genome.fa.s8806.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008806.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111959_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  454619

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 309 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
185608--185713	38	2.8	37	83	7	108	46	11	2	39	1.55
185716--185910	35	5.4	37	85	9	269	41	12	6	40	1.68
185720--185910	74	2.6	69	87	8	265	40	12	6	40	1.68
185629--185817	88	2.1	87	80	8	213	42	13	5	38	1.67
194763--194841	26	3.1	25	76	18	67	67	1	3	27	1.16
194804--194856	14	3.8	15	73	16	51	64	1	5	28	1.27
195959--196032	17	4.3	17	84	6	87	75	1	1	21	0.95
195959--196039	26	3.2	26	84	8	87	74	1	1	23	0.97
195956--196039	17	5.1	17	76	9	84	75	1	1	22	0.95
196046--196099	29	2.0	26	89	10	81	48	7	1	42	1.42
196082--196125	22	2.0	23	82	13	56	47	6	2	43	1.42
196103--196229	35	3.2	41	75	15	119	43	11	4	40	1.61
196119--196463	35	9.7	35	79	11	312	40	12	6	40	1.68
196117--196219	40	2.7	40	79	14	101	42	11	3	41	1.59
196206--196294	12	7.0	12	70	16	63	40	16	7	34	1.78
196219--196261	16	2.9	16	80	19	58	34	23	9	32	1.87
196207--196261	28	2.0	28	92	0	92	36	21	9	32	1.85
196173--196294	65	1.9	63	89	3	190	40	14	6	37	1.72
196236--196486	37	7.0	35	86	4	324	41	11	6	41	1.67
197160--197224	23	2.8	23	81	4	78	12	18	18	50	1.77
197164--197235	23	3.1	23	76	11	76	13	19	19	47	1.83
207243--207307	29	2.2	29	86	2	85	53	6	15	24	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208761--208842	25	3.3	25	92	0	137	37	26	17	18	1.92
209087--209204	59	2.0	60	83	1	148	25	24	25	24	2.00
209714--209791	21	3.7	21	75	14	70	23	34	20	21	1.97
209812--209864	20	2.7	20	91	5	81	16	28	22	32	1.96
212938--212976	21	1.9	21	89	5	62	33	7	10	48	1.66
213202--213301	21	4.7	21	76	7	112	22	34	20	24	1.97
216491--216534	8	5.6	8	94	5	72	20	0	27	52	1.47
219098--219132	15	2.3	15	85	0	52	22	22	31	22	1.98
219409--219451	20	2.2	20	91	0	68	34	20	13	30	1.92
227190--227220	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
228982--229036	23	2.4	23	90	0	83	60	14	12	12	1.60
236801--236870	34	2.1	32	84	5	86	22	30	14	32	1.94
237153--237194	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
237300--237355	19	2.9	19	89	0	76	35	10	12	41	1.78
237422--237518	31	3.2	31	92	5	155	41	16	7	35	1.76
239007--239052	2	24.5	2	87	12	71	47	0	0	52	1.00
243763--243805	23	1.9	22	95	4	77	37	9	13	39	1.78
244010--244073	24	2.7	24	87	0	101	21	25	23	29	1.99
244081--244111	16	1.9	16	93	0	53	12	12	25	48	1.77
246679--246841	29	5.7	28	78	8	159	47	8	12	31	1.72
246821--246894	28	2.6	29	93	4	123	60	9	5	24	1.48
246881--246953	28	2.6	29	86	8	105	46	8	9	35	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248148--248249	28	3.6	28	74	12	100	22	14	34	28	1.94
249208--249240	6	5.7	6	85	7	50	48	12	3	36	1.56
249208--249240	11	2.8	12	86	9	50	48	12	3	36	1.56
249208--249240	17	1.9	17	93	0	57	48	12	3	36	1.56
250596--250997	198	2.0	203	97	2	760	33	15	17	33	1.92
252889--252978	31	2.9	30	80	9	83	34	3	15	46	1.62
253370--253514	42	3.5	42	78	12	156	29	17	20	32	1.96
254151--254197	21	2.2	21	88	7	69	40	10	17	31	1.83
257431--257603	89	2.0	87	90	2	274	36	10	7	44	1.68
265652--265757	44	2.4	44	85	4	144	31	24	16	28	1.96
267147--267194	18	2.7	18	78	12	53	33	2	39	25	1.67
277919--277971	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
277961--278012	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
277946--278177	41	5.7	41	72	7	132	33	19	19	28	1.96
278022--278094	21	3.5	21	77	3	67	23	20	17	38	1.93
278086--278177	20	4.6	20	84	2	130	40	18	21	19	1.92
278750--278794	19	2.4	19	92	0	72	48	26	15	8	1.74
278812--278867	14	3.6	14	74	21	58	10	25	25	39	1.87
278795--278876	33	2.5	33	95	0	146	12	23	21	42	1.86
278803--278855	14	3.2	17	70	24	58	11	24	22	41	1.86
281023--281089	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
280971--281089	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282439--282474	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
282599--282655	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
282581--282671	33	2.8	33	93	0	146	43	19	21	14	1.87
282581--282641	19	3.5	19	74	21	69	44	21	22	11	1.84
282666--282730	19	3.7	19	74	19	77	13	21	18	46	1.84
282716--282757	20	2.2	20	86	4	59	26	16	21	35	1.94
285217--285270	24	2.2	24	90	0	81	40	20	16	22	1.91
286092--286183	20	4.6	20	73	2	76	39	21	18	20	1.93
286397--286464	20	3.4	20	72	8	66	41	23	19	16	1.90
286397--286472	20	3.8	20	70	13	57	43	21	18	17	1.88
286514--286558	19	2.4	19	100	0	90	15	20	15	48	1.80
288140--288231	42	2.2	42	86	1	132	21	15	41	21	1.90
288569--288621	20	2.7	20	84	0	61	33	26	13	26	1.93
288595--288657	20	3.2	20	95	0	108	33	25	25	15	1.95
288712--288803	19	5.4	18	67	24	65	13	18	20	47	1.81
288729--288787	14	3.9	14	76	20	64	10	16	23	49	1.77
288712--288803	33	2.8	33	96	0	166	13	18	20	47	1.81
288788--288831	20	2.2	20	92	4	72	20	25	18	36	1.95
289389--289436	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
290756--290798	20	2.2	20	95	0	77	55	20	16	6	1.64
291078--291121	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
291311--291377	20	3.3	20	89	0	98	29	11	29	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291285--291463	41	4.4	41	76	5	157	24	16	23	35	1.95
291413--291478	21	3.2	21	75	12	82	22	22	18	36	1.95
291285--291460	20	8.6	20	71	11	83	25	17	23	34	1.96
291352--291478	41	3.1	41	88	2	175	22	20	22	34	1.97
291470--291543	21	3.5	21	81	5	87	36	16	25	21	1.94
293394--293420	14	1.9	14	100	0	54	51	3	0	44	1.19
293488--293548	24	2.5	24	81	5	70	52	0	1	45	1.10
297154--297207	26	2.1	26	93	6	92	20	12	27	38	1.89
299303--299378	16	4.8	16	72	16	59	27	2	7	61	1.37
300939--300978	20	2.1	19	95	4	71	32	10	17	40	1.83
310988--311075	18	4.9	18	86	4	117	31	34	18	15	1.92
311000--311075	36	2.1	36	95	0	134	31	35	17	15	1.91
311323--311361	8	4.9	8	90	0	51	43	2	7	46	1.46
319153--319192	20	2.1	19	90	4	62	35	10	15	40	1.80
336400--336457	25	2.3	24	100	0	98	29	50	15	5	1.66
337370--337410	22	1.9	21	85	14	57	26	4	36	31	1.78
338385--338464	25	3.2	24	67	22	65	33	16	7	42	1.76
338372--338513	51	2.8	51	87	1	203	35	12	7	44	1.70
338367--338451	26	3.3	26	66	21	70	37	11	8	42	1.72
338383--338462	26	3.1	26	67	16	76	35	15	7	42	1.75
338396--338476	25	3.2	25	68	16	76	33	14	8	43	1.76
340077--340123	23	2.1	21	88	7	67	14	8	4	72	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
344890--344952	11	5.7	11	71	19	51	65	1	3	30	1.18
347009--347577	113	5.0	112	83	6	621	28	18	13	39	1.89
347012--347560	226	2.4	225	85	6	687	27	19	13	39	1.89
347937--347992	22	2.5	22	85	0	76	37	10	17	33	1.85
349346--349438	36	2.6	36	82	3	107	30	29	17	23	1.97
354026--354088	25	2.5	26	74	5	67	63	6	11	19	1.48
355188--355220	15	2.1	17	88	11	52	75	6	0	18	1.00
355591--355644	23	2.4	23	79	17	60	68	0	3	27	1.06
358256--358311	3	18.3	3	82	10	69	64	1	0	33	1.04
358549--358629	26	3.2	25	67	22	69	34	16	7	41	1.76

Tables:   1   2   3