genome.fa.s8845.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008845.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112052_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  591764

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 264 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7841--7910	34	2.1	34	97	0	131	41	15	15	27	1.88
15819--15870	16	2.7	20	72	27	58	23	19	0	57	1.40
16487--17231	382	2.0	382	95	1	1334	36	20	8	34	1.83
42557--42590	11	3.0	11	91	4	50	26	2	0	70	1.01
43001--43038	18	2.1	18	100	0	76	65	10	5	18	1.41
46078--46235	81	1.9	81	98	1	307	49	10	17	23	1.76
47695--47742	22	2.2	22	88	7	71	50	2	6	41	1.39
49094--49149	28	2.0	28	100	0	112	21	21	21	35	1.96
49750--49803	25	2.2	25	83	6	65	66	0	5	27	1.13
50832--50883	21	2.5	20	75	12	52	28	1	1	67	1.12
54780--54844	13	5.0	13	80	0	58	29	16	13	40	1.88
54780--54838	26	2.3	26	75	0	64	30	16	15	37	1.90
56632--56681	22	2.3	22	89	3	75	44	8	0	48	1.32
61349--61893	54	10.1	54	90	1	790	37	17	12	31	1.88
66769--67318	54	10.2	54	87	0	697	35	17	14	33	1.89
69589--69709	61	2.0	60	93	1	206	34	19	7	38	1.79
70162--70207	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
73440--73477	18	2.1	18	85	9	51	28	13	34	23	1.92
74145--74205	2	31.0	2	90	3	97	45	0	3	50	1.17
74389--74426	19	2.0	20	89	5	60	44	26	0	28	1.54
78358--78408	23	2.3	22	86	3	66	50	1	0	47	1.12
78459--78661	103	2.0	103	86	0	280	29	23	14	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79577--79684	26	4.2	26	85	1	155	33	28	13	24	1.94
91337--91652	78	4.1	78	83	4	372	27	22	11	38	1.89
92060--92125	22	3.2	20	77	10	62	28	27	12	31	1.92
93923--94284	44	8.2	44	84	0	456	45	11	19	23	1.84
98103--98137	16	2.1	16	89	5	52	28	5	11	54	1.59
98084--98137	17	3.2	16	77	12	54	29	3	12	53	1.56
99461--99491	12	2.6	12	100	0	62	77	12	0	9	0.99
108088--108265	88	2.0	89	95	3	324	30	21	5	42	1.76
108399--108698	80	3.7	81	86	3	428	29	20	11	39	1.87
108699--108973	68	4.0	68	89	0	406	33	25	13	28	1.93
109707--109892	96	2.0	96	86	2	268	24	22	15	37	1.93
113716--113757	21	2.0	22	85	4	59	30	26	0	42	1.55
113883--114039	81	1.9	81	90	0	251	28	22	12	36	1.91
113972--114379	68	6.0	68	89	1	559	30	24	14	30	1.94
113972--114379	134	3.0	134	89	1	546	30	24	14	30	1.94
113972--114368	202	2.0	203	88	1	598	30	24	14	30	1.94
114581--114727	59	2.6	55	79	11	147	37	17	10	34	1.84
115093--115309	95	2.3	94	83	7	262	24	21	17	36	1.95
119272--119546	89	3.1	88	81	7	317	36	10	21	32	1.87
119398--119465	20	3.2	20	65	27	50	39	5	20	33	1.77
119272--119546	44	6.2	45	83	4	308	36	10	21	32	1.87
129881--129924	13	3.4	13	78	12	54	31	18	18	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129873--129924	26	2.0	26	84	0	68	34	17	19	28	1.94
130693--130796	45	2.3	45	91	0	163	35	8	26	28	1.86
132657--132711	17	3.2	17	72	23	51	27	5	12	54	1.60
132771--133106	45	7.4	45	82	3	408	34	10	24	30	1.88
132771--132837	22	3.0	23	68	12	66	31	10	25	32	1.89
139780--140096	45	7.0	45	83	1	384	35	9	23	30	1.87
145168--145192	13	1.9	13	100	0	50	0	12	0	88	0.53
155430--155475	20	2.3	20	88	3	67	41	19	0	39	1.52
156632--156703	30	2.4	30	81	11	85	36	12	6	44	1.69
159885--160137	117	2.2	117	83	5	307	35	20	16	27	1.94
160128--160228	45	2.3	45	82	1	123	39	20	11	27	1.88
174175--174252	34	2.3	35	84	6	97	43	16	11	28	1.83
174207--174252	17	2.8	16	83	6	56	45	19	6	28	1.75
176820--176852	16	2.1	16	100	0	66	21	12	30	36	1.90
178951--179012	21	3.2	18	75	20	54	25	38	12	22	1.90
179736--179863	67	1.9	67	88	0	193	32	24	14	28	1.94
180954--181060	29	3.8	28	78	9	101	52	2	8	36	1.46
181012--181180	29	6.1	28	73	16	104	56	5	4	33	1.44
181091--181135	23	2.0	23	90	0	72	57	4	2	35	1.31
181062--181159	52	1.9	51	87	2	142	59	7	2	31	1.36
185751--185803	25	2.1	25	89	0	79	41	1	15	41	1.57
203140--203251	24	4.7	24	88	0	143	25	19	20	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205344--205395	22	2.3	23	80	12	63	25	1	25	48	1.62
206116--206169	27	2.1	24	86	10	72	40	7	20	31	1.80
207236--207323	24	3.6	25	87	6	119	25	17	18	39	1.91
207222--207323	48	2.1	48	87	3	143	24	16	19	39	1.92
216302--216353	9	6.1	9	76	13	56	63	1	0	34	1.06
216299--216351	16	3.2	17	84	10	65	66	1	0	32	1.03
216305--216354	17	3.0	17	91	2	75	60	4	0	36	1.16
216398--216437	10	4.0	10	90	0	62	37	0	32	30	1.58
218974--219097	21	6.0	21	74	2	72	29	21	17	31	1.96
219130--219179	18	2.6	20	81	15	61	32	20	16	32	1.94
222495--222553	19	3.4	18	73	22	63	47	16	20	15	1.83
222921--223008	21	4.3	21	69	9	65	23	22	29	23	1.99
223417--223549	19	6.8	19	80	4	140	48	21	19	11	1.80
223417--223546	39	3.3	38	86	5	170	48	20	19	11	1.79
223556--223639	33	2.5	33	84	0	105	10	19	21	48	1.78
223577--223664	19	4.8	19	72	16	78	11	21	17	50	1.77
223759--223957	93	2.1	93	90	6	323	48	19	12	19	1.80
223930--223981	27	2.0	25	88	7	77	48	21	7	23	1.75
223833--224056	116	1.9	117	84	11	300	47	19	11	21	1.80
225722--225794	20	3.7	20	73	12	71	49	19	19	12	1.79
225795--225860	20	3.7	19	69	21	61	12	22	21	43	1.85
226127--226201	27	2.8	27	97	0	141	20	9	36	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226242--226301	8	8.2	8	78	12	51	23	1	33	41	1.64
226474--226839	20	18.3	20	97	1	671	20	19	24	35	1.96
226845--226975	20	6.4	21	73	5	97	35	18	21	24	1.95
226845--226959	41	2.8	41	82	1	142	36	19	20	24	1.95
227196--227474	57	4.9	57	90	0	450	31	20	12	35	1.90
234024--234295	56	4.9	57	86	6	387	33	19	11	36	1.87
241046--241095	26	1.9	26	95	0	91	28	24	20	28	1.99
241623--241698	39	1.9	39	100	0	152	48	19	10	21	1.78
244088--244127	21	1.9	21	84	0	53	67	10	12	10	1.42
251586--251942	59	6.1	59	85	5	485	34	19	11	34	1.88
251537--251942	116	3.5	116	82	6	491	34	18	12	34	1.88
251537--251942	59	7.0	59	82	8	474	34	18	12	34	1.88
257981--258399	58	7.2	59	86	3	519	35	18	12	33	1.89
257981--258399	117	3.6	116	84	4	513	35	18	12	33	1.89
258730--258785	22	2.7	20	81	10	67	33	30	7	28	1.84
258920--258956	19	1.9	19	100	0	74	32	18	16	32	1.93
261139--261186	23	2.1	23	84	7	62	25	22	18	33	1.97
267144--267187	23	1.9	23	90	0	70	22	15	22	38	1.92
268594--268659	20	3.3	20	89	0	105	27	21	31	19	1.97
268693--268740	21	2.3	21	92	0	78	18	18	41	20	1.90
269501--269677	44	4.0	44	87	0	246	24	22	11	42	1.86
276421--276723	107	2.8	104	83	5	329	36	16	13	33	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276412--276727	53	5.9	54	82	4	345	37	16	13	32	1.88
276434--276727	160	1.8	161	85	3	414	36	16	13	32	1.88
283306--283592	54	5.3	54	84	2	353	36	17	12	33	1.88
284845--285059	44	4.9	44	78	4	236	26	21	12	39	1.89
284845--285059	88	2.4	88	85	1	297	26	21	12	39	1.89
293457--293677	44	5.0	44	85	2	282	26	22	10	40	1.87
296783--296832	22	2.3	21	83	10	57	18	10	6	66	1.42
301837--301867	15	2.1	15	93	0	53	22	6	22	48	1.73
303561--303653	41	2.3	42	87	5	129	41	13	18	25	1.88
303573--303667	41	2.3	41	85	3	111	38	18	15	26	1.91

Tables:   1   2   3