genome.fa.s8751.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008751.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111842_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  806611

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3959--3993	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
7748--7781	12	2.7	13	86	9	52	47	0	11	41	1.40
10044--10119	23	3.4	22	78	7	91	26	22	25	26	2.00
13796--13835	20	2.0	21	85	5	55	22	17	10	50	1.76
13945--13984	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
26831--26882	20	2.5	21	81	3	61	40	19	23	17	1.91
26850--26945	41	2.3	41	80	7	106	37	21	18	21	1.94
26871--26965	20	4.7	20	82	2	100	33	24	17	24	1.96
27155--27198	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
27464--27501	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
28819--28863	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
29336--29402	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
29355--29442	33	2.5	34	77	22	101	42	21	22	13	1.88
29336--29455	19	6.5	19	77	13	99	41	23	21	13	1.88
31000--31126	33	3.8	33	87	4	193	43	19	22	14	1.88
31001--31133	66	2.0	66	95	0	239	42	19	21	16	1.89
31126--31168	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89
31308--31344	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
32699--32765	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
32699--32821	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
34836--34930	33	2.8	33	88	1	136	38	27	22	11	1.88
34807--34972	20	9.1	19	73	16	127	42	22	22	12	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34968--35015	20	2.5	19	77	12	53	10	16	27	45	1.80
35531--35624	20	4.7	20	77	2	80	24	15	24	35	1.95
35613--35705	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
35556--35686	41	3.2	41	83	4	140	20	19	20	38	1.93
35613--35705	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
35804--35850	19	2.5	19	96	0	85	21	19	25	34	1.96
37314--37421	33	3.3	33	85	0	108	36	25	20	18	1.95
37315--37369	27	2.0	27	96	0	101	40	20	21	18	1.92
39508--39610	50	2.0	51	94	1	181	43	8	9	37	1.69
45830--45889	6	10.0	6	100	0	120	16	33	0	50	1.46
46489--46948	226	2.0	226	86	0	634	39	13	14	32	1.84
46811--47095	108	2.6	108	87	1	374	38	12	13	35	1.82
47293--47366	38	1.9	38	91	0	121	36	13	10	39	1.80
47567--47709	75	1.9	75	81	5	173	34	13	12	38	1.83
47710--47893	75	2.5	75	86	1	271	32	13	13	40	1.83
54145--54203	30	2.0	30	86	6	84	30	16	15	37	1.90
55208--55437	20	11.2	20	76	13	193	39	24	17	17	1.92
55291--55437	62	2.4	62	96	0	267	38	25	17	18	1.92
55208--55437	42	5.6	41	77	11	174	39	24	17	17	1.92
55533--55592	6	10.0	6	98	0	102	30	50	20	0	1.49
56121--56165	21	2.1	21	100	0	90	13	15	37	33	1.86
56092--56134	6	7.5	6	97	2	72	0	16	53	30	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56251--56376	42	3.1	41	85	5	159	15	19	23	40	1.91
56251--56376	20	6.2	20	80	8	121	15	19	23	40	1.91
57910--57940	16	1.9	16	100	0	62	19	9	19	51	1.74
64421--64448	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
66298--66463	21	7.6	21	73	14	95	22	22	24	31	1.98
66258--66663	111	3.7	111	94	0	706	24	23	20	31	1.98
66390--66475	21	4.1	21	83	1	66	20	20	24	33	1.97
66501--66573	20	3.6	20	81	5	67	23	20	20	35	1.96
66258--66663	221	1.8	222	94	0	724	24	23	20	31	1.98
66645--66747	21	5.0	21	67	13	79	19	21	24	34	1.96
66639--66770	42	3.2	42	94	2	232	21	21	23	34	1.97
66695--66766	21	3.4	21	74	14	85	20	19	22	37	1.94
67485--67726	21	11.4	21	80	11	253	39	19	19	21	1.93
67527--67766	63	3.8	63	81	7	231	38	21	18	21	1.94
67613--67772	21	7.6	21	82	10	134	35	25	19	20	1.95
67595--67766	42	4.1	41	82	8	188	36	23	19	20	1.95
73692--73735	23	1.9	23	90	9	72	34	18	22	25	1.96
74138--74182	15	3.0	15	78	12	56	51	15	0	33	1.44
74108--74182	30	2.5	30	82	8	82	48	18	2	30	1.62
79435--79489	24	2.3	24	81	3	58	36	18	20	25	1.94
79473--79579	23	4.7	23	89	0	160	37	24	18	19	1.94
79459--79579	46	2.6	46	86	1	161	36	23	18	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79712--79793	15	5.4	15	79	5	76	30	20	10	37	1.87
82015--82067	20	2.6	20	75	3	52	33	11	26	28	1.91
82942--83003	22	2.8	22	97	0	115	29	19	24	27	1.98
83663--83696	16	2.1	17	88	5	52	38	2	17	41	1.65
84800--84881	38	2.2	38	93	0	137	56	8	7	28	1.56
87882--87918	14	2.6	15	83	8	51	59	0	2	37	1.12
91211--91348	59	2.6	52	79	14	154	22	16	23	36	1.94
91242--91362	59	2.1	59	90	0	188	26	16	20	36	1.94
99891--99960	34	2.0	35	88	2	106	41	21	4	32	1.73
109668--109740	37	2.0	37	83	5	94	30	19	21	28	1.98
113103--113165	21	3.0	21	75	13	56	47	20	0	31	1.51
113111--113180	21	3.3	21	77	18	67	44	24	0	31	1.54
122768--122801	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
124202--124260	30	2.0	30	83	3	75	35	5	8	50	1.55
124246--124565	98	3.2	97	67	14	222	37	5	9	47	1.58
124226--124632	198	2.1	196	86	1	589	38	5	8	47	1.57
124676--124716	21	2.0	21	85	0	55	46	2	4	46	1.37
124712--124770	29	2.1	29	81	12	70	59	5	0	35	1.20
128244--128286	20	2.2	20	86	0	59	37	23	9	30	1.86
136235--136280	18	2.7	18	78	18	53	34	8	32	23	1.86
137775--137817	20	2.2	20	86	0	59	32	23	13	30	1.93
138322--138346	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138688--139531	418	2.0	414	85	4	1124	43	8	9	38	1.66
139330--139786	178	2.5	178	79	10	426	38	11	9	41	1.73
139793--139822	15	1.9	16	93	6	53	40	6	6	46	1.56
141723--141781	30	2.0	30	90	3	93	38	13	18	28	1.89
141959--141997	20	2.0	20	94	0	69	38	30	17	12	1.88
141959--141997	9	4.1	9	81	12	51	38	30	17	12	1.88
142004--142107	29	3.6	29	92	0	154	16	28	31	23	1.96
142542--142630	41	2.2	41	78	8	92	42	1	10	46	1.45
142856--142902	16	3.0	16	84	9	53	29	0	10	59	1.31
142877--142907	15	2.1	14	94	5	53	38	0	6	54	1.26
145058--145090	17	1.9	17	93	0	57	45	12	6	36	1.66
145075--145143	22	3.0	22	73	19	77	47	7	4	40	1.51
145282--145368	38	2.4	37	81	9	99	51	4	2	41	1.35
145298--145642	14	25.1	13	72	20	151	44	9	2	43	1.49
145441--145642	26	8.0	26	80	9	222	43	9	2	44	1.53
145438--145700	124	2.1	124	99	0	517	43	9	2	44	1.50
148530--148588	26	2.3	24	78	16	64	40	3	8	47	1.51
149399--149459	28	2.2	28	96	0	113	57	11	0	31	1.34
149436--149484	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
149853--149924	21	3.3	21	70	21	67	29	26	27	16	1.97
149867--149937	23	3.2	23	69	15	76	26	29	26	16	1.97
149849--149937	44	2.0	44	97	0	169	28	28	25	17	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150038--150075	20	1.9	20	94	0	67	21	50	13	15	1.78
150064--150101	20	1.9	20	88	0	58	26	50	7	15	1.72
150161--150264	29	3.6	29	94	0	181	17	36	30	15	1.91
152306--152353	21	2.3	21	92	0	78	41	14	18	25	1.88
153961--154413	178	2.5	177	79	9	459	39	11	8	40	1.71
154420--154449	15	1.9	16	93	6	53	40	6	6	46	1.56
156066--156113	21	2.3	21	92	0	78	43	12	16	27	1.84
158094--158188	41	2.3	41	88	0	145	23	16	23	36	1.94
162420--162489	21	3.3	21	75	0	59	40	20	37	2	1.67
162456--162522	21	3.2	21	84	0	71	43	19	35	1	1.60

Tables:   1   2   3   4