genome.fa.s8802.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008802.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111952_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1147353

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3302--3326	13	1.9	13	100	0	50	20	24	40	16	1.91
8677--8709	3	11.0	3	93	0	57	66	3	0	30	1.06
25477--25537	27	2.3	27	97	0	113	21	22	24	31	1.98
26512--26551	17	2.4	17	100	0	80	25	25	0	50	1.50
29936--30023	27	3.3	27	93	0	149	21	21	25	31	1.98
35446--35488	18	2.4	18	92	0	68	62	4	0	32	1.15
35573--35613	19	2.2	19	86	8	57	48	4	0	46	1.23
39564--39608	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
40396--40461	14	4.7	14	85	10	91	24	28	18	28	1.98
40466--40490	13	1.9	13	100	0	50	16	28	24	32	1.96
40956--41034	38	2.1	38	97	0	149	36	24	3	35	1.73
48204--48269	14	4.7	14	88	0	105	22	27	19	30	1.98
48274--48298	13	1.9	13	100	0	50	16	28	24	32	1.96
48765--48843	38	2.1	38	95	0	140	37	22	3	35	1.73
57873--58083	76	2.8	76	88	6	293	28	0	11	59	1.36
63331--63376	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
66498--66608	3	35.3	3	75	8	96	37	3	0	57	1.22
68265--68500	113	2.1	111	83	9	291	37	8	7	47	1.62
68262--68497	112	2.1	110	82	11	284	36	8	7	47	1.62
69806--69834	10	2.9	10	100	0	58	10	10	0	79	0.94
70689--70730	7	6.0	7	81	8	50	14	16	14	54	1.71
70689--70730	15	3.0	14	83	10	50	14	16	14	54	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70789--70842	12	4.3	12	79	9	63	22	12	7	57	1.60
70790--70849	26	2.3	27	85	2	86	21	13	6	58	1.58
77334--77388	22	2.5	22	100	0	110	34	12	14	38	1.84
78062--78851	76	10.4	76	96	0	1409	24	19	21	34	1.96
79008--79114	3	35.3	3	74	9	83	39	2	0	57	1.20
79020--79088	23	2.8	23	84	8	84	42	1	1	55	1.18
80861--80897	9	3.6	11	79	20	53	24	0	0	75	0.80
80738--80959	124	1.8	123	87	2	329	36	6	8	48	1.59
80858--80900	19	2.3	19	91	0	68	27	0	0	72	0.85
80856--80900	10	4.5	10	81	10	56	28	0	0	71	0.87
89425--89907	241	2.0	245	94	5	867	28	13	20	37	1.91
89797--89822	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
93973--94035	11	5.9	11	69	14	51	41	1	1	55	1.19
100843--100907	30	2.3	28	84	12	80	23	7	3	66	1.32
102301--102361	32	1.9	32	83	3	79	32	8	26	32	1.86
103436--103495	31	2.0	31	83	3	77	31	8	25	35	1.85
105445--105526	40	2.0	40	97	0	155	24	17	25	32	1.96
105631--105806	45	3.9	45	93	0	282	40	7	21	30	1.82
105675--105748	25	3.2	25	62	31	63	39	9	22	28	1.85
107719--108015	91	3.2	90	84	6	341	28	18	13	39	1.89
108987--109064	33	2.4	33	91	0	129	42	2	19	35	1.65
116484--116537	26	2.1	26	92	0	90	22	12	27	37	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122720--122762	22	2.0	22	85	0	59	39	6	11	41	1.68
122974--123027	26	2.1	26	92	0	90	20	12	27	38	1.89
132817--132860	21	2.0	22	86	4	63	22	25	29	22	1.99
133287--133482	45	4.4	45	92	3	315	31	20	7	40	1.80
136516--136553	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
136587--136631	17	2.6	18	80	16	51	2	20	4	73	1.11
136608--136672	24	2.8	23	73	17	62	4	15	4	75	1.13
138968--139010	21	2.0	22	81	4	52	20	20	32	25	1.97
139449--139662	45	4.8	45	88	1	315	29	21	7	41	1.79
140478--140530	23	2.3	23	100	0	106	26	32	3	37	1.74
145613--146464	430	2.0	431	93	1	1449	34	16	16	32	1.92
147157--147195	19	2.1	19	90	9	62	17	23	0	58	1.38
152530--152572	20	2.2	20	86	0	59	34	20	9	34	1.85
153426--153452	13	2.1	13	100	0	54	37	18	0	44	1.50
162891--162933	20	2.2	20	91	0	68	34	20	11	32	1.89
164130--164161	17	1.9	16	93	6	55	28	18	15	37	1.92
169115--169166	2	26.0	2	96	0	95	50	0	1	48	1.12
169757--169872	60	1.9	60	82	0	142	32	17	13	36	1.89
175698--175756	28	2.1	28	100	0	118	32	13	6	47	1.69
177502--177607	23	4.6	23	78	0	104	29	24	22	23	1.99
183232--183264	13	2.4	14	90	5	50	24	6	6	63	1.40
183430--183504	22	3.3	21	72	18	53	36	5	1	57	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196227--196259	13	2.4	14	90	5	50	24	6	6	63	1.40
196504--196558	22	2.5	22	85	8	67	40	1	3	54	1.28
198075--198127	23	2.4	22	78	9	63	33	26	15	24	1.95
198083--198126	23	1.9	23	90	0	70	29	25	18	27	1.98
203299--203373	11	6.8	10	74	15	60	78	2	16	2	0.97
205376--206170	257	3.1	257	85	4	1067	34	15	15	34	1.90
206005--206095	42	2.2	41	86	2	119	20	19	23	36	1.95
221642--221769	53	2.4	54	82	1	168	29	22	17	29	1.97
227298--227338	20	2.1	20	86	4	57	17	29	14	39	1.89
235023--235065	19	2.3	19	88	8	61	44	0	0	55	0.99
235023--235065	16	2.7	16	85	7	52	44	0	0	55	0.99
235543--235567	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
249765--249840	40	1.9	39	86	2	107	51	2	1	44	1.23
249765--249849	40	2.1	40	82	4	100	50	3	1	44	1.26
250007--250051	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
250020--250186	89	1.9	86	82	10	205	50	4	0	45	1.21
252731--252865	20	6.7	20	78	7	121	33	22	17	25	1.96
252728--252861	61	2.2	61	86	0	187	35	22	17	25	1.95
253033--253076	22	2.0	22	90	0	70	22	45	13	18	1.84
253337--253385	20	2.5	20	89	0	71	18	18	26	36	1.94
253532--253586	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
254690--254724	18	1.9	18	88	0	52	22	42	14	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255212--255278	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
255267--255324	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
255251--255341	32	2.8	33	94	3	166	47	21	18	12	1.81
255350--255406	14	3.7	14	72	20	51	12	15	21	50	1.76
255343--255422	33	2.4	33	97	0	151	13	18	20	47	1.82
255364--255465	20	5.5	19	75	14	79	14	20	20	44	1.87
255828--255915	41	2.1	41	85	2	122	21	43	14	20	1.88
257332--257367	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
257504--257552	19	2.6	19	93	0	80	51	14	18	16	1.77
257504--257559	19	2.9	19	84	5	60	51	14	19	14	1.75
257598--257685	20	4.4	20	75	5	79	18	19	22	39	1.92
257899--257948	20	2.5	20	76	0	64	22	20	20	38	1.94
258790--258843	24	2.2	24	87	6	74	22	14	20	42	1.88
259016--259040	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
261282--261429	33	4.3	36	76	14	136	41	20	22	16	1.90
261302--261427	33	3.8	33	85	5	184	42	19	22	15	1.88
261442--261498	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
261427--261516	33	2.7	33	94	0	153	13	22	21	43	1.87
261456--261516	19	3.5	19	72	21	69	11	22	21	44	1.84
261623--261657	14	2.6	14	95	4	63	42	25	0	31	1.55
263052--263131	42	1.9	42	84	0	106	22	17	38	21	1.93
263354--263538	91	2.0	90	89	6	282	47	17	12	22	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265246--265413	33	4.9	33	90	4	201	41	22	24	11	1.86
265221--265418	19	11.1	18	72	18	125	42	21	24	12	1.86
265414--265480	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
266036--266089	20	2.7	20	97	0	99	25	16	24	33	1.96
270677--270709	14	2.4	14	100	0	66	57	6	15	21	1.59
271675--271942	46	5.9	45	92	2	414	31	23	7	37	1.83
272023--272098	40	1.9	40	86	0	107	22	26	26	25	2.00
276597--276650	26	2.1	26	96	0	99	37	27	14	20	1.92
279840--279948	19	5.7	19	74	6	87	39	9	20	31	1.84
283461--283500	14	2.8	15	88	7	57	25	7	27	40	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6