genome.fa.s8804.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008804.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111957_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  529415

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1642--1710	34	2.1	32	83	5	84	24	27	15	31	1.96
2175--2226	13	4.1	13	90	5	79	23	21	34	21	1.97
2295--2357	30	2.1	29	85	11	83	49	11	6	33	1.64
2306--2364	30	2.0	29	96	3	109	44	10	6	38	1.65
3169--3267	33	3.0	33	88	7	155	24	15	25	35	1.94
7257--7302	18	2.6	18	92	0	74	47	13	6	32	1.68
11126--11155	14	2.1	14	93	0	51	46	6	16	30	1.73
13673--13824	75	2.0	75	94	0	268	26	7	31	34	1.84
14511--14613	31	3.3	31	83	0	134	52	5	7	33	1.54
14857--14909	21	2.5	21	78	0	61	22	26	16	33	1.96
14899--14972	20	3.7	20	80	3	94	35	20	21	22	1.96
15110--15171	18	3.0	22	69	26	62	27	37	16	19	1.93
15503--15551	20	2.5	20	86	0	71	34	24	20	20	1.96
15564--15650	20	4.4	20	86	1	95	14	17	22	44	1.85
15615--15658	20	2.2	20	87	0	61	13	13	20	52	1.74
17523--17646	20	6.5	20	79	10	134	41	20	17	20	1.91
17523--17670	74	2.0	73	86	3	208	41	20	18	18	1.90
17696--17739	20	2.2	20	87	0	61	25	18	20	36	1.95
17713--17806	33	2.8	34	80	3	109	14	18	21	45	1.85
18290--18394	21	5.0	21	72	3	86	21	37	18	22	1.94
18317--18397	42	1.9	42	82	5	101	22	38	18	20	1.94
19732--19781	14	3.7	14	78	5	50	26	0	20	54	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19882--19977	33	2.8	33	87	3	120	42	19	22	14	1.88
19986--20073	19	4.8	19	80	16	114	14	21	18	45	1.85
20078--20166	20	4.4	20	84	2	117	20	22	22	34	1.96
19986--20106	52	2.3	53	88	2	181	14	23	19	42	1.88
20080--20156	40	1.9	41	91	2	129	22	22	19	36	1.95
23489--23542	20	2.7	20	88	5	65	25	16	22	35	1.95
23533--23655	20	6.1	20	86	3	176	21	20	20	37	1.95
23509--23655	61	2.4	60	84	7	156	21	19	20	38	1.94
23509--23655	20	7.3	21	81	6	112	21	19	20	38	1.94
23652--23692	21	2.0	21	90	0	64	39	17	26	17	1.91
26543--26567	13	1.9	13	100	0	50	60	8	0	32	1.26
45983--46018	10	3.6	10	92	7	56	50	5	0	44	1.25
46691--46737	21	2.3	21	79	17	55	34	6	2	57	1.36
51066--51428	183	2.0	184	94	0	638	30	17	22	28	1.97
51430--51508	26	3.1	26	73	10	81	34	21	6	37	1.79
55437--55506	29	2.3	31	80	4	81	48	7	17	27	1.72
55440--55508	31	2.3	29	80	5	75	47	7	17	27	1.73
61786--61837	19	2.7	19	93	0	86	26	19	30	23	1.98
61803--61951	64	2.3	65	82	7	171	30	18	23	27	1.98
61830--61968	64	2.2	62	80	11	140	30	17	20	30	1.96
68921--68986	22	3.0	22	97	0	123	25	27	27	19	1.99
68921--68982	10	5.4	13	64	28	50	27	25	27	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69636--69692	2	29.0	2	96	3	107	50	0	0	49	1.00
70678--70717	20	2.0	20	85	0	53	17	22	30	30	1.97
71687--71729	20	2.2	20	83	8	52	37	4	2	55	1.33
73672--73792	64	1.9	65	87	5	183	28	19	21	29	1.98
73672--73806	64	2.1	64	82	8	159	29	19	21	29	1.97
76673--76717	19	2.4	19	96	0	81	24	4	31	40	1.75
78094--78147	23	2.5	22	78	6	65	29	16	16	37	1.91
78540--78578	21	2.0	20	85	10	53	38	0	7	53	1.30
86981--87045	30	2.1	32	94	5	116	26	6	21	46	1.75
91009--91113	30	3.5	29	87	7	122	61	10	12	15	1.56
91009--91113	32	3.5	30	87	5	131	61	10	12	15	1.56
94719--94750	7	4.9	7	88	11	50	75	0	0	25	0.81
94713--94750	13	2.9	13	85	11	51	73	2	0	23	0.95
95459--95487	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
100318--100362	15	2.9	15	86	6	63	68	0	28	2	1.01
103387--103706	170	1.9	170	87	1	471	33	19	20	26	1.97
104049--104091	16	2.7	15	89	3	59	41	11	6	39	1.68
106734--106798	28	2.3	28	94	0	112	23	27	10	38	1.88
108841--108878	19	2.1	19	85	14	53	68	0	10	21	1.19
108996--109053	13	4.7	12	75	14	55	68	1	10	18	1.26
108996--109053	12	4.6	13	75	14	50	68	1	10	18	1.26
118879--119032	43	3.6	43	82	3	175	33	18	21	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121291--121316	13	2.0	13	100	0	52	76	0	7	15	0.99
121363--121527	2	81.0	2	79	10	174	47	2	1	47	1.25
121551--121606	17	3.1	17	84	7	58	44	1	3	50	1.29
121557--121609	26	2.0	28	88	7	83	45	1	3	49	1.31
121574--121702	20	7.0	19	71	18	76	50	5	3	41	1.41
121583--121829	18	13.1	18	65	22	73	46	7	4	41	1.51
122017--122085	27	2.4	29	83	9	88	39	2	5	52	1.41
123330--123365	18	2.0	18	88	0	54	44	16	0	38	1.48
123864--123922	18	3.0	20	68	22	54	47	5	0	47	1.24
123871--123929	20	3.1	20	72	15	54	44	5	0	50	1.24
124023--124060	16	2.4	16	82	4	51	44	10	15	28	1.80
127853--127902	25	2.0	25	96	3	93	26	4	28	42	1.73
128937--128987	25	2.0	25	96	0	93	27	5	25	41	1.78
130587--130696	53	2.1	53	89	0	166	38	16	20	24	1.93
138133--138178	20	2.3	20	96	0	83	21	23	21	32	1.98
138318--138350	11	3.0	11	100	0	66	45	9	0	45	1.35
141663--141702	21	1.9	21	94	0	71	35	25	20	20	1.96
147000--147076	23	3.7	20	75	14	66	32	22	15	29	1.95
146979--147075	43	2.3	42	84	8	117	30	21	15	31	1.94
149746--149785	21	1.9	21	100	0	80	32	15	22	30	1.94
158650--158710	23	2.9	21	85	7	70	21	36	26	16	1.94
158693--158730	20	1.9	20	88	0	58	26	36	26	10	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163868--163908	15	2.8	15	88	3	66	4	17	2	75	1.08
164445--164511	36	1.9	35	85	8	93	43	26	13	16	1.85
165818--165860	21	2.0	21	81	9	50	37	23	20	18	1.94
168056--168095	21	2.0	20	85	5	53	52	0	0	47	1.00
173613--173641	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
174460--174514	24	2.3	24	84	6	67	23	16	25	34	1.95
174470--174517	24	2.0	24	91	0	78	25	12	25	37	1.91
187602--187630	3	9.7	3	100	0	58	68	31	0	0	0.89
187629--187711	3	27.7	3	97	0	157	66	0	0	33	0.92
188547--188776	102	2.2	102	83	3	284	37	11	18	33	1.86
194055--194084	15	2.0	15	93	0	51	56	3	6	33	1.42
196433--196485	3	18.0	3	81	14	58	71	0	0	28	0.86
196439--196488	11	4.3	12	82	12	61	70	0	0	30	0.88
196438--196485	14	3.5	14	79	20	57	70	0	0	29	0.87
196432--196485	17	3.4	17	85	12	71	70	0	0	29	0.88
196437--196489	20	2.6	21	77	19	58	71	0	0	28	0.86
199748--199858	55	2.0	55	98	0	213	36	18	18	27	1.94
201945--202032	20	4.2	20	64	18	54	35	14	20	29	1.93
201905--202041	63	2.2	63	94	0	247	34	17	20	27	1.95
203448--203716	45	6.0	45	89	3	364	28	23	10	37	1.88
204832--204878	3	15.7	3	90	0	76	70	0	29	0	0.88
205191--205277	32	2.7	32	87	0	111	35	12	20	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206352--206395	21	2.2	20	87	4	61	31	27	25	15	1.96
206752--206800	17	2.8	18	78	9	57	34	6	22	36	1.79
208078--208144	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
209303--209379	20	3.8	20	67	24	52	50	2	3	42	1.34
211454--211493	18	2.2	18	86	4	53	15	15	0	70	1.18
221846--221964	54	2.2	55	81	4	143	36	17	17	27	1.93
226103--226279	32	5.5	32	83	2	203	33	12	21	31	1.91
226108--226268	64	2.5	64	91	0	250	35	13	19	31	1.90
227183--227555	189	2.0	189	95	0	665	38	7	21	33	1.81
230864--231469	68	8.9	68	90	0	917	29	13	26	30	1.94

Tables:   1   2   3