genome.fa.s8802.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008802.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111952_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1147353

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797894--797939	21	2.2	20	84	3	65	56	8	10	23	1.61
797894--797947	21	2.8	18	79	15	63	53	9	9	27	1.63
800751--800831	22	3.7	22	81	3	101	33	27	9	29	1.89
802981--803034	25	2.2	25	89	0	81	25	9	29	35	1.87
803495--803524	14	2.1	14	100	0	60	46	0	0	53	1.00
804513--804551	14	2.8	14	84	0	60	64	0	0	35	0.94
804488--804562	28	2.8	26	74	16	66	54	0	1	44	1.08
804519--804790	141	1.9	143	87	10	403	48	1	1	47	1.21
804483--804790	155	2.0	150	86	7	437	49	1	1	47	1.21
807480--807511	15	2.1	16	88	11	50	37	0	3	59	1.13
807705--807766	16	3.9	16	72	8	54	30	0	9	59	1.29
809571--809731	68	2.4	68	83	5	200	42	0	4	52	1.25
809641--809676	14	2.5	14	90	4	54	38	0	0	61	0.96
809528--809676	15	9.5	15	78	11	147	43	1	2	52	1.23
809656--809806	32	5.4	30	68	29	118	36	0	9	54	1.33
809619--809721	22	4.5	22	72	7	89	40	0	6	52	1.28
809656--810264	54	11.1	53	81	13	709	35	0	10	53	1.40
809733--809775	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
809839--809919	32	2.5	32	95	0	144	35	0	9	54	1.34
809656--810435	108	7.1	112	82	11	733	35	0	10	53	1.40
809951--810521	32	19.5	31	69	25	331	36	0	10	52	1.39
809970--810026	18	3.4	18	69	18	59	33	1	10	54	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810015--810055	22	1.9	22	95	5	75	39	0	12	48	1.41
810065--810107	22	2.0	22	95	0	77	37	0	11	51	1.39
810119--810161	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
810173--810215	22	2.0	22	100	0	86	39	0	9	51	1.34
810141--810769	134	4.6	133	85	8	874	35	0	11	53	1.39
810279--810672	54	7.2	54	80	7	465	35	0	10	53	1.38
810361--810403	22	2.0	22	100	0	86	34	0	13	51	1.42
810415--810457	22	2.0	22	95	0	77	39	0	6	53	1.28
810446--810497	14	3.4	14	71	19	50	38	0	5	55	1.24
810551--810655	32	3.6	32	71	26	115	34	0	11	54	1.37
810626--810698	22	3.3	22	69	16	53	30	0	15	54	1.41
810715--810757	22	2.0	22	95	0	77	37	0	13	48	1.43
810782--810840	31	1.9	31	89	0	91	42	8	6	42	1.61
811444--811498	19	2.8	20	88	5	94	45	20	18	16	1.86
811466--812143	193	3.5	190	86	2	880	41	11	14	32	1.82
812708--812770	19	3.3	19	68	12	56	44	3	15	36	1.63
816348--816431	28	3.0	28	74	22	79	58	26	0	15	1.38
816372--816423	13	3.8	13	92	7	77	61	28	0	9	1.27
817864--817902	13	2.9	13	92	3	60	43	7	12	35	1.72
817912--817959	20	2.4	20	79	6	53	62	20	0	16	1.33
818380--818441	20	2.9	22	84	15	85	30	17	30	20	1.96
820754--822098	672	2.0	672	98	0	2618	31	18	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824870--825017	75	1.9	76	91	2	244	23	21	27	27	1.99
826073--826113	21	2.1	20	86	13	59	41	19	9	29	1.83
828465--828498	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
829105--829474	108	3.3	107	67	14	282	32	15	14	37	1.88
828879--829553	225	3.1	221	85	5	886	32	15	13	38	1.87
829250--829294	23	1.9	24	90	4	74	35	15	13	35	1.87
830442--830483	3	13.7	3	80	14	50	38	0	0	61	0.96
831274--831303	14	2.1	15	93	6	53	0	33	3	63	1.11
831832--831889	29	2.1	27	84	12	73	22	13	10	53	1.70
831878--832036	30	5.4	29	69	8	88	16	15	8	59	1.60
831885--832048	59	2.8	59	79	6	152	16	14	9	59	1.59
832794--832831	16	2.3	17	81	4	51	26	5	7	60	1.46
834023--834049	14	1.9	14	100	0	54	48	7	0	44	1.31
834523--834574	20	2.6	20	93	0	95	28	17	23	30	1.97
834374--834570	95	2.1	93	81	9	229	27	19	17	34	1.95
835234--835298	27	2.5	24	79	13	67	72	6	18	3	1.19
836367--836440	32	2.3	32	95	0	139	29	13	18	37	1.90
836779--836820	21	2.0	20	86	4	57	19	16	16	47	1.83
836780--836926	65	2.3	65	86	8	217	25	16	17	41	1.89
836910--836999	32	2.6	35	79	15	105	36	18	11	33	1.87
836926--837025	32	3.1	32	86	2	130	35	20	11	34	1.87
837159--837476	40	7.3	43	67	15	161	26	27	18	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837159--837483	43	7.5	43	67	14	173	26	28	18	27	1.98
837095--837581	131	3.7	131	85	3	642	26	28	17	26	1.98
837774--837852	3	26.3	3	87	5	115	34	2	0	63	1.08
839220--839284	30	2.2	30	88	0	94	18	13	4	63	1.47
839227--839293	30	2.2	30	83	0	80	22	11	5	59	1.54
839297--839374	30	2.6	30	71	20	72	19	10	6	64	1.46
839312--839374	30	2.1	30	85	8	85	19	11	7	61	1.53
840472--840504	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
850973--851462	136	3.6	135	86	2	667	24	14	25	34	1.94
851391--851681	53	5.5	53	89	2	440	26	17	23	32	1.96
851612--852234	136	4.6	136	86	2	860	24	16	24	34	1.95
851612--852234	270	2.3	271	89	3	932	24	16	24	34	1.95
852977--853083	54	2.0	54	88	0	160	28	22	12	37	1.90
857895--857928	12	2.9	11	91	8	50	52	0	0	47	1.00
859510--859547	12	3.2	12	92	7	60	65	0	0	34	0.93
860465--860522	21	2.8	21	76	16	59	48	0	0	51	1.00
864868--864926	21	2.7	22	76	5	75	22	25	20	32	1.98
864915--865006	20	4.6	20	95	0	166	41	16	18	23	1.90
864999--865061	20	3.2	20	93	0	99	25	25	20	28	1.99
864911--865046	60	2.3	60	79	7	159	36	19	19	25	1.95
867892--867926	18	1.9	18	94	0	61	54	22	2	20	1.58
867986--868251	140	1.9	140	96	0	487	28	12	15	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868226--868484	20	13.9	20	74	15	223	33	23	18	25	1.97
868226--868533	54	5.6	54	74	14	238	33	22	18	25	1.97
868268--868464	74	2.7	73	87	4	288	32	24	18	23	1.97
868322--868533	94	2.3	94	89	0	318	31	23	20	25	1.98
868527--868565	20	2.0	20	89	0	60	7	17	23	51	1.71
870263--870329	20	3.5	18	86	11	89	35	26	19	17	1.94
870274--870329	20	2.8	20	94	0	94	35	25	19	19	1.95
870354--870460	20	5.3	20	95	0	187	15	19	22	42	1.89
871402--871449	20	2.6	18	75	18	53	52	4	4	39	1.40
872354--872479	20	6.5	19	81	4	85	46	21	15	16	1.83
872433--872485	19	2.8	19	94	0	88	45	22	16	15	1.85
873072--873123	20	2.6	20	81	6	61	23	26	25	25	2.00
873894--874325	215	2.0	217	92	6	738	44	17	11	26	1.83
884662--884696	17	2.1	17	100	0	70	17	5	22	54	1.64
888675--888712	20	1.9	19	89	5	58	36	10	21	31	1.87
889236--889278	20	2.2	20	87	8	61	58	0	0	41	0.98
891558--891761	101	2.0	101	99	0	399	22	17	21	39	1.92
891781--891814	13	2.8	12	86	8	50	52	0	20	26	1.46
892285--892317	15	2.1	16	88	5	50	27	6	12	54	1.60
892706--893059	26	15.0	26	72	19	321	20	24	9	44	1.82
892706--893182	46	10.2	46	90	2	756	20	24	9	45	1.81
894035--894089	21	2.6	21	97	0	101	16	20	30	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
901109--901151	18	2.4	18	88	7	61	0	32	6	60	1.23
902556--902741	96	1.9	95	97	1	354	24	20	26	28	1.99
903425--903517	42	2.2	41	83	5	107	25	23	12	37	1.91
903563--903610	21	2.5	19	87	12	64	33	27	12	27	1.92
905404--905478	25	3.0	25	64	21	66	22	14	17	45	1.85
906439--906496	30	1.9	30	100	0	116	51	13	6	27	1.66
916728--916781	24	2.2	24	96	0	99	55	5	33	5	1.46
917128--917504	185	2.0	185	92	1	621	47	7	1	43	1.41
917451--917507	19	2.9	20	78	5	62	45	1	0	52	1.11
918804--918890	30	2.6	32	82	15	106	40	11	8	40	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6