genome.fa.s8733.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008733.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111806_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  774200

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7867--7924	29	2.0	30	86	3	82	41	6	15	36	1.74
10978--11179	40	5.1	40	99	0	395	32	26	17	23	1.96
18015--18136	40	3.0	40	96	0	226	32	27	17	22	1.96
20512--20575	18	3.6	18	80	0	83	35	1	21	40	1.63
25857--25913	29	1.9	30	89	3	89	40	8	17	33	1.81
26602--26633	11	2.9	11	100	0	64	56	0	15	28	1.40
27636--27717	33	2.5	33	82	3	114	43	14	17	24	1.86
27907--27948	21	2.0	21	90	0	66	35	26	21	16	1.94
27960--28046	21	4.1	21	77	0	75	24	13	21	40	1.90
27804--28095	156	1.9	156	86	1	424	27	15	22	34	1.94
28331--28383	18	2.9	18	71	0	52	37	1	22	37	1.65
30451--30553	15	6.5	15	81	14	118	46	0	2	49	1.23
30466--30686	54	4.3	47	85	8	183	40	0	8	50	1.39
30555--30597	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
30532--30683	32	5.4	32	69	28	146	36	0	10	51	1.41
30532--30700	54	3.1	54	94	0	302	36	0	11	51	1.42
30494--31130	134	4.9	134	86	7	866	34	0	13	51	1.45
30629--31130	80	6.3	79	72	19	302	33	0	14	51	1.46
30710--30948	32	7.7	32	70	23	179	34	0	13	51	1.45
30743--30887	22	6.0	22	70	20	110	33	0	15	51	1.44
30711--31162	54	8.6	54	78	13	505	33	0	14	52	1.45
30734--31147	102	4.0	101	77	17	429	32	0	14	52	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30631--31163	265	2.0	265	96	0	978	33	0	14	52	1.45
31008--31152	22	6.0	22	71	19	101	32	0	15	52	1.43
31062--31152	22	4.0	22	80	10	110	30	0	16	52	1.44
31177--31220	23	1.9	23	90	9	72	31	6	9	52	1.59
33241--33285	14	3.5	14	77	22	62	13	13	15	57	1.65
33551--33587	13	2.8	13	91	0	56	10	2	18	67	1.32
33531--33581	22	2.3	22	80	6	59	5	1	21	70	1.18
33592--33621	10	3.0	10	100	0	60	10	10	20	60	1.57
36865--36901	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
43572--43618	23	2.0	23	83	0	58	51	0	2	46	1.13
43687--43735	18	2.7	19	77	22	52	53	2	4	40	1.32
44040--44073	16	2.1	16	89	10	52	64	0	2	32	1.08
45515--45591	39	2.0	39	89	0	118	16	16	42	23	1.88
45839--46184	139	2.5	139	86	2	473	26	18	14	40	1.89
46113--46553	124	3.7	123	81	6	455	25	20	15	38	1.92
46602--46886	73	3.8	73	92	1	453	31	21	21	25	1.98
47552--47606	22	2.5	22	90	0	92	41	12	10	34	1.78
56571--56628	28	2.2	26	84	6	71	58	1	6	32	1.35
57229--57277	18	2.7	19	77	22	52	53	0	4	42	1.20
57582--57615	16	2.1	16	89	10	52	64	0	2	32	1.08
60618--60644	13	2.1	13	100	0	54	48	7	29	14	1.71
60841--61033	104	1.9	104	95	2	352	44	11	17	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66572--66650	39	2.0	39	100	0	158	32	10	12	44	1.76
67048--67077	15	2.1	15	93	6	53	70	0	10	20	1.16
67073--67106	11	3.1	11	95	0	59	52	0	35	11	1.38
73160--73204	20	2.3	20	85	11	58	64	4	6	24	1.37
73490--73525	5	7.2	5	87	0	54	75	2	2	19	1.06
73490--73533	20	2.1	21	91	4	72	70	2	6	20	1.21
75159--75208	3	17.0	3	76	19	52	62	0	2	36	1.07
75845--76017	91	1.9	91	87	2	258	25	18	13	42	1.87
75931--76344	117	3.6	117	84	4	485	24	20	15	39	1.91
76172--76449	105	2.6	105	91	3	423	23	20	15	40	1.91
76426--76637	96	2.2	96	91	1	336	30	19	18	31	1.96
76953--77199	73	3.4	73	88	1	334	36	14	20	27	1.92
77026--77147	37	3.3	37	68	2	102	35	14	21	28	1.93
76990--77184	36	5.4	36	68	2	138	37	15	21	25	1.93
77185--77242	28	2.0	29	93	3	100	44	13	12	29	1.80
77214--77282	36	1.9	36	85	5	95	40	13	20	26	1.88
77150--77278	65	2.0	66	86	6	183	41	14	17	27	1.88
77214--77333	51	2.3	51	82	5	152	41	13	18	26	1.87
77275--77413	36	3.9	36	86	0	197	41	14	19	24	1.88
77404--77601	40	4.9	40	90	4	319	41	12	15	30	1.84
79048--79280	127	1.8	126	84	2	315	33	18	26	21	1.97
80682--80751	6	11.7	6	75	10	54	75	5	17	1	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80706--80751	18	2.6	18	89	0	65	73	6	17	2	1.14
80659--80738	12	6.7	12	77	7	65	73	6	17	2	1.15
81034--81363	39	8.6	39	86	3	436	28	18	17	36	1.93
81034--81670	117	5.4	117	71	10	438	29	16	16	38	1.90
81499--81670	39	4.4	39	85	0	200	33	13	14	38	1.86
81499--81670	78	2.2	78	88	0	245	33	13	14	38	1.86
81702--81814	42	2.7	42	80	9	133	28	22	21	28	1.99
83444--83503	5	12.2	5	80	19	56	11	0	6	81	0.86
83446--83504	9	6.1	9	80	9	55	10	0	6	83	0.82
83444--83507	15	4.2	16	78	7	64	12	0	6	81	0.87
87827--87866	20	2.0	20	100	0	80	40	5	5	50	1.46
88802--88833	14	2.4	13	94	5	55	25	9	18	46	1.79
89098--89135	12	3.2	12	81	3	51	47	0	0	52	1.00
89101--89160	22	2.7	23	87	7	79	45	0	0	55	0.99
89150--89197	23	2.1	23	84	7	62	54	0	2	43	1.12
89127--89274	60	2.5	57	74	20	144	48	0	1	50	1.09
89105--89232	52	2.4	53	74	20	124	48	0	0	50	1.06
89128--89271	30	4.8	30	73	13	95	48	0	1	50	1.09
89230--89302	19	3.8	18	75	17	58	47	1	1	49	1.18
89645--89679	14	2.6	14	90	4	54	31	17	11	40	1.85
89687--89730	14	3.0	15	80	6	63	31	20	6	40	1.79
89898--89988	21	4.4	20	75	9	85	29	28	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89874--89994	20	5.9	21	73	6	95	32	28	14	25	1.94
89898--89988	42	2.2	41	84	2	110	29	28	14	27	1.95
90546--90584	20	2.0	20	94	0	69	53	20	10	15	1.70
90622--90665	20	2.1	21	87	4	63	20	11	18	50	1.77
92154--92253	42	2.4	42	87	0	155	26	34	21	19	1.96
92368--92466	42	2.3	43	75	13	107	20	13	36	30	1.90
92368--92525	21	7.5	22	65	9	80	20	13	33	32	1.91
92652--92701	4	12.5	4	82	0	64	26	2	4	68	1.18
92846--92917	21	3.4	21	84	3	101	22	37	16	23	1.94
94541--94589	20	2.5	20	93	0	80	20	12	22	44	1.84
97329--97362	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
98230--98284	21	2.6	21	88	0	74	25	10	25	38	1.88
98428--98475	24	2.0	24	100	0	96	20	4	12	62	1.46
100230--100269	16	2.5	16	87	0	53	55	0	0	45	0.99
101322--101366	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
103035--103236	99	2.0	102	90	3	320	28	13	22	35	1.92
103260--103327	23	3.0	23	91	0	100	20	27	26	25	1.99
112113--112274	81	2.0	81	92	0	270	37	21	22	18	1.94
113221--113279	31	1.9	30	86	3	82	22	11	6	59	1.56
117305--117343	13	3.1	13	88	3	62	46	7	12	33	1.71
117832--117888	23	2.5	23	88	2	80	29	19	35	15	1.93
119195--119242	24	2.0	24	91	0	78	41	16	6	35	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126155--126191	6	6.2	6	100	0	74	16	51	0	32	1.45
128907--128946	17	2.3	18	91	8	66	35	0	5	60	1.19
131014--131048	3	11.7	3	87	0	52	34	25	34	5	1.80
135510--135549	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
135532--135591	19	2.9	20	85	9	68	16	26	35	21	1.95
139392--139431	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
141503--141546	23	2.0	23	86	4	63	38	2	9	50	1.47
146034--146065	15	2.1	16	94	5	57	71	0	6	21	1.07
152264--152309	23	2.0	24	82	4	58	28	10	4	56	1.53
152308--152355	20	2.5	20	83	10	55	31	12	6	50	1.65

Tables:   1   2   3   4