genome.fa.s8708.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008708.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111754_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1112311

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
609859--610171	103	3.0	103	91	0	502	36	22	14	26	1.92
615467--615770	103	3.0	103	92	0	491	36	23	11	28	1.90
616576--616723	64	2.3	65	75	12	153	27	16	19	36	1.94
617321--617352	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
626083--626135	26	2.0	26	85	7	72	47	0	1	50	1.12
628471--628508	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
631280--631329	18	2.8	18	81	6	57	54	2	2	42	1.23
632333--632379	18	2.5	19	83	10	53	55	4	6	34	1.45
644022--644053	16	2.0	16	100	0	64	37	25	12	25	1.91
653625--653660	18	2.0	18	94	0	63	44	13	13	27	1.82
654669--654771	31	3.2	31	67	20	84	21	18	23	36	1.95
654684--654793	31	3.4	31	71	14	105	21	20	20	36	1.95
655935--655966	15	2.1	16	94	5	57	53	0	0	46	1.00
661267--661310	22	2.0	22	86	8	63	38	18	15	27	1.91
665347--665391	22	2.0	22	87	12	65	44	17	8	28	1.79
667734--667763	14	2.1	14	93	0	51	23	33	6	36	1.81
669922--669975	22	2.5	22	100	0	108	42	9	9	38	1.69
671671--671707	18	2.1	18	89	0	56	45	24	10	18	1.81
674206--674275	31	2.2	32	89	2	106	34	14	12	38	1.84
675300--675332	12	2.5	13	90	9	50	39	0	0	60	0.97
679482--679549	27	2.5	27	90	0	109	42	4	30	22	1.73
680351--680435	28	3.0	28	79	6	100	38	9	11	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
681457--681651	42	4.5	42	71	14	133	28	20	6	45	1.74
687762--687798	3	12.3	3	94	0	65	64	0	2	32	1.07
690106--690150	23	2.0	23	91	8	76	28	4	26	40	1.75
690734--690788	21	2.8	19	76	17	51	52	5	0	41	1.24
690777--690820	14	3.2	13	83	6	52	50	0	0	50	1.00
702120--702159	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
711622--711651	15	2.0	15	93	0	51	43	6	0	50	1.28
718664--718717	24	2.2	24	83	6	65	12	16	24	46	1.82
718674--718725	14	4.0	14	78	19	58	11	13	21	53	1.70
718675--718725	24	2.1	24	92	0	84	11	11	21	54	1.68
719805--719866	16	4.0	15	87	8	81	11	9	20	58	1.61
719810--719862	26	2.0	26	82	7	63	11	9	20	58	1.60
725982--726038	3	19.3	3	96	3	107	31	0	0	68	0.90
728486--728532	15	3.1	15	84	12	60	55	0	2	42	1.12
747170--747221	14	4.0	14	78	19	58	11	13	21	53	1.70
747171--747221	24	2.1	24	92	0	84	11	11	21	54	1.68
748274--748335	16	4.0	15	87	8	81	11	9	20	58	1.61
748279--748331	26	2.0	26	82	7	63	11	9	20	58	1.60
753443--753548	52	2.1	51	98	1	203	45	7	19	27	1.77
760879--760926	14	3.7	14	76	21	59	16	12	12	58	1.63
761188--761252	10	6.1	10	72	13	58	7	13	20	58	1.60
761186--761249	20	3.0	21	84	11	85	6	14	21	57	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761187--761249	24	3.0	20	74	17	72	6	14	20	58	1.57
763659--763795	35	3.9	35	76	5	132	27	18	20	34	1.96
767513--767550	20	1.9	20	88	0	58	10	26	36	26	1.89
767532--767593	20	2.9	21	83	7	72	16	25	33	24	1.95
773990--774050	30	2.1	29	84	3	77	45	26	22	4	1.72
774755--774789	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
781307--781331	11	2.3	11	100	0	50	80	8	0	12	0.92
782121--782189	32	2.2	32	100	0	138	21	5	18	53	1.65
783829--783873	19	2.3	20	92	3	74	40	4	22	33	1.74
784692--784729	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
785311--785343	17	2.0	16	94	5	57	48	0	0	51	1.00
795524--795760	123	1.9	122	87	2	341	35	16	23	24	1.95
796959--797193	36	6.5	36	84	9	223	37	22	20	19	1.94
796946--797193	108	2.3	108	83	4	320	37	22	20	19	1.94
796953--797150	72	2.7	70	84	6	263	36	24	19	18	1.94
797566--798466	54	16.6	55	83	6	1029	33	18	24	24	1.97
797555--798466	164	5.6	161	85	6	1085	33	18	24	24	1.97
797555--798512	218	4.4	216	88	5	1192	33	17	23	24	1.96
808596--808645	24	2.1	24	84	0	64	44	18	14	24	1.86
808606--808663	24	2.4	24	83	11	75	37	18	18	24	1.94
811776--811810	17	2.1	17	100	0	70	45	14	5	34	1.68
811778--811816	17	2.2	17	90	4	60	48	12	5	33	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814041--814120	22	3.6	22	72	5	81	25	23	25	26	2.00
823230--823779	141	3.9	142	88	1	682	33	19	21	25	1.97
824535--824606	36	2.0	36	94	0	126	23	26	13	36	1.93
829760--830344	105	5.6	105	95	0	1008	22	23	17	36	1.95
831267--831367	8	13.0	8	79	10	95	9	11	0	78	0.97
831267--831381	17	6.8	16	74	15	88	9	13	0	77	0.99
831267--831339	20	3.2	24	77	16	82	9	9	0	80	0.90
831251--831339	44	2.0	44	86	4	126	8	11	0	79	0.93
831267--831363	25	3.8	25	78	15	92	9	11	0	79	0.94
831251--831367	8	16.7	7	72	21	52	9	12	0	77	0.98
831324--831381	25	2.3	25	78	3	62	10	15	0	74	1.08
831255--831385	16	8.0	16	70	20	67	9	13	0	77	1.00
834904--834930	14	1.9	14	100	0	54	66	3	22	7	1.33
846226--846281	24	2.3	24	93	0	94	28	16	16	39	1.89
846505--846550	9	4.6	10	79	15	51	4	26	28	41	1.74
846505--846550	20	2.3	20	92	7	76	4	26	28	41	1.74
847774--847821	22	2.2	22	85	7	62	29	16	12	41	1.85
854138--854168	13	2.4	13	88	0	53	25	12	16	45	1.83
863089--863136	22	2.2	22	85	7	62	29	16	12	41	1.85
865544--865584	18	2.3	18	91	8	66	12	63	14	9	1.52
866333--866376	16	2.8	16	100	0	88	47	13	18	20	1.82
878057--878084	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895291--895326	19	1.9	19	88	5	56	77	8	11	2	1.08
895402--895437	12	2.9	12	95	4	63	80	2	0	16	0.83
895730--895755	8	3.2	8	100	0	52	50	0	11	38	1.39
902827--903198	143	2.6	145	79	6	407	37	6	6	49	1.54
918834--918862	14	2.1	14	100	0	58	44	6	13	34	1.71
922265--922540	20	13.5	20	69	10	94	36	24	18	21	1.95
922389--922581	20	9.4	20	75	12	151	38	25	18	18	1.93
922408--922499	41	2.3	41	94	1	159	41	25	17	16	1.89
923159--923214	21	2.8	20	78	5	58	46	21	19	12	1.83
923226--923320	20	4.8	20	85	5	131	12	23	17	46	1.82
925014--925204	93	2.1	93	92	2	321	21	12	18	46	1.82
925252--925351	19	5.2	19	84	6	112	46	26	15	13	1.81
925348--925482	19	7.6	19	76	15	137	9	21	22	46	1.80
925405--925464	14	3.9	14	72	19	57	10	25	20	45	1.81
925389--925482	33	2.8	33	90	3	154	10	22	20	46	1.81
925351--925482	52	2.5	52	77	17	139	9	21	21	46	1.80
927388--927423	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
927530--927588	19	3.4	18	71	22	54	49	18	16	15	1.80
927594--927795	20	11.2	19	70	18	119	17	20	18	43	1.89
927623--927838	33	6.3	33	79	9	218	16	20	18	43	1.88
927594--927855	139	1.9	140	93	0	454	16	20	19	42	1.89
930360--930413	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
930360--930427	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
931223--931532	20	15.4	20	74	11	204	20	18	23	38	1.94
931223--931532	40	7.7	41	79	10	236	20	18	23	38	1.94
931281--931494	101	2.1	101	81	5	236	21	18	23	36	1.95
942657--942782	60	2.1	60	92	0	207	41	11	27	19	1.86
947543--947666	60	2.1	59	81	6	142	41	14	10	33	1.80
949454--949579	29	4.4	29	91	1	200	30	5	20	43	1.75
949610--949673	12	5.7	12	71	14	64	28	29	12	29	1.93
949602--949684	22	3.8	22	96	0	130	25	30	14	30	1.95
950455--950742	117	2.5	117	89	2	418	18	15	33	31	1.93

Tables:   1   2   3   4