genome.fa.s8733.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008733.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111806_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  774200

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 466 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152825--152869	20	2.3	20	84	3	56	6	26	2	64	1.30
154213--154252	20	2.0	21	95	5	73	25	20	22	32	1.98
155804--155853	17	3.1	16	86	11	66	6	10	0	84	0.79
155809--155854	9	5.6	8	83	16	51	4	13	0	82	0.81
184096--184163	8	8.0	8	73	12	55	75	4	1	19	1.06
184090--184154	23	2.9	23	80	11	73	70	4	1	23	1.14
185736--185800	3	21.3	3	78	6	51	64	1	0	33	1.03
188782--188824	16	2.7	16	88	0	68	16	18	34	30	1.93
188919--188998	3	26.0	3	73	14	65	58	2	1	37	1.19
189280--189321	20	2.1	20	95	0	75	33	21	21	23	1.97
189184--189438	139	1.8	139	91	0	420	34	18	16	30	1.93
198056--198157	3	34.0	3	71	14	77	56	2	0	39	1.21
198056--198157	25	4.2	25	76	17	101	56	2	0	39	1.21
198055--198157	37	2.9	34	74	23	97	56	2	0	39	1.21
198056--198157	28	3.7	29	73	15	90	56	2	0	39	1.21
198065--198153	8	11.6	8	77	21	77	56	2	1	40	1.19
198065--198157	31	3.1	31	80	14	106	56	2	1	39	1.18
199080--199114	2	17.5	2	88	11	54	45	2	0	51	1.16
209153--209338	60	3.1	60	83	1	194	32	21	4	41	1.73
212807--213174	131	2.8	130	87	1	538	31	13	17	37	1.88
214771--214816	20	2.3	20	96	0	83	41	2	26	30	1.68
214956--214993	18	2.1	18	100	0	76	44	23	15	15	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215748--215808	31	2.0	31	83	0	77	26	26	9	37	1.87
216019--216063	19	2.4	19	96	0	81	28	17	28	24	1.97
216827--217014	41	4.6	41	85	0	225	28	18	17	36	1.93
218134--218185	20	2.6	20	93	0	95	21	25	17	36	1.94
218176--218246	20	3.5	19	72	24	65	30	29	12	26	1.93
218196--218267	21	3.5	21	75	17	87	27	33	13	25	1.94
218175--218272	41	2.4	41	98	0	187	28	32	13	25	1.93
221344--221378	5	6.8	5	87	6	52	22	0	0	77	0.78
221341--221379	11	3.6	11	82	6	53	23	0	0	76	0.78
221852--222211	131	2.7	129	87	3	531	31	11	16	40	1.84
222987--223013	7	3.9	7	100	0	54	59	0	0	40	0.98
226938--228983	134	15.2	134	81	3	2049	30	21	16	31	1.96
228789--229144	175	2.0	175	86	3	502	27	23	17	30	1.97
228930--229024	41	2.3	41	96	0	172	27	23	21	28	1.99
228655--229214	309	1.8	309	87	2	829	29	24	17	29	1.97
228964--229207	134	1.8	134	85	1	346	29	24	18	27	1.98
237213--237281	23	3.0	23	82	0	84	21	23	23	31	1.98
239674--239775	51	2.0	50	98	1	195	16	13	9	59	1.60
241461--241520	3	20.0	3	83	6	77	40	0	0	60	0.97
243294--243348	25	2.2	25	83	9	67	60	3	1	34	1.25
243323--243358	17	2.1	18	89	5	56	55	0	0	44	0.99
243330--243369	19	2.1	19	85	4	53	50	2	0	47	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247238--247274	19	2.0	18	89	5	56	45	0	21	32	1.52
252540--252693	45	3.5	45	89	3	224	24	24	19	31	1.98
252723--252832	45	2.4	45	89	1	157	24	23	18	33	1.97
252849--253121	45	6.2	45	87	3	358	22	23	21	33	1.97
252849--253480	135	5.0	131	80	12	462	23	22	20	32	1.98
253144--253250	43	2.4	44	85	6	135	26	24	19	29	1.98
253019--253360	119	2.9	119	88	2	506	24	21	21	33	1.97
253264--253480	45	4.9	45	84	6	280	23	23	19	33	1.97
253281--253452	88	2.0	87	89	3	265	23	23	18	34	1.96
253679--253735	3	19.3	3	85	3	80	40	0	0	59	0.97
253660--253738	9	8.2	9	74	16	61	45	0	0	54	0.99
255015--255066	27	2.0	27	85	11	72	30	1	5	61	1.30
255022--255066	13	3.3	13	78	9	54	33	2	2	62	1.20
255121--255484	140	2.6	138	81	8	371	38	7	9	45	1.63
255501--255537	18	2.1	18	90	10	58	54	0	0	45	1.00
255261--255526	140	1.9	137	79	6	297	39	6	8	46	1.60
265532--265670	5	28.2	5	86	12	191	40	0	0	59	0.97
265532--265664	18	7.1	19	87	11	195	40	0	0	59	0.97
265532--265672	41	3.4	41	87	11	198	40	0	0	59	0.97
265532--265670	16	8.7	16	86	12	173	40	0	0	59	0.97
268967--269000	17	1.9	17	88	5	50	76	5	2	14	1.09
268971--269027	26	2.2	26	78	6	62	71	5	3	19	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271290--271607	157	2.0	159	97	2	604	25	19	33	22	1.97
272383--272409	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
274311--274403	22	4.2	22	84	0	123	17	22	25	34	1.96
276421--276479	30	2.0	30	86	6	84	35	5	20	38	1.75
278425--278554	46	2.9	45	85	3	172	42	7	19	30	1.79
280234--280324	45	2.0	46	97	2	175	37	23	15	24	1.93
281362--281401	21	1.9	21	84	0	53	42	12	25	20	1.86
281762--281791	13	2.2	14	94	5	53	53	0	0	46	1.00
282693--282731	12	3.3	12	85	7	62	30	25	17	25	1.97
282697--282733	11	3.3	11	92	7	65	27	29	16	27	1.97
283268--283353	23	3.7	23	75	18	88	26	25	27	19	1.99
289743--289786	22	2.0	22	86	4	63	25	27	22	25	2.00
290335--290420	23	3.7	23	76	18	97	26	26	27	18	1.98
293311--293347	19	2.0	18	89	5	56	24	0	13	62	1.31
300357--300644	82	3.5	82	85	3	386	36	22	17	23	1.94
300737--300795	31	1.9	31	86	6	84	37	15	0	47	1.45
301057--301110	26	2.2	24	86	6	72	62	9	3	24	1.41
301919--302447	266	2.0	266	93	2	902	29	17	19	33	1.95
302940--302976	14	2.6	15	83	12	51	16	29	8	45	1.76
305172--305360	76	2.5	76	83	5	224	30	14	11	43	1.80
305341--305630	39	7.5	39	86	3	392	30	16	15	37	1.89
305659--306007	134	2.6	133	81	5	405	35	15	23	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305956--306052	40	2.4	40	96	0	176	43	15	24	16	1.87
307749--307793	17	2.7	18	76	13	51	8	2	8	80	1.00
308650--308789	74	1.9	72	82	5	174	26	14	12	46	1.80
315382--315426	23	2.0	23	95	0	81	2	8	40	48	1.47
316062--316153	42	2.2	43	79	9	102	32	23	20	22	1.98
316483--316587	42	2.5	43	75	6	108	35	18	19	27	1.94
316234--316582	177	2.0	177	87	0	509	35	18	17	29	1.93
316582--316787	56	3.6	56	84	4	236	38	19	11	30	1.86
316582--316794	113	1.9	113	80	6	252	40	18	10	29	1.85
318383--318414	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
322823--322882	15	4.5	13	75	17	52	66	1	1	30	1.11
322824--322858	7	4.7	7	89	10	52	71	0	0	28	0.86
325913--325960	26	1.9	25	83	8	62	58	2	10	29	1.43
326802--326969	83	2.0	81	87	6	241	56	13	1	28	1.47
330660--330746	44	2.0	43	86	4	120	32	13	20	33	1.92
330748--330873	44	2.9	43	86	1	162	34	16	22	26	1.95
340000--340266	82	3.2	81	81	5	286	28	23	17	29	1.97
340000--340207	41	5.1	41	71	15	128	28	24	17	29	1.97
340195--340275	41	2.0	41	85	2	108	27	23	19	29	1.98
340825--340906	25	3.3	25	96	0	155	24	25	20	29	1.99
341980--342171	82	2.3	82	82	6	228	38	20	10	30	1.86
342418--342474	11	5.0	11	74	6	51	5	5	47	42	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
342435--342540	23	4.6	23	86	2	97	2	8	44	44	1.49
342498--342552	23	2.4	23	93	0	92	5	5	41	47	1.49
344250--344301	23	2.3	23	86	6	70	19	17	28	34	1.94
352028--352250	57	3.9	57	89	1	322	35	7	17	39	1.78
352028--352295	57	4.7	57	85	2	306	37	7	16	38	1.77
352452--352907	67	6.8	67	87	1	646	31	15	24	29	1.95
352876--353146	81	3.4	80	81	8	327	38	12	22	27	1.89
352881--353176	158	1.9	159	82	6	377	37	11	22	28	1.89
353337--353422	43	2.0	45	90	4	140	37	12	24	25	1.91
355819--355874	4	13.8	4	77	17	53	19	3	1	75	1.05

Tables:   1   2   3   4