genome.fa.s8855.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008855.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112072_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1316246

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
478889--478921	16	2.1	16	88	11	50	15	9	0	75	1.03
479622--479669	24	2.0	25	83	4	62	50	12	25	12	1.75
482341--482370	15	2.1	15	93	6	53	76	3	20	0	0.92
490940--490982	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
493668--493709	19	2.2	19	100	0	84	14	21	23	40	1.90
496546--496592	24	1.9	25	83	12	62	70	2	8	19	1.24
498294--498332	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
499404--499464	31	2.0	31	81	12	72	37	29	0	32	1.58
503002--503051	21	2.4	21	76	3	57	50	20	6	24	1.70
504398--504443	22	2.1	22	95	0	83	26	10	26	36	1.89
512711--512744	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
513470--513515	24	1.9	24	91	8	76	39	13	13	34	1.83
530405--530458	27	2.0	27	96	0	99	27	14	27	29	1.95
560554--560593	21	1.9	21	89	0	62	37	17	17	27	1.92
566138--566259	40	3.0	40	96	0	226	23	15	27	33	1.95
566864--566934	22	3.2	22	76	4	63	21	23	15	39	1.91
567838--567876	17	2.4	16	95	4	69	30	0	17	51	1.46
575959--575991	13	2.6	13	90	4	50	54	0	0	45	0.99
575960--576054	22	4.2	23	71	11	63	54	2	1	42	1.19
579719--579860	56	2.6	56	85	5	173	26	25	15	32	1.95
579909--580029	41	2.9	41	79	3	127	33	22	20	23	1.97
579907--583982	214	19.1	214	90	2	6130	31	19	15	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
580958--581081	42	3.0	39	74	9	104	26	23	23	26	2.00
580644--583982	641	5.2	641	91	2	5279	31	19	15	32	1.94
582276--582369	42	2.3	41	76	7	100	30	21	23	24	1.99
583123--583232	42	2.6	42	74	14	102	30	20	23	24	1.98
579907--583982	855	4.8	853	92	1	6369	31	19	15	32	1.94
583550--583650	42	2.4	41	78	3	112	29	21	22	25	1.99
583742--583865	42	3.0	40	78	4	131	28	22	21	27	1.99
583986--584191	34	5.9	34	86	3	261	21	20	21	35	1.96
589838--589902	21	3.1	21	88	0	94	18	15	20	46	1.84
600194--600234	21	2.0	21	90	0	64	36	21	7	34	1.82
601959--602128	44	3.9	44	92	0	286	25	21	12	40	1.88
605889--606065	44	4.0	44	86	2	230	28	19	10	40	1.85
612866--612901	6	6.2	6	90	3	56	0	30	38	30	1.58
632325--632654	56	5.9	56	90	1	455	35	17	10	36	1.84
632325--632656	114	2.9	113	87	2	445	35	18	10	36	1.84
632676--632721	17	2.6	18	82	10	58	45	8	4	41	1.55
633342--633397	20	2.6	22	80	11	71	21	25	16	37	1.93
639580--640014	56	7.7	56	88	4	617	34	17	10	37	1.85
642216--642921	135	5.3	135	82	1	785	30	23	16	30	1.96
643087--643119	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
652946--653308	131	2.8	130	83	2	467	33	11	15	40	1.82
656562--656608	18	2.6	18	80	6	51	51	12	2	34	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
666874--666903	14	2.1	14	93	0	51	26	30	13	30	1.94
671052--671077	11	2.4	11	100	0	52	38	7	0	53	1.30
671080--671148	35	1.9	35	82	8	86	43	1	2	52	1.25
676191--676244	25	2.2	24	84	12	74	29	29	9	31	1.88
679083--679135	20	2.7	20	90	0	88	39	16	18	24	1.91
679770--679818	21	2.3	21	85	0	71	24	12	26	36	1.91
679784--679893	21	5.0	21	74	16	82	23	20	26	30	1.98
679812--679894	23	3.7	22	76	17	82	20	21	26	31	1.98
681707--681741	18	1.9	18	88	0	52	25	8	48	17	1.75
685914--685956	22	2.0	22	90	9	70	25	9	37	27	1.87
685908--685962	22	2.7	19	79	17	65	25	9	34	30	1.87
694484--694517	12	2.8	12	90	0	50	20	11	0	67	1.21
694821--694869	25	1.9	26	84	12	66	14	8	10	67	1.42
698757--698901	61	2.3	62	84	5	184	27	13	29	28	1.94
703284--703412	44	2.9	44	77	2	134	30	23	13	33	1.92
708833--708866	17	2.0	17	100	0	68	41	29	0	29	1.57
711037--711647	197	3.3	191	81	9	667	32	15	12	39	1.86
713340--713413	20	3.7	20	75	12	71	20	14	17	47	1.83
714828--714884	26	2.1	27	93	3	98	26	10	8	54	1.63
714873--714932	29	2.1	29	100	0	120	28	16	6	48	1.71
715559--715590	4	8.0	4	100	0	64	25	0	0	75	0.81
719635--719701	25	2.7	25	92	0	116	52	25	14	7	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
739292--739457	90	1.9	89	93	1	287	36	10	7	45	1.67
746066--746229	90	1.8	89	93	1	283	35	10	6	47	1.64
755776--755840	13	5.0	13	82	0	67	30	20	13	35	1.91
755786--755840	26	2.1	26	89	0	83	32	20	10	36	1.87
759571--759638	25	2.8	24	75	4	82	5	27	13	52	1.63
760863--760928	20	3.3	20	95	0	114	46	4	24	24	1.71
761240--761556	45	7.3	44	77	9	276	40	14	17	27	1.88
761265--761535	87	3.1	86	85	5	307	40	14	15	29	1.87
761240--761556	132	2.4	132	82	6	362	40	14	17	27	1.88
775654--775762	4	29.5	4	79	14	76	1	16	0	81	0.77
775677--775770	1	94.0	1	74	0	80	0	12	0	87	0.55
775661--775770	33	3.3	33	86	6	141	1	14	0	83	0.73
775682--775770	28	3.2	28	90	7	137	0	13	0	86	0.57
779856--779886	16	1.9	16	93	0	53	70	6	3	19	1.22
781915--781963	25	2.0	25	87	0	71	6	30	6	57	1.48
781928--781975	25	2.0	25	83	4	62	8	25	6	60	1.49
782676--782728	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
788685--788717	15	2.2	15	94	0	57	78	6	6	9	1.08
788523--788958	216	2.0	217	99	0	865	44	14	13	27	1.83
788901--788933	15	2.2	15	94	0	57	78	6	6	9	1.08
789049--789091	13	3.2	13	76	3	50	58	11	4	25	1.52
793993--794025	11	3.0	11	100	0	66	54	0	9	36	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794195--794238	13	3.5	13	84	12	65	40	9	29	20	1.83
798952--799057	46	2.3	46	81	3	115	32	3	6	57	1.42
800580--800675	41	2.3	41	78	5	104	34	19	16	29	1.94
800718--800762	23	2.0	23	100	0	90	57	13	6	22	1.59
800765--800903	42	3.3	41	81	3	170	27	19	17	35	1.95
803734--803904	43	4.0	43	85	1	209	41	16	17	23	1.90
803734--803916	86	2.1	86	83	0	231	40	18	17	23	1.90
806481--806525	22	2.0	23	86	4	65	31	0	28	40	1.57
806664--806698	14	2.5	14	85	0	52	25	0	22	51	1.48
806631--806696	21	3.2	19	72	18	53	24	3	24	48	1.65
806752--806816	28	2.3	27	79	10	67	38	0	15	46	1.46
810765--810814	23	2.1	23	85	3	64	40	4	6	50	1.46
811755--811787	16	2.1	17	88	11	52	36	0	6	57	1.23
812155--812310	77	2.0	77	95	4	280	42	9	14	33	1.78
815051--815475	104	3.9	106	78	11	405	24	18	16	39	1.91
829086--829137	24	2.2	25	82	6	63	75	11	9	3	1.18
829872--829946	36	2.1	36	85	9	100	48	1	4	46	1.29
830092--830129	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
833398--833472	25	3.0	25	88	2	105	44	6	13	36	1.70
835173--835245	35	2.1	35	100	0	146	36	27	16	19	1.93
838194--838281	28	3.1	28	73	15	81	42	1	3	53	1.25
839179--839219	21	2.0	21	90	0	64	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846354--846409	17	3.3	18	80	11	66	25	12	5	57	1.56
846641--846722	36	2.3	36	80	0	92	24	20	23	31	1.98
854434--854555	51	2.4	50	74	15	124	21	10	10	57	1.62
856151--856265	12	9.3	12	68	16	65	32	0	63	3	1.17
856161--856226	25	2.6	26	85	9	91	34	1	60	3	1.21
856187--856248	22	2.7	23	73	14	56	35	0	58	6	1.24
858567--858596	6	5.2	6	92	8	53	0	16	36	46	1.47
858567--858596	11	2.6	12	94	5	53	0	16	36	46	1.47
858660--858707	23	2.1	23	88	0	69	29	16	12	41	1.85
858723--858770	24	2.0	23	84	4	60	18	16	25	39	1.91

Tables:   1   2   3   4   5