genome.fa.s8770.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008770.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111873_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  569103

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6031--6059	13	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
8691--8756	2	34.0	2	93	6	118	50	0	0	50	1.00
9946--10264	174	1.8	173	90	2	514	42	14	12	31	1.83
31044--31072	13	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
33708--33761	2	28.0	2	92	7	94	51	0	0	48	1.00
34952--35270	174	1.8	173	90	2	514	42	14	12	31	1.83
56059--56087	13	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
58727--58762	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
59953--60271	174	1.8	173	90	2	514	42	14	12	31	1.83
62288--62337	24	2.1	24	85	7	66	22	2	16	60	1.46
69160--69235	20	3.5	20	70	16	71	14	18	0	67	1.24
69147--69264	45	2.6	45	93	1	200	14	17	0	67	1.23
69147--69266	26	5.2	25	66	24	93	15	17	0	67	1.23
69160--69247	20	4.2	20	69	19	63	15	17	0	67	1.24
69187--69255	20	3.2	20	66	18	57	15	18	0	65	1.28
72249--72298	24	2.1	24	85	7	66	22	2	16	60	1.46
81137--81196	27	2.2	27	93	0	102	41	8	20	30	1.81
81224--81512	158	1.8	155	84	2	389	39	15	12	33	1.85
81411--82946	380	4.0	374	78	10	1421	41	13	15	30	1.85
81610--82575	180	5.1	179	70	15	630	41	12	15	30	1.83
81370--82947	581	2.8	581	92	2	2560	41	12	15	30	1.84
81818--82734	200	4.7	201	81	6	1146	41	12	15	29	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82571--82946	179	2.1	179	85	1	511	41	14	14	29	1.86
82929--82974	21	2.2	21	80	3	58	21	13	17	47	1.81
84536--84579	21	2.1	21	83	8	54	40	9	27	22	1.84
85921--86020	6	16.7	6	77	8	69	28	12	7	53	1.64
85921--86020	24	4.2	24	78	7	87	28	12	7	53	1.64
85921--86020	30	3.3	30	79	6	105	28	12	7	53	1.64
88182--88226	22	2.0	22	87	8	65	22	13	15	48	1.79
88378--88416	21	1.9	21	94	5	71	43	20	10	25	1.83
87550--88867	448	2.9	447	89	2	1970	42	14	13	29	1.84
90603--90647	12	3.8	12	87	0	72	24	6	28	40	1.80
90602--90662	24	2.6	23	89	7	95	24	11	27	36	1.90
90682--90735	20	2.7	20	85	0	72	48	14	9	27	1.75
108127--108166	20	2.0	20	90	0	62	30	30	12	27	1.93
115095--115176	34	2.4	34	81	4	103	24	10	3	60	1.46
115250--115325	29	2.6	28	82	10	82	18	14	6	60	1.55
115250--115316	15	4.6	14	70	14	55	19	14	5	59	1.56
115867--115935	30	2.2	30	82	15	86	34	4	17	43	1.69
115877--115936	29	2.0	30	93	6	104	33	3	16	46	1.64
116015--116093	21	3.8	19	79	15	86	22	34	18	24	1.97
116112--116165	20	2.7	20	85	0	72	20	27	22	29	1.98
117190--117252	21	3.0	21	97	0	117	33	25	23	17	1.96
118060--118159	24	4.6	22	77	18	104	24	24	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118106--118178	18	3.7	18	77	19	83	26	28	17	27	1.98
118082--118177	42	2.3	42	100	0	192	26	26	17	30	1.97
121373--121435	21	3.0	21	97	0	117	34	28	22	14	1.93
122236--122313	20	3.7	20	91	6	111	21	23	21	33	1.97
122428--122480	21	2.5	21	100	0	106	30	20	24	24	1.99
126443--126482	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
126694--126765	34	2.2	32	85	7	90	31	15	29	23	1.95
133263--133365	30	3.2	29	69	19	80	31	16	14	37	1.89
133221--133371	66	2.3	66	91	0	248	28	16	13	41	1.86
133319--133421	51	2.0	50	87	5	145	27	15	12	44	1.82
133252--133470	116	1.9	116	89	4	343	27	17	12	41	1.86
133525--134551	209	4.9	208	86	1	1293	33	25	14	26	1.95
136351--136393	16	2.9	14	77	16	50	25	9	0	65	1.22
136403--136451	15	3.3	15	72	16	57	20	12	6	61	1.52
136395--136464	29	2.4	29	97	0	131	20	15	7	57	1.62
136395--136481	29	3.0	29	89	5	113	19	16	5	58	1.57
141667--141728	20	3.1	19	77	13	63	41	1	1	54	1.19
153979--154013	3	11.7	3	87	0	52	65	5	0	28	1.15
154196--154292	40	2.6	35	77	11	97	20	18	37	23	1.94
154094--154444	125	2.8	124	83	4	425	24	17	32	25	1.97
154517--154610	44	2.1	45	92	2	154	37	15	23	23	1.93
154712--154783	36	2.0	36	86	0	99	38	12	20	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154830--154952	35	3.4	36	73	15	110	37	12	17	32	1.87
154836--154956	37	3.4	36	76	12	115	35	12	19	33	1.89
154836--154952	36	3.2	36	78	10	125	35	12	17	33	1.88
156172--156219	19	2.5	19	79	0	51	2	16	4	77	1.03
158548--158590	17	2.6	17	77	3	52	34	4	30	30	1.78
160204--160250	24	2.1	23	84	11	62	23	4	6	65	1.33
161267--161294	14	2.0	14	100	0	56	7	7	28	57	1.52
161261--161313	24	2.2	24	89	0	79	11	9	24	54	1.65
162037--162095	10	6.7	10	71	28	62	8	11	22	57	1.61
162043--162091	16	3.1	16	100	0	98	6	12	24	57	1.58
162037--162095	26	2.3	26	85	5	75	8	11	22	57	1.61
165337--165915	59	9.8	59	90	1	894	34	19	10	35	1.87
165338--165910	294	2.0	293	92	1	952	33	19	10	35	1.87
166246--166297	22	2.5	22	90	6	81	26	28	15	28	1.96
167543--167597	11	4.9	11	86	2	65	41	0	1	56	1.10
167544--167596	14	3.6	14	74	20	54	41	0	1	56	1.10
179927--180042	42	2.8	41	75	11	103	25	21	25	27	1.99
180160--180261	42	2.5	41	79	4	107	24	21	20	33	1.97
179828--180536	233	3.0	233	89	1	1073	32	15	17	34	1.91
180714--181497	115	6.9	115	89	1	1130	28	22	16	32	1.95
181831--181890	11	5.3	11	83	4	75	45	0	1	53	1.10
182780--182813	8	4.2	8	92	0	59	2	58	0	38	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184912--184980	23	3.0	23	78	0	75	31	24	24	18	1.98
186519--186599	24	3.6	23	90	6	105	24	22	19	33	1.97
186539--186599	24	2.5	24	100	0	122	24	21	19	34	1.96
189120--189144	13	1.9	13	100	0	50	40	20	0	40	1.52
190707--190739	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
190809--190848	22	1.9	20	85	10	53	32	22	2	42	1.67
191530--191587	20	2.6	22	84	10	66	25	22	20	31	1.98
197120--197256	68	2.0	68	97	0	256	27	23	16	32	1.95
197450--198204	59	12.7	59	88	3	1040	33	20	9	35	1.86
198086--198214	66	2.0	66	88	0	195	32	20	10	35	1.88
199235--199265	3	10.3	3	100	0	62	0	0	32	67	0.91
199548--199618	22	3.5	20	77	9	72	23	29	15	30	1.95
199562--199769	95	2.2	95	88	0	299	28	23	15	32	1.95
207758--207799	13	3.2	13	77	16	50	54	2	0	42	1.13
207829--207877	23	2.1	23	88	0	71	51	2	2	44	1.24
208453--208505	20	2.7	20	87	0	79	39	22	33	3	1.72
208849--208877	6	4.8	6	100	0	58	68	0	0	31	0.89
211037--211257	102	2.2	102	93	1	381	51	17	9	21	1.73
211233--211266	17	2.0	17	100	0	68	58	17	11	11	1.62
211502--211574	31	2.3	31	83	4	83	13	1	36	47	1.52
211615--211731	6	19.7	6	74	4	76	9	3	41	46	1.53
211543--211735	18	10.7	18	72	7	79	11	5	38	44	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212399--212476	14	5.4	14	74	22	56	47	2	0	50	1.15
212410--212536	6	19.3	6	72	18	60	49	2	1	46	1.24
212424--212608	34	5.5	33	73	17	141	49	2	3	44	1.30
212395--212505	40	2.7	40	80	17	120	45	1	0	51	1.17
212554--212615	14	4.4	14	76	15	56	45	1	6	46	1.38
212488--212665	100	1.8	96	85	8	250	48	3	5	42	1.41
212462--212665	34	6.1	35	72	23	127	48	2	4	43	1.39
212803--212840	14	2.7	14	95	0	67	21	0	31	47	1.51
213227--213417	2	98.0	2	72	16	134	46	5	1	47	1.34
213342--213409	25	2.8	24	79	4	64	48	5	1	44	1.36

Tables:   1   2   3