genome.fa.s8751.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008751.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111842_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  806611

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162465--162524	21	2.9	21	87	0	75	43	20	35	1	1.62
162863--162945	44	1.9	43	87	7	123	30	22	18	28	1.97
162932--163244	43	7.3	43	70	9	188	30	24	17	27	1.97
163054--163238	87	2.1	86	86	4	248	30	24	20	24	1.98
185581--185714	70	1.9	71	86	7	193	31	17	11	39	1.85
185574--185728	70	2.2	70	79	8	190	33	17	9	39	1.82
185776--186188	70	5.8	71	77	11	270	31	17	10	40	1.84
185813--186171	36	9.9	36	69	13	166	32	17	9	40	1.82
201432--201457	13	2.0	13	100	0	52	30	15	30	23	1.95
205562--205970	149	2.7	152	79	7	413	34	16	11	37	1.84
206651--206711	26	2.3	26	82	0	77	34	4	16	44	1.69
209350--209379	15	2.0	15	100	0	60	60	0	20	20	1.37
209353--209387	15	2.3	15	90	0	52	65	0	17	17	1.27
209508--209585	8	9.5	8	74	15	54	74	1	2	21	1.01
209526--209626	39	2.6	37	78	12	114	69	0	2	26	1.09
209507--209627	18	6.3	18	69	19	68	70	1	3	24	1.12
209536--209603	29	2.2	31	80	15	79	69	0	2	27	1.03
209504--209577	23	3.4	21	70	17	53	74	1	2	21	1.02
209498--209669	77	2.2	76	78	9	170	69	1	2	26	1.12
209466--209587	9	13.0	9	71	13	68	76	0	4	18	1.01
210032--210100	34	2.0	34	94	0	120	31	14	11	42	1.82
210649--211411	105	7.3	105	88	3	1024	22	17	25	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210648--211411	207	3.7	208	88	3	1013	23	17	25	33	1.96
210649--211411	312	2.4	309	86	5	1068	22	17	25	33	1.96
212194--212373	65	2.8	65	93	0	306	36	12	20	31	1.89
212324--212630	36	8.9	37	67	20	198	37	13	20	28	1.91
212259--212612	101	3.5	102	91	1	577	36	12	20	29	1.90
212159--212475	166	1.9	169	92	3	543	36	12	20	30	1.90
212425--212630	37	5.9	36	70	17	148	36	14	21	27	1.92
213491--213541	22	2.3	22	96	0	93	25	11	27	35	1.91
214148--214193	19	2.3	20	81	7	58	2	15	6	76	1.09
214169--214215	22	2.2	21	85	11	60	0	14	6	78	0.93
217788--217817	15	2.0	15	100	0	60	60	0	20	20	1.37
217791--217825	15	2.3	15	90	0	52	65	0	17	17	1.27
217914--217989	28	2.7	28	73	17	68	77	1	7	13	1.04
217904--218022	22	5.4	22	69	19	70	75	0	5	18	1.03
217955--218024	16	4.5	15	72	15	54	75	1	1	21	0.96
217904--218026	9	12.8	9	72	14	68	76	0	4	17	1.01
217968--218103	36	3.5	36	77	16	121	67	1	2	28	1.11
218099--218159	23	2.8	21	74	16	54	67	4	6	21	1.33
218474--218539	34	1.9	34	93	0	114	31	13	12	42	1.81
219641--219670	15	2.0	15	100	0	60	20	26	33	20	1.97
224054--224110	16	3.6	16	85	2	71	38	8	21	31	1.84
224066--224116	16	3.2	16	85	0	57	35	11	23	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225337--225397	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
225298--225403	35	3.0	35	94	4	178	46	18	5	29	1.72
229917--230018	35	2.9	35	92	2	159	47	14	5	32	1.69
232528--232598	30	2.4	30	85	0	88	30	25	22	21	1.98
232585--232772	31	6.0	31	78	11	204	30	19	19	30	1.96
232610--232776	63	2.7	63	97	0	309	30	18	18	32	1.95
235653--235688	16	2.2	17	90	5	56	33	11	11	44	1.75
236839--236883	16	2.8	16	89	0	72	24	17	22	35	1.95
241784--241833	17	2.9	17	78	0	55	36	12	18	34	1.87
251440--251487	23	2.1	23	84	7	62	41	2	12	43	1.54
251811--251854	21	2.2	21	84	11	58	63	0	4	31	1.14
254194--254248	18	3.2	18	71	23	64	32	27	14	25	1.95
254859--254922	7	9.0	7	77	16	69	1	18	0	79	0.81
254855--254902	16	2.9	16	90	9	71	4	16	0	79	0.89
254878--254924	6	7.2	6	84	15	58	0	21	0	78	0.75
254878--254924	13	3.5	13	94	2	76	0	21	0	78	0.75
255474--255518	19	2.4	18	82	7	54	64	0	0	35	0.94
258616--258692	38	2.1	37	80	9	86	46	1	3	48	1.28
258832--258875	20	2.3	19	88	11	72	18	25	9	47	1.77
258838--258875	20	1.9	20	100	0	76	18	23	10	47	1.79
262825--263302	55	8.7	55	89	1	604	28	24	17	28	1.98
263319--263426	37	2.9	37	90	2	164	23	21	17	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263645--263679	17	2.1	17	89	10	54	28	25	2	42	1.69
264712--264832	23	5.1	24	71	20	69	9	16	0	74	1.06
264767--264863	7	13.3	7	70	21	58	8	13	0	78	0.96
264774--264844	19	3.6	21	72	14	71	8	12	0	78	0.95
264783--264830	20	2.5	20	74	16	55	10	14	0	75	1.06
264737--264832	35	2.7	34	77	15	88	8	16	0	75	1.04
264802--264841	16	2.6	14	82	17	53	7	12	0	80	0.91
264793--264850	25	2.2	25	84	6	80	10	10	0	79	0.94
264775--264863	27	3.3	26	78	12	92	7	13	0	78	0.95
264803--264863	31	2.0	31	84	12	81	6	13	0	80	0.90
264807--264858	16	3.2	16	89	5	77	7	11	0	80	0.89
277609--277666	17	3.0	21	78	19	79	27	18	18	34	1.95
279253--279313	23	2.7	23	86	0	86	18	21	26	34	1.96
280887--280929	22	2.0	22	95	0	77	30	6	13	48	1.69
281593--281634	22	1.9	22	90	9	68	54	2	4	38	1.34
281695--281778	44	1.9	44	90	2	134	35	7	8	48	1.61
283330--283375	23	2.0	22	83	4	56	80	4	6	8	1.01
288372--288411	21	2.0	20	95	5	71	22	25	25	27	2.00
291083--291178	41	2.3	41	80	3	104	48	16	8	26	1.74
293983--294027	19	2.4	19	100	0	90	15	28	17	37	1.91
294946--295049	39	2.7	39	77	3	102	32	24	22	21	1.98
294946--295108	39	4.2	39	72	6	96	31	21	24	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
308296--308335	16	2.5	16	100	0	80	25	12	22	40	1.89
309059--309112	21	2.5	22	78	6	65	24	5	0	70	1.08
313499--313639	60	2.4	59	82	11	180	31	20	4	43	1.71
313761--313924	59	2.8	60	75	5	179	39	7	20	32	1.80
335232--335270	15	2.6	15	80	11	53	46	0	0	53	1.00
340928--340967	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
340931--340964	17	2.0	17	100	0	68	52	0	0	47	1.00
341664--341716	26	2.0	26	100	0	106	41	28	26	3	1.73
343912--344052	19	7.9	19	77	16	151	45	17	22	14	1.84
343870--344046	33	5.2	33	83	11	223	46	19	21	12	1.83
343974--344028	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
343884--344052	52	3.3	51	75	11	173	45	18	21	14	1.85
344060--344158	19	5.4	19	83	14	136	14	22	17	46	1.83
344042--344158	52	2.2	54	93	4	204	13	24	17	43	1.86
344262--344297	13	2.6	14	82	8	56	44	22	0	33	1.53
346211--346275	19	3.4	19	82	4	78	44	26	18	10	1.82
346266--346321	14	3.7	14	80	17	67	44	23	21	10	1.83
346252--346338	32	2.7	32	92	1	147	45	21	21	10	1.81
346228--346343	19	6.8	18	76	16	104	45	22	21	10	1.82
346339--346467	19	7.3	19	74	17	116	9	17	27	45	1.78
346339--346430	33	2.8	33	91	3	141	8	18	27	45	1.78
346515--347072	93	6.1	93	97	1	1063	46	19	12	21	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
348778--348866	14	5.7	14	68	24	54	43	22	23	10	1.83
348770--348883	33	3.5	33	96	1	212	46	20	22	10	1.81
348792--348888	19	5.7	19	67	24	81	44	21	22	11	1.84
348884--348964	33	2.5	33	93	0	135	9	20	22	46	1.80
348900--348956	14	3.7	14	70	20	51	10	22	22	43	1.84
348940--349017	41	1.9	41	97	0	147	12	25	16	44	1.83
348941--349016	21	3.7	21	83	3	109	11	25	17	46	1.82
349098--349165	33	2.1	33	91	0	109	48	19	22	10	1.78
349346--349400	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
349547--349700	20	7.7	20	81	7	168	18	18	26	37	1.93

Tables:   1   2   3   4