	0	717	45	18	12	22	1.83
35591--35694	14	6.7	14	78	20	109	42	23	25	8	1.82
35605--35711	33	3.2	33	97	0	196	43	22	24	9	1.82
35590--35716	14	7.8	18	75	21	88	43	22	25	9	1.83
35586--35694	47	2.3	47	83	9	125	43	22	25	9	1.82
35728--35781	14	3.5	14	73	22	54	7	25	24	42	1.80
35712--35792	33	2.5	33	93	0	135	7	23	22	46	1.76
35768--35845	41	1.9	41	94	0	138	11	26	16	44	1.82
35769--35844	21	3.7	21	82	3	100	10	26	17	46	1.80
35924--35994	33	2.2	33	89	0	106	47	16	23	11	1.79
36176--36230	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
36376--36528	20	7.7	20	85	2	191	18	20	26	33	1.96
36375--36569	60	3.2	60	81	2	203	20	20	25	34	1.96
36476--36570	20	4.7	20	79	5	102	16	17	24	41	1.90
36515--36638	21	6.0	21	72	5	108	25	16	23	34	1.95
36501--36612	41	2.7	41	91	6	174	23	16	21	38	1.93
40825--40863	20	1.9	20	89	5	60	56	0	0	43	0.99
44804--44875	22	3.3	22	80	0	81	56	11	13	18	1.66
46087--46128	19	2.2	19	95	0	75	33	7	16	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49953--50041	46	1.9	46	100	0	178	42	11	8	37	1.72
54508--54536	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
57815--57873	30	2.0	30	86	6	84	42	23	8	25	1.82
63696--63726	12	2.6	12	94	0	53	6	22	12	58	1.58
64193--64232	3	12.7	3	84	10	53	35	0	0	65	0.93
64193--64232	13	3.2	13	92	3	64	35	0	0	65	0.93
68279--68313	18	1.9	18	88	0	52	28	0	5	65	1.15
68860--68914	28	2.0	28	88	0	83	34	9	1	54	1.43
69155--69226	31	2.4	31	83	6	85	37	5	0	56	1.22
69220--69303	29	2.8	31	80	7	100	35	1	2	60	1.17
68975--69302	30	11.3	29	74	8	175	38	6	1	53	1.34
69342--69415	29	2.5	31	77	18	77	51	0	4	44	1.20
69341--69415	28	2.5	30	79	12	75	50	0	4	45	1.20
69360--69419	30	1.9	31	86	6	86	51	0	5	43	1.23
72318--72344	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
74671--75007	167	2.0	167	98	0	647	36	13	15	34	1.86
75445--75477	17	1.9	17	93	0	57	57	9	0	33	1.30
77082--77242	65	2.5	64	87	6	218	27	19	24	29	1.98
79929--80008	24	3.5	24	73	20	82	31	22	23	22	1.99
86557--86614	20	2.9	21	71	7	57	56	5	3	34	1.38
86976--87033	22	2.6	23	78	8	66	65	6	0	27	1.18
87543--87604	23	2.7	23	75	5	63	64	11	3	20	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87562--87649	4	20.8	4	71	15	61	67	6	3	22	1.30
87555--87627	27	3.0	23	75	14	74	63	5	5	26	1.38
87570--87619	15	3.6	14	76	15	50	64	6	4	26	1.35
87597--87646	19	2.6	19	83	0	64	66	4	4	26	1.27
87508--87619	27	4.1	27	74	17	106	66	9	2	21	1.34
88097--88131	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
93430--93480	24	2.1	24	88	0	75	54	23	11	9	1.66
101868--101896	15	1.9	15	100	0	58	48	27	6	17	1.72
102045--102088	21	2.2	20	83	4	52	52	2	2	43	1.26
102023--102410	182	2.1	183	91	3	620	43	3	7	45	1.50
109833--109868	3	12.0	3	88	11	56	33	0	0	66	0.92
109833--109874	20	2.0	20	90	4	66	30	0	0	69	0.89
109837--109865	14	2.0	15	93	6	51	31	0	0	68	0.89
109834--109870	17	2.1	18	95	5	67	29	0	0	70	0.88
112311--112403	25	3.8	25	84	12	129	29	13	20	36	1.91
112311--112409	50	2.0	49	94	2	171	28	14	20	37	1.91
112538--112567	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
115597--115788	7	27.9	7	65	21	52	41	3	4	51	1.39
115707--115791	33	2.5	35	81	11	104	45	5	2	45	1.40
115706--115871	17	9.8	17	68	19	73	42	6	3	48	1.45
120278--120324	2	25.0	2	83	12	64	48	0	0	51	1.00
122003--122037	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124019--124085	34	2.0	34	85	5	91	26	20	35	16	1.94
125804--125863	29	2.1	29	87	6	86	30	6	25	38	1.81
151012--151049	20	1.9	20	100	0	76	26	5	15	52	1.64
156448--156497	23	2.3	22	86	10	68	46	2	4	48	1.32
168144--168180	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
168287--168406	20	5.9	20	77	11	136	32	26	17	23	1.97
168286--168401	41	2.8	41	97	0	205	33	26	17	22	1.96
169049--169124	20	3.8	20	78	1	82	14	17	18	50	1.79
171021--171086	20	3.3	20	85	4	89	36	24	21	18	1.95
171082--171153	33	2.1	34	84	2	92	47	18	19	15	1.83
171120--171157	20	1.9	20	88	0	58	47	15	21	15	1.82
171153--171195	19	2.3	19	84	8	52	16	16	23	44	1.86
171158--171196	19	2.0	20	90	5	62	12	15	20	51	1.76
171755--171862	21	5.1	21	73	4	83	19	36	17	26	1.94
171755--171877	42	2.9	42	77	7	124	21	36	17	25	1.94
173267--173303	14	2.6	14	100	0	74	29	0	21	48	1.50
173437--173497	20	3.0	20	87	0	77	45	21	18	14	1.84
173539--173647	20	5.4	20	92	0	173	25	22	22	30	1.99
173649--173689	20	2.0	20	85	0	55	26	9	21	41	1.84
173660--173942	140	2.0	140	97	0	539	43	14	13	28	1.83
176292--176343	24	2.2	24	85	0	68	38	21	17	23	1.93
177148--177277	20	6.4	20	76	8	129	23	19	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177165--177277	41	2.8	41	87	4	149	23	18	25	31	1.97
194403--195271	447	1.9	447	86	1	1215	31	16	15	36	1.89
196253--196298	19	2.4	19	100	0	92	30	23	26	19	1.98
196265--196385	64	1.9	63	84	1	161	34	23	18	23	1.96
196708--196775	29	2.3	29	100	0	136	38	10	14	36	1.81
196799--196857	31	1.9	30	86	10	84	37	3	25	33	1.73
197080--197125	23	2.0	23	83	8	58	19	21	26	32	1.97
203310--203368	31	1.9	30	86	10	84	37	3	25	33	1.73
203850--203874	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
206977--207031	23	2.4	22	80	14	58	25	18	34	21	1.96

Tables:   1   2   3