genome.fa.s8823.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008823.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111993_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1111368

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
586924--586964	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
587107--587295	97	1.9	97	90	0	297	39	23	13	23	1.91
587107--587297	49	3.9	49	88	1	285	39	23	13	23	1.90
592494--592520	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
592760--592785	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
598836--598936	31	3.3	31	67	10	80	31	13	28	25	1.94
603844--604026	59	3.1	59	76	7	237	34	10	24	30	1.90
604665--604820	31	5.0	31	90	4	244	38	22	18	20	1.93
605626--605690	23	2.9	22	90	4	103	18	20	35	26	1.95
606291--606404	36	3.0	36	86	9	165	32	26	18	22	1.97
606288--606404	39	3.1	39	90	7	186	32	26	17	23	1.97
609024--609233	75	2.8	75	85	3	251	23	31	23	20	1.98
617885--618090	74	2.7	75	83	3	245	24	30	23	21	1.99
621969--622090	40	3.0	40	100	0	244	32	27	17	22	1.96
623503--623627	31	4.0	31	95	2	216	38	23	19	19	1.93
624251--624391	64	2.2	64	83	5	178	27	19	19	34	1.96
624930--624979	3	16.7	3	95	0	91	64	0	34	2	1.05
627592--627732	31	4.5	31	97	0	264	40	21	19	18	1.92
629084--629118	3	11.7	3	93	0	61	62	0	34	2	1.10
629697--629730	17	1.9	18	88	5	52	38	8	17	35	1.81
631750--631811	2	31.0	2	90	0	61	50	11	0	38	1.39
647360--647407	20	2.4	20	86	6	62	41	12	4	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
647609--647651	20	2.2	20	86	0	59	32	13	11	41	1.81
649648--649721	30	2.5	30	88	0	112	33	16	14	35	1.89
657693--657833	44	3.2	44	76	7	144	51	3	17	26	1.61
660451--660702	43	5.8	44	76	9	214	49	6	17	26	1.72
683490--683535	16	2.9	16	100	0	92	52	13	15	19	1.75
687668--687717	24	2.1	24	84	0	64	40	22	18	20	1.92
687708--687798	23	4.0	23	81	1	103	34	24	20	20	1.97
688493--688532	21	2.0	20	90	5	62	27	27	2	42	1.68
691262--691301	21	2.0	20	90	5	62	27	27	2	42	1.68
693599--693657	8	7.4	8	81	7	57	33	1	22	42	1.63
694977--695017	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
710953--711009	26	2.2	25	85	11	80	73	8	15	1	1.16
710952--710995	12	3.5	12	76	11	52	75	6	15	2	1.12
710954--711007	24	2.2	26	87	12	78	74	9	14	1	1.15
710954--711019	26	2.6	25	84	11	66	74	9	15	1	1.14
712184--712223	16	2.5	16	87	0	62	47	27	2	22	1.64
712603--713020	103	4.0	105	85	3	511	32	16	9	41	1.81
713381--713617	129	1.8	130	89	0	377	29	15	12	43	1.83
713812--713876	28	2.3	28	89	0	103	27	15	13	43	1.85
713905--714380	135	3.6	133	82	5	575	27	30	18	23	1.97
719259--719329	33	2.2	33	100	0	142	28	18	36	16	1.93
719492--719562	33	2.2	33	100	0	142	28	18	36	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
719220--719690	233	2.0	234	98	1	917	28	17	30	23	1.97
726579--726639	16	3.7	16	91	6	95	21	47	19	11	1.81
726641--726807	29	5.7	30	85	4	200	35	4	19	39	1.73
726641--726809	87	2.0	86	87	1	248	36	4	19	39	1.73
733918--733973	29	1.9	29	85	0	76	19	28	26	25	1.99
733991--734152	59	2.8	57	86	7	220	37	4	17	40	1.70
733991--734152	87	1.9	87	85	7	231	37	4	17	40	1.70
733991--734152	29	5.5	29	82	12	188	37	4	17	40	1.70
735088--735172	31	2.7	31	72	7	82	20	27	25	27	1.99
736256--736323	25	2.7	26	95	4	129	30	11	2	54	1.51
738525--738559	18	1.9	18	94	0	61	28	28	11	31	1.92
740592--740621	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
742880--742935	21	2.7	21	94	0	94	51	5	12	30	1.61
744881--744966	23	3.7	23	77	11	102	32	20	24	22	1.98
751398--751459	22	2.8	22	82	0	61	35	6	4	53	1.48
752037--752097	24	2.6	24	94	2	106	47	9	8	34	1.66
761266--761325	18	3.4	18	74	2	68	23	6	11	58	1.57
768914--769123	65	3.2	65	81	9	243	26	18	23	30	1.98
776945--777002	28	2.1	28	93	0	98	34	20	22	22	1.97
776981--777190	65	3.2	64	78	7	210	26	18	22	32	1.97
782054--782096	20	2.2	20	95	0	77	25	13	37	23	1.92
782060--782103	20	2.2	20	87	0	61	29	18	31	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
782583--782953	52	7.0	51	86	4	402	35	13	23	26	1.92
782523--782953	103	4.0	105	83	7	492	35	13	23	27	1.93
782583--782953	155	2.3	159	83	6	457	35	13	23	26	1.92
788004--788056	22	2.6	20	82	11	63	35	15	24	24	1.94
789181--789555	52	6.8	60	82	9	235	35	13	22	28	1.93
789247--789555	52	5.8	52	87	4	377	34	14	23	27	1.93
789183--789555	104	3.4	105	84	6	419	35	13	23	27	1.93
795675--795736	24	2.5	24	94	2	106	29	8	16	46	1.75
798192--798239	2	24.0	2	95	0	87	50	2	0	47	1.12
799881--799915	11	3.2	11	87	0	52	31	0	0	68	0.90
800530--800750	4	54.2	4	68	16	55	19	6	1	72	1.14
800530--800657	9	14.2	9	69	24	51	19	3	0	75	1.00
800513--800598	44	2.0	45	88	9	133	25	2	1	70	1.06
800540--800618	26	3.2	23	77	16	79	21	2	1	74	1.01
800543--800655	49	2.3	48	82	10	133	19	4	0	75	1.03
800543--800616	13	5.9	13	71	17	50	22	2	1	72	1.04
800533--800656	20	6.2	19	72	17	74	18	4	0	76	0.99
803792--803860	11	5.9	11	82	15	77	79	2	15	1	0.92
803792--803832	10	3.9	10	90	9	64	80	2	17	0	0.82
803792--803859	21	3.0	21	78	19	73	79	2	16	1	0.93
803805--803861	27	2.2	24	88	11	87	82	1	14	1	0.83
803797--803867	13	6.0	12	86	13	87	80	1	16	1	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803920--804052	69	1.9	69	93	0	230	36	23	14	25	1.92
804439--804493	25	2.2	25	90	0	92	29	21	25	23	1.99
805010--805122	32	3.5	32	82	3	129	30	12	19	38	1.88
806852--806884	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
806851--807018	52	3.2	52	80	12	191	33	2	0	63	1.12
806943--807067	6	19.7	6	71	19	58	21	2	0	75	0.97
806953--807033	32	2.7	30	75	17	80	28	1	1	69	1.04
806864--807060	46	4.1	47	75	11	143	28	3	1	67	1.12
806939--807039	15	6.6	16	65	19	54	24	0	0	73	0.96
814414--814515	30	3.4	30	78	1	98	15	12	13	57	1.65
814882--814918	5	7.4	5	93	0	56	13	0	5	81	0.86
819490--819522	15	2.3	15	89	5	50	33	0	39	27	1.57
819644--819683	16	2.5	16	84	11	55	50	27	2	20	1.61
820297--820470	67	2.6	68	83	8	214	31	11	13	43	1.80
820294--820496	67	3.1	64	76	15	191	31	12	12	42	1.81
820462--820530	30	2.3	30	80	5	77	31	18	5	43	1.74
820724--820842	48	2.5	48	97	0	220	21	30	20	27	1.98
820772--821153	131	2.9	131	81	4	396	23	32	18	25	1.97
820620--820973	179	2.0	179	84	1	458	23	31	19	25	1.98
823279--823323	20	2.6	16	80	19	54	22	20	11	46	1.81
824734--824799	23	2.9	23	86	4	80	18	24	24	33	1.97
825448--825555	30	3.6	30	79	1	110	16	12	12	58	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825480--825567	30	3.0	29	78	5	95	18	13	13	54	1.71
826867--826915	26	1.9	26	83	4	64	38	12	2	46	1.53
828508--828596	28	3.1	28	66	23	76	37	2	24	35	1.68
828496--828608	58	1.9	58	89	3	174	35	2	26	35	1.71
834786--834811	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
838460--838512	20	2.5	20	81	6	61	67	7	13	11	1.40
846760--846842	30	2.8	30	80	10	98	13	7	15	63	1.49
846881--846959	29	2.7	30	72	9	81	25	11	6	56	1.57
846939--847004	30	2.2	30	80	0	78	16	9	10	63	1.50
858508--858546	18	2.2	17	95	4	69	76	0	12	10	1.01

Tables:   1   2   3   4   5   6