genome.fa.s8857.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008857.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112079_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  530231

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 345 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200990--201032	20	2.2	20	86	0	59	34	16	13	34	1.88
210775--210817	20	2.2	20	86	0	59	34	16	13	34	1.88
212396--212546	64	2.4	63	87	5	207	29	19	17	33	1.95
217599--217696	21	4.4	22	73	10	83	28	23	21	26	1.99
217611--217700	24	3.9	24	73	19	93	27	23	22	26	1.99
217599--217722	45	2.8	43	80	13	137	28	25	20	25	1.99
218355--218393	20	2.0	20	90	10	62	25	30	20	23	1.98
218399--218550	64	2.4	64	89	6	229	27	21	17	33	1.96
218399--218573	65	2.7	64	77	19	179	26	22	18	32	1.97
218613--218668	21	2.7	21	91	0	94	26	26	17	28	1.98
220221--220279	17	3.4	18	79	11	52	5	37	1	55	1.32
221796--221835	19	2.1	19	95	0	71	32	17	15	35	1.91
227856--227899	18	2.4	19	84	3	63	70	4	0	25	1.06
229824--229857	13	2.4	15	90	9	54	32	0	2	64	1.08
230174--230202	14	2.1	14	93	6	51	37	6	0	55	1.27
231172--231241	32	2.2	32	89	0	104	28	32	0	38	1.57
233754--233920	78	2.1	79	83	3	239	37	4	2	55	1.34
233778--233849	32	2.2	34	82	5	85	40	4	2	52	1.35
236504--236548	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
237129--237163	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
237220--237263	22	2.0	22	86	4	63	45	0	22	31	1.53
238041--238344	149	2.0	149	98	0	590	27	16	20	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238323--238367	23	2.0	23	81	0	54	20	22	28	28	1.98
250381--250454	32	2.4	31	80	8	96	24	16	4	55	1.58
250393--250458	32	2.0	33	91	2	107	24	13	4	57	1.55
251884--252732	422	2.0	422	99	0	1671	31	7	17	43	1.77
253849--253899	22	2.3	22	83	6	59	45	7	3	43	1.51
253841--253887	22	2.1	22	100	0	94	38	8	4	48	1.53
254894--255375	228	2.1	225	93	3	817	44	8	7	40	1.63
255654--255700	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
255442--255914	181	2.6	182	88	1	671	43	14	16	26	1.86
255835--255881	20	2.4	19	79	10	58	55	10	14	19	1.68
255844--255886	20	2.3	20	88	11	65	53	11	13	20	1.71
258086--258137	20	2.5	20	78	3	59	38	13	32	15	1.86
260032--260080	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
260189--261147	199	4.8	199	95	1	1737	36	15	16	31	1.89
260189--261147	396	2.4	397	95	1	1726	36	15	16	31	1.89
262599--262660	18	3.4	18	79	0	79	37	9	35	17	1.83
262599--262690	6	15.3	6	79	0	67	36	7	34	20	1.81
262614--262694	3	27.0	3	75	0	72	35	6	34	23	1.80
262602--262678	36	2.1	36	90	0	118	35	9	35	20	1.85
262602--262690	12	7.4	12	84	0	88	35	7	34	21	1.82
262599--262690	18	5.1	18	77	0	76	36	7	34	20	1.81
265839--265903	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266247--266319	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
267034--267115	38	2.2	37	84	6	110	48	19	13	18	1.80
267537--267609	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
268559--268588	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
269246--269316	31	2.3	31	95	0	124	28	22	19	29	1.98
270751--270801	21	2.6	19	75	9	50	49	0	5	45	1.26
275071--275095	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
275765--275790	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
278810--278859	20	2.6	19	81	6	55	58	4	14	24	1.53
287147--287186	21	1.9	21	85	10	55	45	0	5	50	1.23
288005--288038	16	2.0	18	88	11	54	44	5	0	50	1.26
289741--289787	20	2.5	20	82	6	53	53	4	8	34	1.51
291444--291508	20	3.2	21	71	6	62	35	20	20	24	1.96
292745--292789	14	2.9	16	74	12	58	51	15	0	33	1.44
293145--293179	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
293537--293607	6	11.8	6	92	0	115	4	16	61	16	1.49
293535--293607	18	4.1	18	96	0	128	5	16	61	16	1.52
300039--300076	19	2.0	19	100	0	76	57	15	0	26	1.38
300041--300084	19	2.3	19	88	0	61	59	13	4	22	1.53
300783--300829	19	2.4	20	82	7	60	27	27	17	27	1.97
300842--300891	17	2.7	18	84	15	66	22	18	34	26	1.96
300922--300972	20	2.5	20	83	0	66	37	19	25	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300961--301054	20	4.7	20	80	7	100	34	24	18	23	1.96
301437--301601	19	9.1	19	74	15	134	12	23	20	44	1.85
301442--301576	33	3.9	33	87	5	153	11	23	22	42	1.85
301489--301576	33	2.6	33	96	1	158	11	27	22	38	1.88
303731--303879	21	7.1	21	62	10	54	22	37	18	21	1.94
303704--303842	42	3.3	42	82	0	197	20	38	19	21	1.94
303676--303851	84	2.1	84	98	0	343	21	37	17	23	1.94
303676--303879	42	4.9	41	73	9	160	21	36	18	23	1.95
305223--305258	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
305365--305418	20	2.8	20	91	2	92	46	18	20	14	1.84
305427--305552	33	3.9	32	85	10	184	15	23	19	42	1.89
305405--305572	65	2.4	71	82	12	240	18	22	20	39	1.93
307821--307845	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
308020--308064	23	2.0	23	90	0	72	35	22	17	24	1.95
308856--308975	33	3.7	33	82	7	129	48	16	22	12	1.80
308975--309089	33	3.5	34	83	5	137	12	19	22	46	1.83
309006--309065	19	3.4	18	69	21	56	13	18	18	50	1.78
309542--309611	20	3.5	20	96	1	124	32	25	24	17	1.96
309637--309701	19	3.7	19	86	13	95	13	21	18	46	1.84
309707--309745	20	2.0	20	94	0	69	12	10	30	46	1.75
311106--311155	19	2.5	20	96	3	93	32	28	24	16	1.96
311181--311245	19	3.7	19	86	13	95	13	21	18	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311251--311289	20	2.0	20	94	0	69	12	10	30	46	1.75
313259--313326	20	3.5	20	81	2	75	39	23	22	14	1.91
313315--313372	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
313299--313377	32	2.4	33	95	2	142	46	22	18	11	1.81
313406--313463	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
313389--313474	32	2.6	33	94	3	156	11	18	20	48	1.79
313464--313507	20	2.2	20	84	4	54	22	22	15	38	1.92
313994--314038	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
315363--315410	20	2.4	20	86	6	62	37	27	14	20	1.92
315673--315716	22	2.0	22	90	0	70	18	13	45	22	1.84
315884--316018	20	6.7	20	80	7	121	24	17	24	33	1.96
315884--316021	61	2.3	61	85	0	195	23	17	23	34	1.96
315884--316039	61	2.6	61	81	4	163	23	18	23	34	1.96
316395--316462	31	2.2	31	83	0	82	26	10	11	51	1.70
316409--316471	31	2.0	31	84	0	81	23	14	12	49	1.78
316635--316712	31	2.5	31	80	0	84	24	8	15	51	1.72
317530--317607	31	2.5	31	91	0	120	51	19	11	17	1.76
320451--320496	15	3.1	15	73	14	51	76	0	8	15	1.02
321694--321772	2	41.0	2	90	7	128	51	1	0	46	1.08
322536--322771	85	2.9	80	85	3	283	25	18	23	31	1.97
322779--322880	36	2.8	36	81	3	114	38	12	21	27	1.90
323128--323769	110	5.9	110	91	2	1008	24	16	23	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
323128--323769	219	2.9	218	91	3	1006	24	16	23	35	1.95
324789--324859	35	2.0	35	97	0	133	38	11	15	35	1.83
324691--324956	130	2.0	133	87	7	382	34	16	14	34	1.89
327301--327482	90	2.0	91	97	2	348	19	27	19	33	1.96
329786--329818	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
338021--338076	21	2.7	21	97	0	103	21	26	26	25	1.99
338179--338266	45	1.9	46	90	2	142	29	19	23	27	1.98
338987--339143	64	2.4	65	79	6	178	28	19	20	31	1.97
341608--341668	13	4.8	13	78	17	58	45	1	1	50	1.21
341602--341669	2	35.5	2	82	8	79	47	2	1	48	1.26

Tables:   1   2   3