genome.fa.s8749.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008749.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111840_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  379273

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 257 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175863--175896	16	2.1	16	88	0	50	50	8	11	29	1.69
182890--182923	13	2.6	13	90	9	52	8	11	0	79	0.94
185993--186023	7	4.4	7	95	0	53	12	3	0	83	0.75
186665--186694	14	2.1	14	93	0	51	43	0	16	40	1.48
187247--187350	32	3.2	31	76	10	84	16	11	25	46	1.81
187356--187401	22	2.1	22	88	8	67	17	8	17	56	1.65
189645--189685	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
191700--191847	60	2.5	59	80	7	147	33	12	14	39	1.84
192584--192650	33	2.1	33	97	2	127	17	8	8	64	1.48
194926--194960	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
203601--203748	58	2.6	58	82	2	154	41	16	17	24	1.90
203611--203748	29	4.8	29	78	3	116	41	16	18	23	1.90
205295--205618	138	2.4	137	81	7	365	29	13	13	43	1.82
206606--206647	22	1.9	22	85	9	59	50	14	2	33	1.56
210773--210815	22	1.9	23	81	13	54	25	16	20	37	1.93
211423--211500	39	2.0	39	95	5	140	29	21	10	38	1.87
213503--213848	169	2.0	172	93	6	596	35	11	18	34	1.87
230051--230133	41	2.0	41	100	0	166	36	2	33	27	1.70
234522--234659	42	3.3	42	81	2	159	21	10	17	50	1.77
234522--234652	43	3.1	43	79	2	138	21	10	17	50	1.76
238167--238397	95	2.4	94	80	8	259	31	15	20	32	1.94
238834--239795	84	11.5	84	84	3	1161	33	22	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238838--239795	334	2.9	334	83	4	1209	33	22	19	24	1.97
238834--239875	418	2.5	418	83	4	1305	34	22	18	24	1.96
241871--241901	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
241902--241952	21	2.5	20	78	9	57	15	7	0	76	1.00
245831--246064	95	2.4	97	83	7	289	30	17	20	31	1.96
246839--247553	84	8.5	84	83	3	796	35	22	17	24	1.95
247437--247669	116	2.0	116	88	0	349	32	23	19	25	1.98
247553--247736	84	2.2	83	88	0	260	33	23	17	25	1.96
249164--249224	16	3.4	18	78	13	56	18	1	1	78	0.91
249164--249224	21	3.0	19	77	13	59	18	1	1	78	0.91
249166--249222	11	5.2	11	82	8	55	17	1	1	78	0.91
249477--249503	14	1.9	14	100	0	54	7	11	0	81	0.87
249516--249561	18	2.5	18	89	3	65	6	6	4	82	0.94
249583--249625	11	3.8	11	79	14	52	9	6	2	81	0.95
251138--251189	20	2.6	21	81	6	63	21	11	34	32	1.89
251227--251272	20	2.4	20	79	17	53	30	21	23	23	1.99
257488--257525	16	2.4	16	90	0	58	28	0	0	71	0.87
257766--257802	2	18.0	2	94	5	65	48	2	0	48	1.15
262289--262329	20	2.0	21	90	4	66	36	31	14	17	1.90
263315--263540	107	2.1	105	83	2	283	41	11	11	35	1.78
263315--263566	105	2.4	106	81	2	267	41	11	12	34	1.79
265183--265233	26	1.9	27	84	4	68	23	19	17	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265183--265234	13	3.9	13	79	2	59	23	19	17	40	1.91
270830--270892	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
274703--274742	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
277069--277138	37	1.9	37	85	8	99	28	10	10	51	1.67
280185--280237	21	2.4	21	73	17	54	30	13	24	32	1.93
280195--280236	21	2.0	21	90	0	66	26	16	21	35	1.94
280198--280250	21	2.5	22	81	9	65	30	13	20	35	1.91
280917--280951	16	2.1	18	89	10	56	51	0	0	48	1.00
281334--281408	21	3.7	20	73	16	73	46	1	0	52	1.09
281327--281419	21	4.6	21	70	18	72	49	1	0	49	1.07
281398--281451	17	3.0	17	77	15	54	59	0	1	38	1.08
281405--281445	20	2.0	20	85	0	55	58	0	2	39	1.11
283141--283174	18	1.9	17	88	5	50	20	29	0	50	1.49
287741--287766	4	6.5	4	100	0	52	50	26	0	23	1.50
290553--290580	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
293529--293792	22	12.1	22	95	1	469	51	0	29	18	1.47
293605--293647	20	2.3	17	92	8	50	51	0	30	18	1.47
295174--295251	26	3.1	25	77	17	72	75	3	3	16	1.10
295191--295234	13	3.4	13	87	6	63	75	4	4	15	1.14
295215--295250	19	1.9	18	88	5	54	77	2	5	13	1.05
296495--296539	23	1.9	24	81	4	56	53	8	0	37	1.32
296557--296625	30	2.2	32	85	7	90	43	4	4	47	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296607--296686	27	2.9	28	75	14	85	43	2	5	48	1.38
296506--296786	156	1.8	154	82	9	365	44	4	3	46	1.43
296720--296770	11	4.3	11	79	16	57	43	1	7	47	1.43
296587--296833	100	2.6	92	84	13	253	44	4	4	45	1.46
296715--296766	25	2.1	25	89	7	79	38	1	7	51	1.42
296647--296833	100	1.9	101	93	5	326	43	5	4	45	1.47
296740--296919	75	2.4	76	83	4	211	43	8	3	43	1.52
296751--296896	36	3.9	36	78	9	150	45	8	3	42	1.50
296720--296977	78	3.4	75	78	9	197	43	9	4	43	1.56
297610--298477	84	10.5	84	76	6	605	25	20	24	29	1.99
297610--298530	165	5.6	164	77	6	786	25	20	24	29	1.99
297778--298468	248	2.8	248	91	1	1053	25	20	24	29	1.99
303687--303722	17	2.2	16	90	5	54	77	2	0	19	0.88
303688--303748	13	4.7	12	76	17	52	77	3	1	18	0.99
303729--303764	19	1.9	18	88	5	54	77	2	2	16	1.00
304566--304599	17	2.1	17	88	5	52	5	11	29	52	1.61
305028--305075	25	1.9	25	82	0	60	54	10	0	35	1.35
305007--305129	37	3.3	35	78	12	113	51	5	0	42	1.31
305092--305160	30	2.2	32	85	7	90	44	4	4	46	1.43
305142--305223	27	3.0	28	78	7	96	43	2	4	48	1.37
305196--305438	36	6.9	36	73	14	193	44	7	4	44	1.51
305230--305305	27	2.8	27	82	7	82	43	2	6	47	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305259--305315	27	2.1	28	83	9	73	40	3	7	49	1.47
305245--305435	75	2.5	75	81	5	199	45	6	4	43	1.49
305301--305516	75	2.8	75	78	9	197	43	11	3	41	1.58
306957--306991	18	1.9	18	88	0	52	54	5	2	37	1.39
307203--307272	36	1.9	36	94	0	122	45	20	17	17	1.85
307379--307412	16	2.2	15	89	5	50	47	2	5	44	1.42
307708--307765	26	2.3	24	77	13	62	53	10	5	31	1.57
308998--309055	30	1.9	30	89	0	89	20	29	3	46	1.67
312508--312549	15	2.8	15	86	13	52	57	7	4	30	1.47
312873--312902	15	1.9	16	93	6	53	73	3	10	13	1.21
314791--314838	17	3.0	17	82	11	66	62	0	0	37	0.95
315135--315575	126	3.5	127	80	4	446	27	17	26	28	1.97
315224--315609	126	3.1	125	83	4	465	27	17	25	29	1.98
315712--315785	37	2.0	38	86	2	105	37	10	18	32	1.86
319962--319999	6	6.3	6	88	8	51	52	15	18	13	1.74
321415--321457	3	14.0	3	86	13	61	62	0	0	37	0.95
329126--329182	3	19.0	3	85	0	78	36	0	1	61	1.07
330686--330725	11	3.5	11	86	10	53	32	2	0	65	1.06
332415--332486	36	2.0	36	91	0	117	41	18	11	29	1.84
332940--333026	43	2.0	44	84	2	113	31	10	24	34	1.89
333201--333266	27	2.5	26	87	2	96	19	13	9	57	1.63
333205--333274	14	5.2	14	75	13	58	18	15	10	55	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
337209--337241	12	2.8	12	95	0	57	24	21	24	30	1.99
340215--340352	54	2.6	54	84	0	186	35	15	23	26	1.94
340720--340774	22	2.5	22	90	0	83	38	9	12	40	1.75
341521--341669	45	3.3	45	89	0	226	25	22	19	32	1.98
341566--341789	121	1.9	121	94	0	394	23	21	20	34	1.97
341423--342167	166	4.5	166	80	6	844	25	21	19	32	1.97
341687--342302	45	13.3	45	72	11	386	24	22	19	33	1.97
341521--342302	211	3.7	211	81	9	934	24	22	19	33	1.97
341777--342090	121	2.6	121	90	0	493	24	21	20	33	1.97
341779--342130	121	2.9	120	87	0	463	25	21	20	32	1.97

Tables:   1   2   3