genome.fa.s8855.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008855.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112072_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1316246

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1927--1984	25	2.3	25	84	0	71	56	0	1	41	1.09
3675--3722	14	3.6	14	77	5	55	77	0	0	22	0.78
6571--6634	18	3.5	18	83	12	69	70	0	4	25	1.06
6590--6634	3	14.7	3	82	13	56	71	0	2	26	0.98
6583--6634	9	5.9	8	82	14	50	73	0	1	25	0.94
6593--6670	15	5.4	15	73	17	60	71	1	6	20	1.15
7893--8147	37	6.9	38	72	12	156	43	6	2	46	1.44
7907--8045	72	1.9	73	84	11	187	43	8	2	45	1.49
7984--8327	176	2.0	175	83	10	434	44	6	3	45	1.47
8176--8395	38	6.0	38	82	9	260	44	7	3	44	1.48
8014--8287	138	2.0	141	82	7	346	43	6	3	45	1.47
9014--9497	259	1.9	258	82	4	607	26	21	19	32	1.97
9351--9752	169	2.4	168	83	7	517	23	19	21	35	1.96
9351--9752	86	4.7	85	84	6	510	23	19	21	35	1.96
15139--15216	17	4.5	17	75	19	56	71	0	5	23	1.05
15151--15275	8	16.2	8	71	19	63	73	1	4	20	1.10
15169--15307	15	9.6	14	74	12	95	74	2	4	18	1.08
15156--15222	23	3.0	22	85	14	84	74	0	2	22	0.95
15169--15282	53	2.2	52	81	7	133	74	1	4	19	1.07
16480--17085	37	16.4	37	77	13	474	42	7	3	46	1.50
16480--17055	38	15.6	38	77	14	434	42	6	3	47	1.47
16979--17116	72	1.9	72	81	8	165	46	8	5	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26109--26171	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
33734--33850	58	2.0	58	94	0	207	48	13	9	28	1.73
40198--40252	21	2.6	21	91	0	83	18	18	23	40	1.91
51056--51128	21	3.4	20	72	20	67	20	17	27	34	1.95
58396--58428	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
58732--58782	21	2.4	21	93	0	84	27	21	11	39	1.88
59288--59361	22	3.5	22	72	20	84	24	32	16	27	1.96
59248--59370	42	3.0	41	90	5	187	25	31	13	29	1.94
59287--59348	20	3.1	19	67	24	54	25	33	12	27	1.93
60138--60256	36	3.3	36	83	5	150	32	19	8	39	1.82
60138--60256	37	3.2	37	84	5	152	32	19	8	39	1.82
60637--61321	137	5.0	137	85	0	868	27	28	15	27	1.96
64990--65100	58	1.9	59	81	9	138	62	0	8	28	1.30
65250--65292	18	2.4	18	88	7	61	72	0	2	25	0.97
66708--66942	123	1.9	123	82	1	292	26	14	20	38	1.91
74380--74503	5	23.4	5	72	21	76	75	0	4	18	1.02
74372--74487	11	10.5	10	73	16	79	77	0	5	16	0.99
74338--74498	45	3.8	42	79	9	141	73	1	5	19	1.10
74551--74593	18	2.4	18	88	7	61	69	0	9	20	1.15
76704--76746	22	2.0	22	90	0	68	27	13	20	37	1.91
79568--79644	3	25.7	3	91	0	127	62	0	3	33	1.14
79961--80853	113	7.9	113	96	0	1554	28	18	14	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81702--82068	82	4.5	82	96	1	680	35	22	13	27	1.92
81702--82068	165	2.2	165	97	0	689	35	22	13	27	1.92
82838--82901	16	3.8	16	81	6	65	54	6	6	32	1.50
83210--83270	9	6.9	9	75	22	58	1	16	0	81	0.76
83207--83277	17	4.0	18	83	7	83	1	15	0	83	0.73
83208--83278	29	2.5	28	84	11	99	1	16	0	81	0.76
96052--96162	3	36.7	3	88	1	168	62	0	3	34	1.13
107574--107633	20	2.9	20	90	5	84	23	35	25	16	1.95
122653--122747	24	4.2	24	71	20	87	51	3	6	38	1.43
122669--122925	39	6.7	39	78	10	271	46	3	8	40	1.52
122673--122925	111	2.2	112	82	10	307	46	3	8	41	1.52
122863--122923	18	3.0	21	71	28	60	45	3	8	42	1.50
122878--122911	16	2.2	16	89	5	52	47	0	8	44	1.34
122878--122916	16	2.5	15	87	4	51	46	2	7	43	1.46
122949--123006	29	1.9	29	86	6	80	39	3	1	55	1.27
127750--127831	21	3.7	22	78	13	80	23	23	30	23	1.99
127750--127831	22	3.7	23	82	9	91	23	23	30	23	1.99
127750--127837	23	4.0	22	80	10	90	22	23	28	25	1.99
131681--131922	117	2.1	117	80	9	269	29	14	8	47	1.72
134096--134130	18	1.9	18	88	0	52	8	14	5	71	1.29
136692--136748	24	2.4	24	84	0	69	42	29	12	15	1.84
137599--137706	13	8.6	12	70	11	65	0	20	8	71	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137642--137705	24	2.6	25	85	9	87	0	18	7	73	1.07
137655--137688	17	2.1	16	88	5	50	0	20	2	76	0.92
137645--137704	12	4.9	12	76	13	52	0	20	8	71	1.11
137627--137699	36	2.0	38	83	5	96	0	19	8	72	1.09
139574--139635	32	1.9	32	90	0	97	35	25	9	29	1.88
141316--141544	30	7.9	29	78	8	211	62	9	12	16	1.54
142150--142182	2	17.0	2	87	6	50	54	0	45	0	0.99
142148--142182	15	2.4	15	95	4	63	54	0	45	0	0.99
142152--142182	13	2.5	13	94	5	55	54	0	45	0	0.99
143067--143095	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
144046--144121	35	2.2	35	92	0	125	39	23	1	35	1.63
144518--144765	130	1.9	130	94	0	433	36	15	12	35	1.85
144532--144796	130	2.0	129	82	4	318	40	13	12	33	1.83
145086--145148	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
145226--145258	16	1.9	18	88	11	52	63	6	3	27	1.32
151278--151484	21	10.0	21	72	13	151	23	20	21	34	1.96
151303--151484	42	4.4	41	88	1	258	23	19	21	35	1.96
151948--151992	21	2.1	22	84	12	58	60	6	4	28	1.42
152363--152558	21	9.4	21	73	14	147	37	26	17	19	1.93
152338--152560	42	5.4	42	87	2	306	39	24	16	19	1.92
160049--160134	38	2.3	38	100	0	172	23	37	12	26	1.91
162572--162621	20	2.3	21	86	10	66	42	4	2	52	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162715--162768	28	1.9	28	88	0	81	33	12	16	37	1.87
166182--166289	37	2.9	37	90	0	180	42	12	11	33	1.79
166839--166863	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
166851--166944	40	2.6	34	76	20	93	28	3	3	64	1.24
166881--166954	38	1.9	39	83	8	98	27	2	2	67	1.17
166890--166962	38	2.0	37	81	10	87	26	2	2	68	1.16
166909--167016	54	2.1	51	80	13	123	19	2	1	75	1.01
172531--172573	21	2.0	21	90	4	68	11	34	9	44	1.73
172930--172988	26	2.3	26	93	0	100	44	13	11	30	1.80
173591--173646	23	2.4	23	100	0	112	39	19	14	26	1.90
175792--175823	16	2.0	16	93	0	55	25	12	9	53	1.68
179275--179308	18	1.9	17	88	5	50	44	14	5	35	1.70
180890--181126	101	2.3	103	82	5	282	33	21	18	26	1.96
181424--181462	13	2.9	13	92	3	60	41	0	2	56	1.13
181587--181649	28	2.2	28	94	0	117	31	30	19	19	1.96
182330--182392	29	2.2	28	83	8	74	73	7	19	0	1.08
195485--195512	12	2.3	12	100	0	56	42	0	0	57	0.99
196680--196783	52	2.0	52	98	0	199	37	6	34	21	1.80
196962--196993	14	2.3	14	94	0	55	12	18	25	43	1.85
197125--197207	38	2.2	38	97	0	157	14	39	3	42	1.63
197945--197990	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
209705--209750	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219105--219152	21	2.4	19	82	6	60	70	6	0	22	1.09
219809--219916	3	36.0	3	100	0	216	0	66	0	33	0.92
225294--225355	30	2.2	27	82	8	70	59	1	1	37	1.17
226022--226052	13	2.4	13	94	0	53	25	0	9	64	1.24
226165--226206	20	2.1	20	100	0	84	35	9	19	35	1.84
227829--227894	27	2.4	28	82	7	82	31	0	21	46	1.51
228746--229064	131	2.4	131	84	5	387	41	16	9	33	1.80
229942--230013	2	37.5	2	74	13	62	38	1	0	59	1.06
229962--230057	17	5.8	17	70	20	62	29	2	0	68	1.01
229931--230194	4	66.0	4	71	17	63	25	6	0	68	1.15

Tables:   1   2   3   4   5