genome.fa.s8822.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008822.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111990_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  699754

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
480--564	3	28.7	3	90	2	136	63	1	2	32	1.15
4222--4281	23	2.7	23	87	10	81	23	21	26	28	1.99
6901--6948	25	1.9	24	83	8	60	58	0	2	39	1.10
16929--17297	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
17970--18016	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
20517--20822	19	17.4	19	78	16	340	47	18	19	14	1.83
20517--20844	33	9.5	33	76	18	239	46	18	20	14	1.83
20545--20822	52	5.2	53	89	6	340	47	17	20	14	1.82
20688--20844	51	2.9	51	90	6	224	47	17	19	15	1.83
20851--20952	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
21059--21095	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
23053--23109	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
23034--23126	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
22997--23131	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
23127--23255	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
23127--23218	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
23299--23771	93	5.1	93	99	0	939	46	19	12	21	1.83
23299--23771	185	2.5	186	99	0	939	46	19	12	21	1.83
25476--25532	14	3.7	14	79	20	69	40	24	26	8	1.84
25468--25575	33	3.3	33	92	0	180	45	20	24	10	1.82
25475--25551	19	4.6	18	75	23	71	42	23	24	9	1.83
25757--25811	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25957--26150	20	9.6	20	81	5	212	19	20	25	35	1.95
25957--26150	60	3.2	60	82	0	244	19	20	25	35	1.95
26143--26219	21	3.7	20	70	13	57	27	16	23	32	1.96
26205--26256	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
30005--30100	20	4.8	20	72	11	81	33	23	16	26	1.96
30026--30109	20	4.2	20	71	6	62	35	22	16	25	1.95
30148--30226	40	2.0	40	82	5	97	24	20	16	39	1.92
30149--30257	40	2.7	40	77	5	94	26	21	14	37	1.92
30164--30299	60	2.3	60	83	6	170	27	22	13	36	1.91
30169--30277	20	5.5	19	69	8	65	25	23	14	35	1.93
31059--31129	36	2.0	36	85	0	97	46	7	21	25	1.76
32494--32656	42	4.0	42	88	6	210	25	38	13	22	1.91
32556--32620	21	3.1	21	66	24	55	26	38	13	21	1.91
32758--32969	21	10.1	21	83	4	223	21	12	31	34	1.90
32758--32969	63	3.4	63	84	2	257	21	12	31	34	1.90
33303--33343	21	2.0	21	90	0	64	19	39	12	29	1.88
33317--33425	21	5.2	21	75	6	96	20	38	13	27	1.90
33301--33425	42	3.0	42	75	11	123	21	38	12	27	1.90
37246--37274	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
37701--37758	20	2.9	20	77	10	73	41	25	13	18	1.88
37764--37818	20	2.8	20	85	0	74	49	14	16	20	1.80
41447--41498	24	2.2	24	92	0	86	26	42	11	19	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45385--45418	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
46047--46094	22	2.2	22	88	0	69	20	14	45	18	1.85
46258--46446	20	9.4	20	70	13	77	39	12	21	26	1.89
46312--46446	60	2.2	62	80	2	157	40	11	21	26	1.88
46226--46399	40	4.2	40	85	5	188	38	13	23	24	1.91
46453--46545	20	4.7	19	76	12	89	25	12	25	35	1.92
47854--47878	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
48179--48252	30	2.5	28	78	18	78	36	4	1	58	1.26
50109--50149	20	2.1	20	86	4	57	29	0	21	48	1.50
50368--50436	14	4.9	14	71	16	52	59	20	11	8	1.58
53292--54987	838	2.0	827	96	3	2912	28	22	18	30	1.97
55158--55654	199	2.5	195	82	6	585	30	15	14	39	1.87
55482--55826	177	1.9	177	84	2	460	33	13	13	39	1.84
59263--60021	199	3.8	195	86	5	988	32	14	13	40	1.85
60257--60293	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
61604--61635	12	2.7	12	95	0	55	37	25	0	37	1.56
63113--64259	393	2.9	388	82	7	1297	32	16	14	36	1.89
63890--64259	189	2.0	189	90	1	580	32	16	15	35	1.90
64555--64603	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
66154--66192	18	2.2	18	100	0	78	5	38	0	56	1.22
66374--66440	33	2.0	33	97	0	125	25	46	0	28	1.53
68897--69569	182	3.7	182	89	1	983	28	16	13	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69797--69852	16	3.5	16	83	7	78	57	1	1	39	1.20
70701--70995	36	8.2	36	69	16	175	36	11	20	31	1.88
70700--70995	73	4.1	73	81	7	354	36	11	20	31	1.88
70852--70967	35	3.2	34	68	12	97	38	12	17	31	1.86
70710--71040	73	4.6	73	78	9	295	37	10	19	32	1.86
70700--71048	146	2.4	143	80	7	334	36	10	19	32	1.86
76121--76163	14	3.2	14	80	6	54	60	2	0	37	1.10
77030--77103	31	2.4	31	81	0	76	33	6	14	44	1.72
79208--79272	29	2.3	27	81	5	76	38	1	0	60	1.07
80479--80516	14	2.8	14	88	4	51	23	2	2	71	1.12
82824--82871	25	1.9	25	91	0	78	47	0	16	35	1.47
83575--83671	47	2.1	47	96	3	178	19	10	25	44	1.82
83869--83926	28	2.1	28	86	0	80	36	22	18	22	1.95
84416--84450	17	2.1	17	88	0	52	45	5	0	48	1.26
99986--100032	17	2.7	18	80	12	62	51	4	0	44	1.21
103654--103706	22	2.4	22	87	0	70	52	9	5	32	1.57
105132--105419	54	5.4	54	87	4	395	35	19	18	26	1.95
105610--105761	80	1.9	80	88	0	232	34	10	13	41	1.79
109647--109799	64	2.4	65	83	5	186	31	21	15	31	1.95
115555--115633	23	3.5	22	77	6	88	29	24	17	29	1.97
115534--115636	44	2.4	43	80	9	120	31	24	17	27	1.97
118227--118382	64	2.4	65	85	5	192	30	21	17	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121376--121610	54	4.4	54	85	6	307	34	20	18	26	1.95
121376--121610	108	2.2	108	88	3	339	34	20	18	26	1.95
129982--130037	28	2.0	28	89	6	87	48	12	12	26	1.77
132227--132262	17	2.1	17	94	0	63	50	5	5	38	1.49
133189--133255	35	1.9	35	100	0	134	40	17	10	31	1.84
148299--148463	89	1.9	87	91	3	267	44	6	10	38	1.65
151879--151961	25	3.3	25	67	23	66	34	16	7	40	1.76
151893--151973	25	3.2	24	66	22	58	34	14	8	41	1.77
151869--152010	51	2.8	51	86	1	194	36	13	7	42	1.71
156020--156124	51	2.1	51	94	0	183	36	13	8	41	1.75
156015--156099	26	3.3	26	63	26	63	38	11	9	40	1.74
156030--156110	26	3.2	26	64	22	62	35	14	8	40	1.77
156047--156124	25	3.1	25	65	17	61	33	14	8	43	1.76
156424--156453	16	1.9	16	93	6	53	33	20	13	33	1.91
159496--159668	90	1.9	89	94	1	301	42	6	10	39	1.67
162019--162073	27	2.0	28	92	3	94	32	21	14	30	1.93
167466--167612	20	7.3	20	88	0	204	38	21	17	23	1.93
167461--167631	40	4.2	40	82	4	152	39	21	15	22	1.91
167466--167631	60	2.8	59	76	12	167	39	21	16	22	1.92
167779--167831	22	2.4	22	80	0	70	22	39	18	18	1.92
168168--168215	20	2.4	20	89	0	78	47	20	20	10	1.79
168217--168269	20	2.7	20	73	2	54	18	13	16	50	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168345--168402	28	2.0	30	93	6	102	25	17	20	36	1.94
169666--169859	67	3.0	67	82	8	231	26	18	22	32	1.97
169762--169801	19	2.1	19	90	0	62	25	15	30	30	1.95
169824--169879	20	2.8	20	91	0	94	19	16	33	30	1.94
178952--179016	32	2.0	32	100	0	130	46	12	6	35	1.66
180042--180161	63	1.9	63	81	3	143	22	11	35	30	1.90
180456--180574	42	2.8	42	85	0	148	21	36	17	23	1.94
180460--180574	21	5.5	21	73	4	97	21	37	18	22	1.94
181836--181938	20	5.2	20	86	1	127	41	26	16	15	1.88
181836--181962	40	3.2	39	81	1	128	41	24	17	16	1.89

Tables:   1   2   3   4