genome.fa.s8722.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008722.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111780_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  447499

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 254 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2091--2116	10	2.6	10	100	0	52	42	26	23	7	1.81
2147--2199	23	2.2	24	83	3	63	28	16	18	35	1.93
12113--12206	44	2.1	44	96	0	170	43	28	7	20	1.78
16875--16935	31	2.0	31	90	0	95	24	24	11	39	1.88
18418--18488	37	1.9	37	91	2	117	16	2	21	59	1.50
22531--22600	29	2.4	29	86	9	90	25	7	18	48	1.73
22618--22762	71	2.0	72	90	1	229	29	12	20	37	1.89
25547--25621	35	2.1	35	92	0	123	44	17	1	37	1.57
25617--25729	35	3.2	35	83	1	145	38	0	19	41	1.58
27149--27190	23	1.9	21	85	9	57	23	0	7	69	1.13
27541--27698	45	3.5	45	95	0	271	37	20	15	26	1.93
30606--30634	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
32962--33011	19	2.7	18	78	9	55	46	0	4	50	1.20
33067--33114	19	2.6	18	80	3	51	39	2	6	52	1.39
33419--33454	15	2.4	15	90	0	54	58	2	0	38	1.13
36363--36443	3	27.0	3	92	0	135	37	0	0	62	0.95
36557--36600	16	2.8	16	92	0	79	6	54	18	20	1.66
38022--38058	12	3.1	12	100	0	74	24	0	8	67	1.17
49166--49239	34	2.2	34	92	4	123	67	2	13	16	1.34
49218--49259	19	2.2	19	86	0	57	83	0	14	2	0.75
49216--49242	10	2.7	10	100	0	54	88	0	11	0	0.50
50408--50835	83	5.2	83	97	0	793	26	13	23	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51627--52294	113	6.0	113	90	2	947	38	14	18	29	1.90
51655--52381	339	2.1	338	84	5	914	39	14	19	27	1.90
52531--52629	3	33.0	3	85	0	108	43	0	0	56	0.99
52531--52633	27	3.9	27	90	1	163	44	0	0	55	0.99
52743--52786	16	2.8	16	100	0	88	6	56	18	18	1.62
54203--54227	12	2.1	12	100	0	50	24	0	8	68	1.16
55203--55233	2	15.5	2	93	0	53	51	3	0	45	1.17
65205--65238	16	2.1	16	88	0	50	26	0	14	58	1.36
65392--65437	23	2.0	23	87	4	67	50	2	13	34	1.53
65397--65449	23	2.3	23	96	0	97	45	0	16	37	1.48
67322--67390	35	2.0	35	100	0	138	31	20	21	26	1.98
74194--74280	39	2.2	39	87	4	122	14	17	47	20	1.83
74435--74485	6	8.5	6	93	0	57	15	0	66	17	1.25
77904--77935	5	6.2	5	96	3	55	81	0	18	0	0.70
79315--79343	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
81863--81928	24	2.6	25	85	4	89	42	3	3	51	1.32
112064--112192	60	2.1	60	84	1	159	36	6	25	31	1.83
112083--112218	60	2.3	60	81	0	155	38	6	24	30	1.81
120678--120725	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
121143--121202	23	2.6	23	91	0	93	38	20	5	36	1.74
121547--121622	22	3.5	22	78	20	79	40	23	2	32	1.69
120792--121817	417	2.5	416	91	5	1668	38	12	7	41	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122125--122161	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
122591--122653	23	2.7	23	87	0	90	38	19	4	38	1.73
123873--123919	20	2.3	21	85	3	60	19	31	14	34	1.92
126128--126170	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
126133--126179	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
126300--126345	20	2.3	20	85	10	67	19	17	8	54	1.68
126418--126455	20	1.9	20	84	10	51	28	5	10	55	1.56
127472--127516	21	2.1	21	100	0	90	28	24	24	22	1.99
127512--127657	40	3.5	40	82	6	159	21	19	21	36	1.95
127531--127657	40	3.1	41	85	3	175	21	18	22	37	1.95
127907--128001	21	4.6	21	80	5	113	32	26	21	20	1.97
127882--127976	40	2.3	42	94	3	167	34	24	20	21	1.96
142763--142792	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
144492--144539	13	3.5	13	78	15	60	50	2	0	47	1.12
144526--144570	23	2.0	22	87	8	65	57	2	2	37	1.23
144546--144576	14	2.1	15	94	5	55	58	0	0	41	0.98
147366--147428	12	5.5	11	81	11	65	31	3	1	63	1.19
147339--147428	23	4.0	23	78	17	82	32	3	1	63	1.18
148247--148298	27	2.0	28	85	11	74	36	3	1	57	1.28
150703--150741	20	2.0	20	84	0	51	17	10	7	64	1.48
156651--156782	54	2.4	54	76	9	135	41	13	21	23	1.88
157834--158142	45	6.7	46	93	1	498	25	20	19	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158271--158316	3	16.0	3	91	8	78	34	0	0	65	0.93
158272--158316	17	2.6	17	93	6	74	35	0	0	64	0.94
158271--158316	20	2.3	20	100	0	92	34	0	0	65	0.93
159960--160025	12	5.7	11	82	10	71	31	3	1	63	1.19
159941--160026	23	3.7	23	81	15	90	30	3	1	65	1.17
164149--164222	32	2.4	31	78	8	80	47	2	2	47	1.30
165675--165744	20	3.5	20	96	0	131	45	15	18	20	1.85
166287--166357	19	3.7	19	86	1	97	45	23	19	11	1.83
166375--166463	14	5.6	14	70	23	61	10	23	23	42	1.84
166358--166512	33	4.5	33	89	6	202	11	22	20	45	1.83
166455--166512	20	2.9	20	82	10	73	13	22	18	44	1.85
168176--168430	94	2.7	94	97	0	476	20	11	19	48	1.80
168502--168527	12	2.2	12	100	0	52	0	7	19	73	1.07
168529--168569	19	2.2	19	90	0	64	12	19	21	46	1.82
169011--169104	42	2.2	42	81	7	102	24	31	20	23	1.98
170453--170488	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
170594--170671	19	4.4	19	79	15	103	46	19	21	12	1.83
170610--170692	33	2.5	33	90	0	139	48	21	20	9	1.78
170698--170848	19	8.7	18	70	21	101	11	24	19	43	1.85
170704--170828	33	3.8	33	96	0	223	11	24	19	45	1.82
170754--170810	14	3.7	14	75	20	60	10	24	21	43	1.83
170801--170894	20	4.7	20	72	13	68	21	20	23	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173153--173177	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
173352--173405	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
174135--174249	20	5.7	20	80	6	106	23	18	25	33	1.97
174115--174252	41	3.4	41	76	6	154	22	18	23	35	1.95
174177--174330	41	3.8	40	76	12	116	23	18	23	34	1.96
174142--174330	20	9.3	20	72	13	82	24	18	23	32	1.97
177509--177567	28	2.1	28	84	6	75	59	0	3	37	1.14
179559--179611	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
182460--182583	5	23.8	5	70	16	65	21	5	0	72	1.05
182521--182585	11	5.5	11	76	18	60	23	3	0	73	0.97
182523--182583	21	2.9	21	85	9	72	22	3	0	73	0.97
182522--182581	16	3.9	16	73	20	56	23	3	0	73	0.98
182751--182780	13	2.3	13	94	0	51	30	0	0	70	0.88
184532--184561	16	1.9	15	93	6	51	73	0	3	23	0.98
184628--184671	17	2.6	17	96	3	81	25	29	0	45	1.54
185813--185985	73	2.3	72	85	3	220	29	27	20	23	1.99
193396--193504	46	2.4	46	86	4	148	32	14	22	30	1.94
193889--193921	13	2.6	13	85	4	50	45	6	9	39	1.61
194579--194633	27	2.0	27	82	0	65	25	12	49	12	1.76
196145--196228	23	3.7	23	73	13	75	28	19	25	27	1.98
200055--200094	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
202019--202145	65	2.0	65	83	9	161	28	14	23	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204589--205020	117	3.7	117	87	4	550	35	11	24	28	1.91
204589--205043	59	7.8	58	77	6	400	35	11	23	29	1.91
212283--212349	23	2.9	23	79	0	80	31	20	25	22	1.98
214688--215155	59	8.0	58	74	10	335	36	12	22	29	1.90
214698--215013	117	2.7	116	88	3	447	37	11	22	28	1.89
214696--214970	58	4.7	58	80	8	281	36	10	22	30	1.88
214696--215102	59	6.9	58	77	4	343	35	12	23	28	1.91
216460--216517	20	2.8	20	86	7	71	22	25	18	32	1.97
216440--216517	23	3.7	21	81	8	70	24	26	17	30	1.97
218731--218764	13	2.6	14	86	13	54	44	8	5	41	1.60

Tables:   1   2   3