genome.fa.s8806.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008806.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111959_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  454619

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114--180	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
153--243	32	2.8	33	89	3	148	48	20	18	12	1.80
169--226	14	3.9	14	75	16	62	48	22	17	12	1.80
260--317	14	3.9	14	79	16	71	8	17	25	48	1.75
255--333	32	2.4	33	95	2	142	10	18	24	46	1.80
274--391	20	6.4	19	77	11	95	13	20	24	41	1.88
2219--2254	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
2371--2439	19	3.8	19	81	11	92	49	17	20	13	1.79
2458--2495	20	1.9	20	94	0	67	15	21	23	39	1.92
3530--3583	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
6046--6176	19	7.7	19	66	23	94	42	19	22	14	1.88
6046--6172	33	3.8	33	88	4	202	42	19	22	14	1.88
6047--6179	66	2.0	66	97	0	248	41	19	22	16	1.90
6331--6367	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
9828--9886	20	3.0	19	78	9	64	44	18	23	13	1.86
9877--9918	13	3.2	13	89	3	57	42	23	21	11	1.86
9854--9967	46	2.4	48	85	7	151	39	25	22	12	1.89
9836--9989	19	9.1	17	70	21	78	42	23	22	12	1.87
9936--10002	19	3.7	18	88	5	84	44	22	20	11	1.84
9998--10062	19	3.4	19	80	4	78	9	16	24	49	1.75
10577--10629	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
10584--10690	41	2.7	40	75	5	99	25	15	25	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10638--10691	20	2.7	20	91	0	90	25	14	24	35	1.94
10762--10802	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
15153--15187	16	2.1	17	89	5	54	20	20	2	57	1.54
20308--20367	30	2.0	31	86	3	86	28	8	10	53	1.63
21264--21314	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
24479--24538	30	2.0	31	86	3	86	28	8	10	53	1.63
25414--25464	20	2.6	20	87	3	68	37	15	5	41	1.72
26085--26141	27	2.1	27	100	0	114	47	0	0	52	1.00
26095--26152	27	2.1	27	87	0	80	53	0	0	46	1.00
27142--27176	7	5.1	7	93	6	63	14	0	0	85	0.59
27143--27173	13	2.4	13	100	0	62	12	0	0	87	0.55
27441--27497	18	3.1	18	74	2	60	56	0	3	40	1.17
27448--27530	43	1.9	43	85	0	112	54	0	3	42	1.18
29127--29192	9	7.3	9	80	13	64	62	1	1	34	1.14
29127--29205	6	13.2	6	84	5	97	64	1	1	32	1.09
29135--29205	9	7.6	9	77	14	54	66	1	1	30	1.09
29410--29861	122	3.7	121	81	12	502	26	18	15	40	1.90
31021--31143	54	2.3	54	80	2	131	30	19	14	35	1.92
32048--32213	75	2.2	75	84	2	217	32	21	15	30	1.94
35911--35944	10	3.6	10	92	7	54	0	17	0	82	0.67
42000--42050	17	3.2	17	81	15	56	64	0	3	31	1.11
43501--43567	3	22.3	3	87	6	100	62	0	1	35	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51219--51252	3	11.0	3	87	6	50	61	0	0	38	0.96
51219--51249	16	1.9	16	93	0	53	61	0	0	38	0.96
51219--51258	19	2.0	20	90	4	64	60	0	0	40	0.97
51659--51833	92	1.9	92	85	3	246	25	20	13	41	1.88
51866--52157	135	2.2	134	88	1	442	26	21	17	34	1.96
51966--52379	225	1.8	226	84	2	573	27	21	15	35	1.94
52840--53156	40	8.0	40	95	1	550	39	12	17	30	1.86
53082--53145	20	3.2	20	62	16	51	42	10	15	31	1.82
58339--58422	14	6.5	13	70	13	59	58	10	15	15	1.63
58351--58450	6	16.2	6	78	10	67	56	10	18	16	1.67
66689--66727	21	1.9	20	89	5	60	23	0	15	61	1.33
70771--70868	12	8.0	12	67	13	56	44	4	10	40	1.57
70720--71013	37	8.0	37	91	3	434	47	3	9	39	1.52
70720--71013	147	2.0	148	89	3	459	47	3	9	39	1.52
70720--71017	110	2.7	110	89	5	440	47	3	9	39	1.52
80237--80619	195	2.0	195	88	2	581	33	19	18	28	1.95
81002--81106	25	4.3	25	66	22	69	44	3	7	43	1.50
81045--81096	12	4.2	12	72	13	52	42	5	5	46	1.51
80991--81122	37	3.8	35	87	8	182	46	3	7	43	1.47
81447--81486	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
84463--84520	18	3.1	18	76	13	62	27	12	12	48	1.76
84463--84520	21	2.9	21	80	7	59	27	12	12	48	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85507--85624	37	3.1	37	81	2	137	46	4	9	39	1.55
94130--94154	13	1.9	13	100	0	50	48	8	20	24	1.76
94393--94458	17	3.8	17	77	2	69	42	7	13	36	1.73
94397--94467	34	2.1	35	83	2	90	43	7	12	36	1.70
101375--101450	15	5.1	15	68	13	59	44	17	9	28	1.79
106013--106051	20	1.9	21	94	5	71	35	10	15	38	1.81
106034--106106	17	4.2	17	82	8	76	35	15	8	41	1.77
110569--110641	32	2.4	30	88	8	119	31	23	20	24	1.98
111875--111930	22	2.5	22	80	8	60	28	32	14	25	1.94
114998--115026	12	2.4	12	100	0	58	34	20	6	37	1.80
117959--118026	17	3.9	17	82	1	64	36	13	7	42	1.72
120976--121049	24	3.3	23	73	16	66	45	0	1	52	1.09
121001--121040	14	3.0	14	89	7	57	40	0	0	60	0.97
121238--121271	16	2.1	16	88	5	50	50	0	2	47	1.16
121352--121390	14	2.8	14	88	0	51	28	12	7	51	1.67
121578--121621	22	2.0	21	91	4	70	25	6	20	47	1.74
126947--126983	16	2.3	16	90	9	58	32	5	8	54	1.53
127248--127294	14	3.4	14	79	5	60	23	2	27	46	1.63
132225--132255	14	2.1	15	94	5	55	51	0	6	41	1.27
132693--132750	26	2.2	26	81	6	64	25	1	5	67	1.21
132801--132859	27	2.2	26	82	11	75	23	1	0	74	0.91
132740--132869	9	15.1	8	70	24	54	29	1	0	68	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132804--132880	38	2.1	36	83	9	93	22	3	0	74	0.98
132798--132897	36	2.8	33	77	14	85	21	5	0	74	1.01
136015--136075	12	5.0	13	79	15	60	80	4	11	3	0.99
136029--136087	25	2.4	25	86	8	77	76	3	13	6	1.12
136020--136087	23	2.9	23	81	14	77	77	2	13	5	1.06
137212--137300	32	2.7	33	89	3	144	29	12	19	39	1.88
137896--138214	106	3.0	105	84	3	367	34	23	18	22	1.96
138581--138667	37	2.4	37	82	5	97	27	18	13	40	1.88
138470--138648	87	2.1	87	93	2	306	32	18	12	35	1.89
138732--138834	36	2.8	37	91	2	172	28	19	13	38	1.90
138745--138931	102	1.8	102	84	6	254	27	18	12	40	1.87
138849--138965	36	3.2	36	82	7	146	26	18	13	41	1.88
138732--138965	36	6.6	36	75	17	141	26	19	13	40	1.88
138951--139040	39	2.4	37	82	10	112	41	23	7	27	1.82
140222--140265	2	23.5	2	86	13	67	47	0	0	52	1.00
140180--140295	14	8.5	13	70	21	69	37	1	0	60	1.13
145760--145906	64	2.3	64	81	6	172	38	10	18	31	1.85
145761--145904	32	4.5	32	78	3	123	39	10	18	31	1.84
155956--157163	594	2.0	605	96	2	2251	36	20	16	26	1.94
157833--157922	32	2.9	32	85	3	112	28	15	23	32	1.95
158313--158577	124	2.1	123	90	0	413	27	25	20	27	1.99
162715--162784	30	2.3	30	97	0	131	32	5	5	55	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164500--164556	23	2.4	23	85	2	78	17	17	24	40	1.91
164512--164587	24	3.2	24	81	1	73	21	15	25	38	1.92
164543--164598	24	2.3	24	90	0	85	32	12	17	37	1.88
168591--169713	560	2.0	563	99	0	2207	30	15	22	31	1.95
171954--172013	23	2.7	22	74	5	66	21	18	25	35	1.96
174900--174953	15	3.8	15	73	9	51	66	1	11	20	1.32
176405--176486	23	3.6	23	84	0	110	28	26	28	17	1.97
177170--177292	67	1.9	64	83	5	156	26	16	21	35	1.94
183365--183425	23	2.7	23	89	0	95	26	26	27	19	1.99
184538--184593	28	2.0	28	82	6	69	60	5	7	26	1.44

Tables:   1   2   3