genome.fa.s8822.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008822.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111990_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  699754

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181835--181979	20	7.3	20	79	4	116	41	24	16	17	1.90
181976--182019	20	2.2	20	84	8	54	15	25	18	40	1.90
182259--182294	18	2.0	18	88	0	54	19	0	22	58	1.40
185543--185631	20	4.5	20	72	13	69	35	12	20	31	1.89
185646--185688	20	2.2	20	95	0	77	18	20	23	37	1.94
186945--186981	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
186977--187013	19	2.0	19	89	5	58	27	0	0	72	0.84
187018--187128	39	2.8	39	76	15	104	36	18	0	45	1.56
199591--199626	18	2.0	18	100	0	72	33	33	16	16	1.92
202111--202177	34	1.9	34	82	14	84	47	17	11	22	1.80
206455--206783	57	5.7	57	69	18	164	37	7	13	41	1.74
212678--212732	24	2.3	24	96	0	101	23	7	16	52	1.68
213481--213555	40	1.9	39	84	10	100	44	1	4	50	1.29
214489--214535	20	2.3	20	100	0	94	21	23	8	46	1.78
214498--214541	20	2.2	20	91	0	70	22	27	9	40	1.84
214987--215024	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
216516--216551	16	2.2	17	90	5	56	50	2	0	47	1.15
217626--217665	2	20.0	2	100	0	80	50	0	50	0	1.00
218425--218480	26	2.3	23	81	12	67	26	0	7	66	1.18
219962--220034	21	3.5	21	85	7	87	23	32	27	16	1.96
222978--223147	36	4.6	36	85	10	229	46	5	5	42	1.50
223160--223215	28	1.9	30	86	13	82	53	1	3	41	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
223160--223216	30	1.9	30	92	3	98	54	1	3	40	1.28
223265--223318	23	2.3	23	84	6	65	44	0	0	55	0.99
228668--228781	34	3.2	36	90	6	178	29	18	13	38	1.89
228800--228951	73	2.1	71	87	7	216	25	21	13	38	1.91
228796--228951	37	4.3	36	83	6	199	25	22	13	39	1.90
229003--229090	36	2.6	35	87	12	130	44	18	9	28	1.80
229087--229272	83	2.2	84	82	4	225	30	25	20	23	1.98
229563--229650	35	2.5	35	94	5	153	42	19	9	29	1.82
229647--229834	84	2.2	85	81	2	227	30	24	20	23	1.98
228913--230033	560	2.0	558	96	1	2079	32	21	17	28	1.96
230469--230629	36	4.6	35	83	14	176	45	4	6	42	1.50
230595--230654	25	2.4	25	91	0	93	46	3	5	45	1.41
230638--230714	31	2.6	30	84	11	97	45	3	3	46	1.39
230650--230731	30	2.7	30	83	9	105	47	4	4	42	1.46
230638--230731	30	3.1	30	82	10	95	45	4	4	45	1.42
230638--230731	31	3.2	30	78	15	90	45	4	4	45	1.42
230791--230839	20	2.4	21	84	15	68	24	4	0	71	1.03
234428--234453	4	6.5	4	100	0	52	26	0	0	73	0.84
236829--236874	21	2.2	21	100	0	92	19	17	32	30	1.95
237711--237761	19	2.7	19	90	0	84	29	25	21	23	1.99
239172--239213	21	2.0	21	100	0	84	66	4	28	0	1.12
241480--241504	12	2.1	12	100	0	50	28	16	32	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243523--243580	23	2.7	21	69	25	57	31	17	15	36	1.91
250643--250667	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
251106--251159	20	2.7	19	76	18	65	33	27	18	20	1.96
251209--251261	20	2.7	20	84	0	61	45	24	15	15	1.84
251270--251372	21	5.0	21	77	4	111	38	23	18	19	1.93
251270--251372	41	2.5	41	87	6	163	38	23	18	19	1.93
251270--251373	20	5.1	20	78	3	109	38	23	18	20	1.93
251646--251703	23	2.7	21	69	25	57	31	17	15	36	1.91
252674--252718	15	3.0	15	93	0	72	26	11	26	35	1.90
257912--257936	3	8.3	3	100	0	50	0	0	32	68	0.90
258376--258450	20	3.7	20	71	16	64	34	25	20	20	1.96
258485--258531	20	2.3	20	85	7	60	48	21	14	14	1.80
258540--258733	20	9.6	20	77	8	187	38	24	18	18	1.93
258540--258733	40	4.8	41	90	1	302	38	24	18	18	1.93
259292--259367	20	3.9	19	79	5	71	52	21	14	11	1.73
259335--259374	19	2.1	19	90	0	62	47	25	17	10	1.78
259403--259465	20	3.2	20	72	17	67	15	23	14	46	1.83
261156--261533	186	2.0	187	93	2	645	21	12	17	47	1.81
261156--261533	94	4.1	94	92	2	611	21	12	17	47	1.81
261621--261738	19	6.7	19	76	18	112	46	23	21	8	1.78
261621--261738	52	2.3	52	90	0	182	46	23	21	8	1.78
261670--261733	33	1.9	33	90	0	101	48	26	18	6	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
261745--261865	19	6.8	19	70	19	100	11	22	20	45	1.83
261769--261823	14	3.6	14	73	21	56	9	23	21	45	1.80
261748--261841	33	2.8	33	98	0	179	10	23	21	44	1.83
263728--263754	14	1.9	14	100	0	54	40	0	22	37	1.54
263730--263763	14	2.4	14	90	0	50	38	0	17	44	1.49
263869--263960	19	5.4	19	68	24	87	46	18	21	13	1.82
263869--263981	33	3.4	33	93	0	190	46	20	21	11	1.81
263991--264190	33	5.8	33	83	8	229	14	22	19	45	1.85
264068--264124	20	2.9	19	84	7	69	17	22	21	38	1.93
264116--264176	14	4.0	14	80	19	77	14	21	19	44	1.86
263989--264197	106	2.0	105	88	0	310	14	22	19	44	1.87
263991--264190	73	2.9	66	79	9	211	14	22	19	45	1.85
266619--266672	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
266619--266686	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
267532--267662	20	6.4	20	82	6	147	19	17	25	37	1.93
267531--267684	41	3.8	41	81	6	163	19	17	25	37	1.94
267532--267662	61	2.1	62	87	5	187	19	17	25	37	1.93
267671--267723	20	2.7	20	91	5	81	13	18	24	43	1.86
267691--267788	21	4.7	21	70	10	76	20	21	21	36	1.95
270284--270423	29	4.8	28	76	13	115	32	7	1	57	1.36
270276--270436	28	5.4	30	73	9	100	33	6	1	57	1.36
270282--270438	58	2.7	57	74	9	147	35	7	1	56	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
270423--270453	15	2.0	16	93	6	55	48	0	0	51	1.00
270462--270501	19	2.0	21	90	9	66	32	0	2	65	1.06
272086--272113	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
277881--277925	20	2.2	20	80	0	54	37	31	8	22	1.85
278621--278891	141	1.9	140	83	4	341	31	14	15	38	1.88
280255--280312	31	1.9	31	85	3	82	41	12	18	27	1.86
281492--281537	20	2.3	20	88	3	67	34	0	26	39	1.57
286068--286115	18	2.7	18	86	0	69	25	16	35	22	1.95
289717--289754	19	2.0	19	100	0	76	31	10	31	26	1.90
295244--295465	114	1.9	114	88	0	336	34	14	19	31	1.92
297972--298029	25	2.5	23	86	8	82	34	10	13	41	1.79
298704--299489	76	10.4	76	94	0	1373	24	18	22	34	1.96
299635--299709	18	4.2	18	80	14	93	44	0	0	56	0.99
299635--299709	36	2.1	37	85	11	104	44	0	0	56	0.99
299635--299698	3	21.3	3	78	12	69	42	0	0	57	0.98
301119--301436	115	2.8	115	91	2	503	40	8	6	44	1.61
306901--306956	24	2.3	25	87	3	78	50	10	8	30	1.68
307859--307898	21	1.9	22	85	10	57	25	5	10	60	1.49
309349--309446	24	3.8	25	79	17	96	42	5	0	52	1.23
309377--309466	27	3.4	28	79	16	77	40	4	0	55	1.20
309507--309568	25	2.5	24	84	5	79	56	0	4	38	1.21
309548--309640	31	2.9	33	76	12	104	54	3	5	36	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
327284--327342	25	2.3	26	83	11	70	50	1	6	40	1.39
328982--329068	7	12.4	7	80	13	99	26	1	71	1	1.00
329881--329967	29	3.1	27	76	12	79	44	6	9	39	1.63
330353--330399	24	2.0	24	87	8	69	40	19	6	34	1.77
335041--335080	21	1.9	21	85	10	55	25	0	35	40	1.56
335809--335846	20	1.9	20	88	0	58	13	26	36	23	1.91
344491--344554	34	1.9	33	90	3	101	42	25	6	26	1.78
344524--344570	24	2.0	24	87	8	69	38	23	6	31	1.80
345623--345651	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
346758--346804	18	2.7	18	90	3	69	34	6	29	29	1.82

Tables:   1   2   3   4