genome.fa.s8812.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008812.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111973_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  944649

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1962--2183	94	2.3	95	81	5	236	31	13	26	28	1.94
1970--2183	95	2.3	94	81	4	234	31	14	26	27	1.95
2505--2789	54	5.3	54	90	0	435	27	17	22	32	1.96
15208--15232	11	2.3	11	100	0	50	0	24	0	76	0.80
15801--16009	95	2.2	92	81	12	230	32	14	26	26	1.95
16347--16538	54	3.6	54	80	1	224	28	19	20	31	1.97
17278--17323	18	2.6	18	96	0	83	45	15	6	32	1.71
19063--19121	17	3.5	17	75	9	66	49	8	15	27	1.73
19046--19128	34	2.4	34	88	4	114	43	10	15	30	1.81
23250--23288	17	2.3	17	95	0	69	20	7	10	61	1.52
24427--24490	31	2.1	31	90	0	101	26	15	23	34	1.95
24428--24527	34	3.0	33	83	9	107	24	16	25	35	1.95
24473--24552	34	2.3	34	80	6	90	26	18	21	33	1.96
24952--24998	2	24.0	2	95	4	87	51	0	0	48	1.00
27243--27304	32	1.9	32	83	0	79	33	16	14	35	1.89
29827--29886	17	3.6	16	70	18	50	46	10	18	25	1.79
29810--29891	34	2.4	34	87	4	112	42	9	18	29	1.82
29837--29908	34	2.1	35	87	7	103	47	9	13	29	1.75
39816--39894	34	2.3	34	85	8	99	46	6	17	29	1.73
40996--41033	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
43062--43107	6	7.8	6	79	13	51	82	0	0	17	0.67
43062--43110	7	6.9	7	86	13	64	81	0	0	18	0.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46665--46720	17	3.3	17	78	9	60	44	8	17	28	1.79
46663--46745	34	2.4	34	86	4	105	45	10	14	28	1.78
46731--46785	17	3.2	17	73	14	51	41	12	14	30	1.83
49399--49452	28	1.9	28	88	7	83	44	9	14	31	1.77
49598--49656	21	2.8	22	82	7	77	5	23	0	71	1.06
50346--50420	29	2.6	30	81	10	93	40	2	16	41	1.62
50458--50532	29	2.7	28	83	6	91	40	1	9	49	1.43
50592--50696	50	2.1	51	96	1	194	37	7	10	44	1.67
53724--53846	32	3.8	32	76	0	120	26	16	17	39	1.90
55393--55423	16	2.0	15	93	6	53	35	6	19	38	1.77
56329--56366	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
58031--58403	55	6.8	54	85	4	437	29	20	17	32	1.96
58031--58403	110	3.4	110	85	3	484	29	20	17	32	1.96
58031--58403	165	2.3	165	87	1	525	29	20	17	32	1.96
62294--62356	20	3.1	20	69	2	54	28	14	25	31	1.95
66932--66981	20	2.5	20	90	0	82	36	30	10	24	1.88
80300--80424	35	3.6	34	77	5	133	28	17	17	36	1.93
85978--86140	74	2.2	74	91	4	258	22	20	28	28	1.99
95890--95936	3	15.7	3	95	0	85	63	0	2	34	1.06
95935--95965	3	10.3	3	100	0	62	35	0	0	64	0.94
108024--108079	25	2.3	24	84	6	76	75	1	16	7	1.11
108038--108071	17	2.0	17	88	11	52	76	0	11	11	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109179--109345	91	1.8	92	89	1	264	43	14	20	20	1.87
109721--109779	3	19.7	3	80	13	59	37	1	3	57	1.25
119940--119979	12	3.3	12	83	13	55	20	25	45	10	1.81
120912--121047	24	5.7	24	86	6	73	43	19	15	22	1.88
120929--121043	48	2.4	47	88	5	160	40	19	17	22	1.91
120929--121060	48	2.7	47	80	11	151	42	18	16	21	1.89
123424--123501	13	6.2	13	82	14	101	14	19	48	17	1.81
124623--124768	76	1.9	76	100	0	292	34	15	20	30	1.93
125174--125210	13	2.7	14	88	12	51	56	8	10	24	1.60
125708--125768	20	2.9	22	82	9	81	47	14	13	24	1.80
125706--125768	22	3.0	22	81	9	85	47	14	12	25	1.79
128074--128138	2	32.5	2	100	0	130	49	0	0	50	1.00
134136--134172	20	1.9	19	89	10	58	54	8	2	35	1.44
135341--135366	8	3.2	8	100	0	52	61	0	0	38	0.96
136026--136093	29	2.3	29	97	0	127	41	16	1	41	1.57
146771--146819	21	2.3	22	85	3	64	12	6	8	73	1.24
146835--146867	13	2.4	14	90	5	50	6	12	3	78	1.04
147348--147419	26	2.7	26	74	8	65	47	4	20	27	1.69
152122--152168	13	3.2	16	82	17	66	17	21	0	61	1.34
152127--152194	13	5.2	13	75	12	59	19	17	0	63	1.32
152355--152388	6	5.5	6	86	6	50	82	2	11	2	0.89
152355--152393	13	3.2	12	86	10	53	82	5	10	2	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153779--153831	24	2.2	24	96	0	97	22	24	15	37	1.92
156063--156115	13	4.2	13	76	11	56	18	16	0	64	1.30
158344--158396	13	4.2	13	76	11	56	18	16	0	64	1.30
163363--163388	10	2.6	10	100	0	52	50	11	19	19	1.77
163625--163681	24	2.4	24	81	0	60	24	17	36	21	1.94
164882--164925	21	2.1	21	91	4	72	63	0	18	18	1.31
164863--164937	26	2.9	25	80	4	78	64	0	18	17	1.30
171958--172014	25	2.3	25	93	6	98	14	38	17	29	1.89
175085--175130	18	2.6	18	96	3	85	30	10	50	8	1.68
181454--181492	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
200245--200373	49	2.8	47	79	8	138	29	21	6	41	1.79
204422--204483	16	3.9	16	72	6	54	4	20	3	70	1.19
204430--204480	20	2.4	22	81	18	63	5	19	3	70	1.24
204472--204504	14	2.4	14	90	10	50	15	12	0	72	1.12
212564--212620	2	28.5	2	89	0	87	45	1	3	49	1.29
215357--215396	21	2.0	20	85	5	53	70	2	7	20	1.24
216631--216827	42	4.7	42	77	5	193	27	17	21	32	1.96
216848--217023	91	1.9	91	88	2	264	27	22	13	36	1.91
217071--217427	91	3.9	91	83	1	403	26	20	14	39	1.90
219686--219749	29	2.2	28	88	2	92	26	3	31	39	1.72
219680--219761	28	2.9	29	85	1	103	24	4	31	39	1.76
224326--224373	25	1.9	25	83	8	62	50	0	4	45	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224938--224992	24	2.3	24	93	3	94	54	12	5	27	1.60
226385--227827	721	2.0	721	99	0	2861	32	19	17	30	1.95
229692--229749	28	2.1	28	83	0	71	17	25	12	44	1.83
240991--241025	15	2.3	15	95	0	61	22	17	28	31	1.96
241357--241391	15	2.3	15	95	0	61	22	17	28	31	1.96
255208--255253	18	2.6	19	90	10	71	34	0	2	63	1.07
255232--255367	13	10.8	12	70	19	91	43	0	2	53	1.15
255262--255345	40	2.2	37	85	10	107	44	0	2	53	1.13
255213--255367	64	2.5	61	90	6	233	41	0	2	55	1.13
255376--255428	19	2.8	20	77	13	58	33	0	0	66	0.92
255884--255943	31	1.9	31	93	0	102	45	8	6	40	1.61
257002--257213	46	4.6	46	86	4	259	41	13	20	24	1.88
257002--257213	92	2.3	92	86	4	311	41	13	20	24	1.88
263450--263497	21	2.5	19	80	10	53	29	12	20	37	1.90
263997--264242	46	5.4	46	92	0	368	43	14	19	22	1.87
267150--267188	15	2.8	14	88	7	53	30	2	0	66	1.05
268058--268096	15	2.8	14	88	7	53	30	2	0	66	1.05
266997--269727	908	3.0	908	98	0	5266	33	23	19	23	1.97
268966--269004	15	2.8	14	88	7	53	30	2	0	66	1.05
270663--270701	2	19.5	2	94	0	69	46	0	0	53	1.00
270665--270723	14	4.2	14	82	6	66	40	0	1	57	1.09
280738--280799	32	1.9	32	93	0	106	43	19	17	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284929--284982	22	2.5	22	93	0	90	35	16	14	33	1.90
285333--285923	73	8.0	73	91	0	903	27	18	20	33	1.96
286082--286137	3	18.3	3	82	10	69	33	1	0	64	1.04
287793--287838	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
294374--294458	31	2.7	31	96	0	152	37	15	23	23	1.93
295564--295600	17	2.2	17	90	4	58	37	13	10	37	1.80
295713--295770	26	2.2	26	78	6	64	46	10	0	43	1.38
295721--295774	26	2.0	27	89	3	83	38	12	0	48	1.42
295814--295842	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
295922--296028	31	3.5	31	81	2	126	27	25	12	35	1.91

Tables:   1   2   3   4