genome.fa.s8739.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008739.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111817_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  827959

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1066--1104	20	2.0	20	89	0	60	35	15	15	33	1.89
5235--5304	34	2.1	32	84	5	86	24	27	15	32	1.95
5759--5814	20	2.8	21	84	7	73	16	28	35	19	1.93
5759--5818	21	3.0	21	85	9	81	15	28	36	20	1.92
8792--8861	34	2.1	32	84	5	86	21	30	15	32	1.94
9143--9184	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
9299--9355	15	3.5	15	72	25	53	19	24	36	19	1.94
9297--9406	20	6.1	19	72	23	96	16	27	36	20	1.93
9297--9382	34	2.5	34	96	1	154	17	26	36	19	1.94
14857--14883	4	6.8	4	100	0	54	48	0	25	25	1.52
15377--15421	18	2.4	18	75	17	56	31	0	11	57	1.33
15377--15418	12	3.4	12	86	3	57	28	0	11	59	1.33
24489--24533	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
24512--24816	149	2.0	149	98	0	583	33	21	16	27	1.95
25317--25345	5	5.8	5	100	0	58	20	20	0	58	1.39
26291--26335	21	2.1	21	91	0	72	15	22	28	33	1.95
29590--29634	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
29613--29917	149	2.0	149	98	0	583	33	21	16	27	1.95
30351--30390	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
31125--31169	23	2.0	23	86	0	63	26	28	24	20	1.99
31148--31453	149	2.1	149	96	0	567	33	21	16	28	1.95
31888--31915	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32936--32979	21	2.2	20	87	4	61	15	25	27	31	1.96
37318--37398	21	3.8	21	76	12	67	23	34	24	17	1.96
40076--40108	14	2.2	16	89	10	52	51	0	0	48	1.00
40066--40103	14	2.9	13	81	11	51	60	0	0	39	0.97
41170--41224	16	3.4	16	94	0	101	18	14	58	9	1.62
41341--41450	3	37.0	3	78	1	114	56	0	2	40	1.14
41795--42401	113	5.4	113	90	3	918	28	18	15	36	1.92
43219--43738	83	6.3	83	94	0	853	36	22	13	27	1.92
44897--44945	1	49.0	1	83	0	62	0	8	0	91	0.41
44879--44945	15	4.4	15	85	14	84	0	13	0	86	0.57
44889--44948	17	3.5	17	90	2	93	0	11	0	88	0.52
44897--44948	18	2.8	18	94	2	86	0	9	0	90	0.46
56278--56317	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
57521--57577	16	3.6	16	92	0	96	19	17	54	8	1.68
57690--57809	3	40.0	3	77	0	123	55	0	1	42	1.09
57963--57998	17	2.1	17	100	0	72	27	0	27	44	1.55
60451--60561	42	2.6	42	98	0	213	27	18	22	31	1.97
60617--60969	138	2.5	138	89	2	548	24	21	17	36	1.95
61710--61918	58	3.7	55	74	13	169	38	17	11	32	1.87
61710--61918	116	1.8	112	84	8	287	38	17	11	32	1.87
61982--62053	20	3.5	21	72	20	62	34	19	19	26	1.96
61947--62054	42	2.6	40	82	8	119	30	20	18	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62277--62389	22	5.3	22	69	16	94	30	24	18	25	1.98
62265--62390	42	3.0	42	94	0	207	30	24	19	24	1.98
62294--62367	20	3.6	20	72	13	69	31	24	20	24	1.98
62487--62685	52	3.8	53	85	3	260	42	16	9	31	1.80
62487--62681	53	3.7	52	86	5	250	41	16	9	32	1.82
62487--62681	105	1.8	105	85	3	275	41	16	9	32	1.82
62768--62907	40	3.6	40	72	13	114	40	10	15	34	1.81
62750--62912	76	2.1	77	80	8	181	39	10	16	33	1.83
63281--63406	66	1.9	67	83	3	166	43	6	15	34	1.73
63164--63443	103	2.7	103	80	7	336	41	8	18	31	1.80
64609--64696	10	8.5	10	72	18	65	1	14	7	76	1.07
64609--64694	22	3.6	22	76	17	91	1	15	8	75	1.09
64623--64696	14	5.9	13	79	14	77	1	14	8	75	1.09
65938--65980	22	2.0	22	90	0	68	41	20	18	18	1.90
69753--69794	19	2.2	19	86	4	57	42	0	0	57	0.99
69943--69971	15	1.9	15	100	0	58	17	6	27	48	1.72
80784--80843	22	2.7	22	84	0	75	35	10	20	35	1.86
81544--81607	23	2.8	22	80	4	74	28	26	25	20	1.99
81615--81840	103	2.2	103	93	0	389	36	24	12	26	1.91
82383--82425	21	2.0	21	90	0	68	16	23	27	32	1.96
88253--88317	22	2.9	22	84	4	85	36	10	20	32	1.87
91312--91350	21	1.9	19	85	10	51	48	0	2	48	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92107--92198	42	2.3	39	82	12	121	33	11	11	42	1.79
92119--92197	42	1.9	41	92	2	131	31	12	11	44	1.78
92356--92441	42	2.0	42	97	0	163	36	6	15	41	1.74
95015--95047	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
95809--95850	13	3.0	15	80	16	54	50	0	0	50	1.00
96510--96557	20	2.4	20	86	6	62	47	2	0	50	1.12
99176--99237	31	2.0	31	90	0	97	22	14	16	46	1.83
101354--101399	22	2.0	23	87	4	67	52	2	8	36	1.45
101833--101881	21	2.3	21	93	6	82	22	6	4	67	1.30
102341--102398	18	3.2	19	75	18	61	27	3	1	67	1.17
105472--105544	21	3.5	20	81	3	83	31	17	21	28	1.97
114220--114249	15	2.0	15	93	0	51	30	23	0	46	1.52
116131--116215	30	2.8	30	85	0	107	43	12	11	31	1.79
116718--116757	21	1.9	21	89	0	62	40	0	0	60	0.97
117859--117889	3	10.3	3	92	0	53	29	0	3	67	1.06
119833--119947	60	1.9	59	85	1	158	31	10	24	33	1.89
122699--122733	15	2.3	15	95	0	61	40	0	17	42	1.49
126060--126099	21	1.9	21	94	0	71	42	25	17	15	1.88
126020--126191	92	1.9	92	88	0	263	33	26	16	23	1.95
126468--126764	5	59.4	5	99	0	333	19	9	19	50	1.75
135833--135941	36	3.0	36	90	2	166	55	2	9	33	1.46
148372--148404	13	2.5	13	90	9	50	45	6	18	30	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148905--148957	23	2.3	23	83	0	70	24	18	35	20	1.95
152820--152889	34	2.1	32	86	5	95	22	30	15	31	1.95
153411--153470	29	2.0	31	87	6	88	41	18	6	33	1.76
164348--164375	13	2.2	13	100	0	56	64	0	21	14	1.29
169580--169634	20	2.6	22	80	8	69	32	18	29	20	1.96
176382--176518	67	2.1	65	87	4	195	29	16	12	41	1.84
176674--176864	83	2.3	83	81	3	215	27	30	17	23	1.97
177095--177137	3	14.3	3	90	9	70	32	0	0	67	0.91
179833--179939	24	4.4	25	70	13	73	48	15	12	23	1.79
180263--180323	27	2.3	27	100	0	122	37	21	11	29	1.88
186892--187002	35	3.2	35	85	0	141	35	0	21	42	1.59
188212--188246	11	3.1	11	87	4	52	51	2	0	45	1.16
197492--197555	17	3.7	18	76	17	73	37	4	10	46	1.60
197478--197616	34	4.1	35	78	6	151	38	7	10	43	1.67
197793--197883	46	2.0	46	91	0	146	30	14	18	36	1.91
209060--209106	20	2.3	20	100	0	94	38	21	0	40	1.53
214386--214750	200	1.8	202	84	4	506	35	20	9	34	1.85
218550--218589	20	2.0	20	85	0	53	70	12	7	10	1.35
218559--218604	20	2.2	20	84	7	56	60	13	8	17	1.56
219368--219417	24	2.1	24	100	0	100	44	18	14	24	1.86
220043--220086	23	1.9	23	86	9	63	54	13	2	29	1.51
221411--221446	17	2.1	16	90	10	54	30	2	0	66	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222754--222804	22	2.3	22	82	3	57	33	27	17	21	1.96
225795--225833	20	2.0	20	89	0	60	25	15	43	15	1.86
226139--226181	19	2.3	19	84	8	52	53	0	6	39	1.28
228487--228667	3	57.7	3	70	17	102	59	3	4	33	1.34
228622--228674	26	2.1	25	89	3	79	60	3	5	30	1.37
230414--230494	35	2.3	36	84	2	110	44	19	1	34	1.59
230414--230511	36	2.8	36	82	1	117	42	23	2	31	1.65
230668--230956	148	2.0	148	93	1	499	35	5	10	48	1.61
231739--231778	20	2.0	20	90	0	62	65	5	2	27	1.27
231923--231973	18	2.7	19	77	22	54	66	0	3	29	1.09

Tables:   1   2   3   4