genome.fa.s8817.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008817.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111983_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1047399

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2432--2456	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
7840--7871	15	2.1	15	100	0	64	56	18	12	12	1.67
10249--10276	14	2.0	14	100	0	56	21	7	21	50	1.72
22484--22550	32	2.0	32	80	5	71	67	2	7	22	1.30
37461--37509	22	2.2	22	100	0	98	24	18	24	32	1.97
56753--56784	16	1.9	17	93	6	57	40	9	0	50	1.35
57497--57532	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
64982--65120	32	4.3	32	95	0	233	30	12	25	30	1.93
68112--68151	21	1.9	21	85	10	55	50	2	0	47	1.14
68215--68256	23	1.9	21	85	9	57	57	0	4	38	1.20
90245--90461	21	10.4	21	68	17	130	21	17	25	35	1.95
90245--90491	42	5.9	41	84	6	268	21	17	24	36	1.94
90271--90491	84	2.6	84	87	4	297	21	16	24	36	1.94
90583--90650	6	11.3	6	93	0	118	36	47	16	0	1.47
91406--91619	21	10.3	21	70	17	121	37	23	19	19	1.94
91402--91563	42	3.9	42	91	1	247	37	25	19	17	1.93
91448--91605	63	2.5	62	82	11	173	37	24	18	18	1.93
91532--91619	44	2.2	39	84	12	106	37	21	21	19	1.94
91405--91592	84	2.2	83	84	5	234	37	23	19	19	1.94
91554--91619	19	3.2	20	78	8	62	36	21	22	19	1.95
96436--96502	21	3.2	21	100	0	134	28	10	26	34	1.90
96511--96561	22	2.4	22	83	3	59	29	17	23	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101893--101938	21	2.2	21	100	0	92	28	10	26	34	1.90
101955--101997	22	2.0	22	85	0	59	23	25	25	25	2.00
106904--107254	43	8.2	42	82	4	416	32	18	24	24	1.97
106904--107254	85	4.1	84	84	3	416	32	18	24	24	1.97
106904--107254	128	2.7	127	88	3	506	32	18	24	24	1.97
111253--111488	41	5.7	41	80	8	255	33	19	19	26	1.96
111253--111610	83	4.3	82	80	6	321	32	20	18	27	1.97
111253--111610	40	8.7	40	81	8	310	32	20	18	27	1.97
115087--115608	259	2.0	259	97	2	989	27	18	21	32	1.96
117050--117122	26	2.8	26	80	14	87	49	13	5	31	1.65
117060--117122	26	2.4	26	97	2	117	47	15	6	30	1.71
117060--117143	26	3.1	27	88	6	91	51	14	5	28	1.65
117681--117718	17	2.4	15	91	8	58	13	23	50	13	1.76
117840--117888	24	2.1	23	88	3	71	55	0	0	44	0.99
118732--118759	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
123304--123342	2	19.5	2	89	0	60	48	5	0	46	1.24
124930--124955	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
128628--128710	42	2.0	42	92	0	139	26	13	13	46	1.79
130807--130909	33	3.2	33	88	2	156	45	15	6	32	1.72
130904--130945	21	2.0	21	95	0	75	47	7	14	30	1.71
146165--146239	38	2.0	37	84	5	98	48	4	1	46	1.29
148508--148572	33	2.0	33	96	0	121	29	24	13	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153767--154022	43	6.0	42	88	2	305	26	19	24	30	1.98
153773--154084	86	3.6	85	83	2	347	27	19	24	28	1.99
153769--154028	129	2.0	128	86	2	360	26	19	24	29	1.98
153812--154029	43	5.1	43	92	1	348	25	21	23	30	1.99
153790--154079	128	2.3	130	82	4	365	26	20	23	29	1.99
154232--154290	21	2.8	21	84	0	73	55	20	5	18	1.61
157149--157552	41	9.8	40	66	18	156	31	19	19	29	1.96
157107--157547	83	5.3	82	81	5	446	31	19	19	29	1.96
158218--158269	26	2.0	27	92	3	88	40	9	1	48	1.47
160395--160509	60	1.9	59	89	5	178	37	17	16	28	1.92
160386--160526	60	2.3	60	83	8	171	36	17	17	29	1.93
165409--165441	3	11.0	3	87	12	50	63	0	0	36	0.95
170942--171019	41	1.9	41	89	5	122	41	10	11	37	1.75
177679--177719	22	1.9	22	85	5	57	53	7	4	34	1.50
178400--178429	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
180583--180637	27	2.0	27	96	0	101	45	7	12	34	1.70
185062--185094	17	1.9	17	88	11	50	54	0	9	36	1.32
192261--192299	18	2.2	17	95	4	69	25	20	28	25	1.99
193767--193979	110	1.9	111	93	0	365	46	9	7	36	1.66
198467--198496	14	2.1	15	93	6	53	43	0	0	56	0.99
206118--206148	15	2.1	15	93	0	53	51	6	9	32	1.60
219506--219591	29	3.0	29	91	3	129	17	31	27	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219612--219721	33	3.3	33	87	2	157	11	38	26	23	1.89
225385--225506	60	2.0	60	82	7	149	32	24	4	37	1.77
225613--225749	60	2.3	59	80	10	154	36	5	22	35	1.79
226048--226100	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
226308--226382	22	3.5	22	88	1	107	25	38	14	21	1.91
226708--226798	20	4.6	20	87	1	103	14	17	23	45	1.85
226762--226805	20	2.2	20	91	0	70	11	13	20	54	1.69
228758--228804	20	2.3	20	89	7	69	38	21	17	23	1.93
228849--228917	20	3.5	20	91	0	111	18	20	24	36	1.95
228849--228927	20	4.0	20	83	3	70	18	18	22	39	1.93
229403--229507	21	5.0	21	74	3	95	20	37	19	22	1.95
229400--229510	42	2.6	42	78	5	118	20	37	18	22	1.94
231105--231180	33	2.3	34	95	2	136	11	23	18	46	1.82
231105--231200	33	2.8	33	87	6	122	12	22	19	44	1.84
231172--231260	20	4.4	20	87	2	126	16	20	25	37	1.93
231172--231260	40	2.2	40	94	4	153	16	20	25	37	1.93
233685--233738	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
234580--234629	20	2.5	20	93	0	82	26	16	24	34	1.95
234600--234656	30	1.9	30	85	0	78	22	15	26	35	1.94
234643--234735	20	4.7	20	94	0	159	20	19	20	39	1.92
238980--239041	21	3.0	21	85	4	81	19	16	45	19	1.86
239196--239467	20	13.6	20	79	9	195	21	16	22	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239216--239442	60	3.8	61	79	13	240	21	15	22	40	1.91
241761--242064	106	2.9	104	82	9	352	37	11	12	38	1.79
243915--243969	15	3.6	15	76	13	67	21	36	25	16	1.94
244133--244254	65	1.9	65	86	3	174	27	14	27	30	1.95
244634--244664	12	2.7	11	90	9	53	35	0	0	64	0.94
252870--252930	26	2.5	24	91	5	95	37	16	18	27	1.92
255135--255544	204	2.0	204	94	0	721	27	20	22	30	1.98
256141--256201	27	2.3	27	91	0	95	32	16	19	31	1.94
256455--256488	17	1.9	18	88	5	52	29	20	5	44	1.75
262414--262463	23	2.2	23	100	0	100	30	8	18	44	1.78
263397--263455	28	2.1	28	100	0	118	33	13	20	32	1.91
264178--264233	23	2.3	25	79	14	64	39	8	0	51	1.33
280090--280191	34	2.9	35	92	4	170	44	12	14	28	1.82
280590--280704	60	1.9	60	87	7	169	35	4	1	58	1.28
280681--280705	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
284862--284908	20	2.3	21	83	16	64	76	8	14	0	1.01
284864--284931	21	3.3	20	82	11	75	79	5	13	1	0.98
284871--284913	11	3.9	11	78	9	52	79	6	13	0	0.93
286407--286528	36	3.4	36	75	8	106	24	20	16	38	1.92
286585--286768	101	1.8	101	88	4	282	28	17	14	39	1.88
286459--286867	137	3.0	137	85	3	536	28	20	12	38	1.89
286463--286804	36	9.9	35	74	15	223	28	19	13	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286762--286936	65	2.6	65	85	4	224	33	21	8	36	1.83
287539--288304	105	7.3	105	89	2	1069	34	26	17	22	1.96
288839--288939	34	2.9	34	94	2	175	44	12	14	27	1.82
289327--289369	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
289367--289460	2	47.5	2	76	14	70	40	3	1	55	1.23
289872--289923	2	26.0	2	96	0	95	48	0	0	51	1.00
291042--291075	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
308212--308406	90	2.2	90	86	0	264	24	18	28	28	1.98
309270--309306	18	2.1	17	90	10	56	51	2	0	45	1.15
310862--311334	234	2.0	234	99	0	937	26	14	22	36	1.93

Tables:   1   2   3   4