genome.fa.s885.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000885.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001728_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1639497

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6100--6140	21	2.0	21	100	0	82	9	29	36	24	1.87
8330--8368	15	2.6	15	100	0	78	33	7	25	33	1.84
8472--8581	23	4.8	23	82	2	114	17	23	24	34	1.96
8472--8581	46	2.4	46	81	3	132	17	23	24	34	1.96
15317--15354	16	2.4	16	86	8	51	36	2	23	36	1.69
15902--15940	19	2.1	19	100	0	78	30	5	20	43	1.73
17668--17757	6	15.0	6	96	0	72	50	4	1	44	1.29
17688--17757	2	35.0	2	100	0	140	50	0	0	50	1.00
18251--18289	21	1.9	21	84	5	53	61	0	2	35	1.10
24546--24594	20	2.5	20	100	0	98	18	14	26	40	1.89
40459--40511	20	3.1	17	73	24	56	33	16	24	24	1.96
41175--41268	23	4.1	23	81	0	116	15	18	27	38	1.91
41167--41276	46	2.4	46	84	6	143	15	20	26	37	1.93
41257--41313	24	2.4	24	90	0	87	17	19	24	38	1.93
48953--48986	16	2.1	16	100	0	68	26	29	0	44	1.55
54698--54801	31	3.4	31	86	0	118	36	1	11	50	1.50
56735--56857	59	2.1	59	83	8	153	33	21	7	37	1.82
56921--56981	25	2.5	24	73	21	65	47	9	4	37	1.58
56981--57020	21	2.0	20	85	5	53	32	7	12	47	1.69
58094--58142	23	2.1	23	81	7	55	32	14	16	36	1.89
57826--58748	226	4.1	226	90	1	1417	36	14	16	32	1.89
59164--59190	14	1.9	14	100	0	54	7	0	37	55	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71293--71363	20	3.6	20	92	1	117	38	11	5	45	1.64
72853--72890	3	13.0	3	94	5	69	65	0	0	34	0.93
73362--73623	138	1.9	138	85	4	368	40	16	13	28	1.87
75068--75964	200	4.5	200	86	4	1184	32	14	12	40	1.83
75922--75961	20	2.1	20	86	9	57	27	17	5	50	1.67
82060--82479	233	1.8	233	87	3	639	36	19	7	35	1.81
89452--89506	27	1.9	29	85	10	78	38	0	1	60	1.08
89455--89515	27	2.3	26	81	13	70	39	0	1	59	1.08
90280--90318	19	2.0	19	85	5	51	56	15	5	23	1.59
90351--90524	42	4.1	42	93	1	278	52	18	4	24	1.64
91163--91542	190	2.0	190	99	0	751	40	16	11	30	1.84
92770--92849	40	2.1	37	88	6	115	23	15	8	52	1.70
93080--93121	2	21.0	2	85	0	57	57	0	0	42	0.99
93275--93362	39	2.3	39	93	0	149	31	23	21	22	1.98
96694--96828	65	2.0	67	92	7	229	30	11	22	35	1.90
100131--100171	20	2.0	20	90	0	64	34	24	7	34	1.83
101085--101123	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
99240--101123	960	2.0	958	87	1	2741	31	22	18	27	1.97
101332--101414	27	3.1	27	85	3	114	40	1	14	43	1.53
103530--104088	104	5.2	103	76	12	461	53	11	3	31	1.55
107380--107419	19	2.1	19	85	0	53	55	2	0	42	1.13
108264--108320	3	19.3	3	96	3	107	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108782--108816	18	1.9	18	94	0	61	42	5	14	37	1.69
108866--108934	35	2.0	35	94	0	120	33	15	14	36	1.89
111183--111272	21	4.3	21	76	0	72	22	17	21	38	1.93
111261--111348	23	3.8	23	89	5	133	19	20	26	34	1.96
115503--115565	21	3.0	21	73	0	72	25	19	23	31	1.98
115503--115587	42	2.0	42	86	0	116	25	16	23	34	1.95
115503--115629	42	3.0	42	81	6	105	26	14	23	35	1.93
117901--117941	22	1.9	21	95	5	73	34	14	19	31	1.92
118284--118436	56	2.8	56	89	5	222	37	6	15	39	1.74
118300--118458	55	2.9	55	84	4	160	35	6	16	40	1.75
118588--119325	81	9.1	81	87	0	1026	34	10	22	31	1.88
125030--125076	23	2.0	24	91	4	78	36	23	25	14	1.93
125152--125202	21	2.4	21	83	0	66	35	19	17	27	1.94
125548--125583	13	2.8	13	86	0	54	50	11	2	36	1.53
129070--129147	23	3.1	23	81	10	66	38	28	16	16	1.91
129192--129248	21	2.7	21	80	0	69	40	17	14	28	1.88
129588--129623	13	2.8	13	95	0	63	52	11	0	36	1.37
133112--133189	23	3.1	23	81	10	66	38	28	16	16	1.91
133234--133290	21	2.7	21	80	0	69	40	17	14	28	1.88
133629--133664	13	2.8	13	95	0	63	52	11	0	36	1.37
135842--135903	22	2.9	21	81	9	63	29	12	27	30	1.93
136239--136377	56	2.5	54	86	4	197	38	9	14	38	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136530--137264	81	9.1	81	89	0	1056	34	11	23	30	1.90
139294--139323	13	2.3	13	94	0	51	23	13	16	46	1.82
139473--139548	35	2.2	34	83	6	98	42	13	9	35	1.76
139675--139746	35	2.1	35	89	0	108	38	13	9	37	1.78
139769--139803	15	2.2	16	95	5	63	74	0	8	17	1.06
142039--142103	34	1.9	34	90	6	105	30	16	9	43	1.80
144131--144187	21	2.7	21	86	0	69	29	19	21	29	1.97
146193--146239	21	2.2	21	84	0	58	27	25	14	31	1.95
177091--177135	21	2.1	21	88	8	65	75	0	17	6	1.01
177414--177442	13	2.3	13	94	5	51	86	0	0	13	0.58
185254--185299	19	2.4	19	82	7	58	58	15	6	19	1.58
186515--186573	23	2.6	23	97	0	109	6	16	8	67	1.38
186492--186563	23	3.2	21	84	11	90	5	16	8	69	1.33
189386--189422	19	1.9	19	88	0	56	27	0	18	54	1.44
189822--189902	31	2.6	32	80	4	83	28	18	25	27	1.98
189853--189916	31	2.1	30	85	8	85	18	20	28	32	1.96
192685--192752	27	2.6	27	90	2	102	33	5	23	36	1.79
194238--194288	21	2.4	21	93	0	84	41	9	17	31	1.82
194666--194718	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
194762--194790	2	14.5	2	100	0	58	0	0	48	51	1.00
195085--195179	31	3.0	31	87	1	109	22	22	23	32	1.98
195128--195191	31	2.1	30	85	8	85	18	20	28	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197960--198027	27	2.6	27	92	2	111	35	4	25	35	1.76
199504--199554	21	2.4	21	93	0	84	41	9	17	31	1.82
199996--200078	2	41.5	2	100	0	166	0	0	49	50	1.00
200373--200465	32	2.9	32	75	9	93	24	22	21	31	1.98
200373--200467	31	3.0	31	82	1	91	24	22	21	32	1.98
203362--203437	29	2.6	30	80	2	82	56	11	10	21	1.64
204571--204751	64	2.8	64	83	0	209	28	16	24	29	1.97
204699--204737	19	2.1	19	95	0	69	25	15	38	20	1.92
204592--204751	65	2.5	64	85	1	203	29	15	24	30	1.96
204593--204799	65	3.2	63	80	11	179	28	16	23	30	1.96
211199--211238	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
213165--213345	64	2.8	63	80	6	193	29	16	24	29	1.97
213293--213331	19	2.1	19	95	0	69	25	15	38	20	1.92
213186--213345	65	2.5	65	84	3	207	30	15	24	30	1.96
223536--223575	14	2.9	14	88	0	62	17	10	10	62	1.53
232183--232252	21	3.3	22	86	6	99	18	1	20	60	1.45
232183--232252	11	6.5	11	88	6	99	18	1	20	60	1.45
232183--232259	32	2.4	32	82	6	95	16	1	22	59	1.44
233693--233737	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
234596--234720	31	4.0	31	90	2	189	20	20	22	36	1.95
235375--235461	44	2.0	44	97	2	167	16	18	37	27	1.92
237592--237636	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238483--238604	31	4.0	31	85	5	153	20	18	23	36	1.95
240814--240883	21	3.3	22	86	6	99	18	1	20	60	1.45
240814--240883	11	6.5	11	88	6	99	18	1	20	60	1.45
240814--240890	32	2.4	32	82	6	95	16	1	22	59	1.44
242194--242296	33	3.1	33	73	14	86	37	4	11	45	1.62
244643--244677	17	2.1	17	89	10	54	37	17	25	20	1.94
245948--246021	24	3.1	24	88	0	103	35	29	14	20	1.93
250416--251350	201	4.7	200	83	3	1093	33	18	20	28	1.96
250394--251349	400	2.4	394	83	3	1182	33	18	20	28	1.96
252107--252160	18	3.4	17	70	29	55	46	5	7	40	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7