genome.fa.s886.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000886.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00001731_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  974096

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16--71	28	2.0	28	86	6	78	7	10	0	82	0.85
9574--9611	18	2.1	18	90	0	58	31	36	10	21	1.87
11938--11966	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
13802--13848	3	16.3	3	79	16	55	65	0	0	34	0.93
14128--14171	22	2.0	22	86	0	61	27	11	20	40	1.86
14795--14858	7	9.3	7	75	14	62	0	15	3	81	0.82
14793--14852	12	5.2	11	77	16	59	0	16	3	80	0.85
14806--14844	15	2.6	15	83	0	51	0	12	5	82	0.83
14788--14865	34	2.3	34	88	4	122	0	17	5	76	0.96
19139--19185	3	16.3	3	79	16	55	63	0	0	36	0.94
19139--19185	14	3.6	14	83	16	66	63	0	0	36	0.94
19727--19761	18	1.9	18	94	0	61	74	0	0	25	0.82
20509--20555	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
29646--29714	26	2.6	26	93	2	111	26	5	15	52	1.66
35041--35083	12	3.6	12	83	0	59	30	4	27	37	1.77
37722--37749	13	2.2	13	100	0	56	25	7	14	53	1.66
38789--39063	105	2.6	106	84	6	349	23	20	15	40	1.90
39072--39098	13	2.1	13	100	0	54	33	37	0	29	1.58
40083--40137	23	2.3	24	81	6	67	7	14	0	78	0.96
43090--43193	51	2.0	51	100	0	208	49	19	0	31	1.49
46550--46603	13	4.2	13	71	23	51	3	29	0	66	1.09
48217--48278	31	2.0	32	87	3	90	32	9	19	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50079--50112	5	6.8	5	100	0	68	82	0	17	0	0.67
57745--57864	40	3.0	40	97	0	222	52	24	6	16	1.67
63259--63483	103	2.2	101	78	6	220	29	22	16	31	1.96
70484--70790	67	4.6	67	87	2	415	27	16	15	40	1.89
70645--70754	30	3.4	30	68	20	96	29	17	14	39	1.89
70667--70790	37	3.5	37	68	18	102	26	17	17	37	1.92
70484--70847	131	2.8	130	81	6	322	28	16	15	39	1.89
70734--71036	102	3.0	101	85	6	380	32	18	13	36	1.89
86369--86436	21	3.3	21	73	21	63	39	1	1	57	1.17
86369--86435	3	22.0	3	73	3	53	40	1	1	56	1.17
90245--90356	56	2.0	56	100	0	224	41	10	21	26	1.86
93496--93529	14	2.3	15	90	10	52	79	0	17	2	0.86
93503--93529	14	1.9	14	100	0	54	81	0	18	0	0.69
97212--97286	23	3.3	23	66	27	61	30	10	5	53	1.58
97211--97306	45	2.2	43	94	3	165	31	9	4	55	1.51
97239--97314	20	3.5	20	68	26	57	32	6	3	56	1.43
100571--100645	22	3.5	22	82	10	93	38	13	20	28	1.90
104735--104765	16	1.9	16	93	0	53	48	19	12	19	1.81
105225--105259	18	1.9	18	88	0	52	20	31	31	17	1.95
108858--108887	9	3.3	9	100	0	60	36	0	0	63	0.95
115137--115189	20	2.5	21	84	9	72	35	20	16	26	1.94
116257--116332	28	2.8	28	69	20	70	51	0	7	40	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116674--116713	18	2.3	18	86	4	55	70	2	2	25	1.13
119459--119491	10	3.1	11	86	8	50	63	0	0	36	0.95
121439--121478	21	1.9	21	84	0	53	15	7	15	62	1.53
121614--121662	23	2.1	23	85	7	64	30	2	6	61	1.32
125010--125065	29	1.9	29	85	0	76	35	16	5	42	1.70
126224--126308	30	2.9	28	74	10	71	45	4	15	34	1.67
127015--127064	23	2.2	23	96	0	91	42	8	18	32	1.79
129794--129904	39	2.8	39	91	2	179	33	22	25	18	1.97
130609--130645	18	2.1	18	94	0	65	29	18	27	24	1.98
138819--138866	1	48.0	1	85	0	51	0	4	6	89	0.58
138819--138866	11	4.6	11	75	15	57	0	4	6	89	0.58
138819--138867	19	2.6	19	90	0	71	0	4	8	87	0.65
140221--140332	31	3.5	31	74	13	109	36	22	17	23	1.95
140226--140350	66	1.9	66	89	0	196	35	24	17	22	1.95
140242--140346	31	3.3	31	73	19	97	35	25	17	21	1.95
144061--144113	14	3.7	15	77	7	56	30	22	20	26	1.98
148166--148222	30	1.9	30	85	0	78	38	15	5	40	1.70
149821--149875	21	2.7	20	94	5	101	27	14	14	43	1.84
150127--150170	17	2.5	17	81	7	52	29	0	0	70	0.88
162990--163029	21	2.0	21	85	5	55	30	20	20	30	1.97
164570--164600	11	2.7	11	95	5	53	22	0	25	51	1.48
174576--174654	24	3.3	24	85	0	113	25	15	22	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184427--184533	40	2.7	39	78	5	108	32	19	11	36	1.87
184750--184810	32	1.9	32	87	12	90	16	8	32	42	1.78
187367--187399	16	2.1	16	94	0	57	30	6	15	48	1.69
192681--192853	90	1.9	88	91	2	283	37	11	5	45	1.65
196500--196529	15	1.9	16	93	6	53	43	3	13	40	1.60
197086--197165	42	1.9	41	87	7	117	25	22	21	31	1.98
196558--197648	255	4.2	256	82	6	1246	31	16	17	34	1.92
196558--197648	513	2.1	512	82	6	1334	31	16	17	34	1.92
198045--198123	36	2.2	36	97	0	149	43	20	15	21	1.88
199945--199971	14	1.9	14	100	0	54	37	3	0	59	1.15
201827--201933	46	2.3	47	86	1	153	24	22	10	42	1.84
203383--203539	55	2.8	55	86	1	197	34	13	21	31	1.92
203811--203996	67	2.8	68	85	4	259	32	13	22	31	1.93
203946--204244	81	3.7	81	88	0	418	38	14	21	26	1.91
208921--209061	55	2.7	52	82	10	162	32	13	19	34	1.90
209328--209651	68	4.8	68	85	4	406	32	14	23	29	1.95
209614--209997	81	4.7	81	87	2	486	39	12	21	26	1.88
216816--217090	20	12.0	24	64	23	94	20	24	10	44	1.82
216876--217152	20	12.6	20	75	17	230	20	27	10	42	1.84
216816--216954	46	3.0	46	92	1	224	21	23	10	44	1.82
216875--217020	66	2.2	66	93	0	256	21	27	9	41	1.84
216941--217165	46	5.0	46	84	6	327	19	26	10	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216828--217062	112	2.1	113	91	0	382	20	25	10	42	1.84
216987--217165	66	2.7	66	70	6	182	19	26	10	43	1.83
216816--217132	158	2.0	159	91	0	519	20	25	10	44	1.82
216828--217132	112	2.7	111	85	6	368	20	25	10	43	1.83
237871--237946	22	3.5	22	94	0	134	10	31	15	42	1.81
242665--242708	20	2.2	20	95	0	79	25	13	27	34	1.93
242671--242720	20	2.5	20	90	0	73	30	18	22	30	1.97
253515--253552	18	2.0	20	90	10	62	34	10	10	44	1.73
257224--257253	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
261986--262029	16	2.8	16	96	0	79	34	15	11	38	1.84
263630--264020	202	2.0	190	83	5	485	24	18	13	43	1.85
266235--266288	27	2.0	27	92	7	92	46	27	7	18	1.76
266236--266312	27	2.9	27	81	11	86	45	28	7	18	1.77
269790--269836	2	23.5	2	91	0	76	4	0	46	48	1.21
274622--274674	15	3.5	15	86	0	79	13	66	13	7	1.45
284901--284931	16	1.9	16	93	0	53	22	6	29	41	1.78
285565--285696	64	2.0	65	89	4	205	35	7	23	33	1.83
286497--286547	20	2.5	20	90	3	75	27	21	19	31	1.97
286393--286680	140	2.1	139	93	0	486	32	15	18	34	1.92
286638--286819	20	9.1	20	86	0	220	28	19	19	32	1.96
286638--286819	60	3.0	59	83	3	247	28	19	19	32	1.96
290267--290312	12	3.9	12	82	5	67	60	0	8	30	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
292103--292152	26	1.9	26	87	0	73	28	12	14	46	1.79
295185--295922	375	2.0	374	86	2	1043	32	23	14	29	1.94
296598--296622	8	3.1	8	100	0	50	52	12	12	24	1.72
300141--301248	373	3.0	373	87	3	1515	32	22	15	29	1.94
306275--306328	26	2.2	25	83	6	65	68	5	14	11	1.37
306281--306331	26	2.0	24	88	7	75	64	3	17	13	1.42
322166--322370	103	2.0	103	95	0	365	39	18	15	27	1.90
331394--331427	12	3.0	12	91	8	54	82	0	8	8	0.85
331382--331451	36	2.0	35	83	10	90	75	0	12	11	1.04
331394--331419	10	2.6	10	100	0	52	84	0	7	7	0.77

Tables:   1   2   3   4