genome.fa.s885.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000885.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001728_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1639497

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  4  of  7  ( 787 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742130--742184	24	2.3	24	87	0	74	54	16	12	16	1.71
742145--742191	24	2.0	24	86	0	67	53	19	12	14	1.73
744386--744432	23	2.0	23	100	0	94	31	17	12	38	1.87
744959--745113	44	3.5	44	82	10	190	38	7	23	30	1.82
748058--748097	21	1.9	21	85	10	55	32	12	20	35	1.90
750914--750948	15	2.2	16	90	5	54	25	0	20	54	1.45
752468--752578	29	3.8	29	91	5	179	20	9	20	48	1.78
752472--752600	59	2.2	58	84	4	161	23	9	19	48	1.77
753441--753465	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
755048--755098	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
754942--755100	65	2.5	65	86	3	205	27	16	25	30	1.97
755478--755557	31	2.6	31	91	0	124	31	35	2	31	1.71
763650--763700	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
763545--763702	65	2.5	64	87	2	210	27	16	25	30	1.97
769620--769649	13	2.3	13	100	0	60	16	46	23	13	1.82
769657--769797	29	4.8	29	88	1	201	22	9	22	45	1.81
769686--769818	59	2.3	58	84	1	158	22	8	24	44	1.80
769657--769818	88	1.9	87	84	1	216	23	8	23	45	1.79
772134--772181	23	2.1	23	88	0	69	37	8	16	37	1.79
772729--773078	112	3.1	112	89	3	510	26	14	15	44	1.84
773465--774226	209	3.6	208	89	2	1123	46	23	8	21	1.78
775064--775109	15	3.0	15	87	9	58	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
775071--775105	18	2.0	17	94	5	61	45	0	0	54	0.99
785116--785165	21	2.4	21	86	0	73	26	28	28	18	1.98
794370--794588	54	4.1	53	85	3	294	35	13	24	27	1.92
794952--795011	22	2.8	22	87	2	86	35	11	13	40	1.81
795677--795854	44	4.0	44	82	2	212	28	23	17	30	1.97
795809--796424	116	5.3	115	90	2	932	31	20	20	27	1.98
796687--796722	3	12.0	3	87	0	54	38	0	0	61	0.96
796675--796722	24	2.1	24	88	11	75	37	0	0	62	0.95
796689--796739	21	2.5	21	84	9	61	49	0	0	50	1.00
805876--805938	32	2.0	32	96	3	119	42	25	9	22	1.83
810491--810635	54	2.7	54	91	2	229	33	12	19	35	1.89
810845--811167	135	2.4	136	92	1	540	29	14	25	30	1.95
810845--811167	68	4.8	68	91	0	522	29	14	25	30	1.95
811117--811439	81	4.0	81	89	2	454	37	12	23	26	1.90
815588--815681	45	2.1	46	97	2	181	45	14	23	15	1.84
815842--815898	19	3.0	18	76	19	62	28	12	24	35	1.91
815843--815901	20	3.0	20	75	20	70	28	11	23	35	1.91
816102--816151	20	2.5	20	87	12	68	46	12	4	38	1.60
816518--816585	20	3.4	19	78	15	75	30	11	23	33	1.91
816681--816871	92	2.0	97	93	6	338	40	14	17	27	1.89
816890--816928	20	2.0	20	85	10	53	46	17	5	30	1.70
817500--817559	20	3.0	20	72	15	61	38	10	16	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817701--817733	17	2.0	16	94	5	57	36	9	18	36	1.82
833064--833089	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
841624--841671	13	3.7	13	94	0	87	27	20	18	33	1.96
841650--841815	85	2.0	85	95	0	296	29	21	18	30	1.97
843919--843959	20	2.0	20	85	0	55	46	24	0	29	1.53
846017--846269	49	5.2	49	78	0	272	34	12	22	29	1.91
846025--846269	98	2.5	98	83	1	312	34	12	23	29	1.92
846008--846272	147	1.8	146	81	2	334	36	12	22	28	1.90
847134--847171	17	2.0	20	85	14	55	36	15	2	44	1.61
848563--848608	24	2.0	23	83	12	58	30	26	13	30	1.93
851662--851711	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
852196--852225	11	2.7	11	100	0	60	20	53	10	16	1.71
852983--853027	22	2.1	21	87	4	63	46	35	2	15	1.58
853332--853359	13	2.2	13	100	0	56	50	0	14	35	1.43
855267--855443	90	2.0	89	89	1	273	37	10	6	44	1.66
855728--855766	18	2.2	18	90	0	60	35	20	17	25	1.95
857635--857661	13	2.1	13	100	0	54	51	14	0	33	1.43
858092--858129	18	2.1	18	95	0	67	34	23	13	28	1.92
860790--860841	25	2.1	25	100	0	104	44	7	7	40	1.62
861845--861893	23	2.1	23	81	7	55	28	4	2	65	1.22
868822--868865	22	2.0	22	82	4	54	31	0	15	52	1.44
868910--869047	60	2.3	60	83	5	172	31	20	5	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875018--887252	4	3084.8	4	82	3	10920	48	8	26	16	1.75
887202--887336	4	33.8	4	89	3	146	51	17	24	7	1.70
894336--894384	23	2.1	23	81	7	55	28	4	2	65	1.22
894935--894984	22	2.3	22	83	10	59	78	6	10	6	1.10
908463--908760	49	6.1	49	76	2	276	36	12	20	31	1.89
908463--908777	98	3.2	98	84	1	400	36	12	20	30	1.90
912379--912405	13	2.1	13	100	0	54	51	14	0	33	1.43
914619--914668	24	2.1	24	81	7	57	46	14	6	34	1.69
916450--916498	23	2.1	23	81	7	55	28	4	2	65	1.22
918125--918171	18	2.6	18	74	12	51	29	6	6	57	1.49
923714--923745	8	4.0	8	91	0	55	46	15	25	12	1.81
927943--927974	8	4.0	8	91	0	55	46	15	25	12	1.81
930025--930067	22	2.0	22	81	9	52	44	4	4	46	1.45
930296--930391	49	2.0	49	91	0	156	32	20	2	44	1.63
930340--930525	60	3.1	58	77	9	176	31	20	4	43	1.73
930998--931069	32	2.2	33	83	13	89	11	13	26	48	1.76
933915--934030	56	2.1	56	87	6	164	19	33	16	30	1.94
945457--945675	76	2.9	74	83	9	268	57	11	1	29	1.44
947489--947529	15	2.9	15	82	10	50	7	26	0	65	1.18
950498--950525	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
951039--951312	133	2.1	134	87	0	406	25	10	14	49	1.74
952383--952440	22	2.6	22	94	0	98	27	17	22	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
955342--955382	15	2.9	15	82	10	50	7	31	0	60	1.24
955843--955882	21	2.0	20	95	5	71	40	10	20	30	1.85
958197--958470	133	2.1	134	86	0	379	25	8	14	50	1.71
959536--959593	22	2.6	22	88	0	80	25	17	20	36	1.94
962165--962207	19	2.3	19	91	0	68	25	20	4	48	1.69
966343--966372	13	2.3	13	94	0	51	10	23	0	66	1.21
966904--966955	21	2.5	21	93	0	95	30	19	28	21	1.97
970083--970181	39	2.6	38	85	6	137	40	10	6	43	1.63
970113--970369	92	2.7	95	80	8	274	42	10	7	39	1.68
970300--970447	39	3.9	39	75	18	127	45	12	7	34	1.71
970859--970948	37	2.4	37	85	3	119	37	10	6	45	1.64
970977--971055	39	2.0	39	85	9	108	46	8	3	40	1.53
970884--971136	97	2.6	96	79	9	266	43	10	7	38	1.67
971071--971225	39	3.9	39	78	9	154	47	10	7	33	1.67
971112--971372	137	1.9	137	79	7	289	45	11	8	33	1.71
971405--971699	58	5.2	56	74	13	230	40	12	9	36	1.77
971610--971781	91	1.9	91	86	4	249	39	15	8	37	1.77
971939--972165	45	5.1	45	75	7	210	37	16	10	35	1.83
971949--972191	45	5.4	44	76	6	177	38	17	11	32	1.85
973987--974033	23	2.0	23	100	0	94	25	17	8	48	1.74
977571--977622	13	4.0	13	87	0	77	32	17	23	26	1.96
982441--982669	45	5.1	45	89	0	316	39	15	22	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
985106--985339	45	5.2	45	90	0	326	39	14	22	23	1.91
988857--989074	55	3.9	55	80	6	233	34	16	16	32	1.91
988857--989074	112	2.0	111	82	3	269	34	16	16	32	1.91
990822--990863	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
1002908--1002988	2	42.0	2	90	7	132	49	1	0	49	1.08
1003687--1003737	21	2.4	21	87	6	68	35	5	0	58	1.22
1006662--1006692	15	2.1	15	100	0	62	32	25	6	35	1.82
1009749--1009794	23	2.0	23	91	0	74	23	34	23	17	1.96
1009922--1009964	21	2.0	21	100	0	86	46	4	34	13	1.65
1010327--1010378	26	2.0	26	100	0	104	30	7	26	34	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7