genome.fa.s8786.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008786.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111920_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  306639

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 176 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10409--10445	18	2.1	18	94	0	65	24	40	16	18	1.90
16493--16570	30	2.6	30	100	0	156	7	19	37	35	1.80
16493--16570	15	5.2	15	70	11	70	7	19	37	35	1.80
23130--23184	22	2.6	21	83	11	67	52	1	3	41	1.29
23131--23187	21	2.5	22	80	11	53	54	1	3	40	1.28
23387--23417	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
30236--30289	23	2.4	23	87	3	74	59	5	1	33	1.31
30279--30338	23	2.6	23	82	10	61	46	3	3	46	1.35
31905--31929	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
38112--39997	182	10.4	180	84	6	2376	44	13	15	26	1.83
38106--39997	364	5.2	365	91	1	2993	44	13	15	26	1.83
39908--39952	21	2.3	19	85	14	56	62	13	13	11	1.55
38106--39997	725	2.6	727	91	2	3079	44	13	15	26	1.83
40394--40444	18	2.7	19	87	3	77	50	1	13	33	1.53
41704--41759	24	2.5	22	77	13	60	39	1	8	50	1.44
44899--44948	19	2.6	19	93	0	82	30	2	10	58	1.42
45326--46596	198	6.4	199	94	0	2210	41	15	14	28	1.87
46957--47014	15	3.7	15	86	6	71	22	50	0	27	1.50
48157--48196	12	3.3	12	85	0	53	42	7	32	17	1.77
48157--48196	18	2.2	18	86	0	53	42	7	32	17	1.77
49428--49474	24	2.0	24	86	0	67	31	2	17	48	1.58
49658--50312	198	3.3	196	91	3	1019	40	16	15	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50608--50649	22	2.0	21	85	4	57	26	16	14	42	1.86
52399--52459	23	2.7	23	89	0	86	26	24	27	21	1.99
52478--52896	103	4.1	102	92	1	700	38	23	12	26	1.90
52478--52896	205	2.1	202	93	1	703	38	23	12	26	1.90
53438--53476	19	2.0	20	85	5	53	17	20	28	33	1.96
59430--59482	23	2.3	23	86	0	88	24	24	28	22	2.00
59498--59921	103	4.1	103	96	0	749	37	24	13	25	1.91
60403--60440	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
60468--60510	21	2.0	21	86	0	59	16	20	27	34	1.94
63134--63159	6	4.3	6	100	0	52	15	0	50	34	1.45
63556--63889	162	2.1	162	93	0	560	43	12	16	27	1.84
64527--64585	23	2.6	23	91	0	91	32	16	8	42	1.79
64711--64744	17	2.0	17	100	0	68	35	11	5	47	1.65
65999--66047	24	2.0	24	92	7	82	20	16	20	42	1.89
66056--66209	49	3.1	49	79	5	148	27	24	15	32	1.95
71218--71328	45	2.4	46	81	1	125	25	17	13	44	1.85
71310--71630	97	3.3	97	90	1	482	28	24	13	33	1.93
71310--71630	49	6.6	49	80	2	360	28	24	13	33	1.93
71310--71630	146	2.2	145	80	4	360	28	24	13	33	1.93
73244--73329	9	10.6	9	74	22	75	4	36	0	59	1.18
73244--73301	15	3.9	15	97	0	107	5	32	0	62	1.18
73247--73327	30	3.0	26	78	18	94	4	35	0	59	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73250--73325	39	1.9	39	87	10	111	5	35	0	59	1.20
75182--75218	19	1.9	19	88	0	56	35	2	13	48	1.57
80841--80887	20	2.1	21	85	14	60	44	6	23	25	1.77
81193--81229	19	1.9	19	88	0	56	35	2	13	48	1.57
84409--84487	31	2.5	31	76	13	81	45	7	12	34	1.71
84748--84791	12	3.5	13	79	17	56	27	4	0	68	1.09
84749--84790	17	2.5	17	81	11	52	26	2	0	71	0.98
85118--85148	15	2.1	15	100	0	62	45	19	0	35	1.51
89967--90016	20	2.5	20	90	0	73	24	16	16	44	1.86
90399--90427	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
90748--90799	15	3.4	15	86	2	59	11	65	15	7	1.46
96536--96595	23	2.7	22	78	21	63	21	3	1	73	1.07
100721--101326	84	7.3	84	80	6	652	30	24	19	25	1.98
100721--101480	165	4.7	162	81	7	629	29	24	20	25	1.99
100728--101326	249	2.4	248	90	1	952	30	24	19	25	1.98
101180--101475	148	2.0	148	90	0	466	28	24	21	25	1.99
102473--102553	35	2.4	34	89	4	119	39	16	8	35	1.79
103334--103381	18	2.7	18	78	9	53	20	4	0	75	0.97
103333--103383	13	3.7	13	84	5	57	19	3	0	76	0.94
106450--106571	62	2.0	62	95	0	217	17	18	27	36	1.93
113522--113721	54	3.7	54	83	2	269	37	16	20	26	1.93
129244--129289	24	1.9	24	82	8	58	15	26	2	56	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131237--131294	16	3.5	17	75	13	59	1	15	1	81	0.86
142568--142620	23	2.5	21	84	9	63	79	0	15	5	0.91
142568--142611	10	3.9	11	82	11	54	84	0	11	4	0.77
145261--145352	42	2.2	42	86	0	121	26	19	19	34	1.96
145328--145479	79	1.9	79	93	0	259	32	23	20	23	1.98
145442--145516	37	2.0	37	92	0	123	40	22	14	22	1.91
145519--146364	111	7.7	112	89	4	1285	30	23	16	29	1.96
147556--147610	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
151082--151708	51	12.0	51	84	6	674	32	18	26	22	1.97
151080--151722	155	4.1	157	85	8	831	32	18	26	21	1.97
151079--151722	105	6.1	104	81	8	669	32	18	26	21	1.97
151725--152079	55	6.5	55	91	3	556	34	15	20	29	1.94
151725--152079	163	2.2	164	91	3	563	34	15	20	29	1.94
162411--162753	88	3.8	89	89	6	519	32	17	22	27	1.96
162482--162757	48	5.9	48	86	6	406	32	18	22	27	1.97
162368--162757	184	2.1	184	88	2	588	33	17	22	26	1.96
162411--162751	136	2.5	135	85	7	426	32	17	21	27	1.96
175694--175720	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
177019--177498	138	3.5	138	84	2	624	32	18	21	28	1.96
179274--179305	3	10.7	3	93	0	55	62	0	37	0	0.95
179617--180046	215	2.0	215	100	0	860	38	17	9	34	1.82
180500--180545	18	2.7	17	81	18	60	41	15	0	43	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180507--180551	23	2.1	23	88	12	69	42	15	0	42	1.47
180671--180723	23	2.3	23	90	0	88	24	24	28	22	2.00
180946--181001	21	2.7	21	94	2	96	28	25	8	37	1.86
182314--182370	24	2.4	24	100	0	114	22	28	21	28	1.99
188302--188348	8	5.9	8	82	0	58	17	19	0	63	1.30
188303--188348	16	2.9	16	96	0	83	17	19	0	63	1.32
188302--188347	24	1.9	24	86	0	65	17	17	0	65	1.28
189950--190002	23	2.2	24	93	6	90	32	24	20	22	1.98
192102--192133	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
192249--192305	23	2.5	23	91	0	87	26	26	26	21	1.99
192964--193016	22	2.4	21	75	9	52	35	13	3	47	1.61
193823--193871	22	2.2	22	89	7	73	24	10	12	53	1.69
193892--194068	24	7.4	24	92	0	300	22	28	19	29	1.98
201298--201339	21	2.0	21	85	0	57	35	28	16	19	1.93
201421--201469	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
207217--207339	44	2.8	42	71	8	102	25	27	21	26	1.99
209834--209879	21	2.2	21	88	0	65	36	28	15	19	1.92
209841--209880	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
209906--209944	19	2.1	19	90	0	60	20	30	15	33	1.94
209886--210069	64	2.9	65	81	6	207	29	24	16	28	1.97
210022--210070	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
222598--223508	216	4.3	216	93	1	1453	50	8	12	28	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222598--223508	426	2.1	428	91	2	1465	50	8	12	28	1.69
223591--223664	2	36.5	2	74	12	62	47	2	4	45	1.35
223596--223664	31	2.3	30	82	9	95	46	2	4	46	1.37
223637--223684	20	2.5	20	89	3	71	45	10	4	39	1.58
223732--223769	11	3.5	11	88	0	58	50	2	2	44	1.30
223817--223868	22	2.5	22	87	6	72	40	0	7	51	1.30
223927--223961	6	5.8	6	93	0	61	34	2	0	62	1.10
223993--224132	33	4.4	33	77	13	132	41	7	5	45	1.55
223927--224030	13	7.8	13	73	16	81	39	6	0	52	1.34
223999--224205	84	2.5	79	75	13	218	42	7	6	43	1.57

Tables:   1   2