genome.fa.s8823.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008823.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111993_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1111368

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180733--180836	40	2.9	34	73	15	100	15	20	22	42	1.89
180754--180811	20	2.9	20	70	10	55	17	20	20	41	1.90
181110--181181	20	3.5	20	92	1	108	20	22	16	40	1.91
181910--181963	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
182138--182162	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
184454--184580	33	3.8	33	86	8	195	44	19	22	14	1.86
184455--184587	66	2.0	66	95	0	239	42	19	21	15	1.88
184595--184684	14	5.7	14	72	23	72	8	24	22	44	1.81
184580--184702	33	3.7	33	96	0	219	12	22	21	43	1.85
184609--184702	19	5.5	19	70	23	91	10	23	21	44	1.83
184809--184845	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
186202--186268	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
186542--186726	91	2.0	90	90	6	291	47	18	12	21	1.82
188411--188518	20	5.8	19	75	14	100	45	18	23	12	1.84
188411--188523	19	6.1	19	76	13	110	44	18	23	13	1.85
188519--188563	19	2.4	19	92	0	72	8	15	26	48	1.74
189135--189188	20	2.7	20	88	2	72	22	22	16	38	1.93
189178--189250	21	3.5	21	84	3	94	36	17	21	23	1.94
189114--189272	41	3.9	41	73	8	135	32	18	20	29	1.96
189499--189535	19	1.9	19	88	0	56	59	0	0	40	0.97
189509--189599	19	4.1	22	67	21	55	48	1	0	50	1.08
189505--189603	49	2.0	50	80	9	114	48	1	0	50	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189553--189722	88	1.9	86	81	9	200	45	0	4	50	1.23
189738--189828	30	3.3	27	77	19	89	52	2	0	45	1.13
189738--189828	28	3.2	28	78	17	91	52	2	0	45	1.13
189856--189899	22	2.0	23	86	4	63	54	0	0	45	0.99
189757--189905	32	5.1	30	67	24	97	51	1	0	46	1.14
189860--189916	21	2.6	22	81	10	64	52	0	0	47	1.00
189795--189916	52	2.3	51	77	18	133	50	0	0	47	1.12
190105--190224	42	2.9	41	86	4	161	50	17	14	18	1.79
196403--196519	60	2.0	60	82	3	146	42	3	20	33	1.69
197456--197485	15	2.1	14	93	6	51	40	3	0	56	1.16
202334--202371	8	4.8	8	96	0	67	42	0	57	0	0.98
202326--202379	8	7.0	8	87	6	58	46	1	51	0	1.11
202326--202379	6	9.3	6	80	6	58	46	1	51	0	1.11
203218--203251	18	1.9	17	88	5	50	23	35	17	23	1.95
206327--206364	20	1.9	20	89	10	60	26	26	21	26	1.99
211998--212072	20	3.7	20	77	15	64	26	5	1	66	1.21
212017--212073	10	5.6	10	76	12	53	26	5	1	66	1.22
213555--213598	21	2.0	22	86	4	63	47	0	4	47	1.22
215175--215223	3	16.7	3	83	12	66	65	0	2	32	1.04
215736--215769	17	2.0	17	100	0	68	23	23	5	47	1.73
215752--217285	113	13.4	113	86	6	1797	27	19	15	38	1.91
220358--220573	114	1.9	114	92	0	360	29	20	17	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222726--222802	9	8.1	9	75	16	66	0	12	5	81	0.84
225028--225077	12	3.9	12	75	14	55	60	8	10	22	1.55
225020--225075	27	2.1	27	93	0	94	62	7	10	19	1.50
225135--225176	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71
227686--227746	20	2.8	22	85	11	74	67	1	1	29	1.10
228995--229060	3	22.7	3	82	11	84	63	0	1	34	1.04
229210--229240	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
233162--233222	25	2.4	25	100	0	122	37	11	4	45	1.62
242161--242208	19	2.5	19	100	0	96	29	33	18	18	1.95
242651--242696	24	1.9	24	100	0	92	39	10	13	36	1.79
244450--245028	288	2.0	288	100	0	1158	31	23	11	34	1.90
246567--246603	18	2.1	18	94	0	65	27	18	0	54	1.44
246570--246612	18	2.5	18	81	7	54	30	20	0	48	1.50
254227--254280	20	2.6	22	85	8	69	31	14	29	24	1.95
254269--254444	95	1.9	95	82	2	219	32	15	23	28	1.95
255075--255530	68	6.8	67	85	3	562	32	13	23	29	1.93
255075--255530	204	2.3	200	87	4	632	32	13	23	29	1.93
255499--255826	81	4.1	81	87	0	442	38	11	22	28	1.88
255904--255995	45	2.1	44	83	6	114	51	7	21	19	1.72
258599--258628	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
267366--267439	25	3.0	25	79	0	76	28	21	20	29	1.98
271421--271543	51	2.4	52	85	5	153	36	15	22	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273136--273425	40	7.3	40	90	1	422	28	15	14	41	1.87
273177--273245	23	3.3	23	61	23	60	31	13	14	40	1.84
273136--273436	159	1.9	158	90	0	485	29	16	14	39	1.88
273144--273425	119	2.4	119	91	1	449	28	15	14	41	1.87
273826--273857	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
278695--278892	42	4.7	42	83	5	202	23	9	31	35	1.87
278703--278906	84	2.4	84	82	6	227	24	9	31	34	1.87
279352--279480	51	2.5	52	83	6	165	44	14	13	26	1.83
281929--281971	21	2.0	22	90	4	70	23	16	18	41	1.89
284087--284111	13	1.9	13	100	0	50	4	16	0	80	0.87
286412--286470	22	2.6	23	86	2	84	59	3	6	30	1.40
286599--286659	17	3.6	16	76	12	52	49	1	9	39	1.46
286594--286667	29	2.5	28	79	12	78	52	1	8	37	1.40
286758--286787	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
286947--286980	17	1.9	17	88	5	50	73	0	5	20	1.04
296587--296663	18	4.6	18	79	15	101	18	50	19	11	1.77
296610--296668	13	4.2	13	78	19	64	16	47	20	15	1.83
296591--296668	31	2.5	31	93	0	138	17	47	20	14	1.82
299094--299225	48	2.8	48	76	13	137	21	16	18	42	1.89
299111--299225	24	4.8	24	88	6	162	22	17	19	40	1.91
299162--299235	24	3.1	24	86	3	78	21	16	18	43	1.88
301399--301475	18	4.6	18	79	15	101	18	50	19	11	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
301422--301480	13	4.2	13	78	19	64	16	47	20	15	1.83
301403--301480	31	2.5	31	93	0	138	17	47	20	14	1.82
301457--301503	8	6.5	8	72	22	50	14	36	25	23	1.93
301457--301503	15	3.3	15	85	5	62	14	36	25	23	1.93
303902--304033	48	2.8	48	76	13	137	21	16	18	42	1.89
303919--304033	24	4.8	24	88	6	162	22	17	19	40	1.91
303970--304043	24	3.1	24	86	3	78	21	16	18	43	1.88
305508--305579	14	5.1	14	75	14	60	54	2	1	41	1.23
305506--305597	42	2.2	41	92	3	150	51	3	2	43	1.30
310968--311004	13	2.8	13	95	0	65	51	13	0	35	1.41
314277--314363	46	1.9	45	88	2	129	17	22	14	44	1.85
315213--315317	32	3.4	31	74	17	92	26	32	28	12	1.92
324178--324770	198	2.9	199	90	2	873	37	22	19	19	1.94
324885--325228	78	4.4	77	87	0	463	32	15	28	23	1.95
324901--325228	155	2.1	156	87	0	469	31	15	28	24	1.96
325920--326225	153	2.0	153	91	1	497	41	15	27	15	1.87
325917--326278	153	2.3	154	87	4	496	41	15	27	15	1.87
332559--332618	27	2.2	27	82	5	77	55	3	0	41	1.16
339939--339971	12	2.8	12	95	0	57	36	9	27	27	1.87
340110--340172	33	1.9	33	96	0	117	6	23	22	47	1.74
346218--346264	24	2.0	24	86	0	67	36	25	19	19	1.95
346271--346339	23	3.0	23	86	0	102	33	26	23	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
365619--365739	25	5.0	25	73	8	81	24	17	22	35	1.95
371000--371282	138	2.1	137	83	2	352	42	17	13	27	1.86
378852--378916	22	3.0	22	95	0	112	26	20	12	41	1.87
380991--381048	25	2.4	25	85	5	75	17	20	25	36	1.94
380940--381073	71	1.9	71	83	6	173	23	21	22	32	1.98
382789--382839	23	2.2	23	89	0	75	35	19	23	21	1.96
396879--397397	239	2.2	237	85	3	704	33	14	19	32	1.92
397181--397565	177	2.2	177	84	2	506	31	16	20	32	1.94
396957--397805	415	2.0	417	86	1	1166	31	15	19	33	1.93
397416--400010	473	5.5	473	85	5	3089	32	15	17	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6